有哪些男女主最後沒在一起的動漫？
《天元突破》
我超喜歡優子，長的漂亮，又獨立，有強大，胸大能賣肉，性格還很好，還擔當本劇的賣肉角色。
作為一個好像找不到缺點的女主，開始我就認定他會和男主西蒙在一起。前期劇情一直給男主西蒙各種支持，鼓勵，還有福利。。
當西蒙喜歡上優子的時候我覺得，「嗯，穩了。」
可是，優子喜歡上了男主的大哥——男二卡米納，嘛，卡米納人也挺好了，雖然我有點難受，但也可以接受。
但之後的劇情大家都知道，大哥不在了，西蒙和優子都很傷心，但優子還是堅強的給西蒙鼓勵。
我本以為大哥不在了，僅剩下的優子和西蒙應該可以在一起了。
沒想到。。。又出現一個白髮女和優子搶女主的位置。
嘛，這個白髮女尼婭，性格極好，還能賣萌，是個好妹子。我也能接受，畢竟還是給男主西蒙找個個讓人喜愛的女性CP。
然後。。。然後大家都知道了，後面的劇情明顯表示了，優子對西蒙有好感，但西蒙已經喜歡上了尼婭。
可是。。。作者還要虐西蒙，讓尼婭也消失了。作者寧願讓西蒙和優子各自孤獨終老也不讓他們在一起。。
卧槽，豈可修。
以下是我給出的正式答案，絕無爭議，男女主最後確定沒有在一起：
1《黑暗聖經》。第一部結尾彩蛋里伊萬里胡桃黑化離開了多喜，第二部劇情可知高成寬子在第一部劇情結束後成為修女，誰也沒和男主水無瀨多喜走到最後。
2《公主戀人OVA》。注意是OVA版！不是TV版。男主有馬哲平，女主西爾維婭。由於西爾維婭無限期回國導致兩人最後沒有在一起。雖然有婚約，但兩人都沒有認同婚約的意圖。
3《少女と裏路地》。男主沒有名字，女主。。。也沒有名字。但這不要緊，《魔王勇者》不也是沒名字嗎？最終結局是男主一人單挑無數黑惡勢力，將黑惡勢力團滅後自己也身受重傷，鼓勵女主好好生活下去後離開了女主。是一部畫風唯美，劇情治癒的優秀作品。
4《大失禁》。雖然是比較不錯的結局。但結尾彩蛋偏向於暗示女主去找妹妹後將一去不回。
5《魔法少女小愛》。第一部的結局就是女主小愛離開了男主岡島秋俊去別處驅魔，第三部結局小愛沒死但是活不見人，又離開了男主。
6《槍冢》。（或譯《槍墓》、《銃墓》）男主是布蘭登·西特，女主。。。不管認為本作女主是瑪麗亞還是瑪麗亞的女兒，最後都是沒有在一起。
7《收穫之夜》。和《槍冢》差不多，男主是正人，不管認為女主是仄香還是涼子，最後都是沒有在一起。正人被殺，仄香病死，涼子精神失常。
8《奴隸市場》。三個女主的結局按先後順序分別是和哥哥同歸於盡，被老家派來的傭兵帶走，發動瞬移魔法後力竭而亡，男主最後死在了戰場。
正式答案就結束了。只不過還有一些作品，是否算作最後沒在一起是存疑的：
1《大惡司》。這個取決於判定究竟誰是女主。作品正傳里認為包子店小妹是女主，但正傳後三分之一的劇情及番外中的設定明顯小殺是女主。
2《鋼鐵之魔女》。按照設定來說男主將來肯定能把女主找回來。但是這番爛尾了。
3《魔法少女育成計劃》。女主白雪存在感太低，而且男主聖少女死得太早了。結尾活下來的波紋和白雪不算CP而是戰友，況且波紋的CP是最高速。
4《白色相簿2》。啊。。。我並不想引戰。。。但是。。。這番能不能算實在是太仁者見仁智者見智了。
5《甲賀忍法帖》。最後的結局男女主幾乎同時自殺。這可以算也可以不算。
請不要問我為什麼沒有圖，這些作品，網上幾乎沒有宣傳圖片，至於自己截圖，這事對我而言真的太難了。
———————————以下內容修改於2017年11月28日————————————
一、刪除了原正式答案中的3《御先祖賛江》。經評論區提醒，才知道該作有後續。上周末算是看全了。
《御先祖賛江》的劇情總共涉及兩部半作品，分別是兩部正傳《御先祖賛江》和《續·御先祖賛江》，以及之後在另一部獨立作品《貴方だけこんばんわ 》中的劇情客串。
