如何高效管理文獻？

12-27

本人大四狗。請問各位在科研過程中如何高效地管理文獻，有Endnote，但暫時還停留在收納文章的citation階段？有時候看到文章，嘗試去下載，有時候費了好大勁找到了才發現自己之前下載過。此外，請問各位大神在進行某一課題的研究時，是專門把相關文獻放一塊還是全放在一起？

推薦zotero。
1. 開源、免費、插件多。
2. 一鍵下載題錄和PDF。
3. 同一條目可以拖進不同的分類，也可以單獨從某一分類中移除。
4. 配合Onedrive/DropBox等軟體實現在線同步，可以在不同電腦上無縫切換。
5. 在使用Microsoft Word寫作論文時使用zotero插入參考文獻非常方便，並且他人修改後一般不受影響，這一點Endnote在我們實驗室飽受詬病，師兄們辛辛苦苦用Endnote插好的文獻在老師修改之後全亂套了。
6. zotero原生的PDF存放目錄是一長串隨機的字母，但是如果使用Zotfile插件可以很好地管理PDF文件。
7. 可以導出條目為多種格式，使用Zotero Autoexport插件可以自動導出條目。
8. 6和7使得Zotero可以和Docear完美結合，使用zotero下載文獻，然後Zotero Autoexport插件可以自動導出.bib文件，下載的PDF文件自動被Zotfile插件重命名並移動到指定文件夾，然後可以在Docear中管理分類文獻。

以上是我在使用zotero和docear時感受到的優點。通過一系列的設置及插件的使用，我可以在辦公室、實驗室、家裡等不同電腦上閱讀文獻，寫綜述等等。我在實驗室下載的文獻，可以在辦公室閱讀，如果沒有讀完，可以回家繼續閱讀，而我在任何地方所做的注釋都會保存。目前我收集的關於Cu2O方向的文獻792條，
單純使用zotero下載分類和管理文獻其實足夠了，但是docear作為思維導圖軟體，在寫文獻綜述以及寫作論文提綱時太好用了，因此折騰許久搞定了兩者的結合，尤其是自動同步。
下圖是我用docear整理Cu2O:N方面的文獻的半成品，我僅僅使用了一小部分功能，大部分的功能還需要繼續探索。

附：
我是如何實現zotero和docear自動同步的：
首先安裝軟體，zotero需要Firefox瀏覽器，或者Chrome+zotero standalone，我選擇的是後者。安裝之後進入工具→首選項，按需設置，在同步中創建賬戶，在搜索中安裝PDF索引，在高級→文件和文件夾選項卡中把鏈接附件的根目錄設置為相對路徑，選擇Onedrive或者DropBox中某一文件夾（注意在不同電腦上安裝Onedrive或者DropBox時把文件夾放在同一目錄，比如都放在G盤根目錄，這樣docear才能實現同步），數據存儲位置可以自己選擇更換，也可以使用默認，如果更換記得先備份再移動。

然後下載插件，在zotero中，工具→插件中點擊齒輪選擇install add-on from files安裝。我使用了zotfile和Zotero Autoexport，具體的設置可以參考教程Zotero（4）：Zotero之Zotfile插件的使用。
安裝docear之前需要安裝Java，並且最好安裝Jabref（這也是文獻管理軟體之一，docear是基於Jabref和freeplane的）。安裝完成之後新建Project，將Project home改為Onedrive中的某目錄，bibtex file改為zotero自動導出的.bib文件，將PDFs/Literature目錄改為zotero中鏈接附件的根目錄，我的即為G:OneDrivezotero。

以上就基本成功了。
只要在一台電腦上成功安裝並設置好之後，就可以實現自動同步。然而這只是我參考前人的經驗摸索出來的小方法，存在著許多不足，希望能夠得到更多更好的意見，歡迎交流及討論。
相關軟體及插件全部開源或免費，請自行下載。

請用Zotero
Zotero | Home
非常好的文獻資料管理軟體、開源免費，跨平台，雲端同步。
配合瀏覽器插件，在資料庫中搜索到文獻，一鍵導入並下載原文，導入速度比ED6快很多。
分類方便，還有筆記功能。
配合word插件自動生成引用，支持各種引用格式，自動生成、更新文件目錄

Zotero入門六篇

我用Zotero，同學們在我的帶動下好多也拋棄了endnote，開始使用zotero,都說好。陽志平寫過幾篇介紹zotero的文章Zotero（1）：文獻管理軟體Zotero基礎及進階示範，我就是看了這個決定用的。說一下我覺得zotero好的地方。

