20位科學家發表質疑文章《Questions about NgAgo》，大家怎麼看？

12-29

問題與分析質疑的文章發表在《Protein Cell》上，見：Questions about NgAgo

文章末附上了每個團隊相關的一手實驗資料，見：https://static-content.springer.com/esm/art%3A10.1007%2Fs13238-016-0343-9/MediaObjects/13238_2016_343_MOESM1_ESM.pdf

方便群眾大致了解的中文編譯版：學術期刊發文報道韓春雨NgAgo基因編輯不可重複，河北科技大學等科研管理機構何去何從？

我們實驗室也是其中一員，但是這個發一個這麼low的雜誌還是不能讓我接受，主要是影響力太小。最初預想nbt可以刊出一個letter,再不濟也出個nature news呀。

這是學術共同體實驗、協商後給出最正式的質疑，如果韓繼續含糊其辭躲貓貓，那麼這篇文章就是韓春雨和NgAgo基因編輯的墓碑文。

得好好贊一下這些實驗室的PI和學生們，這是學術界解決這種問題最標準的途徑了吧！如果韓老師還是不斷打太極的話，那他的學術信譽就算徹底破產了。說實話，真心疼這些作者，特別是學生們，浪費了多少時間和心力啊！能不氣嗎？

我看到這20人基本上都是中國人，我將這件事拆分成三件事來看待，一是為什麼要發表，二是為什麼第2次發文，三是為什麼發表在一個不那麼「出名的地方」，以下內容全部是個人簡單猜測，請簡單看待。（本人看不透劉東的動機，為公平起見在這裡不評論劉東致CR的快報。）

1、為什麼要發表：
受韓春雨事件直接影響，中國科學界的公信力隨著時間的推移越來越低，確切地說世界對中國科學界公信力的質疑被突出放大了，這對中國有很大的負面作用。用市場來形容的話，好比某國家的某公司出口了幾億美元的貨物，被世界質疑造假之後卻毫無下文，既不能證明自己是真的，也不承認自己是假的，這將嚴重影響本國的出口，也一定程度影響到外界對本國的投資和政治經濟合作，最終受損最大的還是本國。所以一定要發文「自證」韓春雨事件的真假，這樣一方面止全世界資源浪費的損（時間、精力、資金、設備、研究方向等），一方面「自證」中國學術共同體的自我糾錯能力，申明中國堅決維護科學尊嚴的立場，向世界暗示韓春雨事件是個人行為，以期提升中國科學界的公信力。

我認為世界大多數人是十分支持發表文章的，這20人為大環境而作出的一止一提努力也必須肯定。

2、為什麼在13人致信自然之後又出現了20人文章事件？
13人致信自然之後，不管撤搞與否都需要相當長一段時間，這是自然方面已聲明的。換句話來說，自然知道了中國的態度，但是在自然撤搞的同時才會正式刊發中國13位學者的質疑文章（以自然嚴謹的態度，內部無關人員傳閱的可能都不大），在這段等待時間裡，中國的公信力在持續降低，有辦法現在就止損並儘可能提升嗎？有的，20人文章就是辦法之一，發表文章是解決問題的一種形式，重要的是表明我國的態度，而發表地點雖然是自然最好，但自然不是唯一的選擇，現在特別要緊的是讓世界知道中國的態度。

3、為什麼文章發表在一個「不那麼出名」的地方？我從3方面來猜測。
首先，「出名的」發表平台有好幾家，為什麼不考慮發給他們？原因一定很多，我能猜測到的只有兩個：一個是「出名的」發表平台一定都很謹慎，這就需要等待很長時間，而且否定式文章並不能直接創造價值，這不符合發表原則。另一個是如果其他大平台真發表了這文章，會不會讓自然或者科學界認為這是在諷刺自然呢？我想所有人都不會希望在這些地方發表的。

然後，自然為什麼不在自己的媒體上大肆報道相關質疑文章呢？原因即使不多也一定很複雜。
我的猜測是，自然一方面是嚴謹，一方面是不想打自己臉。嚴謹方面的原因我不說了，關於打臉我是這樣理解的，如果自然有直接或者間接否定韓春雨論文的行為，那麼就要更早地回答當時審稿是不是出現了不可推卸的責任這個問題。如果這個問題處理不好，一方面將直接降低自然的公信力並間接降低自然的影響因子，一方面將面對韓春雨事件以外更多的潛在質疑，例如某高水平的論文沒通過審稿是不是自然水平不夠？是不是審稿人時間不夠而懈怠？例如某些低水平難重複的論文能通過審稿是不是有問題？又具體是什麼問題？我能確定的是，這一定是要命的問題。

