如何評價韓春雨放出的protocol?
http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzIwOTE0ODI1NQ==mid=2655326091idx=1sn=90aaa8c6d84cd9e6494199d90aa7b852scene=2srcid=0809U5nB6ycl8WUYzOybb06lfrom=timelineisappinstalled=0#wechat_redirect
來自顏寧微博:
越來越對曉東說的科學探索是一窺神跡有感悟。多些知識、多些信息,如同在某些事情上具備了上帝視角,旁觀凡人爭吵不休,微笑。早就對某個話題沒興趣了,卻總被轉一些無聊文章。拜託,作為《賽先生》主編和科學圈內人,我的資訊比大多數人要更多更快好么?在此聲明,賽先生有關某話題報道將在數月後。。。科學進展每時每刻都在發生,那麼多好玩有趣的事情值得關注,幹嘛要在一件基本沒啥意思、內行基本都有了定論的事情上浪費時間、精力、動物和人呢(我可不是內行,架不住有內行的一堆朋友啊[擠眼])。關注正能量和激動人心的科學、體育、藝術......人生苦短,努力多做有意義的事情
目前微博已經刪了,留照,發布日期是八月九號:
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MITBBS網友biodreamer 評論:http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/32035705.html所謂見大領導,看看學閥才有的位置: ——————————————這是顏在北戴河會見了大領導後回來發的,應該表示國內的相關學界人士和高層對這個事件的基本有了統一的看法。預測一下:韓估計是在學術圈沒法混了。
本人對於前些日子對顏老師的一些微詞深感愧疚。不過這個事件,對我這樣的沒有受過良好的科學訓練的底層生物研究人員,也算是上了一堂critical thinking in science的課。
看撕X有意思:
這個Protocol建議觀望不建議跟進,除非自己非常感興趣。不過,即便準備Follow之前最好也要先仔細看一下Ago方面相關的文獻,ssDNA是怎麼loading的,ago切割需要什麼樣的細胞內環境,ago蛋白本身在原本的細菌內是做什麼用的,發揮了怎樣的功能,根據蛋白本來的功能特性來推測結果可能怎樣,然後再根據他的Protocol進行重複。反正我做dCas9的細胞內mRNA成像做了半年,感覺自己手頭拿到的數據質量很差根本不能用,直到後來看到Doudna的Cell文章發表,對比了她文章中的圖,才知道原來我跟Doudna的距離差在了對dCas9蛋白的功能理解上,而不是圖的質量上。回到韓春雨的NgAgo的技術本身,可能確實希望不大,應用前景黯淡,大家都非常難以重複么。但是關於韓春雨具體的NBT的文章有沒有問題,這個我的確是不知道的。那麼為什麼大家明知道有坑還要去投入去做呢?是因為這一類定點編輯的技術實在太重要了,重要到哪怕初始成功率只有0.1%,只有一點點苗頭,也要去用,去優化到可用的境地。
除了強調了一下污染問題影響很大(不可否認大多數實驗室的細胞都有支原體污染問題),其他的實在沒什麼特別的,就是常規的轉染流程。連293T這種細胞如果轉染都成問題的話那其他細胞就不用試了。
個人覺得兩個較明顯的變化:1、在NBT的文章中,溶解gDNA的緩衝液是5 mM Tris-HCl,0.5 mM EDTA,pH8.0,新的protocol里換成了水,並強調不能含有EDTA,因為NgAgo發揮活性需要Mg2+;2、gDNA轉染時間由文章中的轉染一次,改為建議8 h, 12 h或24 h後補轉一次。
update:
賽先生最新的出爐:
河北科技大學承諾公布驗證時間已到,韓春雨事件未了——韓春雨事件時間表河北科技大學承諾公布驗證時間已到,韓春雨事件未了——韓春雨事件時間表