一鍵下載題錄和原文。endnote的最大問題就是題錄和原文無法同時下載，需要下載題錄信息，再粘貼原文。這樣很不方便。zotero有chrome和火狐的插件，利用這個插件，只要是你單位已經購買的文獻，就可以一鍵下載。

標籤和文件夾共存的模式。其他軟體都是只能用文件夾來管理文獻，一個文獻只能放在一個文件夾里。而zotero在文件夾之外增加了標籤，可以給一篇文獻增加好幾個標籤。這樣，你可以用按主題給文件夾分類，同時用另外的分類方式來給文獻加標籤。

安裝新的引文格式很方便。這是與endnote相比，在安裝新的引文格式時，endnote需要下載完後手動將該格式文件放到指定文件夾，而zotero只需在軟體中載入即可。

zotero能夠雙擊打開全文。endnote需要選中，再點擊軟體上方的工具欄，這種反人類的操作方式很讓人受不了。每每想到這個缺點我都不能理解為什麼還有人用endnote。

另外，再提一句，文獻管理軟體裡邊可能會放很多文獻。我平常也是覺得有用的就簡單歸個類放進去。這個文獻管理軟體的作用大概就是讓你知道自己下過哪些文獻，不會「費了好大勁找到了才發現自己之前下載過」。但閱讀文獻，並最終引用到文章中的過程，就需要做筆記了。我一般是在onenote里列出這個主題的重要文獻（從zotero里找），然後記錄每篇文獻的目的，方法，結果等等。雖然zotero也可以做筆記，但沒有那麼一目了然。

TeX向：

管理上，其實直接用 Windows 資源管理器就足夠了，只要設定好目錄的層次，我一般習慣在dropbox里搞個 bibliography 文件夾裡面存近期工作所用文獻，再一個library文件夾，裡面分類儲存各種資料，用的時候拖到 Jabref 里，軟體會根據設定將文獻整理至bibliography文件夾。（操作見下文）

軟體的話，如果願意學用TeX的話，最方便的還是：

Dropbox + Jabref + Google Scholar + texlive + Sublime Text 3 + LaTeXtools（Sublime Text 3 的插件）

-&>曾經用過Vim Emacs... 果斷還是Sublime最合胃口...它的LaTeXtools插件感覺跟Vim的latex插件各有優劣

Jabref 別看土，設置好了效率超高，文獻庫只不過是一個格式化的bib文件，超級輕量級，上百條記錄僅僅幾十KB，放在針對相應的工作放在bibliography下用Dropbox 同步一下就好。用的時候只需要添加新條目-&>複製google scholar 的 bibtex 的信息。

Fig. 點BibTeX之後直接複製信息

對PDF等的管理也是很好的，拖動 PDF 到條目上可以很完美的自動完成 PDF 的剪切/複製、移動、重命名。

配合 Sublime 的引用，直接可以不用打開 Jabref 就能在 TeX 里調用，因為Jabref把信息存到*.bib里，檢索詞文件就好，

比如我在latex文檔中輸入

cite{

就會自動彈出菜單，輸入關鍵詞回車即可，經常讀文獻作者名字、年份、期刊什麼的應該都很有印象

不邀自來。

個人的理解，文獻閱讀分三個階段。

第一個階段是學習基礎知識的階段，就是你拿到一個新課題，首先要解決一些基本概念的問題，這個階段建議以讀中文博士論文為主，具體的方法同第二階段。

第二階段主要是分類和細節記錄。

分類的條目包括：要不要引用、可以引用到文章的哪部分、有沒有讀過和簡單的幾句話評價等。所以你需要一個分類完善的文獻管理軟體，我推薦Noteexpress。除了逼格略低於Endnote之外，NE有幾大優點：

1. 中文，操作容易上手；
2. 大部分學校購買有正版（請自己到NE官網查詢）；
3. 分類項目多於endnote，如下圖紅色部分均可以用於分類：

另外，可以加標籤，也可以設置多級目錄，也都是分類辦法。

而且你看到了，有影響因子，也可以加簡單評論。

當然，你要是說Endnote才是國際主流，我無話可說。

細節記錄方面，建議用docear，可以提取pdf中的注釋，具體用法請自行百度。

第三個階段是輔助論文撰寫。其實主要就是插參考文獻。當然，有些人會說Endnote對英文雜誌的引文格式支持更好。解決方案是學會自己調整參考文獻輸出格式，如果你有能力讀到研究生，這個應該不難。

