如何用 ChemDraw Chem3D 畫晶體結構?
01-04
比如面心最密堆積,六方最密堆積等,還有就是配合物這種的3d圖啊?這個東西只會畫有機,無機不太會。
不請自來 2333
常年用 ChemDraw 不務正業,用於且不僅用於搶 Chem3D 的用途,繪製簡單晶體結構,手繪實驗裝置,畫電路圖(誤)………………
開始答題
首先要知道,ChemDraw裡面有個特性,前面的化學鍵會遮擋後面的。而這個前後關係可以手動調節:移動到最前 (F2),移動到最後 (F3) 。
利用這點來畫晶胞框架,首先用預設工具繪製環丁烷作為一個豎直面,全選、按 Ctrl 拖拽複製得到另外一個豎直面,用單鍵工具連接四個側向棱邊。
其次,使用 Multi-Center 工具,也就是從苯環中心連出一根鍵的時候用的那個,它可以找到選中部分的幾個點的「重心」,在繪製晶胞的時候可以很方便地找到面心棱心體心。
注意:選中的部分不能含有其他無關部分(否則這個工具是灰色的,不能使用)。如果包含了其他部分的話可以按 Shift 單擊,從目前選擇的所有物體中取消選擇某一個或幾個。比如下圖在做靠前的面的中心的時候選中了後方左下頂點,需要取消選中;做後側面中心的時候選中了前方右上定點和前面的重心,也需要取消選中。
(補充:後來發現上圖的方法麻煩了,其實按住 Shift 單擊選中兩個相對的點然後添加 multi-center 就好,比如面心就選面對角線,體心就選體對角線)
在每個頂點添加 s 軌道作為小球:
使用楔形鍵、鍵的粗細和顏色調整空間透視關係:
最後發幾個以前畫過的圖(完全使用ChemDraw):
畫晶體為什麼要用ChemDraw...上劍橋晶體資料庫或者德國的無機晶體結構資料庫下個晶體晶胞內容文件.cif,直接用Chem3D導入就行,想編輯的話直接用文本編輯器好了
瀉藥,我也只會畫有機...不好意思啊
s軌道
直接用sheltxl處理然後corel draw上色就可以了,也可以用3D Max畫立體結構。
用 python的畫圖模塊matplotlib就好了
你可以嘗試一下dimond這款軟體,專門拿來畫晶體結構的,操作也還可以。
3d max
技術還不錯的話可以用PPT畫示意圖(如果對原子間距沒什麼特別要求的話)
2d畫好後保存為mol2格式,再在3d里打開就好了
畫圖?對不起,我只會Auto CAD 和Ai 還有cdr
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