政府資助科學研究這一模式是怎樣形成的？在此之前的科研資金來源有哪些？
注意：我並不想問該不該這樣，而是問這種現狀是如何形成的。
有時候我覺得科學家能說服納稅人在CERN, AMS這樣的項目上花錢簡直是個奇蹟。投入驚人，得到的結果大多數人一輩子都弄不明白，但大家都覺得為這事兒花錢很正常。不知道公眾這個心態是怎麼一步一步形成的。
謝邀
如果題主只是關心為什麼政府會花錢在 CERN 這樣的理論物理研究，簡單的答案就是，原子彈證明了，就算是最無關世事的純理論科學研究，也可能會對世界產生決定性的影響，徹底改變我們的生活。
我想，問題中的困惑應該是，政府為什麼會花錢在一些看上去沒有直接的實際功用的基礎學科？因為如果政府花錢在那些有直接應用的學科和課題上，應該是很自然的事。而且，就算是政府不投資，這些有商業價值的項目，自然也會有人來投資。
其實，沒那麼讓人困惑。因為事實是，政府其實在這上面投入的不多。
歐洲的情況不了解，只說一下略有了解的美國。
一般美國人為了吹自己，會提到美國憲法中，第一條第八款中的一段：國會的立法權中包括了「保障著作家和發明家對各自著作和發明在限定期限內的專有權利，以促進科學和工藝的進步（To promote the Progress of Science and useful Arts, by securing for limited Times to Authors and Inventors the exclusive Right to their respective Writings and Discoveries;）」
但很顯然，這裡的促進科學，至少在當時的立憲者看來，強調的是專利保護，也就是對私人權利的保護。裡面並沒有說政府要支持對科學的投入。
但是，這不等於美國人對科學的態度。
美國在當時，算是對科學進步比較開放的國家。這很大程度上，是美國人篤信社會應該是在不斷進步的。這個進步，大約是從培根和洛克來的。依培根的說法，科學進步是社會進步的一部分。美囯新教徒認為上帝不可知，但在世上卻留下了可以探知的啟示。而人要在上帝前顯示自己的謙卑，就要不停的在世界中找尋這些啟示，就要去探知這世界，以顯示上帝的榮光。
也就是說，在十八世紀的美國，科學這個詞意味著一種廣義的知識，一種啟示，可以被人發現，也可以被上帝揭示。發現科學，就意味著接近上帝。當然，這是因為那時候所謂的現代科學也還沒有誕生。
既然當時的科學是一種廣義的知識，這種對科學的探求也就並不是什麼專家的學問，需要特別的裝備，充足的資金，而是一種普通人都可以完成的求索行為，這本身也是對個人自由的一種肯定。美國人對科學進步的這種認同，也大大促成了美國人喜歡 DIY 的傳統：美國人玩業餘愛好的認真程度，常常讓中國人看來過於專業。
也正因為如此，這時的科學，其實更多的是工程，博物等學科，遠不是現代意義上的科學。這從南北戰爭前美國政府所資助的為數不多的一些項目里也可以看出。
一般認為，美國政府出資支持的第一個大型項目，是在 1832 年委託富蘭克林學院調查蒸汽渡輪上頻發的蒸汽機爆炸現像。而我們現在所熟悉的最早的政府資助項目，是國會在 1843 年出資三萬美元，讓摩爾斯在華盛頓和巴爾的摩之間搭建了第一根電報線。除此之外，1850 年，政府還資助 Charles Page 製造了電機。
可以看出，美國政府支持的研究，其實是對民生和國家安全有重要影響的工程類項目。當時軍方也出資進行了一系列和武器，交通，通信和醫療有關的研究。如果說真有什麼接近科學的國家研究機構，應該是 1846 年成立的 Smithsonian Institution。這個機構在南北戰爭中也被用來進行和戰爭相關的研究。南北戰爭中北方也因此有了很大的技術優勢。這一結果，也反過來促進了軍方將來持續進行更多的相關研究。
美國政府對科學的支持，也和它對另一個重要的和科學研究相關方向的投入有關，就是教育。
