在唯識學中的阿賴耶識得種子是怎麼來的，有漏種子的被污染是被什麼污染了？為什麼它會有漏呢？
這是一個知乎佛教版上很少有的好問題，雖然問題中有毛病。剛才看見這個：為什麼知乎上佛學領域的提問、回答水平讓人遺憾？ - 禪宗
順便說兩句。很重要的一個原因是，提問就提偏了，提到佛學外邊了，或者只提到佛學的皮毛，沒提到筋骨。這個問題，之所以說它好，是因為對它的回答可以遷延到佛學的筋骨上。不過，需要糾正的是，題主問題中的「污染」，在佛教里叫做「染污」。而且，有漏種子不全是「染污」的。
言歸正傳。
1、種子
先解釋什麼叫種子。可以簡單理解成習氣。（我在知乎佛教版塊回答中所說的「簡單理解」，那是因為深究起來有許多可以討論的地方，但那就偏離了中心，變得太複雜，為節省計，為便於理解計，簡而言之。這種「簡單理解」並不是沒有出處，知乎上常有人抨擊我說我瞎說，我一貫的做法是，除非引經論非常有助於理解，否則寧可用我自己的理解。不然直接看經論好了，幹嘛還要我來回答呢。）
種子不是離開「諸行」之外的東西。什麼叫「諸行」呢？吃飯、睡覺，都是諸行。諸行無常，說的就是這個諸行。你吃一頓飯，其實就已經在識海中種下種子了。比方說，你吃飯時翹起二郎腿，這種翹二郎腿的動作，叫做「現行」，現行留到識海中的東西，叫做種子。
因此，「種子」也是「因」。但你查《瑜伽師地論》就會說我胡說八道，因為《地論》說種子叫「果」。但《地論》是什麼意思呢？說種子是果的時候，誰是因呢？現行是因。說種子是因的時候，誰是果呢，現行是果。種子生現行，現行熏種子，它們是互為因果的關係。
題主問：阿賴耶識的種子怎麼來的？吃飯、睡覺、走路，就這麼來的。所有這些，叫做「行」。「無明緣行」的「行」，因為無明，所以有各種「行」，這些「行」，就包含了萬有的種子。這些種子的集合，叫做「識」。這是「行緣識」。
但注意，不是題主所說的「阿賴耶識」，而是「第八識」，或者「異熟識」。阿賴耶識是染污的，但第八識和異熟識，既有染污的，又有清凈的。染污的那部分，才叫做阿賴耶。阿賴耶識和種子是什麼關係呢？阿賴耶識就是種子的集合。打個不恰當的比喻：種子是一個蘋果，五個蘋果放在一起，是阿賴耶識。但阿賴耶識不是裝蘋果的袋子，阿賴耶識就是蘋果本身。我們說阿賴耶識是大海，指的是海水，而不是海岸、海底構成的容器，阿賴耶識不是容器，不是檔案室，把阿賴耶識比喻成檔案室是個流毒極廣的比喻（當然，每個比喻都有不妥帖的地方，包括我舉的蘋果的比喻，這也沒有辦法），阿賴耶識是「許多檔案在一起」。
再重申一遍：種子從哪來的呢？從「諸行」來的。「行」從哪來的呢？從「無明」來的。
2、有漏
什麼叫有漏？漏是什麼？
簡單地說，漏是煩惱。準確地說，漏是能讓你的心流動的東西。在哪裡流動呢？在三界六道之間，從有頂天，流注到無間地獄。
什麼叫有漏呢？有煩惱。簡單地說，欲界的東西是有漏的。說白了，有慾望，就有煩惱，心就流動，不得安寧。
那麼，有漏種子和異熟識（題主稱之為阿賴耶識）是什麼關係呢？是一體的關係。（「諸有漏種，與異熟識，體無別故」。）就像我剛才說過的，阿賴耶識是五個蘋果，有漏種子是一個蘋果。
但為什麼說這個比喻不準確呢。因為種子的覆和記不是第八識的覆和記。這點太複雜，不展開說了。種子可以有覆有記，但談到第八識，通常說它的自體是無覆無記的。
3、題主問：有漏種子被什麼染污了？
這有點像問：小麥種子是怎樣成為小麥種子的？但又不全是。因為「漏」和「染污」還不一樣。
什麼叫「染」呢？染，就是覆蓋。能夠覆蓋住心，讓心蒙蔽，叫染。我們說「無覆無記」，無覆，就是無染。記是什麼呢？記是善惡，無記，就是非善非不善。
覆，有三種：善的覆，不善的覆，無記的覆。通常我們把這三種覆叫做：善、不善、有覆無記。
善雖然好，但它一樣令心遮蔽啊。
這三種，都是「染」，但是，不都是「染污」。「善」是染，不是染污；「不善」和「有覆無記」既是染，又是染污。（註：這一點是我個人的理解，目前還沒有找到文本證實，可能不對，待諸君指教。但你的指教最好給出具體的經論文本，否則是不大容易說服我的。）
而漏是怎麼定義的呢？善，有「有漏善」，有「無漏善」。不善，都是有漏的，沒有無漏的不善。
重要的是，無記是有漏還是無漏？
無記肯定不是有漏，因為無記，就沒有異熟果。有覆無記是不感苦果的，因為勢力太弱。那麼，我們說無記是無漏嗎？一般也不這麼說。這就容易把無記和無漏混同，但兩個詞是不一樣的。如果從定義上來看，無記不是不可以說成無漏，但這種說法沒有什麼意義。
因為，談及有漏、無漏，是從所生的果有沒有煩惱的一方面來說的。如果生的果有煩惱，就有漏，無煩惱，就無漏。而無記根本就不生果。連果都沒有，自然就沒有「漏」的果了。
題主說的「有漏種子」，指什麼呢？指兩種：不善種子，有漏善種子。
有漏種子都被染污了嗎？錯。有漏善種子，不能叫做「染污」，只能叫做「染」。
那，不善種子是被什麼染污的呢？——不是被什麼染污，是它本來就是染污的，因為它能生煩惱，所以把它叫做染污。
4、為什麼有漏種子會有漏呢？
