普通話中「他、她」的發音不分，在敘述長篇、多角色事件時很不方便，為何當初不採用的「伊」來指代女性？

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這個問題很不錯，題主有心了。
中國在民國時期新文化運動的時候，引進了西方人稱分性別的思想，在用字上使用「他」「她」「它」來對應英語中的he、she、it。
有些人還嫌不夠，又用了牛旁的「牠」來表示動物tā，而「它」專用來表無生命的tā。
有一些基督教徒更將這種分化傳統發揚光大，覺得仍然不夠，覺得萬能的上帝應該用專門的字來稱呼，於是又造了一個示旁的「祂」（「示」旁字多與「祭祀」、「神祇」有關。）
於是乎，同一個漢語詞「ㄊㄚ/tā」，經過這些分化控的不斷努力，分成了五個字：
他：男性或者不強調性別
她：女性
牠：除人類外的其他動物
祂：上帝等神祇
它：除人類之外的事物；無生命物體

接著呢，這幫分化控還嫌不夠，覺得用字上雖然區分了，但是讀音還是一樣。所以他們對這些字的讀音進行了不同的規定，並且倡議大家都這麼使用。（這個倡議最後沒有達成）
他們的規定是：
「他」讀「ㄊㄚ/tā」
「她」讀「ㄧ/yī」
「牠」讀「ㄊㄨㄛ/tuō」或「ㄊㄜ/tē」
「它」讀「ㄊㄨㄛ/tuō」

我有圖有真相：

（書影摘自《國語辭典》（民國三十六年））
注意看我箭頭所標註的幾個「又讀」，就是這幫分化控留下的證據。（竟然還上民國官修辭典了。。。）
「她」的又讀「ㄧ/yī」，其實借用的就是「伊」字的讀音，算是訓讀。

國府遷台以後，繼續對《國語辭典》進行編纂，也就成了如今的《教育部重編國語辭典修訂本》
今天的《教育部重編國語辭典修訂本》，部分讀音仍然沿用《國語辭典》的讀音。
比如這個「它們」，《教育部重編國語辭典修訂本》是這麼注音的：

算是我找到的一點痕迹。

綜上，民國時期有採用的「她」（讀作「伊」）來指代女性的用法，不過沒有形成氣候，以至於沒有保留下來。

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在最下面來個小補充

「也」和「它」在古代作偏旁也通用（因為「也」和「它」都是蛇的象形字，所以經常寫混淆而通用）。「他」實際上在古代是「佗」的異體字，而「蛇」也有另一種俗寫作「虵」。
這樣來看，近現代用的「他」、「她」、「牠」、「祂」、「它」其實偏旁都是相同的。
這一部分的字源可以參考 @波斯基的部落格的文章虛與「委蛇」（轉）

漢語本身就不存在兩性代詞區分，所以應該刪掉「她」

在我們的語言里，伊是第三人稱的通用詞，男人稱他伊，女人稱她伊，小孩也稱他伊，小狗也可以稱它伊

不便已經習慣，大大方便了向別人秀甜蜜時口中那個同性的他（她）

這是一種語言習慣，類似於英語中的「you」可以指代你或者你們。

這是因為無論是在長篇敘述還是多角色時我們無論用什麼辭彙都是用來指代那一個人的，而非那個人的性別。如果能分清這個主次問題也就可以理解。更多的時候在複雜的情況下我們使用名字來清晰的指代，而如果只是有一男一女的情況下，我們是可以通過情節來分清楚那個是男他還是女她。所以用伊來放在口語之中，是一件冗餘的事情。而伊同她是一樣的，在書面文中是清晰可見的指代。

口語大多時候並不是像文章一樣，經常出現多角色大篇幅的故事，所以方便交流，在歷史的長河中，中文選擇簡化了她。

另，中文裡的「們」簡直就是神一樣的存在好么，他和她你在口語中分不清沒什麼。感受一下「you」，你和你們分不清，才是最難受的。

英語you和it不分陰陽性，說話有沒有不方便？

這是歐洲語言落後的地方，原本的漢語「他」沒有這種區分，這本是巨大的優點，後來一批崇洋媚外的文人硬是搞了「她」，搞得現在寫個文章非得用他/她，或者用拼音TA，真是很不方便。

在這方面漢語原本更加進步，卻不幸地向落後的歐洲語言低頭了。

你能感到用英語表達你們的時候，每次都想在 you 後面加點啥這種憋得蛋疼的感覺么- -

(美帝現在喜歡加個guys)

造字嘛，現在人群多樣化了，新的需求也不斷被創造出來，所以總是會越來越多的。至於跨語言互相影響這事；「她」可能是漢語受到了英語影響而產生，那麼我們也可以有新的創造反過來影響其它語言。

例如上面有人提到了「牠」「祂」等詞，我覺得可以分得再細一點，試譯英文並列如下，不知能不能成為一點微小的工作？

他 / he：用於男性
她 / she：用於女性
牠 / it：用於非人類生物
它 / that：無生命物體專用
祂 / HE：宗教專用
虵 / His Imperial Majesty the Elder：知乎專用

一般來說，代詞指代的誰，可以通過上下文去理解，如果用代詞無法指代清楚的時候，一般就會用上下義詞或是同義詞來指代，一是讓指代更加明了，二是避免了用詞重複，行文單調。
現在舉個例來說明一下。
兒子的女朋友養了一條小狗，ta真可愛。
光聽個ta，當然不知道是講的兒子可愛，還是兒子的女朋友可愛，或是小狗可愛。
你為了表達得沒有歧義，你也可以說：
兒子的女朋友養了一條小狗，（兒子/兒子的女友/小狗）真可愛。
這樣固然表達得清楚了，但還是有些重複用詞。
然後有些人就會這樣表達。
兒子的女朋友養了一條小狗，（這個小夥子/這個姑娘/這個小動物）真可愛。
這樣不僅讓指代更加明確，也使行文更生動。
代詞代詞，代名詞而已，和名詞一樣，代詞不好用的時候，用名詞也一樣。

表示動物神靈的呢？牠？祂？虵？

有必要區分嗎？
第一人稱是不是也要有所區分？
男的為〔俄〕，女的為〔娥〕，如何？
第二人稱也區分行不？
男的為〔你〕，女的為〔妳〕，如何？
有必要和西方一致嗎？
變性人怎麼辦？

上海方言裡面他她它都是讀「伊」。ta們一律讀「伊拉」。

多慮了……
一、蓋因語言的形式不是固定的，可以根據使用情況作出改變。如果「他「、」她」在使用上不方便，那麼就會產生新的字來代替。現在沒有產生新字，而「伊」字也沒有沿用，那就說明沒有必要改變「她」「他」兩字。語言學家也不是尸位素餐的。
二、代詞的作用是：為了避免同一個名詞多次重複使用造成行文或說話累贅（這只是我的概括，並非嚴謹定義）。這麼說來，每個代詞前面必定帶有它所指示的那個名詞
，聯繫上文，便不會輕易混淆。——而且，「她「、」他」是有性別之分的，聽者聽到一個「TA」的發音，有時候可以依據「TA」的行為來判斷是是男性發出者還是女性發出者。如此一來，分辨依據還是足夠的。