據多家媒體報道,8月9日,河北省發改委批複同意總投資2.24億元的「河北科技大學基因編輯技術研究中心建設工程項目」,資金由省財政性資金安排。8月31日,財政部下屬的中國政府採購網發布預算1958萬元的「河北科技大學基因編輯技術研究中心採購進口儀器設備項目公開招標」的公告。據澎湃新聞報道,這些採購的儀器和資金用來支持韓春雨。以韓春雨為主導的一個巨型大科學項目,在NgAgo基因編輯技術重複性尚未得到驗證之前,已迫不及待呼之欲出。
為了方便公眾理解韓春雨事件的來龍去脈,筆者根據媒體報道中韓春雨的第一人稱描述和筆者核實的信息,整理了「韓春雨事件時間表」,讓我們看看發生了什麼。2014年2月,韓春雨看到荷蘭科學家John van der Oost在《自然》雜誌發表的TtAgo可以在高溫條件下體外切割DNA的文章,受啟發著手開展利用Argonaut進行基因編輯的課題。2014年5月中旬一天的凌晨3點,韓春雨在旁指導,學生高峰操作,確認了NgAgo符合他們的要求。實驗結束後,因為校門已經關了,韓春雨翻過圍牆回家。回到其58平方米的老房子後,韓春雨整晚失眠。後來在接受《光明日報》採訪時,韓春雨說5月份已經「做出了主結果」。之後的9個月,韓春雨投稿《科學》失敗,他後來對《光明日報》說,「未收到任何退稿說明」。
2014年秋天,韓春雨在中國協和醫科大學讀博士期間的同學、浙江大學醫學院研究員沈嘯,加入韓春雨的NgAgo課題。因為沈嘯有「國外科學研究經歷,有經驗應對審稿」。與此同時,韓春雨和碩士畢業未就業仍留在實驗室的學生高峰等繼續補充實驗,「發現了更多關於NgAgo的特性」。2015年6月3日,韓春雨向《自然》雜誌的子刊《自然-生物技術》投稿。2015年6月,韓春雨後來接受採訪談到此時「實驗經費拖光了」,「拖欠試劑公司30萬元試劑費」。2015年12月21日,沈嘯(第一申請人)、韓春雨作為發明人提交「以Argonaute核酸酶為核心的基因編輯技術」的專利申請,申請單位是浙江大學。
2016年3月21日,《自然-生物技術》接收韓春雨的投稿。2016年3月,韓春雨前往他的合作者沈嘯在浙江大學的實驗室。韓春雨後來接受《自然》雜誌記者採訪時說,那是他平生第一次坐飛機。2016年4月13日,沈嘯、韓春雨的專利發表,並於5月11日進入實質審查。2016年5月2日,《自然-生物技術》在線發表題為DNA-guided genome editing using the Natronobacterium gregoryi Argonaute的論文,高峰為第一作者,沈嘯為第二作者,韓春雨為通訊作者。update on 2016/08/29
「最美教師」韓公布新的protocol已經月余,仍然沒人能重複出其實驗結果,其造假可以肯定了。網上實名為他辯護的,剩下了一個叫岳東曉的物理博士要指導生物學家們怎麼做分子生物學實驗,因為過於熱情和荒唐,被外國科學家懷疑是韓春雨的馬甲。---by 方舟子
事實來說話:最新的protocol有3個獨立專家進行了重複,無一正面結果。
更多的啪啪啪打臉還會繼續。大戲的高潮,即將在貌似風平浪靜的下面,就要到來了。
update:
科學網—NgAgo你做出來了嗎
根據韓新的protocol,重複實驗失敗了。其實這也是在意料之中,新的protocol並沒有本質的變化。
NBT文章註定是要被撤稿,因為其號稱的20%+以上的效率,以及可以媲美cas9的結果不可重複,只是時間問題了。
日本人按照新的protocol也沒能重複:
兩位日本研究人員討論。「雖說僅僅是第一次嘗試。但是第一次完全沒有達到希望,就不會再想繼續嘗試了。如果韓論文不是假的話,問題出在什麼地方呢。。。」https://twitter.com/YuichiroMiyaoka/status/765736519562702848日本研究人員按照新的NgAgo要求來實驗,沒有發現NgAgo有作用。這個日本研究人員也是8月9日開始重複的。NgAgo、全く機能しませんでした。全く何も起こらなかった。論文の通りにやったつもりだったのですが。