教育之所以不同，是因為美國是地方辦學。
美國在 1787 年，大陸國會就宣布，要留出 1/6 的土地以支持公立學校。這些土地由政府分給州里，州里通過出售土地，或從這些土地上的收入，來支持地方教育。一個典型的例子，就是南北戰爭期間通過的《土地撥贈法案》（Morrill Land-Grant Colleges Acts）。聯邦政府給各州送土地，前提是這些土地的收入要被用在農業和機械知識的教育。最終通過這法案，有上百所大學因此得以成立或從中得益，像 UC Berkeley 就為了拿到這筆錢而從一個私立學校被改成了公立學校。
公立學校和私立學校的本質區別在於，私立學校有自己的建校方針，招生標準，一般更重視學校的學術聲譽，和畢業生的社會影響。而公立學校是社區建設，所以必須回報社區。所以，這些公立學校的課程和研究，更強調對社區發展有實際用途的工程類學科，這也是《土地撥贈法案》為什麼要求這筆錢要用於農業和工程方面。而這些學校也要在理論上對所有人開放，只要滿足同樣的錄取標準，就要一視同仁的招錄。
這裡稍說一下，有人常常把現在的新自由主義和古典自由主義相比，認為二者一脈相承。但實際上，二者在很多理念上有著本質的不同。比如教育就是一個例子。美國在 1850 年前就基本實現了全國的公立學校義務教育系統。這在西方，是非常激進的。因為，從傳統上，未成年子女的教育是家長的責任，讓不讓子女讀書，是家長的自由。政府若要實行義務教育，實際是對個人自由的一種侵犯。但是，自由主義者認為，既然未成年人就是未來的公民，政府有責任，保證這些兒童能成長為合格的公民。這就要通過義務教育完成。
這《土地撥贈法案》，也就是要用社會的錢，讓所有夠資格的學生享受到高質量的教育。也因為如此，美國在十九世紀，受過高等教育的工作人口比例，比英國德國都要高出數倍。
南北戰爭期間，國會還設立了美國國家科學院，這是第一個為政府服務的私人非營利科學組織，負責無償的為政府提供科學方面的健議。
因為美國人對科學的開放態度，美國主流社會和學術界也在十九世紀很快就接受了進化論和實證主義這些在歐洲很有爭議的觀念。在 1870 年代，哈佛甚至有教授因為公開反對進化論而被開除。
在十九世紀後半葉，美國政府對科研的支持，主要是由各個政府機構根據自己的具體需要，來支持相應的合作單位，一個項目一個項目的進行研發。但到了十九世紀末，隨著現代科學的認識論開始成熟，科學體系變得複雜，對專業技術的要求越來越高，這種沒有任何統籌規劃的研發資助方式開始跟不上時代了。
新的政府支持的科研方式，在一戰期間，因為對戰爭的特別需要而被開發出來。按美國國會在 1970 年代的一份報告總結，一戰對美國科研政策的主要影響，一個就是讓整個國防工業意識到，研發應該是國防工業有機的一部分，另一個就是幫助確立了研發人員如何合作攻關的體系。這套體系，隨著戰後政府規模削減，而被剝離解散，但這種合作方法，也因為專業人員就此散到公司和大學院校中去，而傳播開來，最終會在二戰期間被大規模的重新利用起來。
二戰期間，美國的科研機構不僅在政府的支持下，研製出了原子彈，也同時在其它很多方面大大推進了學科的進步，包括計算科學，控制論，航空工業，醫藥行業等。這自然讓科研工作者信心大增，認為政府可以成功的引導科研工作。
更重要的，雖然是為戰爭服務，科研機構卻在很多地方獲得了相對平等的地位。MIT 的校長 Vannevar Bush 負責 Office of Emergency Management，就是以平級的身份和軍方合作，提出了許多軍事負責人自己並不關心的特殊武器的發展策略。