最後，為什麼Protein Cell就發表了呢？我想並不是因為不嚴謹，而是因為對他們來說，有信心而且有必要這麼做，具體是怎麼回事，我想多是學術上的原因，我就不繼續猜測了，言多必失。我最後強調一下，我上面的話不是學術分析，也不是事件分析，是我寫的小說。錯了就錯了，鍛煉下猜測能力，對我的任何質疑我都歡迎，趁機尋找自己思維上的問題，謝謝大家的批評。
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更正部分：

一、 1、「為何發表在Protein Cell上主要是因為其open access，也就是免費閱讀下載，這對韓春雨事件感興趣的任何人都有利，再一個open access的文章審稿也許快一點。open access的概念就是快速審稿快速見刊，提高學術界的審稿透明度與最新結果發表的效率。」-------jiodwqjd

對於Protein Cell的論述我太隨意，而且很不負責任，一開始以為是外國的了。jiodwqjd的評論比較合情合理，即發在Protein Cell上是因為傳播迅速而且覆蓋範圍廣，更因為應該由中國來發布。在此對Protein Cell表示深深地歉意，我是支持你們的。這也證明了以國籍論英雄的不妥之處。

2、「國內科學家用同樣方法無法驗證韓的結果，而且韓稱他的實驗成功需要高超的實驗技巧，所以科學家們要求韓澄清更多細節來說明他們的最初而且重要的實驗結果。」-------jiodwqjd

我忽略了20人事件最基本的事實基礎是中外科學界對科學技術本身執著的追求，我的論述里缺少了這部分真是十分可笑的事。謝謝jiodwqjd提出的批評，我受益匪淺。

二、帖主犯了個小小的錯誤，這20個人當中有3個是外國人（包括兩位華人）。------chencheng

三、突然想到責任的問題，我想各實驗室不管是公家的還是私有的，不管實驗資金是從哪裡來的，都應該有明確的使用記錄，為什麼有某筆開銷，資金的投入效果如何，除了資金還投入了什麼，我想最後要有總結報告的。如果有產出，將怎麼運用，如果有浪費，是否有相關責任人，如何改進從而避免類似的浪費，浪費的資金是否可以追回。
想到這，如果自然撤搞，那應該會同時給出撤搞的原因，這個原因具體是什麼，如果有可追責的部分，自然和NgAgo團隊又該承擔多少責任？學校需要承擔責任嗎？全世界各實驗室的損失已經產生，據說有幾億美元，各實驗室為了減小各方面損失，而且出於責任性思維，是否會追究責任，甚至提出索賠要求？這真是一個以前沒考慮過的問題，估計可能還有人跟我一樣關注這點，所以作為一個問題掛在這裡。

我想NBT應該也在考慮類似的letter吧？
@深藍之藍不知你們的試過投稿NBT沒？

《賽先生》這篇報道給出了非常多的信息：學術期刊發文報道韓春雨NgAgo基因編輯不可重複，河北科技大學等科研管理機構何去何從？其透露，NBt最近將刊發相關通訊文章。還詳細描述了補充材料中的兩個很有信息的實驗：1. 用NgAgo在37℃、50℃、75℃都不能切割，而作為對照的TtAgo和MpAgo卻如之前Nature的報道，可以在高溫下切割（Tt 75℃，Mp 50℃，這個也是之前文章的靈感來源吧），是可重複的。2. NgAgo不能在gDNA介導下結合到端粒DNA上。
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這篇聯合文章正文部分是對之前文章的重複，看看每個圖那麼整齊的描述就可以，都是負的結果：

(A)
T7E1 assay of NgAgo targeting DYRK1A using 293T cells Shuo Lin
(B)
T7E1 assay of NgAgo targeting DYRK1A using 293T cells Zhiwei Huang
(C)
T7E1 assay of NgAgo targeting DYRK1A and EMX1 using 293T cells Wei Li
(D)
T7E1 assay of NgAgo targeting EMX1 and HBA2 using 293T cells Jing-Wei Xiong
(E)
T7E1 assay of NgAgo targeting EMX1 and HBA2 using 293T cells Junjiu Huang
(F)
T7E1 assay of NgAgo targeting DYRK1A using 293T cells Wensheng Wei
(G)
T7E1 assay of NgAgo targeting DYRK1A using 293T cells Hui Yang
(H)
Surveyor assay of NgAgo targeting DYRK1A and GATA4 using 293T cells Haoyi Wang

