學習生物信息學有哪些比較好的網站或論壇?

本人學生物出身,現在想轉行做生物信息,請問有什麼比較適合小白學習的生物信息學相關的網站或論壇嗎?


正好我們一些志同道合的小夥伴在一起試圖建立和完善生物信息學技能樹,所以搭建了一個供初學者交流和學習的論壇-生信技能樹 ,裡面有我們一個生信自媒體專輯列表 生信自媒體專輯,是我們慢慢收集的在生物信息學學習方面比較有影響力的博客及公眾號,正好對應你的問題。列表如下:

還在持續整理添加中~~~~~~~~~~

然後我們順便安利一下我們的論壇,雖然在建設的早起階段,但初具規模,而且發展勢頭一片大好。

超長文—》如何參與生信技能樹論壇建設

生信技能樹

前言

論壇建設的初衷相比大家都有所了解,如果有人還有疑問,可以去讀讀我博客生信技能樹論壇誕生啦!!!關於論壇成立的博文。參與到論壇建設的都是一群熱愛學習,也樂於整理和分享學習筆記,擴大交流圈子的小夥伴。這裡我做一個詳細的入門指引,關於大家如何更方便的參與建設生信技能樹論壇建設。

論壇架構

現在論壇的板塊架構已經初步成型,暫時不會有太大的變動,包括生信基礎,在線應用,組學大全,研究熱點這4個需要大家積极參与的板塊,以及學習資源,互動作業,有償專區這3個需要培訓後才能發帖的板塊,還有問答板塊和生老病死板塊暫時被隱藏了,大家暫時不需要考慮到,板塊本身會持續進化,如果大家有更好的建議歡迎隨時找我聊。

生信基礎板塊

那我們先看看需要大家積极參与的生信基礎,這個大板塊可以細分成計算機+統計學+生物學+可視化+醫學+測序基礎,參與進來並不需要多麼高深的知識水平,無論處於哪個學習階段的小夥伴都可以積极參与。

現在這個板塊有版主兩名,大家可以直接站內聯繫他們跟他們一起探索板塊建設方案,在大方向不變的前提下,可以自由發揮。保證每一個基礎知識都有一個長期更新的目錄,根據現在的參與人手情況來合理安排這個基礎知識學習計劃,現在做得比較好的是統計學基礎這個板塊,如下:

其它板塊努力向這個板塊靠齊,即使有些基礎知識點還沒有整理好,也可以先列到目錄裡面,還可以給一些基礎知識學習的視頻,書籍,等等學習資源的推薦,但不要硬生生的給一個鏈接,要給出一些理由及大致的介紹。理想的目標是至少有一百名積极參与的初學者,在我們的影響下都打下了紮實的基礎,而且順便做好了整理及分享的工作,造福後人。

在線應用

這個板塊之所以獨立成一個一級板塊,就是因為生物信息學數據處理業界有一個始終未能完美解決的爭論à生信從業者是否需要學習編程的問題。本論壇不願意陷入類似的口水戰之中,但不可忽略的是大批量醫學工作者從事科研研究時的確很難主動花費大量時間來正規入門生物信息學,這個板塊就是為他們準備的,裡面會列出大量常用的臨床醫學科研相關的資料庫,以及知名度非常高的在線工具,包括DAVID,TCGA,ENCODE,COSMIC等等。理論上完全掌握這些在線工具,就可以獨立的做好數據分析了。本板塊暫時有2位版主,大家可以直接站內聯繫他們,他們也公布了自己的微信號,大家可以直接交流。

這個板塊真心是不想學編程的小夥伴的福音,不過還是得去學習一個在線工具或者資料庫的用法。對我們掌握了linux系統以及編程語言的小夥伴們來說,與其去學別人開發的在線工具如何使用,還不如自己寫程序解決。

組學大全

對生物信息學這樣的交叉學科的總結想做到面面俱到又分類清晰似乎是不大可能,我們論壇成立初期,就陷入了板塊雜亂無章的泥沼。好在現在勉強清晰的得到了組學大全這樣一個稍微完整和清晰的大板塊,目前有基因組,轉錄組,蛋白質組,代謝組,表觀組和微生物組這6個子板塊,如下:

