3C，4C，5C以及HiC測序技術都有些什麼不同？

01-05

感覺這答案要等很久很久

謝謝邀請，

我們實驗室就是做Hi-C的，我簡單說說吧。

1. 3C

3C技術最早是2002年Deker提出來的，目的是捕獲染色體的interaction，基本假設是，染色體中的interaction是以蛋白為介導的。那麼通過限制酶酶切，補平，連接，打斷，PCR後，如果染色體A,B兩點就相互作用，根據這兩點特意序列的引物就能PCR出產物，也就驗證了是有interaction的。但是可惜，每1對位點的驗證就需要設計1對特異性引物，很麻煩。

總結起來，就是3C，可以驗證1個點與1個點的相互作用，每1對相互作用需要1對引物。

2. 4C

因為3C過於麻煩，所以後來人們設計了雙酶切位點，然後通過成環的形式，保證了只需要設計1對引物，就可以檢測1個位點對多個位點的相互作用，這就是4C，這個多出來的C是circle的意思。

總結起來，4C技術，可以驗證1個點與多個點的相互作用，因為根據這1個點設計，關鍵步驟是成環。

3. 5C

5C技術是在4C的技術上，加了個tag標籤，導致可以檢測many-to-many的相互作用。沒啥說的。

4.Hi-C

Hi-C的基本步驟是，甲醛交聯，限制酶切，末端補平加biotin，平末端連接，超聲破碎，biotin富集，建庫測序。整個過程是沒有特異性引物存在的。而且依靠高通量的測序技術，Hi-C可以展現出，整個染色體all-to-all的互作關係。

總結起來，Hi-C，獲得all-to-all的互作關係。

5.ChIA-PET

如果關心Hi-C技術，就一定會關注到ChIA-PET技術，這個技術是用特異性抗體富集interaction信息。比如CTCF，比如pol II的抗體，然後類似的步驟，建庫測序。ChIA-PET的數據應該是Hi-C數據的一個子集。

6.Capture-C，DNase-C等等

都是一些Hi-C的衍生技術。

上一個我覺得我見過講的最清楚的圖。

他們的原理都是差不多的，首先都是先交聯(Crosslink), 然後在通過一系列的處理，測序，找出來那些地方（loci pair）之間被交聯的比較多，來推測染色體的3D結構。3C最早，只能做某一些特殊點的，4C把範圍擴大了一些，到HiC，可以給出整個染色體上所有loci之間的相互作用了。後來發現，HiC因為範圍大，需要測序的深度太深，但是大部分信號都是沒用的，所以就找出一部分關鍵點來，就是後來的各種XXXHiC和ChIA-PET。3C和XXXHiC, ChIA-PET其實都是HiC的子集，區別是，3C對功能來說，算是隨機的子集，因為技術水平不夠，哪裡能測就測哪裡。後來的XXXHiC和ChIA-PET，技術水平已經超過HiC，為了省成本，是哪裡重要測哪裡。

請問一下，我們最近第一次做Hi-C的實驗，交聯、酶切質控都顯示成功，之後的實驗都很順利，TA克隆之後做了一代測序，結果顯示都是小片段，沒有酶切位點，不知道是哪裡出了問題才會導致這樣的結果