Markdown + R 可以替代 LaTeX 完成論文寫作嗎？
最近看到一篇文章（《為什麼Markdown+R有較大概率成為科技寫作主流？》）講Markdown+R的未來，而LaTex本身有時候也稍顯複雜，那麼Markdown+R為主的排版方式是否能夠在借用LaTex一些數學功能的情況下成為LaTex的替代呢？
語文不好，所以說的不是很清楚，但是不想再修改了。。。。。
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我的觀點是：不可能替代。其實只要認真的思考一下什麼是排版，了解過一些印刷排版的資料，有過排版長文甚至書籍的經歷，在 LaTeX 中遇到過一些難以解決的棘手問題，應該會對什麼是排版有所感覺，就會知道 LaTeX 不能替代的地方在哪裡。因為「排版」不等同於「結構標記」。
詳細的說，僅僅從論文寫作的角度來說，也就是說，只是把把想要寫的內容用電腦敲出來，該畫的圖畫出來，該計算的結果計算出來，從這個意義來講，Markdown+R 倒是可行，這其實也是每個作者希望的方式，其實也應該是開發者所追求的的目標——內容與格式的分離、計算結果直接輸出至文檔。但就現在的情況以及未來的趨勢來看，我認為Markdown+R或者+其他的某種科學計算語言（比如 SageTeX、SciPy）或者繪圖程序（比如 TeXGraph、Gnuplot）不能成為 LaTeX 的替代，因為他們做的事情是書寫加上簡單的標記。另外需要提到的是，像這種把寫作與計算相結合的嘗試非常多，我覺得 R 在這裡並不是關鍵，除了前面提到的幾個例子，TeXmacs、Scientific Workplace都支持直接在寫作中計算、繪圖等，MATLAB 甚至直接在 MS Word 中邊寫文章邊計算，而且用 Mathematica 直接書寫效果也是差強人意。不過，他們還是無法替代 LaTeX 最為排版工具的地位（他們涉及的只是最簡單的標記或者最基礎層次的排版，無法對版面、文字等進行精細的設置、調整）。
其實，我們現在的目標格式都是 PDF，說白了，那個 LaTeX 代碼也是一個中間過程，我們希望的結果是：作者用簡單的標記語言(比如Markdown）書寫，再加上一些科學計算語言使得我們可以把計算的結果也直接得到，然後生成「排版」規範的科技文獻的PDF。縱觀現在各種實現方式，最後一步都是拿 (La)TeX 來完成的（當然要出去TeXmacs、Mahtematica和Scientific Workplace），其實機器生成的 (La)TeX 代碼也非常有有限，難道大家認為直接寫的 (La)TeX 代碼都不一定能排版好的文章，難道用這二手的機器生成的 (La)TeX 代碼就完美的解決了？如果要排版，還是需要手工調整 (La)TeX 代碼。如果排版要求不高，自己看的話，工作量不是很大，還可以接受，畢竟 (La)TeX 的標記要稍稍繁瑣一些。但是如果是比較長的文章，對真正意義上的排版比較講究的話，這個工作量就大了，甚至要比直接寫 LaTeX 代碼更加麻煩。
所以說有一定的使用價值，畢竟標記簡單，但是局限性很大，不能替代 LaTeX 的地位。
再來扯淡一些：我們來看看Markdown 是什麼:
「Markdown」 is two things:
(1) a plain text formatting syntax; and
(2) a software tool, written in Perl, that converts the plain text formatting to HTML.
它的哲學是：
The overriding design goal for Markdown』s formatting syntax is to make it as readable as possible. The idea is that a Markdown-formatted document should be publishable as-is, as plain text, without looking like it』s been marked up with tags or formatting instructions.
