轉座子與病毒有什麼聯繫？

我推薦你看看哥大教授Vincent Racaniello的病毒學課程https://m.youtube.com/watch?v=RYwVnzYf4V8，其中有一段講了逆轉錄病毒和轉座子的關係（轉座子是一段DNA可以在基因組中移動）。

人體大約有40%的DNA和逆轉錄病毒有關。其中7.7%的DNA和逆轉錄病毒的DNA非常的相似，我們稱之為內源逆轉錄病毒（endogenous retrovirus，ERV）。逆轉錄病毒的DNA結構可以用下面這張圖表示：

病毒兩端有兩條相同的序列，稱為LTR（long terminal repeat）。LTR沒有編碼任何蛋白，主要起到調控的作用。中間是三段基因：gag，pol和env。gag編碼了衣殼蛋白等結構蛋白，pol編碼了逆轉錄酶，整合酶，蛋白酶這些病毒複製需要的酶，env編碼了病毒包膜的糖蛋白。所有的逆轉錄病毒都有這三個基因。人類的內源逆轉錄病毒（HERV）也有這三段基因和兩個LTR，也可以像逆轉錄病毒那樣，把自己逆轉錄再整合到別的地方，就像複製-粘貼一樣。人們認為HERV是很久以前逆轉錄病毒偶然感染了人類的胚胎，結果永久性的成為人的基因組的一部分。經過這麼多年的擴增達到了7.7%的規模。但人類的ERV不知道什麼原因已經變異失去了製造新的病毒顆粒的能力。

還有0.6%的片段含有LTR和gag，pol，但不含有env。這些片段被稱為逆轉錄轉座子（retrotransposon）。由於不含有env，無法獲得包膜，也就無法形成病毒顆粒。人們猜測逆轉錄轉座子是逆轉錄病毒的來源，逆轉錄轉座子通過偶然的機會獲得了env的基因，從而產生了最早的逆轉錄病毒。

剩下的是不含LTR的和逆轉錄有關的DNA片段。其中16.9%的被稱為LINE的DNA也有編碼和逆轉錄酶，整合酶相似活性的酶。人們認為LINE也可以像ERV，逆轉錄轉座子那樣逆轉錄，整合到別的地方，它們也佔據了最大的比例。還有10.6%的沒有編碼逆轉錄酶，稱為SINE。人們猜測SINE是在LINE的輔助下進行逆轉錄和整合的。但不管怎麼說，SINE也佔據了相當大的一部分。這些不含有LTR的片段總共佔據了33.9%的人類基因組。

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