為什麼有「有漏」呢？因為在我們眼裡有煩惱，所以才把這種能生煩惱的東西「叫做」有漏。有漏，是名言，是概念，是一種叫法。就好比，世間有1嗎？沒有1，但我們把1個蘋果，1隻筆，它們共同的地方抽象出來，叫做1。1是一種「名言」，這種「名言」從哪裡來呢？來自我們的「名言習氣」。
沒錯，名言習氣，也就是名言種子，它正是有漏種子的一種。有漏種子有三種：名言種子，我執種子，有支種子。不展開說。
這種叫法的根源，源於我們眼裡有煩惱。煩惱來自於哪呢？來自於遍計所執。
所以，一言蔽之，為什麼有漏種子存在？因為我們那麼叫它，它才存在。為什麼我們那麼叫它？因為我們又遍計所執心。為什麼我們又遍計所執心？因為無明。
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鑒於知友常攻擊我瞎說，我把上面自己理解的所本扼要摘出，相信99%的人不會堅持讀完的：
瑜伽五十二捲雲：云何略說安立種子， 謂於阿賴耶識中，一切諸法遍計自性妄執習氣，是名安立種子。
瑜伽五十二卷十五頁云：複次種子云何？非析諸行，別有實物，名為種子；亦非余處。然即諸行、如是種姓，如是等生，如是安布，名為種子；亦名為果。當知此中、果與種子、不相雜亂。
瑜伽八卷六頁云：流動其心，故名為漏。
瑜伽八十四卷十四頁云：又能出生當來生故，說名為漏。
集論四卷十四頁云：令心連注流散不絕，是漏義。
入阿毗達磨論上十六頁云：稽留有情、久住三界，障趣解脫；故名為漏。或令流轉、從有頂天、至無間獄，故名為漏。或彼相續、於六瘡門，泄過無窮；故名為漏。
品類足論六卷十六頁云：有漏云何？謂除色無色界系。
集異門論四卷十三頁云：有漏云何？答：除色無色界系無明，諸餘色無色界繫結縛隨眠隨煩惱纏，是謂有漏。
成唯識論二卷九頁云：諸有漏種，與異熟識，體無別故；無記性攝。因果俱有善等性故；亦名善等。
成唯識論三卷四頁云：覆、謂染法。障聖道故。又能蔽心、令不凈故。此識非染，故名無覆。記、謂善惡。有愛非愛果、及殊勝，自體、可記別故。此非善惡，故名無記。
世親釋三卷二十三頁云：無覆無記者：此中無染，說名無覆。即無染無記，名無覆無記。非如色界生煩惱不善，說為無記。
雜集論三卷十四頁云：云何染污？幾是染污？為何義故，觀染污耶？謂不善及有覆無記法，是染污義。有覆無記者：謂遍行意相應煩惱等，及色無色界系諸煩惱等。諸蘊十界四處一分是染污。十界者：謂七識色聲法界。四處者：謂色聲意法處。為舍執著煩惱合我故，觀察染污。
瑜伽六十四卷十八頁云：略由五相建立有漏。一、能生劣界諸煩惱，二、能生中界諸煩惱，三、能生妙界諸煩惱，四、能生無欲樂有諸煩惱，五、能生有欲樂有諸煩惱。這個題目，才看翻出來，簡單一答。
在唯識學中的阿賴耶識得種子是怎麼來的，有漏種子的被污染是被什麼污染了？為什麼它會有漏呢？
在唯識學中的阿賴耶識得種子是怎麼來的？
什麼是種子？種子是能生的功能。
成論說：此種何法，名為種子，謂本識中，親生自果，功能差別。
種子有兩種，一者本有，如無漏種子，法爾成就。如果沒有本有的無漏種子，等於說聖道不成。因為眾生薰習所成的種子，皆是有漏種子，有漏不應為無漏種。
二者薰習，由染凈諸法所薰習故。所謂染凈諸法，即指未證道前之一切法。無論我們現前為善為惡或無記，皆是屬於染凈諸法所攝。
有漏種子的被污染是被什麼染污了？
若只論種子，性是無記，無所謂染污。說其染污，是就其因和果來說。即是說，這個種子是由染污法所薰習成，當種子生成果時，所得之果亦是染污。即佛陀所成就之無垢識體，說其唯名為善，亦是就其所得之果而說。
如成論說：有漏種子，與異熟識，體無別故，因果俱有，善等性故，亦名善等。
無漏種子，非異熟識，性所攝故，因果俱是，善性攝故，唯名為善。
為什麼它會有漏呢？
同上，因為現行所得之果，是屬於有漏。與一切染污法，所相應故。
王路老師佛學精湛，引經據典亦是唯識經典，小子我初探唯識，比不得王老師，也借著《八識規矩頌》這一唯識精髓來試答一二，主要是藉此捋順個人的思路，自認為學唯識以來其實一直很混亂，唯識學應該是一門圓融的學問，我目前自己的體系比較混亂，沒有將這些知識消化為自身的內容，故成文不成體系，多為直接引用，還望多多指教。
一、種子熏習
唯識學理論將「阿賴耶識」設定為基本框架，通過對識體的分類及識體中種子起用過程的分析，引導個體依自力證道，斷絕二執二障，轉有漏為無漏，轉識成智。
浩浩三藏不可窮，阿賴耶識又稱「藏識」或「種子識」，它具有三藏義：能藏、所藏、執藏，能藏是阿賴耶的動態功用，存儲；所藏是阿賴耶識的靜態功用，就是種子；執藏就是指阿賴耶識始終被第七識即末那識所執，產生了自我的感覺，這一點在後面有用到。
「淵深七浪境為風，阿賴耶識里含藏前七轉識的種子生起現行就如海水裡生起波浪一樣，七浪就是前七識。外境的刺激，刺激諸根而後就會生起諸識。識生起猶如海水，海風吹水，水就生起波浪，海水生起波浪跌下去又為水。海水生波就是種子生現行。波浪跌下去為水，就是現行熏種子，所以波跌而為水，水生而成波，這就是種現熏生，即種子生現行，現行熏種子。然後相似相續，非斷非常，如暴流水，始終如一，沒有變更的。」（唐思鵬講 蔣祖遠筆錄）這也是王路老師關於阿賴耶識是海水的出處吧。至於表述，我也無法說的更好，主要阿賴耶識可延伸的內容太多，我不懂就不亂說了。