因為這次經歷，Bush 對科研的信心大增，在 1945 年發布了著名的前瞻性報告 Science, the Endless Frontier，表示美國需要一個由公共經費支持的，基礎科學研究體系。但是，五年之後成立的國家科學基金（National Science Foundation），其實只是完成了把科研經費的申請和發放體系化的過程，卻完全沒有像預想的那樣變成一個指導國家科研事業的部門。事實上，美國人和美國政府對基礎科研的投入並不關心，在接下來的幾年裡，國家科學基金並沒有起到預想的作用，主要的科研經費，還是來自在二戰中養大的國防部。它佔去全部聯邦科研經費的一半以上，很多研究人員都從大方的國防部拿到錢來干自己想乾的事。
到 1950 年代中，美國在科研上的投入才開始加大，尤其是 1957 年蘇聯衛星上天以後。除了設立 NASA 這樣的高科技機構，還設立法案在中小學加強科學教育。在顛峰時期的 1965 年，美國的航天投入達到了全部科研投入的 20%，僅次於國防的 33%。同時，1959 年，美國政府正式設立了 Federal Council on Science and Technology，從此終於在白宮裡有了一個主管科研的部門。
到這時，美國聯邦政府對科研的管理也更加數字化系統化了，這裡引國家科學基金今年一月的報告里的三張圖，是美囯從 1953 至 2011 年的科研投入，來說明一下（報告見：nsf.gov - NCSES U.S. RD Spending Resumes Growth in 2010 and 2011 but Still Lags Behind the Pace of Expansion of the National Economy）：
先是美國的科研投入佔總國民生產總值的百分比：
接下來兩張，則是具體的科研投入費用，和花在哪些地方。
由此可見，美國政府的科研投入也是相當務實的，不管是登月計劃，還是哈勃望遠鏡，都是有名頭在支持，不僅總數不是特大，其實在外人看來「沒啥用」的基礎科學的投入並不多。國家科學基金自打登月結束後，就調整了方向，加入了應用上的投入，至今，在應用上的投入約佔 20%，在基礎研究上，也只佔 20%，剩下的 60% 是所謂的開發（Developing）。
讓人感到政府花錢在沒有地方上的原因，或許是因為作為科研投入大頭的商業，當然在基礎研究的投入上相對較少，大約佔 17%，而聯邦政府的投入佔了 60%，其中絕大部分都分到了院校機構。而這些拿了政府錢的機構，都很注意自己的公共形像，需要不斷的在媒體推出重磅的研究成果，推出科普類的書籍或軟體這樣的，來豎立口碑。但是最後如果產生了「沒啥用」的感覺，也是有可能的。
當然，所謂務實的投入，是指科研畢竟是為了解決具體的問題。但這並不是說，這問題本身是因為純粹的科學和社會需要。就如 William James 所云，科學一旦被體制化（institutionalized），就會被腐化（corrupted）。
這是因為，我們無法區分科學，和科學後面的人。就好像當美國國防部因為二戰而成為了一個巨無霸後，自然會想盡全力以證明自己的重要性，保持經費的來源穩定，也自然會發明出一些只是「看上去有用」的東西來研究。
但是只要我們相信科學研究的成果應該為社會服務，並堅持科學社區的開放性，我們有理由相信，那些沒有實際用途的理論，最終會通過實踐的檢驗而被放到次要的位置，而科學界也會不斷調整自己，和社會的共同福祉保持一致。
或許，美國政府科學技術辦公室的前負責人 Lee A. Dubridge 於 1970 年在國會作證時的一段話，可以作為借鑒。Dubridge 大約是這樣回顧十年前這段美國政府資助的科研大爆炸的：
美國當時研發的發展速度實在是太快了，一下就進入了大量的科技領域。當公眾對這種科技快速增長的支持度很高時，其實是不需要什麼聯邦政策來管理的。事實上，我們有些擔心如果真要採納了一個具體的政策，非但不能鼓勵研發，還可能會限制它。現實中的政策，都有明文規定，更鼓勵政府部門按自己覺得必要的和想要的來支持各種研發活動。好的，那就聊聊歷史吧。對歷史不感興趣的同學課跳到分割線以下（我個人覺得看一看也挺好的，再說人家在圖書館查資料碼字碼了一下午，你們就真的不想看嗎。。T_T）。
