如何評價人類第一次拍攝到DNA複製過程?
某公眾號報道如下:
傳統觀念中,DNA雙螺旋結構由4類不同鹼基相互交織成鏈。在遵循鹼基互補配對原則、半保留複製與半不連續複製等規則的條件下,解旋酶、DNA聚合酶與連接酶等物質分別作用於鏈狀結構,使得新產生的遺傳物質與母體完全匹配。其中最為特徵的現象是位於前導鏈與滯後鏈上的DNA聚合酶在某種程度上彼此協調,以避免在解旋時引發突變
團隊的科研人員從大腸桿菌中提取出單個DNA分子並施加著色劑,令科學家震驚的是,實時鏡頭顯示出真實的DNA在複製過程中,連接酶並不相互協調,而是每條單鏈高度獨立複製,充滿隨機性,最後卻能夠完美與母鏈相匹配
上cell官網查了這個作者的名字看了paper,國內的這則新聞就是大概翻譯了下摘要部分,然而成果本身並沒有媒體的標題寫得那麼誇張什麼「生物課本全錯了」…
說的好像DNA不是班保留複製一樣
它首先給了篇參考文獻說在DNA複製過程中兩個聚合酶(也不是題主問的鏈接酶)的速度說相互協調的~是我生化課沒好好上么?我為什麼沒有印象提過這個 也許這個假說不如化學滲透假說那樣坐得那麼實?
文獻意思是大家都覺得DNA是一邊解旋一邊複製的,前導鏈是連續往前的,而滯後鏈是按照岡崎片段一段一段來複制的,為了不留下一大截解螺旋的單鏈DNA在那,那麼勢必滯後鏈的複製應該比前導鏈要快,不然它趕不上一直勇往直前的前導鏈就會留下一條母鏈解螺旋後的gap。(????????)哦,可能研究方向不同,小生倒是從來沒考慮過這個,但他一說覺得很有道理的樣子啊。
接著這個團隊給出了他們用全內反射熒光顯微鏡拍攝的real time的DNA複製的過程,發現其實的前導鏈快很多而滯後鏈這複製速度很慢,然後他們兩個的最終平均速度差不多,因為前導鏈在複製的過程中平均每19個bp就會停一停…?( ̄??)?兩個聚合酶不存在什麼相互協調,自己按自己的節奏在複製,只是最終的平均速度都是差不多的。然後做了個濃度剃度實驗說明複製速度和引物酶無關,是聚合酶的自調節的結果。
技術革新讓某些過程可視化的過程…
確實是一項很不錯的發現,結果很新6月份剛出爐的,技術也很新,Nature Science 和Cell本來就喜歡高大上的技術也無可厚非。最後我只想說它的結果並沒有媒體報道的那麼誇張那麼有顛覆性,這個媒體人真的自己去看過paper,再寫的這篇報道?我看到有網友說「不是自己高中生物學不好,是倒在了探索真理的路上」也是醉,你高中學了這個了?生物真的是容易被無腦黑(-?_-?)關於技術:
真的是第一次"看"嗎?Real-time single-molecule observation of rolling-circle DNA replication (NAR 2009)
TIRF based single-molecule 這技術真的很新嗎?Imaging of single fluorescent molecules and individual ATP turnovers by single myosin molecules in aqueous solution.
在TIRF based single molecule里加個flow很新嗎? Visualizing the Assembly of Human Rad51 Filaments on Double-stranded DNA
關於生物:
在提出Independent stochastic這種結論之前真的不覺得太strong而不嚴謹嗎?「子代DNA的物理位置關係受到母代DNA template的影響」這一點被排除了嗎?「chamber flow對蛋白質在DNA上擴散的影響」這一點被排除了嗎?
Ecoli和yeast一樣嗎?yeast和高等真核生物一樣嗎?
不是說in vitro的實驗不能做,但是這種明顯有可能受到高密度環境(nucleus)以及更複雜高緯結構(chromatin)影響的過程,拿in vitro的實驗真的敢下這樣的結論嗎?
關於《Cell》:
Biology is still science, but most biologists are not scientists. 《Cell》認準了大Steve K來feature article的,這篇中文報道又是認準了什麼來「錦上添花」的,閱讀量嗎?
In addition:
首先,這技術成熟的很,從DNA curtain 做到 DNA paint 成像,都有年頭了。
其次,這工作量算大嗎?呵呵噠!當然如果手動一個一個搞的話工作量好像還挺大的...所以說生物學家經常特別辛苦,處理數據得手動一個一個搞。
再次,工作量大就該發cell 嗎?(所以說大家想做生物,就沒事多看看science,PRL,nature methods 之類的雜誌,cell系的,除了biophys j 有時還能讀一讀,其他就算了)
最後,我白話這麼多得罪了不少,見諒了。
之前看到一個解說的匿名答案,被噴刪了很可惜。
文章核心不是「第一次拍攝」,是「Independent and Stochastic 」
另外貴圈的同行評議真可怕,CELL系堆數據的文章我也不喜歡,但是某同行評議的意見,不是恰恰要求喜歡這種高大全的數據,完整的故事么。果然自己發的文章和別人的文章是用兩個標準評判的。
好吧,我是真的沒有get到這篇報道的亮點何在,是說本來一直認為前導鏈和滯後鏈的複製過程由於某種機制相互協調從而確保了DNA複製過程中的正確性,然而現在發現兩條鏈是各high各的,是嗎?不過這個使DNA複製過程肉眼可見倒是很厲害的樣子,呵呵呵-----
問題中聚合酶和連接酶到底在說哪一個...應該是聚合酶吧
兩條鏈要有協調的舊猜測又是怎麼得出來的,連續複製的那條鏈怎麼想都比不連續的快吧,各種結論完全不知道在說什麼,看完中文的原鏈接大概可能有效信息就是複製過程解旋酶和聚合酶可能有中斷、檢測的機制?複製過程速度隨機一些不也很正常嘛...為什麼會讓人震驚呢…啊我這個半吊子水平也看不下去英文原文了( ̄? ̄)應該是一次壯舉,但不覺得多麼與傳統理論矛盾,知道了更多細節吧
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