對於種子分類，依據來源可分為始有種子和後天種子；依據性質可分為名言種子、二取種子，名言種子一旦熏習就永遠不會消失，就好像你吃過蘋果之後，對於蘋果的味道永遠不會忘記，但是至於你對這個味道的好惡就不一定了。而二取習氣就是能取、所取習氣，二取種子就是二執生起的種子，就是我執和法執，其中既有先天俱有的也有後天熏習所得的。
此外，《成唯識論》講種子有六義：一是剎那滅，種子在阿賴耶識裡邊，剎那生滅，不停的在運動轉化，而不是僵死的；二是果俱有，阿賴耶識的種子是因與果同時而轉；三是恆隨轉，種子在阿賴耶識裡邊，常時隨阿賴耶識轉化；四是性決定，善性生善法，惡性生惡法；有漏種生有漏法，無漏種生無漏法。這些性質是決定的，不會變化的；五是待眾緣，種子生現行時，一定要待眾多條件才能生；六是引自果，什麼果就生什麼法，各類的種子有各類的現行果。
二、末那識——染污識
末那識處於第六識和第八識之間，有上通下達的功用。它依第八識而起又執第八識的見分或者種子為「我」，即想把阿賴耶識的一切，都執著為自我的內容和自我個體，這種認識是把種子作為了一種先於認識而存在的基礎，而種子熏習論為末那識以「我」為中心顯現萬物提供了動力，故末那識被稱為「我識」，對應上述中的執藏。末那識又稱「染污識」，末那識作為自我意識，其特點是「恆審思量」，即不間斷的思量，總是將一切都認為是「我」所有的，而當這種慾望無法滿足的時候，二執二障也就隨之而生，「四惑八大相應起，六轉呼為染凈依」。二執為法執，我執，二障即為所知障和煩惱障，認知的局限性和隨著「我」這種自主意識而產生的貪、嗔、痴、慢的煩惱。
八種識體可分為三個結構，即心、意、識，「心」是阿賴耶識，「意」是末那識，「識」則指的前六識，但是「識」是虛妄分別，並且個體執著於這種不全面的分別之中，因而在這種「分別——執著」（也就是「遍計執性」，是指世俗人們對事物進行分別計度時把它們作為實有自性的東西）的模式下形成的「自我」或者說認知，也具有了染污性，是無明的。
唯識家認為有次第的熏習活動推動了個體意識系統的運轉，一切認識活動的種子在諸緣下顯現的現行，阿賴耶識則是這個系統的基底。在阿賴耶識當中，善的、惡的、無記性的、有漏的、無漏的、始有的、後天熏習的所有種子都無差別的存於阿賴耶識當中。這些種子之間也是在不斷運動之中的，種子與種子之間也會產生同化感染的作用。如同一杯整水，空間已經固定，如果泥沙多，水就渾濁，反之泥沙少，水就清澈，水的清澈與渾濁完全取決於種子的勢力的強弱。善的種子多，所生的善行就多，人所表現出來的「我」就更具善性，反之亦然（見種子六義）。而種子都要通過「染污識」這一通道，也就是有漏種子。
現附上《八識規矩頌》原文：
《八識規矩頌》 玄奘法師
前五識頌
性境現量通三性，眼耳身三二地居，遍行別境善十一，中二大八貪瞋痴。
五識同依凈色根，九緣八七好相鄰，合三離二觀塵世，愚者難分識與根。
變相觀空唯後得，果中猶自不詮真，圓明初發成無漏，三類分身息苦輪。
第六識頌
三性三量通三境，三界輪時易可知，相應心所五十一，善惡臨時別配之。
性界受三恆轉易，根隨信等總相連，動身發語獨為最，引滿能招業力牽。
發起初心歡喜地，俱生猶自現纏眠，遠行地後純無漏，觀察圓明照大千。
第七識頌
帶質有覆通情本，隨緣執我量為非，八大遍行別境慧，貪痴我見慢相隨。
恆審思量我相隨，有情日夜鎮昏迷，四惑八大相應起，六轉呼為染凈依。
極喜初心平等性，無功用行我恆摧，如來現起他受用，十地菩薩所被機。
第八識頌
性唯無覆五遍行，界地隨他業力生，二乘不了因迷執，由此能興論主諍。
浩浩三藏不可窮，淵深七浪境為風，受薰持種根身器，去後來先作主公。
不動地前才舍藏，金剛道後異熟空，大圓無垢同時發，普照十方塵剎中。
此為全文，私認為《規矩頌》就如同唯識學的綱領，可以作為唯識的第一步，熟讀全文和背誦。玄奘法師言簡意賅的概括了唯識學的要點，關於此文的解讀有很多，自行查看，不多贅述。
這是很早以前從百度圖片找到的一份很全面的概括百法的圖片，圖片中，不定煩惱應該更正為：睡眠、惡作、尋、伺；而不是圖中的「睡眠、惡作、想、思」。
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如果不按唯識學的路子來，引用《大方廣圓覺修多羅了義經》的「文殊菩薩章」：
於是文殊師利菩薩。在大眾中。即從座起。頂禮佛足。右繞三匝。長跪叉手。而白佛言。大悲世尊。願為此會諸來法眾。說於如來本起清凈因地法行。及說菩薩於大乘中發清凈心。遠離諸病。能使未來末世眾生求大乘者，不墮邪見。作是語已。五體投地。如是三請。終而復始。
善男子。無上法王有大陀羅尼門。名為圓覺。流出一切清凈真如菩提涅槃及波羅密。教授菩薩。一切如來。本起因地。皆依圓照清凈覺相。永斷無明。方成佛道。
