日本幕末時除了長州，薩摩，土佐那幾個比較活躍的藩打來打去，其他的藩都在幹什麼，特別是其他的尊王藩？

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當時日本的各藩基本可以分成三種站隊，站在九州與中國地區的藩基本都是尊王倒幕為主，像薩長土肥各強藩那就是急先鋒了。還有細川的熊本藩，池田的岡山藩，鳥取藩等西國強藩後期也拋棄江戶幕府，選擇大政奉還了。而中部近畿地區的藩以觀望為多，典型的就是站隊狂魔金澤藩的前田氏。百萬石的大大名一開始支持幕府，鳥羽伏見之後降服於新政府。還有一個典型就是津藩的藤堂氏，鳥羽伏見和幕府軍上了戰場，一看形勢不對立刻臨陣倒戈。當時戰場上幕府方的士兵為此非常憤慨，大罵他們是受了初代藩主的熏陶（その行い、藩祖（高虎）に似たり『）。

而關東包括東北各藩則是支持幕府的較多。但由於鳥羽伏見戰役時德川家已經成為朝敵，所以絕大多數支持幕府的藩主也都選擇明哲保身，表示恭順。後來很快江戶無血開城，德川家降服。所以這時候絕大多數關東諸藩所想的只是如何保全自己。包括會津藩，當時也向新政府提交了降服的書狀，但由於雙方在條款上不能達成一致。同時由於會津藩在藩主松平容保擔任京都守護職時血腥鎮壓過倒幕派，在禁門之變中會津還擊敗過長州藩，所以，新政府在薩長主導下，有意殺雞儆猴，懲罰會津而震懾別的佐幕或親近幕府諸藩。此外，由於之前在上野的宇都宮城之戰中，殘餘的幕府軍實力尚存，大鳥圭介甚至一度逆襲攻下了政府軍掌控的宇都宮城，幾乎改變戰爭結果。因此，為了徹底粉碎本州島上的佐幕諸藩的作戰能力，作為雄藩之一，同時又是佐幕急先鋒的會津藩（其實還有桑名藩）勢必要被懲處。

由於東北諸藩在之前的戰事中多採取支持幕府的立場，此刻看到做為奧州門戶的會津面臨覆滅的可能，不免有唇亡齒寒之感。於是聯名上書請求寬大會津。不過因為一些意外，當時新政府在奧州設置的鎮守府總督九條道孝被扣押，參謀世良修藏被仙台藩的藩士刺殺，雙方和睦的可能破滅。於是作為舊幕府方的奧羽越列藩推出北白川宮能久王為東武天皇，在白河小峰城會戰新政府軍，可惜潰敗，作為主力的會津士兵敗退回會津籠城，一路遭到新政府追擊，隨著會津藩支藩豬苗代藩被攻陷，會津本城若松城也不得不進行籠城。這段故事就是大家都知道的會津戰爭，被稱為整個壬申義戰爭中最激烈的戰事。會津落城後，奧羽越列藩同盟中許多藩選擇退盟，甚至一些藩倒戈（佐竹氏秋田藩）。剩下的像伊達氏仙台藩也被迫降服。列藩同盟於是就解散了。日本本島戰事結束。不過仍有一些支持舊幕府的武士，夥同一些不滿新政府的各藩武士，選擇北上北海道。在舊幕府大將榎本武揚帶領下建立了短命的蝦夷共和國。不過這已經是德川家流亡武士團的立場，不能代表幕府各藩的立場了。

宋陽的答案已經說得很好了，我只能在細節上下功夫。戊辰戰爭爆發時，中立的藩很多，但因為戰火波及，東北部的絕大部分藩都被迫捲入，站在幕府一邊。隨著局勢的不斷惡化，倒戈的很多。

先後加入奧羽越列藩同盟的有30多個藩，一個個梳理下吧

首先是盟主伊達家的仙台藩，戰爭中因為相馬藩背叛，被殺得大敗，石高被消減了一半以上，損失慘重。

其次丹羽家的二本松藩，在鎮壓天狗黨之亂時表現活躍，後來理所當然的加入幕府軍，也成為被首要攻擊的對象，戰場失利後藩主逃到米澤藩，二本松城隨即陷落。

內藤家的湯長谷藩，也是初期政府軍的攻擊對象之一，很快就投降了。

譜代大名，阿部家的棚倉藩，6月棚倉城陷落後投降。

接下來是秋田戰爭中各藩的情況。佐竹家的久保田藩（及兩個支藩岩崎藩和龜田藩）首先脫離聯盟，收留了當時接近人質狀態的，新政府軍奧羽鎮撫隊總督九條道孝，並斬殺了仙台藩和南部藩的使者，導致以庄內藩、仙台藩、南部藩為首的東北諸藩群起攻之，而久保田南邊戶澤家的新莊藩，六鄉家的本庄藩也先後脫離聯盟，加入久保田藩。津輕家的弘前藩表面中立，實際也站在久保田藩一側。

戰爭初期局勢對久保田藩極其不利，新莊藩也被庄內藩攻下，但隨著薩摩，長州，佐賀，福岡

小倉的援軍的陸續到來，戰爭天平開始向政府軍傾斜。8月底，上杉家的米澤藩投降，9月初，松平家的上山藩投降，9月中旬，酒井家的庄內藩投降，仙台藩撤離，秋田戰爭結束。

江戶體制下大藩並不是很多。

第一大貌似是加賀，第二大就是仙台了，第三大沒記錯好像就是薩摩了。

和太閣政權下的大名比起來，說真的，完全拿不上檯面。

其他都是弱藩封邑或小或為幕府親藩不願趟渾水除了會津藩主一根筋引火燒身

大概是站隊吧，不一定出兵打仗，出錢出工甚至藩主表個態給幕府或者倒幕軍壯個聲威也算啊，比如陸奧羽佐幕同盟，比如身為御三家卻跳反倒幕的尾張藩，神站隊的津藩，還有那個老是站隊站不好的米澤藩