想徹底搞清楚一個組學,並不是簡單,所以本板塊不建議初學者在這裡發帖,目前論壇管理員團隊正在積極尋找有一定項目經驗的朋友來參與整理及分享。鑒於他們可能是純粹的奉獻,而不是像其他初學者一樣是伴隨著論壇成長,他們的付出並不是無償的。首先他們的個人品牌可以在這裡得到推廣,包括個人博客,公眾號,實驗室招聘信息等,其次在論壇產出的版權均為個人所有,最後萬一論壇有幸盈利,比如我們的組學最佳實踐指導的學習小冊子出版啦,或者有興趣的朋友可以開培訓班什麼的,盈利會根據貢獻度分成。

研究熱點

定下這個板塊的名字並不是一件易事,為此我諮詢了不少業界精英,也只能說是暫時給定了一個臨時名。

機器學習、單細胞測序、三代測序、晶元數據處理等等,都是屬於不同技術大類在上述各種組學中均有應用。比如三代測序,目前的pacbio即可以用於基因組拼裝,又可以做轉錄組。單細胞測序也是,即可以解釋不同細胞基因組差異,也可以做轉錄組和表觀。晶元數據處理更是幾乎滲透到了所有組學研究之中。至於其它的GWAS、meta分析或者很多其它我們還不了解的研究方向,我們這裡只能取他們的唯一共性來命名,就是研究熱點。這個板塊是不確定性最強的,可能會持續不斷的添加新的小板塊,或者乾脆刪除合併某些板塊。目前這個板塊的管理情況跟組學大全板塊類似,也是由管理團隊邀請特定的負責人和積極學習者一起負責起板塊建設事宜。

學習資源

此板塊大部分內容就是從我的生信菜鳥團(群號201161227)建設的兩年間的群公告,都是本人作為一個初學者入門過程搜集的各種學習資料。

在論壇建設的早起,已經有熱心的小夥伴幫忙把大部分資料整理轉發到了我們相應的板塊,老實說,這些資料足夠大部分初學者入門了,尤其是那些生信課程,國內外的課程ppt及視頻均有,都是我們論壇管理員團隊精挑細選的,大家有非常想推薦的資料也可以發在這裡,管理團隊會定期整理和評價。生信自媒體專輯是我們的友情鏈接,國內生物信息學早起發展階段湧現了一系列的個人博主和公司團體,他們或多或少的為生物信息學在中國的推進做了些許貢獻,如果大家有其它可以推薦的也可以繼續開新帖。公司宣傳資源專區是我一直比較推崇的另外一種學習方式,了解公司的科研項目做什麼,他們是如何宣傳的,初學者就應該知道自己該學什麼了。

互動作業

互動作業板塊在我們論壇主頁的排名非常靠前,僅次於生物信息學基礎板塊了。足以說明我們對它的重視,在如今這樣的一個互聯網時代來經營論壇這樣過氣的產品實屬不易,其餘的板塊建設其實都類似於博客合集,需要不少的小夥伴保持熱情的持續不斷的產出高質量內容。互動作業板塊不一樣,任何人都可以進來瀏覽一些題目和解答,每解決一個問題,你的能力就得到一個明顯的提升。

跟著帖子學習的人可以直接得到發帖人的指導,不管是互動的腳本作業,還是告訴你們如何下載常見的生物信息學數據資源,或者是直接的一個項目實踐,這些都是需要花費不少時間和精力的,同時也歡迎大家在這幾個版塊發一下比較簡單的任務,這樣或許會對初學者更有益。

有償專區

這是我對我們論壇的一個盈利點的探索,畢竟論壇前期我們管理員團隊還是無私奉獻了不少,可以適當獲取一下物質上的回報。

大家可以把自己拿手的圖片放在裡面展示,如果有需要的人會聯繫你們付費幫忙製作可視化科研文章用圖。或者是付費幫忙下載某些資源,或者直接在線指導一些生物信息學軟體的使用。但我本人商業頭腦很薄弱,不是很擅長這一塊,大家有什麼更好的建議可以直接聯繫我哈。