云何無明。善男子。一切眾生。從無始來。種種顛倒。猶如迷人四方易處。妄認四大為自身相。六塵緣影為自心相。譬彼病目見空中花及第二月。善男子。空實無花。病者妄執。由妄執故。非唯惑此虛空自性。亦復迷彼實花生處。由此妄有輪轉生死。故名無明。
善男子。此無明者。非實有體。如夢中人。夢時非無。及至於醒。了無所得。如眾空花。滅於虛空。不可說言。有定滅處。何以故。無生處故。一切眾生。於無生中。妄見生滅。是故說名輪轉生死。
善男子。如來因地。修圓覺者。知是空花。即無輪轉。亦無身心受彼生死。非作故無。本性無故。彼知覺者。猶如虛空。知虛空者即空花相。亦不可說。無知覺性。有無俱遣。是則名為凈覺隨順。何以故。虛空性故。常不動故。如來藏中。無起滅故。無知見故。如法界性。究竟圓滿。遍十方故。是則名為因地法行。菩薩因此於大乘中。發清凈心。末世眾生。依此修行。不墮邪見。爾時世尊。欲重宣此義。而說偈言。
文殊汝當知 一切諸如來 從於本因地 皆以智慧覺
了達於無明 知彼如空花 即能免流轉 又如夢中人
醒時不可得 覺者如虛空 平等不動轉 覺遍十方界
即得成佛道 眾幻滅無處 成道亦無得 本性圓滿故
菩薩於此中 能發菩提心 末世諸眾生 修此免邪見
這段經文，可能更加適合大多數人的理解和邏輯，也比較簡練乾脆。
阿賴耶識是極端空性，與如來講空的內涵完全背離了。佛陀講空的用意並不是講那個物質空，修去一切執著才是真的空。
迷信阿賴耶識的人，把那些複雜隱晦的理論繞來繞去，繞不出來，你們沒有留意到，在這些複雜邏輯，不知所云的概念層層掩蓋之下，那個核心理念已經被替換成了一個連佛陀的存在都不承認，要把一切歸為死寂混沌的邪惡變異之物，根本不是佛法了。以下是打比方，簡便化，方便理解。
第八識就像一張白布（自性），自性本有。
阿賴耶識是白布上的想法。有了想法就有了染。
想畫佛祖（善），想在白布上吐痰（惡），想著在上面干點什麼，但幹什麼還沒想好（無記）
有了想法（種子）就有可能產生結果。漏就像結果。
無漏：沒有任何想法，只是那張白布。
有漏：善的想法引發行動，產生善果（染）。惡的想法引發行動，產生了惡果（染污）。有些想法還沒成形，只是一念而過，沒有採取行動，暫時沒結果。
種子現行，互為因果。習慣買衣服，就會經常有買衣服的想法，然後買，，，買了想，想促成買。
白布是道，我們是白布上不同眾生相。莊子說道在枯草，在瓦片，在屎尿，就是指白佈道是一切的截體。菩薩因一念而生，後有了分別心，末那識就是分別心羅漢界，羅漢一執著分別就成了眾生。往上回溯，你會發生，我們都是道生出來的，只是屬於一念生，念念生的境界了。
所有的想法都是妄想，想法又有萬千不同（分別），妄想分別因執著匯聚成形，萬千世界眾生就出現了。
不是很清楚，建議你幾十年後轉生到一個壽命幾百萬年的地方，問全宇宙最智慧最有福報的生命體
現在短短的幾十年，可以了解，可以研究，不要太花時間了，反而耽誤了自己真正實驗測試的機會
讓幾十年後面臨晚年，臨終，中有的時候後悔
智慧的仁者，你自思量，點到為止
某種意義上看，每個人都有一個最本質、最高的自己。佛教中稱之為「自性」。禪宗說，「自性迷為眾生，自性覺為佛。」
這個最本質、最高的自己，在人的一生中卻很難發揮作用。為什麼呢？這牽涉到人的意識的複合結構。
可以視人的肉身大腦為意識的終端——就像電腦的顯示器一樣——它不管接在哪一台電腦上都會顯示。就是說，它只管顯示，卻不管信息的來源。
人的意識是個複合的結構，怎麼理解這個「複合的結構」呢？打一個粗略的比方，就像個洋蔥——洋蔥的內核是人最本質、最高的自我——而其外層層包裹的物質因素，它們共同屬於人意識的組成部分。
一般說來，越接近洋蔥表層的那一部分就越不好，但出現的幾率卻越高；越接近內核的部分，相對來說就沒有那麼不好，但出現的幾率相對較低。
這個「洋蔥」的最外層，是與人的大腦連通、同步的。大腦一接收到「洋蔥」最外層的信息後瞬間顯示，再指揮著人的動作、表情、眼神…所以大腦的作用就相當於是一個中轉站。
也就是說，對於意識結構的這個「洋蔥」而言，不管意識的來源是屬於洋蔥內的哪一層，抑或是中心的真正自我，都必須傳遞至洋蔥的最外層後，才能與大腦接觸從而產生作用，否則的話，對大腦而言它即是不存在。
大腦自身不具備辨別信息來源的能力，它只是被動的顯示。
綜上結論是：人的思想是一個事件。 你的念一閃，你的心一動，實際上就經歷了起源、傳遞、顯示等一系列完整的過程。
這一系列的過程是在另外空間里運行的，對於人而言是無法察覺的瞬間。人唯一能知道的是：我是這個觀點、我是那種體驗、我是這種情緒、我是那個需求 —— 卻不會知道，上述種種表現，往往是來源於此人（『洋蔥』狀）意識結構中的某一層次中、相對應的某種因素的作用。
人們常常不假思索的以為:自己的思想是自由的、隨意的，其實不然。
應該說，每個人的意識都有一個相當複雜的構成——其中包涵著不同層次的、複雜的物質因素。
人們的每一種觀念、情緒、需要、甚至於習慣、慾望都不是無原無故的，而是來源於人的意識構成中各自對應的物質因素。
思想中這些物質因素的存在，人自身是意識不到、無法察覺的。