最後的補充材料非常多，相當於一本各個實驗室的論文合集，每篇都有題目、摘要、數據等等，題目也直接反映出了他們的結論：

Twitter上Gaetan Burgio也說道，還會有更多不支持NgAGO的結果即將發表「More reports soon to be published will confirm #NgAgo is not a genome editing tool -&> Should focus on #CRISPR as genome editing tool」https://twitter.com/GaetanBurgio/status/797209612155916288
也可以看Altmetric: https://springerlink.altmetric.com/details/13665179/twitter

終於要進入高潮階段了，看河北科大還能捂多久，結局如何還很不好說，不過大家都在努力保持中國科研這一塊純粹的凈地，從原來深深的失望到現在的略有些感動，這20位科研人員真的很不容易，必須給他們電贊。

Protein Cell創刊於2010年1月，由高等教育出版社、中國科學院北京生命科學研究院和中國生物物理學會聯合創辦，Springer負責海外發行，採用了國際化的管理和組織方式。期刊編委會陣容強大，由70餘位全球知名生命科學家組成，為期刊達到預期定位提供了學術支撐，同時也保證了期刊稿件的高學術水平和審稿流程的高效、規範與公正。

本期刊屬於生物 3區大類別；所屬小分類：細胞生物學 4區

為什麼有種中國人內鬥的感覺？沒被國外主流認可？當然只是感覺

本人不是生物大牛，只是來抖機靈來的。

當知乎的節奏被川粉帶起來的時候，我一直在默默地關注這個事情。
今天看到這個文章，雖然雜誌的影響因子低一些，但是有些神通廣大的人已經坐不住了。

那位問了，怎麼就坐不住了？
我當得知這個消息之後，第一時間查了相關新聞。
查新聞嘛，百度就行了（我又不是查文獻用不上去谷歌）~

我第一次看的時候，半個屏幕都是這個新聞。可惜當時沒有截圖。這個時候大約在18:30左右。

我第二次又刷了一遍，在18:55分，這個時候我突然發現相關的新聞只剩下三條左右了，如下圖所示(我的百度賬號已被塗掉)：

剛剛刷了一遍(20:00)，已經被擠到最下面了，如下圖所示：

估計過不了多久就查不到了。

有興趣的親們可以自己查一下。

補充於23:00：貌似百度又把相關信息放回第一條了，因缺思廳。

(當然，這裡面槽點還有很多，分明是「質疑」而不是「否定」，有些人總想搞個大新聞。還有百度翻譯就是沒有谷歌翻譯好，不承認不行。)

於是我們得出結論：
發文章還是需要發影響因子高的！不然遲早會被人民群眾遺忘！

韓繼續下去就是蓄意詐騙了檢查機關可以提起公訴怎麼騙都可以別拿國家錢嘿嘿

20名學者的聯名文章用充足的數據全面質疑了NgAgo基因編輯功能。然而在文章的最後，作者仍然呼籲韓春雨能自己主動出來做出澄清。

」We therefore urge the authors of the original paper to clarify the uncertainty surrounding NgAgo and provide all the necessary details for replicating the initial, very important results.「

還有這個可能么？這篇文章原本應該是一個letter to Nature, 看來Nature雜誌社大佬們不喜歡這樣的文章 (註：知識分子最新的報道提示是因為已有類似的文章在投稿故轉投)。文中提到了有幾個實驗室派人去河北學習，可韓春雨根本不讓人在他那兒做實驗，結果都是無功而返。

# 兩個有意思的結果

1. 中科院動物所王皓毅的結果顯示GFP過表達的降低可能和NgAgo無關（NBT figure 3 ），因為單轉guide DNA也能看到GFP表達降低。而溫州醫科大學谷峰教授用了穩定表達GFP的293細胞系，發現NgAgo並不能降低GFP的表達。這兩個發現和最近發表的Cell research 結果也有些矛盾，CR結果顯示斑馬魚裡面NgAgo能knockdown fabp11a 的表達，且單獨使用guide DNA沒有效果 (CRfigure 1)。如何解釋這三個實驗室的結果差異？