— Yuichiro Miyaoka (@YuichiroMiyaoka) August 17, 2016
--PS,九天就能重複一遍的實驗,近4個月了,韓實驗室為啥不拿出一點positive的證據來呢?就是沒有沒有沒有。
作者:Euglena鏈接:案例研究:韓春雨事件的職業操守及監管力度? - Euglena 的回答來源:知乎著作權歸作者所有,轉載請聯繫作者獲得授權。韓的照片第一次穿了全新的實驗服,戴上了手套,哈哈。邊上的移液器新的可以,只是那個裝槍頭的盒子暴露了本來的面目。新的protocol神馬的其實都不需要,直接把以前作報告所說的20家重複出了實驗的單位列出來,把原始數據(NBT文章里的補充材料並非全部原始數據)給NBT一扔,就直接啪啪啪打許多人的臉了。何必發這個沒什麼高超技巧的protocol, 何必要改自己微博的名字,刪自己微博的信息呢?個人感覺,其實NBT中韓並沒有下對結論。CRISPR的幾個大牛實驗室十有八九發現了其中的問題,正在在悶聲實踐,也許很快阿狗會有新的更容易重複的新操作protocol,而韓的這個,基本上沒特別的改進,我不認為會有什麼實質性的改進。韓開了個頭,最後阿狗work well,但是,大多數的credits會被後來人---這些那些真正實現高重複性的---拿走。uodate:我一直認為知乎是個平台,大家隨意發表自的看法,只要不是誹謗,灌水,嬉笑怒罵都應該是隨意的。可惜並不是這樣,很多吃瓜群眾不僅僅沒有專業知識,還要做答主和其他人進行評頭論足,甚至還要一竿子打翻一船人,認為做科研的混知乎似乎就是刷存在感,come on,你吃瓜群眾都對這事件這麼有熱情,我們處在阿狗第一線的反而需要埋頭在實驗室里,對著明顯有問題的人和文章不聞不問?Give me a break吧!看你 @王老三 認真討論的態度,提高到對研究的不尊重的份上,我也盡量耐心地回復一點兒吧。我關注ago,是因為我自己的課題組,朋友的課題組,以及同事的課題組(我們的課題組,有2個是成功做到Cas9了)都在做,而且都是失敗的結果,中間有同事跟韓溝通過,打完電話,說是心裡哇涼哇涼的!所以:首先我認為在知乎是能夠隨意發表自己的看法,何況我說的每一字都是有根據的;其次,我不認為只有高H值才夠格評論,你多次要人亮出自己的publication, H-index,這個不是很煩擾人嗎?我認為在專業性這麼強的討論里,吃瓜群眾就吃瓜好了,別對自己完全不懂的事物指三摘四;再三,己所不欲勿施於人,我就是這樣做的啊:如果我自己的實驗結果很難重複,我就會選擇推遲發表;另,我知道你指的是平等地探討,問題是,你一開始就陰陽怪氣地,非要拿H,publication list來說事,這算哪門子的平等呢?第四,我是在第一線,第一時間自己出錢合成了Ago(我曾經寫email找韓要質粒,沒有收到任何迴音,這可以算正常。),並組織了人力來做Ago實驗,如果你考古一下,會明白為何Jimmy說我先是觀望派,也是很急迫地等待測序結果的,後來實驗結果negative,我也只是覺得很可能是在我自己的系統里不work,等到後來看到了韓的採訪照片視頻,確實第一時間被嚇壞了:在普通的分子生物學實驗室,連實習的本科生都知道要戴手套操作,尤其還是在超凈工作台上,這是進實驗室第一天就要學習並一直堅持的事,韓的實驗室也太不專業了一點;韓的回應,所謂的高超技巧,當你發現只是普通實驗室都需要做到的時候,你怎麼想?你去看看國際上對這個回應的反應,就一目了然了;在韓對雜誌應對質疑的可能會採取的措施的看法上,也顯示他對這方面的無知(也許是無賴)。所以我覺得韓的東西,很可能是個笑話,本來計劃暑假裡繼續對Ago進行優化,決定暫停,坐等新版的Ago(也許是韓也許是別的課題組更新的)出來。請問,是斷下結論嗎?今天比較無聊,聽說某人也上知乎,我就來找找
==================================先掛一個神叨叨的神經病@wcgakklgm====================================
無言!嘆息本來就脆弱無比的中國科研環境!致敬我們一批科研人!