政府資助發明創新（研究的廣義形式）的例子，最早是古埃及的Imhotep，他生活在約2650 B.C.，是埃及古王朝時期第三王朝第二位法老王的大臣（一名政府僱員）。他是第一座金字塔的建築師，並且也是所有歷史文獻中記錄最早的醫師，有人認為是他發明了一系列用石頭建造金字塔的方法（儘管他不是第一個用石頭構建金字塔的人）。但他之後，埃及人的確掌握了如何移動50噸重的石板的技術。1400年後，埃及人已經可以熟練移動1000噸石板的技術。（有了科學技術，連搬磚都輕鬆了呢XD）
希臘城邦時期被譽為發明創造的第一個黃金期。那時，發明創造是由富裕的個體來獨自承擔的，比如我們耳熟能詳的阿基米德，他從某種意義上講，也是當時君主Dionysius的科學顧問，負責給君主解決科學問題。Dionysius在399 B.C. 的時候通過高薪和獎金組建了一支科學家隊伍，負責設計和製造戰爭機器。同時期也出現了由一位或多位老師領頭的學校，學校經費主要是自籌資金，聲譽則來源於科學研究成果（請自行腦補古希臘的那群哲學家）。亞歷山大大帝圖書館是當時知識的集大成體，它不僅藏書，還教課，並且進行科學實驗。
但，古希臘城邦的科研效果並不理想。首先，他們組織散亂，大多數發明都是「偶然發現」，系統的組織研究較少，並且由於缺乏有效穩定的記錄方式（城陷，書焚，人亡，知識消失），相同的知識被不斷地重新發現和創造，造成資源的重複浪費。並且，由於對知識和發明的獎勵機制還不健全（那些能面見君主呈上有趣的發明的人是極少數，大部分人都無法通過科學研究獲利），大多數人選擇保密，於是知識便很容易被埋沒了。
（此段感謝@袁夢源 同學的內容，基本都是她寫的） 中世紀，約400 A.D至1400 A.D. 前期（至1100 A.D 左右）被稱為黑暗時期，有兩個人物值得一提：羅馬君士坦丁大帝和查理曼大帝。君士坦丁大帝作為一虔誠教信徒為了宗教信仰/國家行政管理在境內發揚基督教，同時為擁有更多信徒要求貴族們有拉丁語讀寫能力，興建官辦學堂研究神學，這就是當時的科研，金屬冶煉和醫藥治療什麼的在這時期都屬於神學範疇。查理曼大帝則在同教會勾搭上後，大力宣揚人文科學（liberal arts），包括讀、寫、算數、天文、醫藥等，當時貴族也一度以進入官辦學府為榮。需要指出的是，當時所持的上帝創世論認為，一切科學可以被承認且都是上帝創世的證據和補充，因此神學範圍極廣。當然，一些人通過自己的研究得出與神創論不同的結論，質疑教會和基督，動搖了教會的權威，因此被滅，如哥白尼等人，更大的也是政治因素。在這段時間內，還有一些工會組織，也涉及到科學研究，如各種金屬的冶煉、鍛造，對歷史、植物等等的研究（你一定聽說過「聖殿騎士團」吧？）。但這些工會組織保密性很高，工會成員極少透露「秘密」給公眾。
在約1200 A.D.後，歐洲出現大學，開始在法學、醫藥、自然科學領域從事專門研究，到1450年，歐洲已經有約80所大學，而這些大學，主要依靠君主的資助。
在1750年-1850年，即工業革命時期，各個社會已經產生了由政府保護的發明專利系統，這種專利系統保證了部分發明的合理壟斷地位，為發明者提供了通過市場獲利的機會。第一個專利出現在1474年，威尼斯，具體是什麼我忘記了。。。第一部版權法出現在1710年，The Statue of Anne。
在1700年左右，各種獎金也被政府和私人廣泛設立，比如，1894年Hertz發現電波即是應了獎金的號召，我們所熟悉的拉格朗日定理也是出於私人資助。1870年前後，美國政府出於對農業研究的需要，在各州征地設立了多所大學，比如鄙人所在的University of Illinois，就是於那個時間段設立的一所州立大學，第一個院系是農學院。大學初始規模很小，一般只有十幾個二十幾個人，因此經費很少。