這樣看來，《御先祖賛江》就不算「沒在一起」了：第一部男主出國，第二部男主獲得永生，並通過假死騙走了女同學，客串劇情中在學校和老祖宗有對手戲。
二、使用了另一部符合要求的作品頂替了原來的3。這部作品可能沒有動畫化，但劇情是符合要求的。
《火影忍者》鳴人和小櫻。
不過我覺得他倆更多的是友情大於愛情吧。鳴人對小櫻感情相當於，小時候你喜歡你們班班花，後來和班花成了要好的朋友，就不那麼在意小時候的事情了；小櫻對鳴人的感情更多的還是羈絆之情，她一直心心念念的還是佐助……按照岸本的對稱控，小櫻X鳴人就相當於綱手X自來也，心照不宣的羈絆不等於愛情。
玖辛奈臨終前的話語，還有四代因為小櫻打鳴人想起了玖辛奈打自己，證明岸本還是考慮過鳴櫻線的。只不過他刻畫cp的方式很奇怪：比如雛田告白後鳴人沒有多少回應，四戰時鳴人卻說出了「幸好有你在我身邊」……（寧次你死得好慘啊，我在優酷評論區看到「謝寧次大表哥成全」的時候，大腦都顫抖啦！）即便是在這種情況下鳴人和小櫻還有互動。看來岸本是想把cp開放化，按照人氣投票定結局。
鳴櫻和鳴雛孰優孰劣我不做評論，因為撕過太多遍了，而且岸本刻畫男女之情的能力……不過個人認為至少好過佐櫻（岸本你是有多恨小櫻啊，又讓她玩喜當媽梗又讓她一個人還房貸）……但看到隔壁死神的一織戀露，原諒我想說這麼一句話：我們都喜歡胸大的！【劃掉】擁有一個心照不宣的羈絆，和一個溫柔賢淑又愛自己的人結婚，可能就是岸本和久保眼中的人生贏家吧……fate zero切嗣召喚saber切嗣:卧槽?尼瑪啊，亞瑟王怎麼他媽的是個小丫頭?我老婆真好看。saber:這人一看就不是什麼好人，他老婆真好看。saber vs lancer切嗣:saber，陰他！上啊！saber:滾！老娘我打的他服氣！
saber vs 金閃閃
切嗣:saber，砍聖杯啊！saber:老娘我一輩子夢寐以求的東西你他媽說砍就砍?去你mb的吧！士郎召喚sabersaber:。。。切嗣你是賴上我了是吧?切嗣:哈哈哈哈第一反應是柯朵莉，但想想他們應該算在一起的，只要心意相通，死亡阻止不了愛情。題主想問的應該不是這種單純的悲劇，因為這種太多了，能說上一天。當然也不用說那些本就沒有感情發展的男女主。我說兩個男女主的確有超過友情的部分，但因為各種原因並沒有發展成愛情的。
「Cowboy Bebop」 Spike FayeFaye對天開了數槍，目送Spike走向自己的過去，走向自己的宿命。Faye放下了自己的過去，但Spike沒有。
殘念，兩人明明那麼配。為什麼就不能像隔壁魯邦和不二子一樣沒心沒肺一點呢。
「Chaos;Child」宮代拓留 尾上世莉架
「世莉架，那個是你認識的人嗎？」
「不，是不認識的人。」
我邁開腳步，她也轉身離去。
從此踏上絕不會重合的道路。卸腰
1、《真實之淚》
著名黨爭動漫，這個番誰是女一號一直有爭論，有考據黨掐秒錶統計過養雞女的出場時間比養女多2%，所以養雞女應該是女主吧（不過光看角色的出場時間也說明不了什麼比如tolove）。還有種說法是中途換女主了，岡媽最開始設定的是養雞女當女主，結果監督西村純二和原案關口可奈味中途讓養女上位了。
個人認為養雞女是劇情線女主更貼近「真實之淚」這個標題，而養女是感情線女主。兩人的收穫也不一樣，一個收穫了眼淚（即成長）另一個收穫了愛情。哦對了還有悲催的愛醬
2、秒速五厘米
這個不用說了吧，有多少人想炸火車！
貌似有勇士真去炸了。。。
3、罪惡王冠
女主沒了自然不會在一起了，備胎死,女神亡,基友卒,手殘瞎
4、ef a tale of melodies
太虐，火村和優子這一對CP虐的我肝腸寸斷痛不欲生。
5、螢火之森
這個不是女主沒了是男主沒了
6、俺妹
這個結局對於凶介和桐乃來說是最好的結局也是最糟的結局
7、phantom
這個不是女主沒了也不是男主沒了，而是男女主都沒了，不過死在一起某種意義上也是「在一起」吧
