如何檢測前病毒？

01-07

如題，是否有辦法檢測已經整合進宿主基因組的前病毒？

謝邀。

宿主基因組中的突變、整合片段（如前病毒）的檢測，理論上是不困難的，方法也有很多，有粗放的，有精細（土豪）的。

一類是PCR的方法，比如原位PCR，定量PCR等

定量PCR對前病毒的檢測很早就開始使用了。我所知道的一個比較早的例子，是1999年的一篇文章，利用定量PCR檢測HIV前病毒：

A quantitative PCR method for the assay of HIV-1 provirus load in peripheral blood mononuclear cells

這個方法現在也在不斷發展改進，一個例子：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27678343

另一類常用的是mismatch的方法。相關的試劑盒也很多，原理大同小異。有前病毒插入的DNA比正常DNA要多出一段序列，如果將DNA解鏈再重新配對，那麼一定會有一些不能完全配對的DNA鏈（來自前病毒）。對這些鏈進行識別，就可以估計前病毒的總量。這個方法也是目前做基因編輯常用的測定編輯效率的方法。下圖為一個例子的原理示意圖，突變的T7E1 assay檢測，同理可以應用在前病毒檢測上：

第三種可以使用測序的方法進行檢測，簡單粗暴剛正面（壕）。

但是臨床應用上，有檢出限的問題。

比如每採集一萬個細胞，平均只有一個細胞被感染。假設PCR對一萬個細胞的檢出限在0.1%，那麼就有很大可能出現假陰性。

假設檢出限在0.1%，而&<0.1%的感染率未來仍有90%的可能會發病，那麼就幾乎白檢測……