在1900年左右，也就是第二次工業革命期間，各種新技術新發明如井噴般出現，各種發明家開始依靠發明建立企業和私人實驗室，比如GE，ATT，柯達等等。這個時期，大多數發明都是以商業性質呈現，自負盈虧。與之相比，政府資助科研和大學的案例並不多，到1930年，美國只有6所大學獲得每年多於2M USD 的研究經費。
1930年後，由於戰爭的需要，美國政府開始大量資助大學，政府資助的大學科研經費由1%飆升至二戰結束時的約40%，其在航海、航天、核能、電力、醫療等方面的投入都十分巨大，成果也比較顯著，比如曼哈頓計劃。後來美國政府也出資設立了NACA（NASA前身），專註太空領域六十年。在1946年和1950年，美國政府分別設立了NIH和NSF兩個委員會，負責資助基礎科學研究（任何可以算作science的東西），到1970年，美國聯邦政府資助的基礎研究已經占所有基礎研究經費的70%。現如今，美國所有科研投入中，30%來自政府，多是支持自然科學、社會科學、人文科學等基礎研究，63%來自私人企業。
（抱歉，過多得以美國為討論內容了，誰叫人家是全世界科技第一強國，科研經費投入最多的國家呢）
----------------------------------------------------歷史講完了！--------------------------------------------
目前，美國和中國等大國，其主要科研投入分四塊，1，軍事，不用說了；2，航天，不用說了；3，純科學，如人類基因組圖譜（為後世提供了極其巨大的應用價值）和各種粒子對撞機；4，工業（人文與社會科學投入較小）。在一些新興發展中國家，由於基礎科學、基礎工業、基礎農業技術的投入高、回報周期長、利潤低等特性，私人很少願意承擔這部分研究，大多數這樣的基礎工業技術都由國家經費支持，比如我國的水稻、核電、醫藥，以及一些新興能源的探索等等。
應該說，國家經費支持的研究，主要是為了國家長遠利益和社會整體福利著想，集中社會資源來攻克重點研究，這樣做，一方面能防止分散經費造成浪費，一方面提供穩定長久的支持。私有企業和個人由於其逐利的本質不會把資金投入到吃力不討好的研究中去。想想看，人類基因組圖譜這個項目，對私人能有多大應用價值？核能的投資時間和投資量這麼大，私人能否負擔的起？
另外再想想醫學，目前人類對一部分疾病已經相當了解，大部分時候能根治，但也有相當一部分疾病不能根治，找不到治療的方法。對醫學和生物的投入和研究，很大程度上，不是為了賺錢，因為即使治不好，診療費我也收了，減緩癥狀的葯我也賣給你了，讓你回家等死對社會來說並沒有危害，反正你得的是「絕症」。國家要這麼說，醫生要這麼說，你能開心嗎？所以，對這部分的投入，就是為了能更好地治療疾病，為人民帶來福祉，提升社會整體福利。因此國家經費在這些領域十分關鍵。但同時，私人自發地創新發明也推動了社會進步，為我們的生活提供了各式各樣新穎實用的產品和服務。
最後附上一組還挺有意思的數據：
1、政府其實在科研上花的錢並不多。舉2010年的數據，中國政府在科技上的財政支出只佔總支出的3.6%，略低於勘探於電信（3.9%），顯著低於醫療衛生（5.4%）和國防（5.9%），遠低於教育（13%）、社保（10%）。從項目來看，目前倡議中的中國正負電子對撞機（CEPC）需要國家掏200億（如果選定50公里直徑方案）到300億（如果選定100公里直徑方案），這是什麼概念？大概相當於20到30公里地鐵的成本。而這個項目的周期是30年到40年。國家這些年每年的財政總支出大概是10萬億這個量級，所以換句話說，也就是每年科技上分攤的支出的一成。一個三、四十年的大裝置，只佔每年科技財政支出的一成，真不算貴。（跑題了……）