8、草莓100%
千萬不要在猜測和誤會中浪費緣分
9、school days
10、染紅的街道
這番我都沒搞懂到底誰是女主，前十集女主都是釘宮最後兩集被平胸綾逆襲了23333，如果湊妹作為女一的話出場時間又比優姬少了很多
11、絕園的暴風雨
也是分不清誰是女一，雖然愛花出場很少但卻是關鍵線索人物，但我還是大愛公主。
其實真廣也可以競爭下女一號啊/滑稽
12、學生會的一己之見
「我喜歡你們,超級喜歡。大家都和我交往吧,我一定會讓你們幸福的」。
key君告白了所有人，同樣地，被所有人告白了。 然而，他沒和任何人在一起。
杉崎鍵算是極少數我認可的後宮主（還有一個是垃圾君），是敬佩，而不是嫉妒。
13、甲賀忍法帖
心愛的人呦，快來赴死吧！相愛相殺的典範
14、羊之歌
這是我最希望男豬腳去屎的番了，千砂小姐姐辣么美辣么溫柔，可惡的歐多唔多自己好了之後居然忘了姐姐，有路撒奈！
16、伊里野的天空
雖然OVA的結局是開放性結局，但是她八成是回不來了。。。
這是我排名第二希望男豬腳去屎的番，渣男！你也配得到伊里野哪怕一點點的愛么！
17、最終兵器彼女
我總覺得《伊里野》和《最彼》有點像，但是與伊里野開放性結局不同的是，最彼在開頭就交代了故事的結局。
啊咧，上面那個圖是怎麼回事我真不知道
18、蜂蜜與四葉草
黑田洋介玩N角戀也不輸岡媽啊，出場的男女角色很多關係也複雜，但每一位角色都刻畫的很飽滿，而且不需要服用胃藥。難得的佳作適合快要畢業和剛畢業的大學生看。
男主應該是竹本，女主是葉久美。
19、xxxholic
民那桑都愛著四月一日君，但他選擇一個人等她回來
這對主僕的關係我認為有點類似忍下心和垃圾君，應該算是永遠的靈魂伴侶？反正我是四侑黨
20、死亡筆記
light和L沒有在一起。。。夜神月終於贏了L，不知道之後的夜神月是否有了孤獨的感覺。
好吧開個玩笑，海砂是個好妹子可惜愛上了不該愛的人，到頭來light也只是利用她，但從某種意義上說海砂也是害的2個死神為她而死。這就是所謂的「愛我的人為我付出一切，我卻為我愛的人流淚狂亂心碎」吧。
21、air
觀鈴真的是人神俱滅了。。。
22、穿越時空的少女
前半部分讓人笑的肚子疼，後半部分讓人糾結的胃疼
「我在未來，等著你。」
「是的，我一定會的，跑著去。」
但我還是持悲觀看法
23、神無月的巫女
大神受馬同學長得帥、學習好、運動萬能、感情專一、有情有義，簡直是完美好男人比那些後宮、偽後宮片男主不知道高到哪裡去了。
可惜跑錯了片場，在百合片里當男主能有好果子吃么？不但淪為綠葉還被百合控們認為是小三。
但話說回來，每個人都有追尋自己幸福的權利，雖然千殿是我本命但我仍然要給相馬君點個贊。
這張圖已經說明了一切，真是個好綠葉好背景啊~
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突然發現編號少了15號，先補一個
15、青空下的約定
GAL改，改的比較失敗。其實gal改相對於漫改、輕改難度更大，腳本家功力不夠的話很容易改出奇葩。
這番的結局男主和幾個女主都沒在一起。
24、櫻子小姐的腳下埋著屍體
這個番是我很喜歡的御姐X正太類型，不過女主有未婚夫了和男主在一起的幾率很渺茫。我沒看過原作漫畫，不知道有沒有原作黨幫我科普下。
25、少女愛上姐姐
深更半夜突然想到了這玩意，細思恐極。。。
宮小路瑞惠可算現在各種女裝大佬、大吊萌妹祖的師爺了
也是gal改動漫，動漫誰是女主其實沒有明說，可能偏向貴子吧，但我最喜歡的是紫苑。結局也沒說和誰在一起了，其實這也算gal改動漫的通病，受集數限制往往只能選擇一條線，但又不想完全捨棄其他線。
26、黑塚
