自然界有含氟，氯，溴的天然有機化合物嗎？
我只知道有含碘的有機物-比如人甲狀腺素，可其它鹵素天然有機化合物沒見過
有的是。氟氯溴碘全齊。
地球上的「自然界」有沒有，我沒有調查過。但是我可以負責任地告訴你：天上有。
今年 10 月 17 日，天體化學家首次在星際空間中發現有機鹵素：一氯甲烷（CH3Cl），俗稱氟利昂-40.
所處的原恆星系統 IRAS 16293-2422 是一顆類似於太陽的恆星——也就是說和我們太陽系早期的條件比較類似。不僅如此，科學家還同時在太陽系內的彗星 Churyumov-Gerasimenko 上發現了一氯甲烷。
這個新聞上個月刷了各大天文學網站的屏，也算是很會搞大新聞了。
（20171110補充修改）
提問者的原意應該是「自然界有沒有來自生物體內，含氟、氯、溴的天然有機化合物？」
答案應該是：都有。
含氯的生物源天然有機化合物很多，典型例子就是大家熟知的氯黴素，它是委內瑞拉鏈絲菌產生的抗生素，屬生物次生代謝產物。含溴生物源天然有機化合物多來自海洋生物，這個問題下的回答中有很多優秀回答，筆者就不再重複了。
含氟的生物源天然有機化合物雖然很少，但確實存在，距離我們也並不遙遠，舉一個很典型的例子：
禁用滅鼠藥氟乙醯胺（當年「邱氏鼠藥」中的違禁成分）或者氟乙酸鈉，劇毒，毒理是進入人體後生成氟乙酸，進而合成氟檸檬酸後阻斷三羧酸循環，稱為「致死合成」。2013年震驚全國的「奪命快遞」事件，快遞泄漏的致命物質是氟乙酸甲酯，它的毒理也是進入人體後生成氟乙酸，因此僅僅泄漏物沾染就導致了致人死命的嚴重後果。
有趣的是，氟乙酸鈉竟然是一種天然有機化合物，它來自南非的一種毒鼠子科毒鼠子屬植物Dichapetalum cymosum，這種植物的英文俗名就稱為Poison leaf（毒葉，毒葉木），這種植物有劇毒，1944年分離出其有毒成分氟乙酸鈉FCH2COONa，這是第一個被分離的生物源天然含氟有機化合物，也是屈指可數的天然含氟有機化合物之一。
這是英文維基對Dichapetalum cymosum的介紹：Dichapetalum cymosum
氟乙酸鈉很快被證明是一種有效的殺鼠劑，我國在上世紀70年代到80年代初曾廣泛使用氟乙酸鈉（又稱1080）和氟乙醯胺（氟乙酸的前體，又稱1081）作為殺蟲劑、殺鼠劑等，但其毒性太大，容易引起二次中毒，更可怕的是它們無色無味中毒潛伏期又長（氟乙酸進入體內後「致死合成」需要一定的時間，不像氰化物等劇毒物幾乎立即表現出毒理效應），中毒癥狀以神經癥狀為主，不典型，極易誤診，非常容易被犯罪分子利用投毒。
上世紀80年代國內曾發生過一起重大案件（此案件曾經作為報告文學登載在80年代的《中國老年》雜誌上，是公開的），丈夫以氟乙醯胺對妻子和小舅子小量多次投毒，並及時將受害人送往醫院診治，在醫院治療過程中又反覆小量多次投毒，但醫院一直誤診為「非特異性腦炎」，最終導致受害者死亡，遺體都已火化，但家屬強烈要求公安機關調查，最後化驗出兩位受害者骨灰含氟量是正常骨灰的數倍，這才作為間接證據鎖定犯罪分子，使之伏法，當時還不把犯罪分子稱為犯罪嫌疑人，也沒有無罪推定，如果類似案件放在今天，嫌疑人可能因為證據不足而逍遙法外！
這起案件的相關論文筆者已經在CNKI上找到，發表於1991年《第四次全國法醫學術交流會論文集（上卷）》，註冊CNKI後可免費下載：氟乙醯胺中毒致死兩例--《第四次全國法醫學術交流會論文集（上卷）》1991年
因此氟乙醯胺和氟乙酸鈉很快被禁用，但90年代後又出現了一種導致更多嚴重事件的禁用滅鼠藥——毒鼠強，這就是題外話了。
為何某些含氟有機化合物有著強烈的生理效應？這源自有機化合物中氟原子的「偽擬效應」。「偽擬效應」通俗地說，就是氟原子大小和氫原子差不多（元素周期表中，氫放在鋰上面或者氟上面其實都是可以的），氟代後往往不會產生明顯的空間效應，對有機化合物立體構象影響不大，很多酶不能識別氟代底物，氟代底物和正常底物一樣可以結合上去。
但C—F鍵性質與C—H鍵差異很大，例如碳上的活潑氫往往可以以H+形式離去，C—F鍵離去F+則幾乎不可能，酶結合氟代底物後，很可能無法進行下一步正常反應，甚至導致酶失活，這就是「阻斷效應」。「偽擬效應」導致了很多有機氟化合物有很強的生理活性，例如5-氟尿嘧啶有強烈抑制DNA合成的作用，從而導致細胞毒作用，可作為抗腫瘤化療藥物。
氟乙酸及其衍生物的強烈毒性，正源於此。
含鹵素的天然產物，文獻中時不時還是會有報道的，直接上圖吧：
【1】J. Nat. Prod., 2016, 79 (3), 463–469. (The First Isolation of Bromo-Chloro-Iodo Secondary Metabolites)
【2】J. Am. Chem. Soc., 2015, 137 (38), 12343–12351. (海綿中分離得到的)
【3】Angew. Chem. Int. Ed. 2015, 54, 1-6. (雪跳蟲中分離得到）
【4】Angew. Chem. Int. Ed. 2016, 55, 2–18. (鹵化酶)
有興趣的話可以到SCIfinder或者Dictionary of natural products上面搜索一下，應該還是不少的！
隨便舉個栗子。
由於海洋高鹽度的環境，許多和海洋有關生物體內的天然產物含鹵素。
@我老闆 @N. Z. Burns @E. M. Carreira 歡迎圍觀以上lab主頁
不僅存在，而且地球上絕大多數鹵代「有機化合物」都是自然合成的。
人類生產最多的鹵代物應該是鹵代烴了，氟氯溴碘加起來大概每年在十萬噸級別。但僅僅海藻一類生物，產生的氯代甲烷量就有500萬噸左右。
更正：書上原話只有氯甲烷。我承認錯誤。我這個ZZ忘了有氯乙烯這回事。我該死。我向人民和元老院認罪。
（題主找本不是特別水的有機化學教材，打開鹵代烴一章，在附錄里大概都會舉這個例子-因為它太經典了-好像人教版有本選修也提過？）
你要是認為非要像甲狀腺素、青黴素那樣「複雜」（其實也不複雜...）的化合物才算「天然有機化合物」，那人類能合成的就更少了-因為人類在生產這些東西的時候一般用的就是天然產物提取-全合成的話估計你一年的收入連一片青黴素都吃不起。
所以，你們初中生還是要學習一個，不要總想著弄個...提個沒啥意義的問題。
有的，有些海洋生物裡面有含溴的有機物，非洲好像有種植物含有氟乙酸酯，劇毒，你可以去查一下。
推薦閱讀：
※這個結構式怎麼命名？
※如何精確測量有機溶劑的 pH？
※有機化學最基本的內容是什麼？
※如何比較有機酸的酸性？
※[10]輪烯 (C??H??) 的結構到底是什麼樣的？