美國飽受詬病的JWST空間望遠鏡的預算出了名的高，但也不過80億美元上下，換算過來是500億人民幣，也就相當於北京地鐵10號線而已。然而就是這個相當於地鐵10號線的項目，一方面是從1993年就開始論證的、要承載整個天文界下一代紅外／近紅外的研究項目，另一方面被人罵吸金黑洞罵了10年，2011年還險遭下馬。所以看吧，中美兩個大國的大型科學裝置也就是這個量級了，很貴嗎？況且，貴、賤是相對的。相對於這些大裝置的產出，我能說幾百億都是小錢錢，不要太划算，中東一幫富豪想花還沒地方花呢好嘛？2、政府在科研上花的錢也不是只有一個口徑。名氣比較響亮的funding agency（資助機構）有科技部、基金委和國防科工局等單位。地方政府有地方的經費支持口徑。此外，企業和科研院所（例如中科院天文台系統）也有資助系統，或合作的資助方式（例如聯合基金）。
從「十三五」開始，這些口徑開始整合了。主要就是防止浪費，對付經費申請中的一稿多投。將來或許會突出基金委的功能和作用。對了，說了半天基金委，就是國家自然科學基金委員會NSFC，李政道先生回國帶來的先進位度之一，其他還有CUSPEA和博士後制度等等，這裡不展開了。
3、國內不是只有政府在花錢，也不應該只有政府花錢。企業是科研活動的主力。但不是所有企業都能力、意願開展和資助周期長、產出不明確、風險大的項目。有一些項目，生命周期可能比企業本身的生命周期還長，你讓企業怎麼辦？所以必須有機構來兜底。
此外，目前眾籌也變得流行了起來。以中科院空間科學項目為例子，假設我們要設計、建造一台空間天文望遠鏡並發射到太空，這個過程可以切分成幾個階段。第一階段是爭取立項，也就是還沒立項。這時一般是單位自籌經費。論證了可行性、預期預算、技術需求之後，這個望遠鏡已經有個輪廓了，可以爭取進入第二個階段，也就是預研階段。國家這時候可能會投入一部分錢來開展預研，解決一些關鍵的技術。比如望遠鏡太大了，10米，要拼接鏡面吧，可在軌道上怎麼拼接呢？怎麼保證發射過程中不變形、損壞呢？這就是預研要乾的事情。預研完了，結題，出報告，這個望遠鏡在報告中就有個雛形了，或者叫原理樣機，它還不能上天，甚至不能保證工作，但驗證了關鍵環節的可行性。第三個階段，就是建造和實施階段了，我們把它叫做工程立項階段。這時候大量的真金白銀就投進來了。三個階段，風險被控制的逐步可接受，而經費也越來越多。目前，我們也開始探討第一階段、甚至第二階段，是否可以不再找國家要錢了，而是通過眾籌方式來解決。就我知道的來說，京東、千橡都對這個還挺感興趣的。當然，最後要建造、實施、發射了，需要投入幾億乃至幾十億的經費了，這時候還是要找國家掏錢。以上3點，有些答非所問了，權當素材，望讀者兼聽則明。
順祝新年快樂，猴年賽雷。這個問題下其它答主答的還是多少有些偏題的，但部分觀點是部分正確的，比 @talich 提到的布希的報告，事實上這一報告對後來政府資助所謂的基礎科學研究有顯著的正面影響，但對所謂的應用研究是有負面影響的。我嘗試在我的回答裡面給出這個問題一個更加切題又準確的回答。
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政府資助科學研究這一模式時怎樣形成的？
樓主提到了CERN和AMS，這是典型的政府資助的大型基礎科學研究項目，首先聲明我們不去討論政府為什麼要去資助這類研究（外部性和社會福利），而去討論這一模式是怎樣形成的更加切題。同時，我們只針對美國進行分析，對美國的理解對於我們認識這一問題已經足夠。
現有基礎研究和應用研究概念的邊界對於美國的科技政策有著十分顯著的、持續性影響。 如果各位有興趣可以去翻看美國能源部（DOE）的資助項目欄， 他們十分執著於如何確保科研經費是被投入到了打上基礎研究標籤的課題中，還是被投入了被打上應用研究標籤的課題中。