問答專區

這個板塊暫時是隱藏的,論壇早期流量有限,就算有人來發帖求助,也沒有什麼人會及時解答,就先不放在論壇主頁,免得分散大夥的注意力。

但我們生信技能樹還是對這個板塊充滿信心的,這個問答專區會涉及到生物信息學數據處理的方方面面,可以設置為收費問答。

生老病死

這個板塊同樣被隱藏起來了,主要是存放生物信息學在改變人類生活造福人類方面的應用,希望可以偏科普一點的,類似於菠蘿因子那個關於癌症公眾號,但是我們會涉及到生老病死的各個領域。包括產前檢測等優生優育項目,癌症早期篩查等疾病專項,用藥指導,減肥,美容,社交等等。如果大家有合適的人,歡迎推薦給我具體聊聊。


生信相關的博客:

  • 生信菜鳥團 上大學之後,我上網找資料時發現的第一個博客就是生信菜鳥團,裡面包羅萬象,涵蓋很多方面(初次發現時,就感覺自己進入了新的天地)

  • rabbit gao"s blog 我超喜歡這個師兄的博客裡面的筆記,很直觀,尤其是python那部分。他是以代碼的形式展示內容。

  • 沈夢圓博客 夢圓師姐,和我一樣喜歡用熊貓頭像,她的博客也是剛剛建立不長時間。師姐的文筆很贊,看裡面博文相信對你有幫助的。

  • 生信日誌|鳴一道 鳴一道師兄的博客我比較喜歡的是R做圖那一塊

  • plob 這個我比較少看,不過內容也不錯,我後續再寫上這個博客的描述。

  • 陳連福博客 聽說連福老師有開培訓班,實力自然也不差。

  • 糗世界 ← 歡迎來到糗糗的世界 糗世界主要包括:序列比對與NGS R/bioconductor circos教程,其中糗世界關於R和bioconductor以及NGS的歸納總結特別詳盡

  • 生信客部落生信客部落 是我自己的博客,剛建不久(2016.9.3建的),我目前在準備考研,打理的時間不多。但相信是一隻潛力股,有提升的空間。也歡迎博友們交換 "友情鏈接".

  • hope博客 hope 他(她)有一篇關於生物信息學在線工具的總結,我特別喜歡

  • 科研動力 「endnote使用寶典」,專註寫endnote相關的內容。(註:endnote 是文獻管理的軟體,插入引用文獻的神器)

  • biochen生物 伯臣生物里也蠻多歸納整理的

  • Bob"s Blog bob這位兄弟的博客我接觸不多,我後續補上描述.

論壇(包括生信論壇和其他一些相關的網站):

  • 生信技能樹生信技能樹前面那個師兄有詳細描述過。我也親眼見證了它從無到有的過程,看著生信技能樹感覺特別親切,感覺就像自家的孩子一樣。我自己由於準備考研和書寫畢業論文的事情,在生信技能樹建設的參與度不高。總之,好喜歡......

  • 生物信息學天空 內容超全的一個生信論壇

  • 丁香園(生信板塊) 丁香園,就不解釋了,一個國內最成功的論壇之一。醫學生基本都知道的一個論壇。

  • 小木蟲 小木蟲,裡面蠻多資源的,也是國內最成功的論壇之一

  • 生物統計家園 描述待輸入...

  • 基因堂 描述待輸入

  • biostars 這是一個生信問答網站

生信刷題網站

  • ROSALIND | About 這個是一個生物信息的刷題網站,超多實戰題(純英文,既提高英語水平,又訓練了自己的實戰能力,何樂而不為)。實戰走起......

生物信息學在線工具網站

  • 生信客部落 生物信息工具整合(包含在線工具與離線工具)–更新中 這裡面包含了一些生物信息學可視化工具,包含在線的工具和一些離線的可視化工具,由於目前個人水平有限,所以還有待繼續完善