而人能感受到的是什麼呢？是這些物質因素所傳遞過來的結果——某種觀點呀，某個看法呀，某種狀態呀，某種體驗呀…
生活中，人的觀念、性格、精神狀態等等，雖然看起來千差萬別，卻很難改變，這是由於對一個具體的人而言，這些物質因素的構成方式是相對穩定的。
看一看你身邊的人，同事或同學，每一個人的性格、秉性往往都是相當穩定的，許多年過去了都很難改變，其背後就是這種物質因素在支撐著。
世人日常生活中的意識活動大都屬於上述層次。而在很好的狀態、或很高的境界中，生命可以瞬間排除上述因素的作用、干擾，使深層的那個「自己」直接傳遞至自己的表面意識——此刻，即相當於哲學家伯格森所說的「直覺」、心理學家馬斯洛所說的「存在認知」、或佛教中所說的「悟」。
有漏種是被眾生的善的或者惡的意志意向熏出來的。首先講一下什麼是有漏種以及熏種的原理，有漏種就是指可以產生來世三界六道的種子，也就是指可以造成來世輪迴的業力，這樣的業力產生的原因就是因為眾生的思心所造作而鑄造成的身口意三業，思心所用現在的白話講，就是指我們的意志或者意向，這是造業的根本，所謂現行熏種子就是指眾生會因為現行出來的結果而產生相應的意向從而造作種種業，這就變成了新的種子，即種子生現行，現行熏種子，因果循環往複。
那麼思心所所造成的業力可以分為善，惡，無記三種，而能造成輪迴的，就是善業和惡業，無記業不能產生輪迴，所以有漏種就是指善惡業。這裡的惡業好理解，不解釋，善業不包括佛教的出世修行方面的業力，而是指可以產生人天福報的業力，因為佛教的出世修行的原因是無漏種子，可以生起道諦，因此不在有漏種的範圍，那麼人天的善業和佛教的無漏業有什麼區別？人天的善業依然存在愛欲，比如梁武帝修廟建塔，求功德福報，因此心有所求，雖然是善業，但是依然有慾望，可以產生苦惱，而佛教的出世無漏業是離欲的，因此鑄造的種種業都是無記性，不能夠產生苦惱或者生死輪迴，所以兩者不能等同，善惡業都以慾望為前提，而無漏種所現行的道諦因為離欲的緣故，所以鑄造出來的業都是無記的，不能產生煩惱以及生死輪迴1、問種子怎麼來的，就涉及到有哪些種子，種子是本有還是新熏。
先說種子的分類：有漏種子和無漏種子。
無漏種子的來源有本有說，新熏說，以及本有加新熏說。護法菩薩持第三個觀點，認為無漏種子是本有的，但又可以被熏生熏長。玄奘大師繼承了這個觀點，並傳到了中國。另外，無漏種子不被阿賴耶識所攝，僅僅是寄在阿賴耶識上。
再說有漏種子，它就談不上本友還是新熏了，因為無時無刻種子生現行，現行熏種子，都在進行著。
2、為啥有漏，以及染？因為末那識，它是染凈依，而且工作起來的狀態是恆審思量。原來人生的一切就是貪嗔痴造成的業力輪迴，阿賴耶識就是輪迴之主體。人要脫離輪迴，很簡單，阿賴耶識【轉】，轉識成智，就可證入涅槃！
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由佛陀釋尊所宣說的佛教，是以去除苦惱，引導人們遠離煩惱，到達解脫的涅槃為根本目的。
為了解決苦惱，首先即說明為什麼會產生不安或苦惱，社會人生真實狀況之動態理論是如何？
其次說到，如何做才能脫離苦惱，亦即應如何做的實踐修行。在此意義下，佛教對於社會人生，可說是以「是如何」、「應如何做」為中心問題。
心，是社會人生動態的主導者。雖然在這裡，也包含了身體或社會環境等物質的層面，但是，它們並不是作為物質而孤立者，而是與精神有密切的關連性，誠如所謂的「身心相關」，如同原始經典所說的：
世間以心為主導，由生起的心而左右。或者，諸法以意為先導，以意為勝，由意所成。若以惡意言說或行動，因此苦隨及彼身，猶如車輪跟隨挽牛之足。
諸法以意為先導，以意為勝，由意所成。若以凈意言說或行動，因此樂隨及彼身，如影不離形。以及，心雜染故有情雜染，心清凈故有情清凈。
即是此意。這種身心關係是從原始佛教乃至後世，共通於所有佛教的。 佛教說「離苦得樂」、「轉迷開悟」，可說皆是以心的活動為中心，在脫離輪迴之苦，尋求不死的理想上，不只是佛教，同時也是印度宗教共同的傾向。
在原始經典中，把生起感覺或知覺時的心之活動，看成是「觸─受─想─思」的相續生起。
此時的「觸」是指根、境、識三者和合，依於感覺或知覺而成立認識的狀態；成立認識的最初剎那即為觸。
「受」是生起於觸之後的苦樂等感受作用，即對於認識對象感受好惡等。
「想」是生起於受之後的概念或表象等作用，將認識對象想成是「紅花」、「白雲」等。
「思」是生起於想之後的善惡等意志作用，對於認識對象，產生愛憎取捨等意志。
如此，從感覺或知覺的認識開始，相續生起一連串心的作用，這時的觸─受─想─思等，是個別、個別的心理作用。
那就是心，除了作用之外，並沒有心的主體，尤其是外道所認為的主體。
五蘊中行蘊的「行」，是包含除受、想、識三蘊之外的一切精神作用。
包括作意、觸、思、欲、念、定等心理作用，而此中也有以「思」（cetanā）作為行蘊的代表，而定義者。
若將行當成「思」（善惡的意志作用），此即是行的最狹義者，但是，除思之外，行蘊的「行」尚包含許多心理作用。