歡迎大家關注我的微信公眾號（sci_coffee_break）或個人網站「讀思」（http://read-think.com），和我做進一步的交流。這裡不僅有更多關於科研的書籍的評論，還有關於科技論文寫作的內容。

Mendeley很好用，雖然導出引用的功能還不如Endnote強大，但是，文獻管理=引用管理？
Endnote是老古董了，UI設計一塌糊塗。

舉個例子：Mendeley可以輸入文章名自動獲取引用信息，輸入DOI或者Pubmed ID則效果更好95%的文獻引用都可以用這種方式錄入資料庫；如果PDF文件內自帶DOI或PMID(近期的大出版社都有)，則全過程都自動完成。
Mendeley中，文章可以按照Tag進行搜索，可以建Tag Tree對文章分類處理，還有各種標記、筆記功能。

我使用過幾款主流的文獻管理軟體，包括Endnote、Mendeley、Zotero、Refwork，Noteexpress、Notefirst里，網路版的是Refwork, Endnote（Web）,Mendeley 和NoteFirst. 這幾款網路版軟體中前兩種都沒有設計客戶端，在網路上直接使用沒法實現離線使用。只有Mendeley和NoteFirst具有網路版和單機使用的共同設計。
網路版軟體的好處就是能夠使用戶在不同地點、不同電腦上均可以同步自己最新的個人資料庫。
Mendeley是國外的軟體，界面參考MP3的設計，對我們來說最大的問題是沒有漢化，對中國期刊的投稿要求支持很差。 Notefirst是國產軟體，對中文以及中國國標要求支持的很好。
因此我的推薦是如果你是英文大牛，經常需要寫英文論文，用Mendeley，如果是中國期刊論文，就用NoteFirst。

用文獻管理軟體啊，不只有EndNote。這類軟體有不少，中文的英文的免費的收費的。知乎上有不少相關討論，可以搜一下。
但是軟體用的熟悉還得多用，其實這些軟體都比較好用，我個人推薦noteexpress。

為什麼沒有人提JabRef。開源，免費，Java平台運行。支持中英文文獻，

這是我第一次強烈推薦一款國產軟體，她的名字叫NoteExpress.

大大小小的文獻管理軟體基本都接觸過，然而最後我依然認為NoteExpress是最符合我習慣的。雖然是國產軟體，但是功能十分完善，具體而言優點有以下幾點：

對中英文文獻兼容度都非常好，可以分別對中英文文獻格式進行調整；
自定義程度高，幾乎所有文獻引用細節都可以自己控制；
自動文獻搜索更新匹配期刊、IF信息、作者、發表時間等等文獻基本信息；
引用方便，有office插件與Chrome插件可以輕鬆提高效率；
資料庫更新頻繁，保證時效性；
一鍵下載全文；
可以對資料庫進行查重，防止重複文獻導入；

其他的就不一一列舉了，我只想說作為一款國產軟體其用戶體驗的確超出了我的預料。同時30天試用期過後購買正版，對於學生有優惠，也不算貴（RMB 198)。

具體軟體的截圖我就不上了，有興趣的可以登陸官網：機構知識庫與文獻管理領導者——IRP, NoteExpress

最後，請支持正版，請支持國產正版，畢竟這一切來之不易。希望對各位有幫助。

mendeley和zotero都支持python !!!

pip install mendeley

pip install pyzotero

mendeley寫個腳本，可以方便批量導入導出文獻，可以批量按doi號查找並自動下載所有pdf文件。

可以批量查看並導入所有引用文獻！！！

可以批量查看文獻被引用量！！！

mendeley和zotero都有很好的數據介面，用起來特別方便

還是自己動手豐衣足食~

見一個文件，把文獻全部放進去，可以歸類到子文件夾；再做一個excel，搞超級鏈接。方法是，每放入一個你覺得有用的文件，就同時在excel建立一個超級鏈接。不必要用時候，把鏈接和pdf都刪掉

noteexpress.中國人開發的，比較適合中國人的使用習慣，管理很方便，下載全文就沒endnote好用了。

一直用endnote，很強大的，寫作的時候非常方便

個人在用mendeley，不過對專利的支持不好

有個叫endnote的軟體很好用。

其實以前都是自己做excel表格的，一列寫文獻名字（做個超鏈接），一列寫雜誌名字，出版時間，關鍵點，標重要等級。

不過用了軟體之後自己就變懶了。。