老實說這番我沒看太懂，男主是源九郎女主黑蜜是個千年吸血鬼，九郎在受重傷之際與黑蜜進行了血之儀式並使自己變成吸血鬼，但出了點差錯導致是半個不死之身每隔一段時間要換身體，每次換身體就會失去部分記憶（關於女主的），從古代打到現代就為了找女主，每次找到女主後女主都要離開（這女主也是作的要死），如此不斷循環。
暴露年齡
超時空要塞:一條輝和林明美。經典的故事了，大家可以看看。直接看劇場版超時空要塞 可曾記得愛就好了。
刀語，叨語。
對，西尾維新的刀語。一月一集。一個，沒有提出過一個像樣的策略的奇策士咎兒。還有她那可愛的切利哦。一個，從不用劍的虛刀流傳人，鑢七花。他們最終也沒有在一起。
腰間的一撮白髮。也是啊，他們還是在一起了。切利哦。死神啊！！！！！
雖然中途棄坑了 但是自從知道大結局是露琪亞和戀次在一起了，一護和井上在一起了，哭暈在廁所啊，沒有露琪亞哪裡來的一護當死神，四捨五入就是沒有露琪亞就根本沒有這部動畫片啊！！
雖然一直站一護和露琪亞CP,但是露琪亞和戀次在一起是可以接受的啦，但是實在想不明白一護怎麼會跟井上在一起，讓人不禁懷疑棄坑之後的劇情到底是怎麼發展的，但是再好奇也不會去看了，畢竟真的討厭女二，哼，就是這麼傲嬌。
瀉藥既然男女主不在一起，那麼應該至少有戀愛情節。新海誠的各種拆異地戀的作品，綠川幸的螢火之森。所以魔法教師涅吉（肉鬆健你個眼鏡娘控）口袋XY（唉……難過，小智你快回家當個道館管主算了）四月是你的謊言；蜂蜜與四葉草。其他的開放結局的，比如出包王女，比如家庭教師，比如極黑。至於黨爭的，比如街道，草莓百分百，還那兩個吵的厲害的民工漫畫這種就不說了。還有一些虐向的死光了，還有什麼致郁的clannad，還有什麼日在校園，不想說。
火影忍者啊，小櫻到最後還是沒有喜歡上鳴人
國產動畫：雪孩子
金剛葫蘆娃
神廚小福貴
我為歌狂:麥雲潔與楚天歌
哪吒傳奇
《死神》肯定要算一個，男主一戶和女主角露琪亞最後沒有在一起，各自成家了。傷心
心靈想要大聲呼喊反正我是站錯了cp
《火影忍者》《死神》！
春野櫻和露琪亞的女主之位無可動搖吧！而且這都是前期劇情和男主有cp互動的，結果最後防不勝防………另一個民工漫海賊結局也男女主肯定也不會在一起的，現在先貼上…《銀魂》那邊差點兒還沒完結，但也認妹妹了《罪惡的王冠》但是怎麼說，最後心靈融合？？超越肉體的永遠在一起？
《斬赤紅之瞳》男主狗帶了
《A/Z》女主嫁路人伯爵了
《F/Z》這個雖然被說成是群像劇，但是故事主要還是從切嗣和saber的角度講的，這倆不是cp，基本沒說過話，說話就是撕逼…但她和他鵝子是cp啊……
《FSN》老版TV的saber線，女主回自己的時代了。
《東京殘響》男主都死了
《psycho-pass》男主殺了人跑了
《革命機》男主死在男二（大概是真女主）的懷裡《四月是你的謊言》...
小薰啊小薰...
《我的朋友很少》
團滅結局，其實我也不知道誰是女主。
《可塑性記憶》《未聞花名》這兩個是一類的。
都是女主離我們而去...
《春物》第十二卷.....
看到其他答案提到俺妹的，我堅決認為京介和桐乃還是走到一起了。
因為DIS2中這二人沒有血緣關係呀。
還生了一男一女....最關鍵的是女兒依舊是兄控。
我有點覺得是不是g社開始那幫人就不喜歡異性戀，飛躍巔峰一代喜歡女主的男的上來就便當，結果百合了，飛躍巔峰2裡面女二喜歡的男生不久就強上女主，然後百合了，eva裡面明日香。。。唉，最後來了基佬熏，然後是天元突破，一共有五隊異性戀還有一個腦內異性戀最後只活了一對。。。。然後到了trigger，小魔女學院裡面也沒有異性戀的地位。。。。。跟新。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。
原答案天元突破 最後結局蠻虐的
人渣的本願吶，就是他們倆個
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