又在部派阿毘達磨中，說一切有部對於行蘊，除了設立作為心所法的心相應行之外，也設立心不相應行（不屬於物或心，但是會驅使物或心的力量），將行蘊的概念擴大，這在原始佛教是完全沒有說到的。
最後，十二緣起中的「行」，比五蘊的「行」更狹義，與「業」相同。亦即十二緣起的「行」，被說明為身、語、意三行，此與身、語、意三業相同。
業，是以作為意業的思為根本，由此產生身語業。身語業等在其行為之後，大多會留下行為的習慣力。
如此，業包括了意業（思）、身語業及身語業的習慣力，這些都應被看成是「行」；因為行的概念內容，比五蘊中的行範圍更狹隘，所以思（意業）是屬於最狹義的行。
在佛教以外，也有將「行」用來表示行為的習慣力（潛在力）之意。
行（作用）之語，一般在印度被用來表示各種意思，佛教以各種廣義或狹義的意義使用之，其中有不少是佛教獨特的概念內容。
尤其是將「行」當成現象法，與「有為法」視為相同而使用，這是別處所未見的。
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大乘唯識宗建立種子，是本宗的基本理論之一。所謂「八識三能變」，即是以種子為能變之因。而種子之建立，其淵源可追朔到部派佛教的「一味蘊」和「窮生死蘊」，以上二者
可視之為種子的前身。
「一味蘊」是經量部所立，《異部宗輪論》謂，經量部認為人體內有
一種名為「一味蘊」的「細意識」，由它而生起「根邊蘊」，即通常所稱的色、受、想、行、
識五蘊，由此五蘊構成一切眾生。而此「一味蘊」，即為受、想、行、識四蘊所組成，此一味蘊行相細微，有情的輪迴流轉，即通過它而進行。
《成唯識論述記》謂：「經量部亦名說轉部者，此師說有種子，唯一種子，現在相續，轉至後世，故名說轉。」故其頗有種子的功用。
化地部是自說一切有部分出來的部派，此部建立「窮生死蘊」，也具有種子的特徵。《攝大乘論》卷上謂︰「化地部中，亦以異門密意，說此名窮生死蘊。」
世親在《攝大乘論釋》中解釋此窮生死蘊曰：「窮生死陰，恆在不盡故，後時色心，因此還生。於無餘涅槃前，此陰不散，故名窮生死蘊。」
種子有二類，一者本有種子，二者新熏種子。
本有種子，謂阿賴耶識中，本來含藏有有漏無漏一切有為法的種子；
新熏種子，謂阿賴耶識中所藏的種非為本來所固有，而是由現行的前七識、隨所應而色、心萬差之種種熏習，而成為有生果功能的新種子。
於此，有護月、難陀、護法三師不同的主張。
一、護月論師主張，他以為一切種子，是阿賴耶識的功能作用，本來俱有，並不是由新熏發生；熏習不過能增長養成本來固有的種子，他引以下經論證明：《無盡意經》謂：「一切有情，無始時來，有種種界，如惡叉聚，法爾而有。」（界是因義，就是種子差別的異名。）《阿毗達磨經》謂︰「無始時來界，一切法等依。」
二、難陀論師主張新熏說，他以為一切種子，都是由現行的熏習而
發生的。因為能熏與所熏，都是無始以來具有，所以從無始來就有熏生的種子。他以為，所謂種子者，必藉熏習而發生。再者種子是習氣的異名，所謂習氣，就是現行所熏習的氣分，由之可知種子是由新熏而來。
他也引經論來證明︰《多界經》載︰「諸有情心，染凈諸法，所熏習故，無量種子之所積集。」
《攝大乘論》載︰「內種定有熏習，外種或有或無。」
三、護法論師主張折衷之說，他以為諸法種子，本有兩類，即本有種子和新熏種子。
這兩類種子，都是無始以來就有的。阿賴耶識中，具有法爾生起一切諸法的差別功能，這就是本有種子，此又名本性住種；同時在無始以來，由現行的勢力，留貯在阿賴耶識中而有生果的作用，這
就是新熏種子，此又名習所成種。此本新二種，相待而能生起諸法的現行。
種子聽起來是個名詞，有如植物的種子，但其實卻不是，
它只是一種功能，因其功能有如種子，是故名之為種子。
這個概念非常重要，因為假如將種子當成名詞，那麼種子便有實體，如此即便違反佛的教導。——種子若有實體時，那便可以將每個人的種子看成是「自我」，如是即違反「諸法無我」這個基本原則。
唯識家通途的說法是：第八阿賴耶識含藏種子，一切法皆從種子而生，連阿賴耶識亦不例外，亦從其所藏的自種而生。
所謂識者，祗是一種功能。此功能在潛伏狀態時，不稱識而稱種子，當種子發生作用，生起「現行」時，不稱種子而稱識。種子是潛在的功能，識是此潛在功能發生作用的名稱。
種子生現行，生出阿賴耶識的識體，這在識變中稱為「因能變」；因能變的同時，阿賴耶識生出前七識，同時各各識體上生起相見二分，這在
識變中稱為「果能變」。
相分是宇宙萬法的差別相狀，見分是主觀的認識作用。由主觀的認識作用的見分，去認識客觀的萬法相狀的相分，此時始有所謂宇宙人生。這種阿賴耶識中的萬法種子、仗因托緣生起現象世界的作用，就是阿賴耶緣起。
阿賴耶識雜染相
瑜伽五十一卷九頁云：謂略說阿賴耶識、是一切雜染根本。所以者何？由此識、是有情世間生起根本。能生諸根、根所依處、及轉識等故。亦是器世間生起根本。由能生起器世間故。亦是有情互起根本。一切有情相望，互為增上緣故。所以者何？無有有情、與余有情、互相見等時，不生苦樂等、更相受用。由此道理，當知有情界、互為增上緣。