哈哈,把自己收藏的生信博客論壇網站都搬到這了,好開心。當然大家如果有其他不錯的博客論壇網站,歡迎在評論區里推薦哦,我把它更新到本文中。

本文相關鏈接: 生信客部落 生物信息學博客與論壇推薦 | 生信客部落


bioStar是一個非常不錯的論壇,還有Homolog和RNA-seq log網站,另外OMICtools彙集了生物信息相關的所有工具。


biostar,很多外國大牛在回答問題。還有測序中國,論壇也很不錯。


生信技能樹當初只是一個群主的博客,

到現在有專門的論壇,

作為一個生信本科生,

表示這個http://biotrainee.com/forum.php/很適合新人菜鳥交流學習。


omictools 軟體工具

biostar 問答社區

http://genek.tv 中文視頻課程


初學和晉級,都歡迎關注 「生信寶典」公眾號

程序學習心得

生物信息之程序學習

Linux 學習

Linux學習-文件和目錄

Linux學習-文件操作

Linux學習 - 文件內容操作(1)

Linux學習 - 管道、標準輸入輸出

Linux學習-常見錯誤和快捷操作

Linux學習-環境變數和可執行屬性

Linux學習-文件排序和FASTA文件操作

Linux學習-文件列太多,很難識別想要的信息在哪列;別焦急,看這裡。

Linux伺服器數據定期同步和備份方式

查看伺服器配置信息

ssh免密碼登錄遠程伺服器

R繪圖學習

R語言學習 - 入門環境Rstudio

R語言學習 - 熱圖繪製 (heatmap)

R語言學習 - 基礎概念和矩陣操作

R語言學習 - 熱圖美化

R語言學習 - 熱圖簡化

R語言學習 - 線圖繪製

R語言學習 - 線圖一步法

Python學習

Pandas,讓Python像R一樣處理數據,但快

Python學習極簡教程 (一)

Python學習教程(二)

Python學習教程(三)

Python學習教程 (四)

Python學習教程(五)

Python學習教程 (六)

生信傻瓜

生信寶典之傻瓜式 (一) 如何提取指定位置的基因組序列

生信寶典之傻瓜式 (二) 如何快速查找指定基因的調控網路

生信寶典之傻瓜式 (三) 我的基因在哪裡發光 - 如何查找基因在發表研究中的表達

生信人寫程序

生信人寫程序1. Perl語言模板及配置

生信人寫程序2. Editplus添加Perl, Shell, R, markdown模板和語法高亮

NGS軟體

測序數據可視化 (一)

測序數據可視化 (二)- IGV

測序數據可視化 (三) - UCSC genomebrowser

測序數據可視化 (四)- Epigenomebrowser

Cytoscape教程(一)

RepeatMasker安裝和使用

Rfam 12.0+本地使用 (最新版教程)

測序文章數據上傳找哪裡

輕鬆繪製各種Venn圖

ETE構建、繪製進化樹

分子對接

來一場蛋白和小分子的風花雪月

不是原配也可以-對接非原生配體

簡單可視化-送你一雙發現美的眼睛

你需要知道的那些前奏

其它

用了Docker,媽媽再也不擔心我的軟體安裝了 - 基礎篇

參考文獻中雜誌名字格式混亂問題一次解決


PLoB

biostar

omicshare

生信技能樹

這幾個覺得不錯,暫時沒有灌水太多


omicshare不錯的,有omishare forum 與omicshare tools ,40幾個實用的生信軟體,目前使用了大半年,做出來的圖片也很漂亮。


生信人網路資源導航|生物信息|生信|資料庫|生信軟體|科研雜誌|網路學習資源導航網站

這個也不錯的

BETA | 博耘生物

www.plob.org

網址換了


Stackflow

Twitter關注各種推

Google scholar 的郵件推送文獻功能


生物信息學論壇一個很全面的論壇,會定期到上面更新知識庫,遇到難點的時候求助同行,順便加個學習小組什麼的。


我也是生信小白,也非常想從零開始學……


推薦閱讀:

我做了耳聾基因檢測,這是我的檢查結果。?
一棵幾千年樹齡的樹木有沒有可能不同部位演化成了不同物種?
韓春雨團隊在《Nature Biotech》上發表的 NgAgo 基因編輯技術是什麼?有何突破?
NgAgo重複性差的可能原因有哪些?
2017年1月9日韓春雨基因編輯專利「被視為撤回」,為什麼韓春雨還不作出答覆?

TAG:基因 | 生物學 | 生物信息學 | 基因組學 |