這是原始的 Markdown 語法（標記）以及轉換程序（markdown.pl）。可以看出，他最初不是用來排版的，只是一些簡單的格式化，並且希望能夠只用純文本就可以清晰的體現格式，讓標記顯得自然。
後來Markdown由於它的這種簡潔易用火了，但同時也發現了它在很多方面的不足，儘管可以直接書寫 html 來實現更多的標記，但大家自然是不肯局限於此的，於是結合已有的 org-mode、rst 等等標記，又有了很多的拓展和變種。比如 Markdown Extra, MultiMarkdown, Maruku, kramdown, Pandoc Markdown, Github Markdown, Stackexchange Markdown 等等。他們在標記以及轉換程序上都有做出了很多的修改，而且可以支持各種不同的輸出格式。我最喜歡的也是我認為最有前景的 Pandoc，在 Markdown 的基礎之上做出了非常多的擴展，包括跟 LaTeX 的結合、各表表格、參考文獻、交叉引用、頁眉頁腳、圖表標題都可以實現，但即使這樣，作為論文排版這就夠了嗎？而且，在加入這這些複雜的東西之後，可以明顯感覺到，原文本並不能很好的遵循最初的設想（a Markdown-formatted document should be publishable as-is, as plain text, without looking like it』s been marked up with tags or formatting instructions）了。只是又造了一個輪子而已，而且還造的功能不全。
一般大家僅僅認為TeX只是一種標記，加粗、傾斜、章節、插圖、超鏈接等等，特別的，感覺它只是對數學公式的一個標記，於是就認為這些東西 Markdown（加上擴展） 都可以做到，這其實是對「排版」這個詞的認識太有限。也正是這一點使大家認為 Markdown 就可以替代 LaTeX 了。TeX 作為一個排版程序大大家都不怎麼關注，這確實也不是一般作者需要關注的東西，但是它確實在那裡，有其難以撼動的的地位。實際上前面說了，如論如何，我們最終的排版是交給 TeX 來完成的，如果直接寫的 LaTeX 代碼都難以很好的完成，二手代碼就更難了，一些機械化的東西可以由轉換來實現（比如生成表格的代碼），但是排版並不完全是機械性的勞動。大家熟悉的網頁的內容的排版工作，是由瀏覽器完成的，標記 HTML + 樣式 CSS + 輔助的程序 JS 然後就可以完成排版了，也有一些利用TeX演算法來完成網頁排版的JS，比如 hyphenator.js，但是網頁排版跟印刷排版畢竟不同，搞網頁標準化的人希望能能夠搞定實際的印刷排版，但是現在來看，還是很幼稚。網頁內容的排版離印刷排版還有很大的差距，將來如何我不好作評論。不過，css is awesome!
對我有很大影響的一篇文章，多次讀過。但現在回看，覺得最大的問題在：
既兼容了LaTeX的既有能力，同時，又廣泛藉助於R自身強大的作圖與統計學習能力。
以我的經驗看來，「兼容」 LaTeX 這件事真不是這麼容易，pandoc 的轉換也沒想像的那麼完美。推薦另一篇最近看到的博客 Markdown or LaTeX?，論證很清晰：你需要把寫的東西漂亮地列印到紙上嗎？如果是，用 LaTeX，不是則 Markdown。
我認為可以，但是現階段使用可能有一些問題。
先說一下問題吧：
1. 評估你論文的人，沒猜錯的話，看得是你的tex而不是markdown或者pdf。但是轉換出的tex不太好閱讀。
2. 有時候你需要寫包含大量tex 的東西，比如等號對齊的數學公式。這種情況下markdown的語法或者用$$擴起來的內容已經不夠用了(環境不同)。不過你可以在markdown中裸寫latex(不知道knitr是否支持，但是pandoc支持markdown中裸寫latex或者html)
現階段我懷疑可以考慮一個這樣的解決方案：先用markdown打草稿把論文寫出來，然後使用tex重寫一遍（或者用knitr或者pandoc轉成tex之後進行修改）
其實我覺得latex有這樣的一個問題，如果你沒有浮動體(比如圖片和表格)，那麼你排出來的東西都很正常，但是這時候markdown似乎也可以。但是如果你有浮動體（比如一些圖片），但是有想要指定浮動體的位置和大小來達到某種排版效果，latex會讓你很痛苦：你需要可視化去查看浮動體現有的位置，在代碼用dirty tricks中調整浮動體位置
我上面這句話並非在推薦word......因為我好久沒有用office系列寫過東西以至於我不好說word好用或者word不好用了。我在這裡覺得如果你有真正的排版需求，也許Indesign或者Scribus這種專業軟體會比較好（其實這兩個我都不會用，我在等著別人跳坑然後貢獻教程）
然後說一下為什麼我覺得markdown或者類似的寫法是未來的選項。
原因是一般的論文寫作者關注的是內容，而不是關注自己排版是怎樣的。
