DNA是雙鏈的，那麼CRISPR-Cas9的gRNA如何跟目的序列互補配對？
Cas9識別目的DNA序列是通過gRNA跟DNA的互補配對，但是DNA已經是雙鏈配對的了，gRNA如何與之配對呢？難道Cas9可以解旋嗎？
最近知乎在電腦上莫名沒法答題，試著用手機簡單答一下吧。
簡而言之，Cas9是可以unwind(解旋？)DNA的。gRNA和target dsDNA配對是在解旋之後所進行。具體原理在Doudna 2014年的nature paper[1]上被證實了，我來總結一下具體步驟：
1. gRNA和Cas9形成Cas9:gRNA complex.
2. 這個complex來尋找雙鏈DNA上的PAM位點。因為crisper/cas9源於細菌的防禦機制，為了定點清除進入細胞內的「異己DNA而設計」，PAM就是evolutionary conserved關於「異己DNA」的特異標誌，所以Cas9需要識別PAM也就不難解釋了。現在分子生物學常用的Cas9源自S. Pyogenes這個細菌種屬，這種Cas9的特異PAM是5" NGG(N可以是任何nucleotide)。在人類基因組上GG佔5%（每42bp就有一個），因此人的絕大多數基因都在PAM附近，也就意味著幾乎所有人的基因都可以被Cas9識別。
3. 當Cas9:gRNA complex識別到PAM的時候，Cas9就會把下游的雙鏈DNA解旋，然後這個complex來根據gRNA的序列「掃描」解旋的DNA，一旦發現和gRNA序列互補的DNA，Cas9就會把DNA切開，完成操作。
下圖是Doudna那篇paper的原理解釋的figure，非常通俗易懂：
答案是，可以，具體的文獻太多了，簡單說一下
cas9的剪切基因組，簡化的過程如下：
1.cas9結合gRNA
2.cas9/gRNA複合物掃讀基因組，識別並結合pam序列（注意，這個過程pam序列三個核苷酸是不解鏈的）
3.cas9/gRNA複合物在結合了pam之後，gRNA與基因組開始匹配，在匹配的過程中功過gRNA與DNA氫鍵結合所釋放的能量，被用於DNA的解鏈和cas9蛋白的構象轉變
4.cas9蛋白構象轉變，切割雙鏈DNA
整個過程沒有ATP等供能分子參與，全部能量來自gRNA和DNA配對結合所釋放的能量，所以當gRNA長度不足時，會出現cas9蛋白由於能量不足僅結合基因組，卻無法剪切的現象cas9有解開螺旋的活性，一邊解開一邊用sgRNA卡。
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