真菌與原蟲到底有什麼樣細微的差別？

作為臨床醫生的教育與訓練方向，醫學院上學的時候學的微生物其實應該是病原微生物學，我開玩笑叫做「只講咬人的動物」。這個很有效，但是有時候會讓我們失去一個大的知識框架。

我教學生的時候，經常涉及到要講到真菌引起的感染、原蟲引起的感染，無論是我自己問自己，還是同學問我：「真菌和原蟲的本質區別是什麼呢？」 我就不能充分解答了，求高人解答一下哦。

我現在能夠知道的是，都是真核生物，是共同點。原蟲似乎沒有細胞壁，而且是可以自養的。真菌有幾丁質細胞壁，據說都是異養的。當年有一些微生物還很難區分是真菌還是原蟲，比如引起腹瀉的 隱孢子蟲（菌）Cryptosporidium parvum

原蟲，或者原生生物，在演化上不是一個好的概念，它們只因為unicellular被分到了一起，但彼此的演化關係未必近，而Fungi是有共同祖先的。

我對分類學比較外行（所以這是一篇很不嚴謹的拋磚引玉），但基因組學已經改變了分類學，對於這種問題，討論系統發生樹的公共節點比較合適，而樹里沒有叫「原蟲」的節點，所以討論起來比較複雜，你要問「不把某個生物當作真菌的理由是什麼」可能更加容易。

如果要求放寬一些，這個問題還是可以討論的，就拿題主說的Cryptosporidium parvum為例，它屬於頂復動物亞門Apicomplexa，囊泡蟲總門Alveolata，SAR超類群。這裡假設把它們都處理成單系群，如果有新的結果我也不管了……

SAR超類群的生物應該仍然屬於大家公認的原蟲，我們忽略掉這一支內部的進化事件，繼續往上追。Hacrobia和SAR以及一堆關係比較亂的門被歸於色藻界Chromista，再往上我們找到了Plants+HC+SAR megagroup，你會發現相對於真菌，SAR里的蟲子們已經和植物比較近了。

所以我們需要關注一下SAR這個超類群從該metagroup獨立出來的演化事件。（坑）

把Excavata等等也加到這個大樹裡面，我們把他們整個歸於雙鞭毛生物Bikont；與之對應的是單鞭毛生物Unikont，真菌在Unikont裡面（這也是人類和白菜最大的不同）。所以我們需要關注一下Unikont和Bikont分歧的演化事件（坑）。

Unikont中，省略掉一些過程後，Amoebozoa和Obzoa分開，然後Obzoa中，Opisthokonta分歧出來，然後Opisthokonta中，菌物總界Holozoa和動物總界Holomycota分開，再在Holozoa中獨立出真菌。

自上而下建立一個物種的概念是很不自然/靠譜的，但每一次分歧都會帶來很大的不同，如果我們說一個東西是真菌，意味著它首先是單鞭毛生物Unikont（排除掉你說的一堆原蟲），之後必須是後鞭毛生物Opisthokont（排除掉變形蟲，應該也被當作原蟲），之後就是更細緻的工作了。

但是，自從有了分子演化的工具，我們已經幾乎不需要從樹根開始對物種分類了。特別是單系群，說一個新東西是真菌，可能相當於說它的基因組和現有的真菌的差異，小於真菌內部基因組的差異。

再次強調我的分類學非常業餘，寫這個回答是拋磚引玉。

真菌是單系群，也就是所有真菌的最近共同祖先的後代也都是真菌。不過這裡說的真菌不包括卵菌和黏菌什麼的。

原蟲是多系群，分類學上的地位可能多種多樣。所有原蟲的最近共同祖先的後代包括了許多非原蟲類的生物。

從特徵上來說，真菌有細胞壁，而且許多真菌是多細胞的，從這一點上就和原蟲完全不同了。