重要的問題在於，是什麼研究與工業活動的因果模型把研究活動劃分為「基礎」和「應用」兩大類別？什麼創新模型包含了「基礎」與「應用」這樣相對的核心要素？更重要的是，一個落入「基礎-應用」二分研究框架的創新模型真能取得成功嗎？
尋找這些問題答案的最好辦法就是對創新的線性模型進行歷史追溯。線性創新模型認為，創新的過程是線性的，它始於基礎研究，隨後實施應用研究、產品驗證和產品部署，接著是商業組織生產交付產品、貨物或服務並將其投放到市場。在這裡，可以認為「基礎」與「應用」框架代表的是線性創新模型的前兩個階段。
基礎研究→應用研究→產品開發→市場擴散與部署
將線性模型簡化後，其核心含義即是現代性的技術產品是由從「基礎」研究（有時也被稱作「基本」）開始的過程所驅動的，這也就被接納為在未來的研究活動中「基礎」研究旨在解決特定的問題，「基礎」研究的產出將會帶來可被市場化的產品和服務的發展。
它告訴了我們科學和技術是如何運作的，並為政策干預提供了清晰手段。線性模型的邏輯告訴我們要想實現創新產品量的增長，需要做的就是在這條線上增加前期的研究活動（比如，資助更多的基礎研究）。在美國的科技政策和政府高層的決策過程中，充斥著對創新是從實驗室到市場的線性過程這樣的理解。要想認識這一現象，只需看看奧巴馬總統2012年的國情咨文演講，他聲稱創新需要基礎研究。
毋庸置疑，這種對於科學、工程和技術的敘述有時候是正確的，但它充其量只是一個對於科學和技術完整職能的片面和不完整的理解。這樣的缺點是明顯存在的，但儘管如此線性模型在聯邦政府的科技政策和聯邦資助研究機構設立的規劃中還是得到了廣泛的應用。而美國公共政策中大部分關於線性模型思想的運用和其廣泛被接受都來自於一個單一的、十分具有影響力的源頭。這就是萬尼瓦爾·布希在1945年遞交給羅斯福總統的報告——《科學：無止境的前沿》。
《科學：沒有止境的前沿》的影響十分深遠，特別是「基礎研究」這一術語得到了廣泛傳播並以布希所描述的方式加以採用，在國會記錄中可以清楚地看到這點，國會記錄中頻頻出現相關術語恰逢該報告出版之際。布希的報告深刻影響了美國政府研究經費的走向，雖然他提出的設立美國國家研究基金會（NRF）來集中資助基礎研究想法並未實現，從許多方面來說，西弗吉尼亞州參議員哈利·基爾戈（Harley Kilgore）提議成立的美國國家科學基金會（NSF）體現了布希關於資助基礎研究的設想。與未能實現的國家研究基金會(NRF)不同，國家科學基金會(NSF)沒有壟斷聯邦政府的資助職能，它只是同時為「基礎」和「應用」研究提供資助的眾多聯邦機構之一。戰後時期的混論政治格局導致了美國當前的多重研究資助機構體系，包括美國海軍研究局（ONR）、美國國立衛生研究院（NIH）和美國能源部以及更多其他機構，恕不一一列舉。多重資助途徑和冗餘機構的設計有助於避免團體盲思 (groupthink)，並且由於不同機構採用了不同研究設計視角，也有利於營造更加穩健的研究環境。但是，非常顯然的是，各聯邦機構已經充分吸收了《科學：沒有止境的前沿》的核心思想——即要在資助時對「基礎」研究和「應用」研究進行區分，並將其運用到資助實踐。布希將「基礎」研究定義為「不考慮實際效用」的研究，該定義實際上是在整個資助體系中的「基礎」和「應用」研究之間划下了一條不可逾越的硬性界限。
美國政府的這一思維定式對所有現代國家對待科研，對待基礎研究的方式都產生了巨大的影響，這樣的論調在我們國家的政府官員和媒體中也是不少見的。所以這個問題的答案已經呼之欲出， 政府資助CERN，AMS這樣的研究的原因是因為一脈相承的對創新的線性模型理解，和布希所帶來的基礎-應用研究二分的模式的延續。
在此之前的科研資金來源有哪些？
這個問題很難回答，因為確實不知道你說的前是前到哪個時期。但整體而言， @程毅南 的回答是具有很高參考價值的，基本準確。希望能幫助到你。
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