又即此阿賴耶識、能持一切法種子故；於現在世，是苦諦體。亦是未來苦諦生因。又是現在集諦生因。如是能生有情世間故；能生器世間故；是苦諦體故；能生未來苦諦故；能生現在集諦故；當知阿賴耶識、是一切雜染根本。
阿賴耶識還滅相
瑜伽五十一卷九頁云：複次阿賴耶識所攝持順解脫分及順決擇分等善法種子，此非集諦因。由順解脫分等善根，與流轉相違故。所余世間所有善根，因此生故；轉更明盛。由此因緣，彼所攝受自類種子，轉有功能，轉有勢力；增長種子，速得成立。
復由此種子故；彼諸善法，轉明盛生。又復能感當來轉增轉勝，可愛可樂，諸異熟果。複次依此一切種子阿賴耶識故；薄伽梵說：有眼界、色界、眼識界，乃至有意界、法界、意識界。由於阿賴耶識中有種種界故。
又如經說：惡叉聚喻。由於阿賴耶識中，有多界故。複次此雜染根本阿賴耶識，修善法故；方得轉滅。此修善法，若諸異生，以緣轉識為境作意方便住心，能入最初聖諦現觀。非未見諦者，於諸諦中未得法眼，便能通達一切種子阿賴耶識。此未見諦者，修如是行已；或入聲聞正性離生。或入菩薩正性離生。達一切法真法界已，亦能通達阿賴耶識。當於爾時，能總觀察自內所有一切雜染；亦能了知自身，外為相縛所縛，內為粗重縛所縛，複次修觀行者，以阿賴耶識、是一切戲論所攝諸行界故；略彼諸行，於阿賴耶識中，總為一團、
一積、一聚。為一聚已；由緣真如境智，修習、多修習故；而得轉依。轉依無間，當言已斷阿賴耶識。由此斷故；當言已斷一切雜染。當知轉依、由相違故；能永對治阿賴耶識。
阿賴耶識為『轉識所依』者：因為一切諸法的生起，必須有它的所依。而有情生命的存在，必定有它的所依者。也就是說，任何一個心識活動的生起，必有它的所依，如果沒有一個執持生命的所依者，那麼有情心識的活動決不能產生。
阿賴耶識為內執根身者：根身，即指各個有情命之生物的肉體而言，就是通常所說的眼耳鼻舌身的五色根。此五色根，為組織有情生命的生理機構，也為一一有情命之生物的全體。
生理機構的五根，原是沒有知覺的色法，為什麼能在一期生命中，繼續不斷的活潑潑的存在?因為這是由於心識的執持，而能負起這個執持任務的，唯是第八阿賴耶識。由於此識一類相續，使根身不壞，且同安危，使種子不失，待緣生現行，故名執受。若無第八阿賴耶識執受之力，根身會腐爛的，如《成唯識論講記》說：
如契經云：有色根身，是有執受；若無此識，彼能執受，不應有故，謂五色根身及根依處，唯在此世是有執受，彼定由有能執受心，唯異熟心，先業所引，非善染等，一類能遍，相續執受，有色根身[
阿賴耶識為「輪迴主體」者：輪迴這一問題，是很多人都想徹底了解的問題，一般人認為輪迴之說，是無稽之談，不足憑信，但在古代印度的學術思想界，有一些人不承認輪迴這一事實。但一般學者認為，三世輪迴是事實存在的理論，而認為以一常恆不變自我，往來於三界五趣中。可是佛法，一方面不承認有個恆常不變的自我，另一方面又不否認三世輪迴的業果緣起，於是在說明上，就成了很大問題。因為這個現實生命體，如果沒有一法可以從前世移轉到後世，試問以什麼作為三世輪迴的主體?這在佛教的學派中，亦有各種不同的說法，但以唯識學的理論來看，亦只有阿賴耶識可以負起這項任務，因為阿賴耶識是五趣四生的趣生自體。
阿賴耶識為有情的總報體，當這現實生命結束時，阿賴耶識是最後離開這個報體，到新生命繼續而來時，於第一剎那成立生命的，亦是這阿賴耶識，所以前—生命與後一生命的連接，其任務確實唯有阿賴耶識可以擔當，如果不承認有阿賴耶識的存在，那生命相續的主體即不得成。佛法所說的輪迴，所以特別以阿賴耶識為其主體，是因為諸行無常的生死流轉，如果其間沒有一個負起聯繫任務的東西，那麼有情從前生到後生的生命延續，就無法建立起來。但是，有情的生命—生一生的延續，是世間的事實，不容我們所否認的。為有情生命相續主體的阿賴耶識，所以能夠負起這個任務，是因為在無始時來的生死流轉之中，此識如暴流水般的非斷非常的恆轉相續，《成唯識論講記》云：
恆謂此識無始時來，一類相續，常無間斷，是界趣生，施設本故[33]。
由此證知阿賴耶識是我們生命的本質，而這生命本質的阿賴耶識，隨於業力的牽引，所以一生一生的延續，形成—一有情生命的長流。
轉依是唯識學理論的最究竟的目的，也是唯識學者所要追求的最高境界。有人以為唯識學是專談理論的，對於行證不怎麼重視，這是錯誤的觀點，絕對不是唯識學價值的所在。唯識的理論，說明宇宙人生的真理，必定是要我們去悟證的，假定不能獲得悟證，試問說了又有何用?況且唯識說的行證方法都是大覺者的經驗之談，只要我們依照理論去修學，一定能如大覺者的悟證而悟證。「轉依」是唯識學的最高境界，也是修學佛法所要達到的究竟目的，如果從現實來說，所謂人生的真正價值，唯有證得二轉依果，才能徹底的實現。
《成唯識論講記》云：
由轉煩惱，得大涅盤；轉所知障，證無上覺。成立唯識，意為有情證得如斯二轉果[37]。
由此可知，阿賴耶識轉依的理論在唯識學中的重要性。
說到阿賴耶識的轉依，首先要知道阿賴耶識為染凈一切諸法的所依，如《攝大乘論》里阿毗達摩大乘經云：
