有什麼蛋白質是所有生物都有的？
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這個問題其實意義非常深遠。經過至少38億年的進化，生物令人咋舌的多樣性使得生物幾乎不存在什麼絕對的規律，在所有生命體都存在，意味著這東西很可能與生命的起源有關，甚至關乎生命的本質。目前在我的知識範圍內，最具有代表性的是ATP合酶——幾乎在所有生物體內都存在(除了病毒——雖然我個人不認為它是生命——還有衣原體，而衣原體與藍藻的同源性說明，它曾經也是有過atp合酶的)。在我看來，能量代謝是比生命信息更基礎的物理化學基礎，否則生命體的負熵流根本無法形成。與之相伴隨的深海熱泉說也是目前接受度最高的生命起源理論。在此不得不再次向提出化學滲透學說的Mitchell致敬。
除此之外，微管蛋白、微絲蛋白、核糖體蛋白質(r蛋白)、DNA聚合酶等看家蛋白和它們的同源蛋白也廣泛在真核、細菌和古菌中被發現，說明組成這些生命體的結構基礎也在很早的時候就形成了。大多數生命活動所必需的蛋白如：催化DNA複製，轉錄和翻譯的酶：DNA聚合酶，RNA聚合酶（很多病毒都有），r蛋白等
參與能量代謝和基本生物合成與降解的酶：ATP合酶等
轉運蛋白和通道蛋白：p型質子泵，ABC轉運蛋白等調控細胞分裂的蛋白。真核的話組蛋白吧，雖然有差別..但原核沒有
病毒應該算非細胞結構的生物吧，那麼除了真核原核以外是不是應該考慮病毒所含蛋白呢？
強行答一波……因為我們地球生物40億年前的共同祖先是一團能自我複製的核酸，之後的任何不同都是基於那團核酸的。也許在別的星球上有可以自我複製的硅基生命;到我們不夠幸運，也不夠強大，沒有發現。
應該和生命起源有關，現在的主流看法是，最初的生命形式遺傳物質是RNA，因為它既能儲存遺傳信息又有催化作用，後來迫於環境壓力進化成了雙鏈的DNA，DNA顯然更穩定，於是就被保留了下來。但是和蛋白質有什麼關係呢？暫且不說DNA複製和表達都需要蛋白質，單單是由核糖核苷酸脫去羥基形成脫氧核糖核苷酸這個過程就依賴一種蛋白質叫核苷酸還原酶（化學上很難進行），而沒有脫氧核糖核苷酸就沒有辦法合成DNA。
這個問題很大，這只是其中一個原因
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