這可怎麼辦?感覺被學生改數據了,然後隔壁老王頭的禮都收了。礙於面子,不好下台。如果試驗真的能重複,早就甩出底牌證據了吧。
我基友以前在韓實驗室待過一段時間,韓私下人品確實不咋地,可以說很不會做人,但是刻意造假基本無可能,很可能是不夠嚴謹,發了個假陽性結果,也可能是被學生坑了。
以我和國內一些人打交道的經歷看,越是這樣對實驗細節神神叨叨的,越是說明他們的數據重複性差,他們自己都沒吃透問題。這幫人受過的學術訓練不嚴謹,所謂的方法都不是去吃透原理,而是迷信於我從哪裡哪裡抄來個好方法,把搞科研弄得和煉丹似的。曾經碰到一現在在某大學做教授的,重複不出他的結果,逼問了好幾次,神神叨叨地說了句告訴你個秘密,你先加一次什麼什麼過多少多少時間後再加一次就可以了。我聽完就明白了,這位是連這種試劑的說明書都沒好好讀過,他第一次加的量本來就是少的,可不是再加一次就做出來了么?
截至12月15日,仍未有任何機構公開承認重複成功,1月底nature將公布調查結果。
仍有信息表明,韓已經申請了國家基金,且在調查結果公布前就能啟動。——————————————1,不要過早下定論,造假或者是不造假。2,目前為止,韓雖將完整步驟公布了,但是並不一定可行,仍然需要持保留態度。目前已有不少公眾號跟進。3,若有足夠數量的機構或者韓自身能過在監督下完成實驗重複,即可證清白。4,真相就在那裡,科研不是說說而已,不是打打嘴仗,不是理所應當,經得起驗證的數據說明一切!可重複是唯一標準。——————————————————分割線————這麼大一成果,不怕沒人試著去重複。我們只需要靜等些日子,數據會給出讓人信服的答案。NBT文章可以定論了,假,沒人可以重複。至於是隱瞞的假還是造假,繼續看。如果新protocol可以重複,那就是隱瞞假;如果不能重複,造假可以定論。
Nature正式報道「韓春雨事件
Nature正式報道「韓春雨事件」——附獨家採訪評論
很多網站題目是nature:有學者重複……
韓春雨 protocol
Nature: 數名研究者證實可重複性 韓春雨已提交詳細protocol_資訊中心不會這麼簡單的,很大幾率還會做不出來……
看了這些評論,我就深刻的理解什麼叫「同行如敵國」。所謂的生物界大拿們都是一臉巴不得對方早死的姿勢啊。有點耐心不行嗎?時間會檢驗一切,有問題肯定會水落石出!
避免EDTA,不能用lipo3000。我沒試過,等
說造假的人目的達成。終於把完整操作方法給逼出來了。
就算根據這個做出來了,以後韓文章的第一版protocol還有人敢信嗎?
拋開學術不端數據造假這方面。從另一個角度來看,實驗不可重複本身就說明實驗存在問題,研究者並沒有對機制搞清楚,僅僅是將偶爾一次的巧合當做是科研成果了。那麼這樣的成果是沒有學術意義的。所以說,文章撤稿在所難免了。
前半部分:初學者如何養細胞做轉染
其實沒有什麼特別的。現在就看各大實驗室完全按照更新的細節再做一次能否重複出來了。還要再等一段時間嘍,讓我們師母以待。
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