而對於大部分人來說，latex比markdown更容易打擾思路。比如，雖然我覺得，只考慮內容的寫作中，latex的語法沒有比markdown麻煩多少。但是我依然覺得markdown比latex順手。
可能是 ##, !()[] 這種標誌比 subsection, includegraphicx之類的東西看起來清爽的原因吧
所以我覺得，如果論文寫作主要管的是內容的話，用markdown不僅僅可行並且對大多數人來說比latex更容易入門，畢竟最後的排版是雜誌編輯之類處理的。
但是 knitr這種方式我不清楚是否會更好，因為很多時候需要引用一些處理過的或者實驗得出的數據進行做圖，而這些數據有不會跟隨論文給出LaTeX 與 Word 對比起來有很多的優點 ：首先在編輯複雜文檔時 ，Word 總能給人這些意外 ， 當計算機在一次死後 ， 打開上次編輯的試卷時發現所有的公式都變成不可編輯的圖片 ， 但這決
不可能發生在 LaTeX 中 ；其次 ，LaTeX 使用幾條簡單的命令就可以很容易生成腳註、索引、目錄和參考文獻等複雜的結構。它使得出版快速 ， 並生成質量很高的科技作品以交流科技信息。另外 ， 使用 LaTeX 時 ， 你只是詩人 ，LaTeX 則是你的排版工。而在使用 Word 等文字處理軟體時你既是詩人又是排版工。LaTeX 可以提供專業級的排版設計 ， 使文檔看起來如同印刷好的一樣 ， 但從遠處看 Word 的文檔則是黑一塊白一塊的 ； 最後 ，LaTeX 實際是TeX 的宏命令 ， 這些宏命令能把各種複雜的數學公式系統化 ， 許多數學符號 ， 例如上下標的大小等都可由系統自動製作 ， 這就給LaTeX 的用戶帶來了很大的方便 . 用戶可以不用涉及文章的具體格式和印刷要求 ， 只要按照規定給出這些確定的宏命令 ， 即可生成質量較高的作品。這正是為什麼世界上這麼多科學家對 LaTeX 愛不釋手的原因所在。
這幾天一直markdown做PDF htm等等，既然要寫R程序，為什麼不用sweave和knitr呢。。。
個人不太建議用markdown寫論文，雖然也可以產生pdf，但是用來產生網頁更多。
而且markdown有個問題是，個人感覺，好像不能用%隱去不想要的段落，但是這一點sweave或者latex就好用很多。今天不想要的用%隱去明天想要了還能找回來。
另外我覺得sweave比latex更好用是因為R程序直接嵌套，latex的話好像做不到吧？
反正我以前剛用latex現在用sweave/knitr，覺得knitr還挺順手的，直接Rstudio就搞定了。
Sweave已經內置於RStudio了，Markdown進行學術文檔學術寫作還是有差距的。在若干science society，寫文章Tex還是基本門檻一般的。
Sweave編譯雖然慢，但對於LaTex已經是極大的擴展了R的兼容性。其非同步性能讓寫作和代碼/結果分開，對於邏輯上潔癖的人（完美主義者），真是一件大快所有人心的大好事呀。
- 該文作者完全不熟悉文字處理軟體和排版軟體，根本沒資格談論誰取代誰
- 該作者不明白TeX是排版軟體，不僅僅是用來添加公式等特殊數學符號的
看情況，基本上可以。謝大神最近寫了一個新包：bookdown ,&bookdown: Authoring Books and Technical Documents with R Markdownbookdown: Authoring Books and Technical Documents with R Markdown"> Bookdown & 這個可以。
Bookdown用markdown的語法解決了不少原本markdown排版上的問題，基本上技術文檔是沒問題的
並不能，
我感覺當你R code計算量不大時， 選擇用R markdown編譯很輕鬆。 假如R code中涉及到一些複雜的，需要長時間運行才能得到結果的計算，那麼你可能需要仔細保存R data（不然需要長時間才能編譯好R markdown）， 然後再在R markdown中載入那些歷史記錄。 這樣看的話一旦涉及複雜的計算， 用R markdown也不是很輕鬆。
可以的，我都是用稿紙，特別性感
完全可以，不過需要添加一些tex的文件對於文章的頁眉和頁腳進行新的定義，所有的排版定義都可以通過tex文件來完成，然後在Rmarkdown文件中include一下就可以了。
Markdown和LaTeX在一開始的理念就不一樣的，自己的感受時LaTeX不會被markdown替代，customisation完全不及LaTeX。好的editor會讓LaTeX更加舒心。
中文處理不怎樣。
markdown對R代碼和結果的兼容性比TEX好，但排版沒有TEX精細，還不能完全當TEX用！
我覺得不要一下就追求替代LaTeX，先替代word比較現實。Markdown可以看作html的簡化版本，然而html是不管排版的，排版由css管。word格式基於xml，自身也有一些用於排版的規範。添加了css擴展（或者其它東西）的markdown應該有望取代word。
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