如何看待「中國十萬人基因組計劃」？

01-06

2017 年 12 月 28 日，我國啟動「中國十萬人基因組計劃」。這是我國在人類基因組研究領域實施的首個重大國家計劃，也是目前世界最大規模的人類基因組計劃。
新聞鏈接：中國啟動十萬人基因組計劃繪製國人精細基因組圖譜
普通人有參與的機會嗎？

所以人類遺傳資源管理辦法的正式啟用一步一步都是有伏筆的。

作為一個基因檢測從業者，我舉雙手雙腳一萬個支持。這個項目的推進，一定會讓我們的遺傳病診斷再上一個台階。

人的遺傳信息跟石油、植物、水資源一樣，都是資源。或者說，不管什麼物種的遺傳信息都是資源。事實上我們很難憑空創造一個基因，多半是從自然界的生物之中「學習」他們的基因是如何，在「學習到」的基因之上增加一些改造而已。從這個角度來說，我們挖掘到的基因寶藏越多，未來有越多的素材可以借鑒。

看「十萬人基因組計劃」之前我們先來看一個事情，就是2016年人類遺傳資源管理再出新規。簡單來說，就是中國的機構採集中國人的血液等樣本、DNA、遺傳信息、以及相關信息並且不出境可以，只要是外國人的機構（包括中外合資企業）採集中國人的血液、血液等樣本、DNA、遺傳信息、以及相關信息或者是中國人採集這些但是涉及到出境的，必須申報審批，否則就是違法的。因此在2016年大家經常能看到各網站新聞是這樣的畫風：

背後的原因就是這個：中國人的遺傳信息，與其它的寶貴資源一樣，再也不允許隨隨便便就被老外收集去。既然都立了管理辦法，不讓老外收集，那咱們必須自己來收集研究啊。不然這限制不是忒沒有意義了嗎？不許百姓點燈，也不許官州放火，到處都烏漆嗎黑的一片，這可不是通過奮鬥得到幸福的途徑啊。

其實人的基因組也測了不少了，從HGP到千人基因組，到今天我們的十萬人基因組，為什麼要一直測測測呢？難道真的是為了騙經費嗎？就跟基建拉動GDP一樣，難道現在要靠測序拉動GDP嗎？

下面我就從一個醫學基因檢測從業者的角度來跟大家聊一聊本人的一些想法。

大家覺得，在基因檢測的過程中，哪一步是最難的？我的感覺是，當你有技術可以測序以後，測清楚基因序列再也不是關鍵步驟。最難的一步，是你測到的突變，如何證明該突變是致病的。測到的突變萬萬千，你憑什麼說你認為這個突變就是引起發病的那個？你去測楊穎和楊冪的基因，肯定是不一樣的，到底她們倆哪一個的突變是致病的呢？還有熱巴、鄭爽和娜扎的呢？她們的突變就一定是致病性的嗎？在我不知道什麼是對的情況下，我無法對她們同樣的基因中存在的不同的序列進行判定，哪些是致病的？而實際上這些同一個基因中不同的序列可能都是多態性，但是由於缺乏足夠的證據支持，我仍然無法將其簡單劃歸為多態性。

所以一般正規的醫學基因檢測公司，通過測序與hg19比對，查到基因上的突變後，還要過濾本地資料庫。沒錯，就是傳說中那「1000個健康人」的資料庫，這個資料庫中出現過的突變，我們就認為在健康人中同樣存在把多態性的數據濾掉，剩下來從來沒有在多態性資料庫中出現的突變才是我們高度懷疑的對象。但是問題是，跟13億人比起來，千人數據顯然也太少了。就算是這個基因測到的罕見突變不存在千人資料庫中，我們就能貿然斷定它是致病的嗎？在臨床中，醫務工作者可是要拿著這個結論去決定一個胎兒的去留、甚至能夠影響一個家族未來幾十年的命運。

上表是ACMG（美國遺傳學會）一直在寫的關於基因檢測中檢測到的突變如何認定其致病性的各種指南。無論指南怎麼修改，從指南的分類標準中可以看出，致病性的分析都非常依賴於過往數據的積累。若資料庫中的數據太少，顯然就是巧婦難為無米之炊，很多時候檢測到的突變都只能劃分為臨床意義未明那一類，無法指導後續的臨床工作，沒有太大意義。

資料庫我們是積累更多健康人的數據好還是更多患者的數據？我傾向於健康人。

套用一句老話「幸福的家庭都是相似的，而不幸的家庭各有各的不幸」。目前已經發現的單基因遺傳病就有8000多種以上，還不算形態各異的染色體微缺失微重複疾病。若10萬個基因組都測患者，你測哪一種遺傳病又不測哪一種遺傳病？為什麼？

所謂的單基因遺傳病，或者說罕見病、孤兒病，放在人群里它的發病率就是低的，發病率最高的那個罕見病還是低。患者怎麼收集是個大問題。很可能定下某種疾病搜集多少患者的目標，在實際工作總收集夠數量還是不能實現，且時間跨度會非常長。一個時間拖得過長、連樣本搜集都要傷筋動骨的項目，其成本如何控制？如何結題？性價比又如何呢？