2. 動物所李衛組做了一個體外純化的NgAgo切割單鏈DNA實驗，結果顯示NgAgo無法切割單鏈DNA，然而韓春雨文章的其中一個重要結論就是NgAgo只能切割負超螺旋的DNA（比如質粒，見NBT figure 1），無法切割已經線性化的雙鏈DNA或者單鏈DNA (見NBT supplemental figure 3)。李衛組的結果並沒有否認這個結論，那麼他們做了體外切割質粒的實驗了么？必須做了啊，做了為何不show一下，是因為結果不可靠還是準備留著以後再整一片文章出來？這個結果很重要，直接決定了NBT figure 1、2實驗有沒有造假。

# 韓春雨的回應

《新京報》動作很快，昨天就採訪到了韓春雨，注意他下文的遣詞：」前一段時間…也已經...會...不會馬上...也不能完全...必須大量...已有其他....不止一家「和之前的套路如出一轍。

科學論文就會用科學論文回應，前一段時間，我們也已經在進行準備，會在雜誌上發表論文。但他解釋，實驗論文不會馬上出來。（潛台詞：你們發表論文來質疑我，我當然也得發表論文來回應質疑，都給我等著）

對於未重複實驗成功是由於材料污染，他解釋稱，也不能完全說實驗無法重複因為材料污染，如果要說無法重複實驗結果的原因，必須有大量的實驗證據。(潛台詞：你們重複的實驗量不夠大，不足以找到無法重複的原因)

此前曾實名發聲的13名學者並未聯繫過他。但已有其他實驗室與他取得聯繫，他會盡其所能幫助其把實驗做出來。「目前，已有不止一家科研機構成功重複實驗」。（潛台詞：還是那句老話，已有實驗室重複，名字無可奉告）

韓春雨之所以有底氣敢繼續打太極，主要在於學校的默契和上級單位的不作為，還有一方面來自雜誌社的消極和拖延。顏寧曾經在微博里指出，Nature並沒有主動撤稿的習慣，如果不是日本方面提出要求，說不定小保芳的文章現在還在那兒掛著。今日，她在微博中表示此篇評論將是賽先生對於韓春雨事件報道的最後第二篇，有沒有最後一篇，取決於有關方面對這件事情的調查和處理。

下一步河北和Nature雜誌社會有行動么？留給韓春雨的時間還有多久？這場鬧劇該如何收尾？

附：

20名學者在Protein Cell的聯名文章 Questions about NgAgo

賽先生 "學術期刊發文報道韓春雨NgAgo基因編輯不可重複，河北科技大學等科研管理機構何去何從？" http://goo.gl/HTlDBC

新京報 20名中外學者發論文質疑韓春雨實驗_深度_新京報網

這樣韓又可以說你們不是發在nbt上的letter，所以並不會回復。

就算再多200人聯署，我韓保方依然表示毫無壓力，我就是不承認造假，你們屁民能咬我。

大大發表科技講話之後這事還能捂這麼牢，裡面水很深啊

不懂的人太多，就像樓上的，根本不懂什麼叫公開發表文章。我建議自然直接把他文章刪除，學術不端。

我感覺這件事情已經不是簡單的科研問題了，因為河北省投了2個多億建基因編輯中心，一旦證明是假的，那麼完蛋了，大學校長，相關省市領導全要被問責吧～自己的看法～

首先，作為一個圈內人，我tmd居然都沒聽過《proteincell》，真是慚愧
其次，這都大半年了，韓教授先是說儘早有新的數據公布，其次推到了10月底，現在又說新的論文不會馬上發表，韓教授您這是想把所有人都熬白了頭么？

期待有的好的結果出來~

所以說要到最後的高潮了？是不是應該去提個問題，叫《韓春雨怎麼看待 20位科學家發表質疑文章《Questions about NgAgo》》？

奇怪為啥不發到Nat. Biotechnol.上。
這篇文章是給饒子和的Protein Cell打廣告的吧？以前都沒聽說過呢。
這文章引用高不高不說，看的人肯定多。
有人注意到這雜誌是不收錢的open access嗎？看author guideline（Protein-Cell）說

Submission
Please submit your complete manuscript to Protein Cell editorial office through online submission system or through email (protein_cell@mail.biols.ac.cn).
We do not charge any submission/publication fee.

這就比plos one強了啊，可以省個1000多美金呢。就算open access要加錢，這雜誌2015年的影響因子3.817，還是比在國內IF為負數的plos one強。