如何正確高效地使用學術搜索引擎?

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如何正確高效地使用學術搜索引擎

肯定有很多上圖,上數據,上新鮮說法的。

我只補充一句,雖然偏題。學術引擎再怎麼高效,也只是學術做好的第一節台階。

萬事開頭難,其實,萬事第二步也難,第三步也難。走過來以後感覺,每一步都難。倘如此,學術搜索做的再精妙,不能解決學術學習的核心問題。這是大思路,希望不要跑偏,當然,大部分人想跑偏都不得。

舉一例,我認識一同學,這麼說吧,基本上你想要什麼文獻,他都能找到。對於看文獻不多的人可能覺得這樣沒什麼大用,畢竟檢索是找到自己需要的。錯了。一般的自己需要的,你都能自己找到,你再不懂搜索,只要深入讀了一些文獻,你都能找到文獻鏈接,但你可能只找到摘要,而全文找不到如同芒刺在背。

檢索,只是在還沒入門,或者需要進入另一扇門的時候才有大的實用。但檢索沒什麼花樣。無論是sci-hub還是自己學校資料庫,找到檢索詞前五十篇文章下來再加上交叉引用,一個大問題就沒跑了,小問題,十篇高引用文獻,加上其內引用差不多也能找齊了。你還需要什麼呢?

當libgen還能用的時候,我喜歡定一個檢索詞,然後一鍵批量所有相關文獻,然後再預覽模式下看第一頁摘要,不需要,刪,需要,修改標題。

想到再說。


Pubmed可能是醫藥生物專業的同學們最依賴的檢索工具了!作為生物科研狗,已對Pubmed形成了極度的依賴,真的是良心檢索工具,每天學術檢索必用!因為它的存在大大緩衝了翻牆用Google的必要性(不過這項技能仍然很重要)。。。

不能割捨Pubmed的原因,可能主要有下:

1.全免費,有網就能上

2.檢索高效

3.可以設置RSS和Alert提醒關注領域的最新進展

4.全文地址一目了然(雖然不一定100%全文),有部分開放免費的PMC文章

5.能夠高效利用一個工具是很讓人身心愉悅的事,真心無法割捨Pubmed

至於缺點也有:

1.文摘資料庫,只提供全文鏈接,並不是總能下載到全文

2.無法顯示雜誌影響因子和文章引用率(使用the paper link for pubmed除外)

3.偶爾抽風,原因不明

……

暫時先想分下面分幾個部分寫:

一.基本檢索

二主題詞檢索(Mesh詞表)

三.過濾器Filter設置

四.訂閱功能

五.文摘導出

……

一.基本檢索:

1.1最基本的檢索:

邏輯詞AND OR NOT的使用太基本了,暫不講。需要注意的是,Pubmed里默認空格是AND語句。如果使用片語不想拆分檢索,需使用引號 ""。

如:檢索Cancer stem檢索出來的數據量比"Cancer stem"檢索出來的高了一個數量級

1.2 Pubmed檢索功能非常強大,其檢索演算法為科研工作者做了很多優化,寫到這不禁再給他們個贊:

Advance里有很多選項可以選擇,比如想檢索施一公最近大紅大紫的文章,分別設置下圖中作者附屬機構(Affiliation)時間雜誌這些限定項可以直接定位到兩篇文獻,其中一篇為目標文獻:

需要提醒的是,Pubmed檢索姓名為 姓氏在前,名字在後。檢索李雷建議設置為「Li L」,但檢索韓梅梅建議設置為「Han M」,不推薦輸入姓名里的第三個字拼音,因部分雜誌只列到第二個名字,所以精確到第三個子會漏掉文獻。

有了這樣的檢索技能,你可以通過少有的關鍵詞和信息檢索到你需要的文摘。讀碩讀博挑導師的時候可以以此看下老師水平和主要研究方向,很有幫助(血淚教訓,沒挑好老闆的同學一定要慎重選擇導師!!!)。翻公眾號如果看到新的研究沒有溯源,搜搜作者和附屬機構差不多都能找得到。聽報告時看到的好文章也可以這樣去溯源,方便回顧學習。

1.3 Pubmed將收錄的每篇文獻都附帶一個PMID的編號,每個文獻獨一。所以,只要找到這個PMID號,直接扔進Pubmed檢索框就可以找到想要的文章。

怕有小夥伴找不到位置,還以施院士的文章為例,在文章頁面底下(如圖),能看到PMID編號。

同理的還有Doi號,為數字出版物的全球唯一的身份標識。每篇文章獨有一個單獨的Doi編號,上圖中跟著雜誌期號後的就是,把"doi:"後邊的東西複製到檢索框就可以直接檢索。這個編號在使用Endnote內置的搜索找引文也很有幫助。

1.4 如果讀文獻的時候看到有好的引文,可以直接找到引文條目後的一大堆數字,直接複製扔進Pubmed搜索框,有極大的概率幫你定位到文獻。再次膜拜NCBI的演算法工程師!