無始時來界，一切法等依；由此有諸趣，及涅盤證得[38]。
此頌當中的「界」字，是指諸法的種子，為眾生無始以來熏習所成的。由此「界」為一切諸法所依的因體，所以，就有了生死流轉與涅盤還滅的兩大軌律。
從轉依來說，修學佛法者，在見修道中用功修行的時候，逐漸轉舍阿賴耶識中的雜染種子，逐漸轉增阿賴耶識中清凈種子，久而久之，雜染種子而轉成賴耶中清凈種子，故名轉依。阿賴耶識是染凈所依的根本，染轉為凈，所謂心識圓明即是佛，心識迷昧即是眾生，就是這個道理。染法以阿賴耶識為根本，所謂轉識成智，即以轉第八識為重要，轉八識而成大圓境智，也就是圓滿了轉依，解脫了一切生死之苦。轉是轉舍，依是所依，也就是說，轉舍阿賴耶識中的雜染諸法種子，而為清凈無漏法所依。
(1)轉所依：所謂轉所依，就是能轉的智慧，轉舍一切染法，轉得一切凈法，而以凈法為所依。智慧的生起，需要遇凈緣，得善知識的開導，聽聞正法，如理作意，稱量思維，才能生起智慧。此智慧能斷煩惱，能夠觀察事理，判斷是非，有斷惑證真之力。修學佛法者，依於佛法的實踐，經過長期修行，使阿賴耶識中的染法種子斷除，不再為諸染法所依，使藏識中的凈法種子增長起來，而成為純凈無漏法所依。智慧有三種不同：即加行智，根本智，後得智。這是根據不同的斷惑修證而說的。
(2)轉所舍：所謂「轉舍」，就是指能轉智所轉舍的東西。簡單的說，就是轉捨生死及劣無漏種子。分別的說，主要是斷舍煩惱所執二障種子。此種子在什麼時候斷舍呢?要在無漏的真無間道智生起時，才有能斷之力，因聖道現前，就沒有障惑的存在，如果障惑存在，聖道絕不會現前。其次，所要轉舍的是非障的有漏法和劣無漏法的種子。因為，第八識轉成純凈無漏的時候，它就不再任持有漏法及劣無漏種子，這些種子將會自然而然的捨去，留下的是純凈的無漏種子。
(3)轉所得：即指能轉舍的智，轉舍了所轉舍的二障煩惱和有漏法及劣無漏種子，應必有所得，這可符合道理。所轉得即是二轉依果：一是所生得的大菩提；二是顯得的大涅盤。為什麼說大菩提是所生得呢?因為阿賴耶識中本來具有菩提種子，但因所知障蒙蔽不能生起，後有能斷的聖道之力，斷除所知障，令起清凈種子發生現行，故名所生得。所謂大菩提，從體而盲，就是無漏智。如果從八個識來說，轉八識而成四智菩提，也就是轉前五識而成成所作智，轉第六識而成妙觀察智，轉第七識而成平等性智，轉第八識而成大圓鏡智。具足此四智，才名為大菩提果。而能真正證得大菩提果者，唯是究竟位的佛果。至於通達位與修習位的菩薩，雖然證得妙觀察智與平等性智的一分，但因未圓備，故不名大菩提。所謂真涅盤，即是真如之理體，本來清凈無染，但因煩惱所障，不能全體顯現。如難級依照修行，得到能斷的無漏智，徹底斷盡煩惱，自性清凈的真如本體，就會完全顯現，這就是最後所證得的真涅盤。
唯識學所說的阿賴耶識的轉依，是每一個學佛者所嚮往的境界，而證得二轉依果是我們的究竟目的。轉依就是轉去依住於阿賴耶識中的一切雜染不清凈的諸法種子，而使它成為清凈的無漏的菩提種子。所以，轉依與阿賴耶識有著不可分離的關係，從轉舍雜染依方面，也就證明了阿賴耶識所存在的價值。如果沒有阿賴耶識執持雜染種子，這雜染種子的轉依，有誰來擔負這項任務?又怎樣使有漏雜染種子而轉為清凈無漏的菩提種子。所以，不立阿賴耶識而說轉依，是絕無道理的，然而，若立阿賴耶識，轉依則成，因為一切種子在阿賴耶識中，可為轉去雜染依的有漏界，使它徹底的不存在，轉得最清凈依的無漏法界，而顯現清凈的無住涅盤。
阿賴耶識是種子庫，所有的種子都存在裡面。
種子是通過身.語.意.三門來播種的！
有漏的種子是因為你的發心不純粹，比如你幫助了一個人，是否有想要回報，如果有就是一個有漏的種子
識非識是識。
阿賴耶識是天道，污染是人性，你誕生那一刻起就被污染了。你夾渣了自己的私慾進去。得失心作怪爾。
唯識學講不是所有眾生都是清凈圓滿的，有的阿賴耶識是有漏的，有漏的眾生不能圓滿，無論他輪轉多少世，因為他的本心就是有漏的。
諸善男子！我常說言：色心諸緣，及心所使，諸所緣法，唯心所現。汝身汝心，皆是妙明真精妙心中所現物。云何汝等，遺失本妙，圓妙明心，寶明妙性，認悟中迷，晦昧為空，空晦暗中，結暗為色。色雜妄想，想相為身。聚緣內搖，趣外奔逸，昏擾擾相，以為心性。一迷為心，決定惑為色身之內。不知色身，外洎山河，虛空大地，咸是妙明，真心中物。譬如澄清，百千大海，棄之，唯認一浮漚體。目為全潮，窮盡瀛渤。汝等即是迷中倍人，如我垂手，等無差別，如來說為可憐愍者！
。。。。。。。。。。
應該是這句話：
認悟中迷，晦昧為空，空晦暗中，結暗為色。色雜妄想，想相為身。聚緣內搖，趣外奔逸，昏擾擾相，以為心性。
此問題類似於：為什麼佛性本來是清凈的，怎麼會升起後來的無明呢？
圓覺經是金剛藏菩薩所問，佛的解釋是****、****、，呃，此非正問。
楞嚴經是富樓那所問，佛的解釋是.......迷本無因。
熏習而來。被煩惱，業所染污。因為他被煩惱所染。
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