遺傳病的患者適合在臨床上慢慢積累，並且是要一個家系一個家系的收集。用於這種大型科研項目，搞運動似的收集大量遺傳疾病患者的樣本，我個人認為第一可操作性不高；第二甄別某位患者是否具體屬於某類遺傳病，它的臨床成本也不低；第三，搜集哪種遺傳病，不搜集哪種遺傳病？光這個學者們就能吵好幾年。再加上一些遺傳病的異質性，臨床表現各異容易造成的誤判，我認為這不是一個好的選擇。

目前臨床上遺傳病數據積累最多的，個人認為當之無愧是地中海貧血症和遺傳性耳聾。地中海貧血症這種地域性的遺傳病在某些地域發病率很高的，而遺傳性耳聾全國範圍內患者人數眾多。得益於國家已經推行多年的婚檢和孕檢篩查地貧、新生兒篩查耳聾，目前地貧和耳聾積累的數據有一定數量。我覺得這些疾病基因篩查數據破10萬隻是時間問題（也許已經突破10萬數據量了，我手頭暫時沒有數據，還沒法求證）。很顯然這才是遺傳病數據積累的高效的途徑。

基因檢測畢竟還是一個新東西，別說臨床上對這塊感覺所知不多，就是我們學生物的學生自己，可能也存在種種誤解。2015年我參加一個臨床遺傳學的培訓，有某公司的基因檢測報告解讀人員問培訓老師：「與hg19相比，我測序每個基因都能檢測到突變，我把這樣的報告發給醫院，醫生總是不理解？我該怎麼讓醫生理解我的報告呢？」

與hg19相比，每個基因都能檢測到有突變是很正常的。但是我們基因檢測人員不加甄別的就把這樣的「裸」報告發給醫生是不正常的，也是很不負責任的。好好解讀這樣的報告，區分突變的類型，給出相應的臨床指導參考意見，是基因檢測從業人員應該做到的。而不應該簡單的把這個責任推給醫生，再指責他們都不懂報告。解釋好你的報告，使它具有可讀性和可操作性，是基因檢測從業者的責任，而不是醫生的責任。現在應該不會再有這樣的公司寫這樣的基因檢測報告了吧？我真誠的希望市場把這樣不負責任的公司都淘汰掉。

誠然，目前我們確實存在資料庫數據少，大部分的突變都會被劃歸為「臨床意義未明「這個範疇內，給醫生下一步的臨床指導造成很大困難，但是我相信隨著「1000個健康人的本地資料庫」，變成」100000個健康的中國人的公共資料庫「，我們臨床的疾病檢測，特別是中國漢族人的遺傳疾病檢測，一定會大大的朝前邁進一步。

期待那一天的到來！

引用文獻：RichardsS, Aziz N, Bale S, et

al.Standards and guidelines for the interpretation ofsequence variants: a joint

consensus recommendation of the American College ofMedical Genetics and

Genomics and the Association for Molecular Pathology.Genet Med. 2015

May;17(5):405-24.

昨天剛看某搭梯新聞客戶端推送，美媚稱中國偷偷搜集國民基因欲打造基因極權國家，嚇得我屁滾尿流，結果今天一看新聞就是這麼個東西，真心失望。

在一些外媒眼裡我黨是個精分的存在，一會兒為所欲為，一會兒又處處夾著尾巴，在實行人口登記制度的國家裡搜集國民基因竟然還要「偷偷」…

咋叫做「偷偷」呢？這明明就可以是光明正大的事情。美帝用心險惡啊！

對國民來說，應該是大好事。如果讓我參加，我肯定積極樂意地貢獻自己的基因組！

ESP6500隻有EA和AA，1000Gp3和EXAC那幾百個國人樣本真不太夠用。這次十萬人基因組應該能為國內研究提供非常大的助力。另外，一個千人基因組把GATK推上了金標準的寶座，這次的新計劃說不定能為freebayes和deepvariant這些後起之秀提供一次機會。

如若想知道自己的基因組序列，自己花上5000塊現在就可以幫你測出全基因組。但是返還到你的手裡的是幾十個G的AGCT序列，需要你自己去挖掘出其中的信息，包括有某種遺傳疾病的可能性。現在基因的序列也有共享的，雖然是ATCG四個鹼基，但是其中蘊含的信息有待人們去深挖。

以上。

背景

現有的國外這類資料庫挺多的，比如hapmap，TGP EXAC GAD。

所以如果按照很多人擔心的那樣，其實我們已經拿到很多發達國家的基因組信息了。。然並卵。

其實對於這快的陰謀論，依目前技術水平，都不可能實現的。

計劃意義：

因為不同的人種。基因型也會不同。

所以該計劃主要是為了搞清楚自己國家的遺傳多態性位點，可以說是精準醫療上必須要走的一步。

目前生物信息學這塊用的多的還是上面所說的外國人的資料庫，其中最接近的也是東亞人，而且數據少的可以，如果十萬計劃完成，對於人群多態位點過濾這塊會準確很多。

所以建成了，希望國家開放給大家使用。

技術問題：

1、正好趕上了國產測序儀崛起這一波，希望用國產測序儀，BGI500看上去沒有達到期望，不知道bgiseq2000/200可否扛起大旗。

2、基因組計劃不是只包含測序，生物信息學流程也會決定效果。