比如第二個Lancet Neurol的文章,將雜誌名及後邊的日期出版號啥的都複製下來,直接扔到檢索框里,搜索簡單高效。

1.5 在Advance界面,可以找到歷史檢索記錄,貌似是只能保存當天的。每一條檢索都有一個編號,如#1,#2……。所以在進行一次大的檢索時,建議分步驟分次檢索,嘗試不同的檢索詞,再進行不同的邏輯語句組合,可以取得更好的效果。

1.6 想整體了解某領域新進展,可以在左側Article types出設定為只檢索Review,方便找需要的綜述。結合下邊要講到的Filter設置,可以快速找到當前領域的經典綜述。

二.主題詞檢索

Mesh詞表為醫學主題詞表。它的好處在於可以將同義詞集合為單個詞來檢索,幫助你檢索全,並排除一些主題不相關的文章。

比如,檢索癌症可以查cancer,可以查tumor,也可以查neoplasms。這算少的,而查胃癌還有cancer of stomach;carcinoma of stomach;gastric
cancer;gastric carcinoma;stomach cancer;stomach carcinoma;gastric
carcinoma;stomach cancer這麼多名字,只檢索一個檢索詞容易漏文章。而且這樣檢索有可能會擴大檢索範圍,比如一個講帕金森的文章隨口提了個Cancer就被你檢索出來了,事實上壓根不相關。

Mesh詞表可幫助解決這一問題。這通過人為處理每篇文摘,把他們按照討論主題設定好不同的主題詞,所以檢索的文章更為精確。並且將Cancer,tumor這樣的詞都歸到neoplasms下,檢索單個詞就可以將其同義詞全部檢索出來。

Mesh檢索順序:

先將Pubmed換成Mesh,如果不知道主題詞是啥可以先檢索你需要的詞,比如cancer

在出現的結果里找複合需要的主題詞,這詞結果第一個詞neoplasms就是Cancer的主題詞,如下

點開後可以繼續查看其下邊的副主題詞,選擇好後,點擊右側的Add to search builder,然後檢索Pubmed即可。

一篇文章的主題詞可以在頁面內點擊「Publication Types, MeSH Terms, Substances, Grant Support」查看,以一篇文章為例:Cell death during crisis is mediated by mitotic telomere deprotection.,可以看出,一篇文章的Mesh詞是相當多的,不僅有Cell Aging;Cell Cycle Checkpoints*/genetics,也有我們設好的主題詞Neoplasms/drug therapy ;Neoplasms/genetics ;Neoplasms/pathology;

Mesh詞也可以直接在Pubmed里檢索,比如檢索"Neoplasms"[Mesh] and p53 「就是在MeSH Neoplasms下檢索包含P53的文章。

需要提醒的是,因為主題詞的設定為人工處理,所以最新的文摘可能還沒有設好主題詞,如果使用主題詞檢索可能會漏過最新最新的文獻

三 Filter設置幫助篩選文獻

Pubmed最讓人鬱悶的一點就是無法顯示雜誌影響因子和文章引用率,一直聽聞火狐插件the paper link for pubmed可以實現,但我試過幾次不太成功。。。後來放棄了。但Filter功能大大彌補了這一缺陷。

首先,你要先有一個NCBI的帳號,這點很重要,並且下邊講到的訂閱功能也需要帳號實現。(註冊網路慢,耐心等待)

先展示下效果:如下,使用了Filter後,可以將全部272條結果篩選出來,影響因子&>5的有82篇,&>7.5的有50篇,&>10分的有20篇,位於神經科學1區的雜誌有19篇。點擊相應的條目就可以只顯示這一部分文章。

下面講方法:

說下原理,其實這個Filters就是在你的檢索詞的基礎上再加上一種檢索語句,這個語句由你提前設好,將10分以上的雜誌名全部用「[journal] OR」連接就可以把10分以上雜誌篩選出來。

註冊好你的NCBI帳號後,在Pubmed界面點擊最右上角的 My NCBI。在賬戶頁面往下翻,找到Filters卡,點Manage Filters。接下來可以Create Custom Filters。

接下來說咋樣把雜誌名都按需要格式連起來,先找個雜誌影響因子的表格,去百度文庫就能找到一些中科院雜誌分區和影響因子的表格。然後按影響因子排序,找到你需要的篩選標準,把雜誌名字複製下來到WORD里。

在WORD里每個雜誌之間應該是用回車間隔,下面就要使用替換功能,設置將 ^p 替換為 「[JOURNAL] OR 」(^p即表示回車,注意第二個引號也加上),再刪除最後一個OR和引號,這樣完成全部替換就可以生成雜誌名的Filter。

再把這段文字複製進你的ilter就可以了,如下

以上Filter方法學習自 右哉和李莫愁博士 的 公眾號 實驗萬事屋,我只是搬運工,推薦各位關注。萬事屋更懂科研小夥伴,幫助我從科研小白入門進化至今。(公眾號:Whateverysearch)

詳細原文見此:如何搜Pubmed時讓低分文章走開!

四.訂閱功能

Pubmed給各位科研狗們追蹤最新文獻提供了很好的工具,就是自帶的郵箱推送功能。

當你開始了某個檢索,查到了相關的文獻,又想隨時跟進,就可以使用檢索框下的creat alert就可以保存該搜索詞,然後設置更新頻率,Pubmed會定期給你郵箱發郵件提醒你文獻更新。

比如我們搜一下immunotherapy

在繼續的頁面內直接設置好你想要的更新頻率,每次發送的類型啥的,保存後就可以定期坐等更新了。

RSS應該可以使用,不過國內似乎仍不順暢,各位自行開發吧!

另外現在也有不少專門提供文獻更新的網站,不在贅述了。。。

五.文獻導出

這個還是直接看Endnote教程吧...

最後再說下,任何工具再好都是工具。Pubmed仍有其他功能強大之處,但對我來說基本夠用了。目前按照上邊說的這點小伎倆,已足以讓你找到任何主流的期刊和文獻。如果你在一個小lab,沒有很好的科研經費,沒有很好的老闆,你仍然有機會接觸到最新最好的科研成果!!!

再次感謝NIH每年運營的Pubmed及NCBI其他資料庫,真心感謝。

也向和我一樣仍然苦於求索、熬於浩瀚文獻中的科研狗們致敬意。


翻牆google scholar ,根據自己經常關注的關鍵詞建立快訊,谷歌學術會自動按關鍵詞檢索文獻並把結果發到你的谷歌賬號郵箱里。關鍵詞可以是作者,也可以是標題,都可以。

1. 翻牆到google scholar,按照你的專業感興趣的關鍵詞檢索,俺是燒窯的,就搜 ceramic;

2. 出來是這樣的,左下角箭頭所示「創建快訊」

3. 出來是這樣的,電子郵件一般填你的Google賬號,你可以在賬號里設置一下郵件轉發,或者用foxmail代收,基本就可以收到了,Google 會隨時檢索,發現有符合你需要的關鍵詞就會自動生成郵件發到你填的郵箱里,我沒有試過Google賬號外的郵箱。

4. 進一步,看箭頭那個小三角,點它~!

5. 出來的是進階搜索功能,都是明白人俺就不多說了,隨便搜了一下Jacobson老先生。

6. 出來是這樣的。就可以創建由作者Jacobson 撰寫的關於Ceramic方面的paper了。

7. 個人經驗,Google的學術搜索功能確實牛逼,比什麼ESWILLEY自帶的強大多了。


一點小技巧吧。

1、看到方法論的文章,順手看看被哪些文章引,於是知道這個方法有哪些用處。

2、看文獻時稍微留心一下雜誌和作者,看得多了,能自動過濾一些垃圾文章。

3、用好谷歌學術中的推送功能,設置好關鍵詞,一些新鮮文章會推送到郵箱。

4、在谷歌學術中維護好個人已發表論文,這樣在學術的個人首頁也會收到相關推薦。

5、建立一個reseachgate帳戶,維護好個人信息,推送能力不比谷歌差。


有提到說使用過谷歌學術的,那麼就需要通過 iProxier ? 來使用Google了。


先下載領域內最新的review paper


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