對科研人員，如何有效整理文獻資料？

12-27

對於學術性、科研人員避免不了會從各種期刊資料庫下載大量文獻資料來進行科學研究，於是可以看到父文件夾 - 子文件夾 - 孫文件夾 - 曾孫文件夾。。。。。然後就是上百篇PDF堆在一起，讓人看的很是頭疼。

所以請問諸位有什麼好方法有效的管理所搜集的文獻資料，要求：
① 能夠科學歸類
② 在使用時能夠較為精確、迅速地檢索定位
③ 不同文獻的要點，即能為我所用的信息儘可能地明顯體現，便於二次使用時的信息提取
④ 除開以上三點，大家也可以提供自己的整理思路，好的管理經驗等等

晚輩不甚感謝前輩們的幫助，先謝過~

有整理強迫症的科研小蝦米怒答！基本上文獻管理文獻引用等文獻相關工作都可以用ENDNOTE來完成。（多圖）
先上一張全貌圖再一一說明。（本人只是科研小蝦米，希望不要被吐槽）

前3條都是如何使用建好的endnote資料庫，用來回答題主的問題，如果從沒有用過endnote的童鞋請直接跳到第4條，這個資料庫是怎麼建成的。懶得看這麼多字的童鞋請跳到最後。。。

1、首先題主需要科學的分類系統，endnote可以提供3級的分類。最上層的是library，打開一個資料庫文件后里面所有的文獻都屬於一個library，一般包含的是某一個領域的文獻（很多初級研究者只研究一個領域的話，那一個library就夠了）；下面是group set，然後group。如下圖：

加粗字體顯示的就是group set，下面又可以有很多group。
可能題主需要更細的分類，比如某一類結果研究，或者使用某個自變數的研究，那可以有2種方法，如果需要分在某一類下的文獻很多，可以為此建一個group（注意，一篇文獻可以屬於多個group，而且刪除group並不會刪除其下的文獻）；如果需要分出的文獻少的話，可以使用注釋，如下圖：

在文獻的屬性里有一項research notes，可以做簡要的筆記（這個屬性在默認設置裡面是不顯示在這裡的，需要其顯示的話：菜單欄edit--preferences--display fields 這裡可以選擇需要顯示哪些屬性，以怎樣的順序顯示）。

2、在使用時能夠較為精確、迅速地檢索定位。從上面的圖中已經可以看出，窗口中以列表形式顯示了文獻的基本信息，而且可以以各種方式進行排列。上圖中research notes上面有個小三角，意思就是現在是按照這個屬性來排列的。
首先，一般想找到一篇看過的文獻，只要記得其一兩個信息（比如我經常記的是作者和年代）就可以找到這篇文獻。其次，注釋、group分類都可以幫助我們更高效地找到某篇文獻。而且，如果文獻過多的話，在工具欄還有搜索欄，點我划出的這個按鈕就會有更詳細的檢索項。不過根據個人經驗，只有三四百篇文獻的話是基本用不到搜索欄的。

題主的第三個問題中文獻的要點指的是文獻的基本信息么?如果是的話以上就是答案了。如果題主指的是文獻更細節的信息，比如關鍵詞、摘要這樣的，請往下看。

3、其實在上面文獻的窗口裡顯示出的文獻信息只是被管理信息的一小部分啦。如果想更細緻地了解一篇文獻，可以雙擊選中的文獻，這樣就展開了文獻的詳細屬性（包括摘要、關鍵詞），裡面內容非常多，不過並不是所有內容都會填滿，滿足需要即可。research note的編輯也在這裡（紅線部位）。這裡所有的屬性都可以編輯，不過一般只會寫下research note啦，其它信息都是從網上資料庫里導出的（具體操作請往下看）。

這裡可能會有人問，看了這麼多文獻信息，這個全文到底在哪裡！！其實在前面的文獻列表中，只要選中一篇文獻（單擊左鍵），如果此文獻有PDF附件的話，就可以在下部的窗口中看到原文了，單擊紅筆划出的按鈕可以在PDF閱讀器中打開這個PDF。所以只想瀏覽摘要、關鍵詞的話不用打開PDF或者展開文獻的詳細屬性，在這裡也可以看到。

4、上面一直在說endnote建好的資料庫怎麼用，如何好，可能下面才是題主最關心的問題，這個資料庫是怎麼建的？？？
首先將文獻信息導入endnote。本人常用的有web of science（WOS）和谷歌學術。

上面是我在WOS里用visual expertise檢索到的文獻，直接在文獻前面的紅色標記出的小筐內打勾，選擇「保存至endnote」，會讓你下載一個導出文件，CIW格式。這裡要注意，在導出選項裡面默認是沒有摘要信息的，需要摘要的話可以手動選擇有摘要。打開下載好的CIW文件，選中的這些文獻的信息就會導入endnote中了。
WOS還有標記多篇文獻一起導出的功能，即選中文獻後「添加到標記結果列表」，然後繼續檢索需要的文獻，直到你覺得夠了，進入「標記結果列表」，後面的導出操作跟上面差不多。

使用谷歌學術的好處是，文獻更全，有些會議論文或書籍都可以檢索到。從沒用谷歌學術導出文獻的童鞋需要先在谷歌學術的設置裡面將文獻導出選項選擇為endnote。然後在谷歌學術裡面檢索到的每個文獻下面都會有個小按鈕「導出到endnote」。點這個按鈕也會下載一個導出文件，打開下載好的導出文件就可以將其中的文獻信息導入到endnote了。
幾乎所有的學術資料庫都會有文獻導出功能（export，citation等），都會下載一個導出文件，使用的方法也差不多。

5、文獻跟全文的連接，即將全文PDF添加為endnote文獻的附件，這裡需要強調的是，文獻指的是endnote里儲存的文獻信息，不一定有全文PDF。有以下幾種方法。
首先，可以用endnote來下載全文，前提是你所在的網路有那些學術資料庫的許可權。在endnote文獻列表窗口選中需要下全文的文獻（可以Ctrl+A全選），右鍵菜單選擇「find full text」。操作非常簡單，根據經驗會有接近50%的全文直接下載下來（在學校內網中）。
如果你手上已有PDF，可以選擇文獻，右鍵菜單--file attachment，即可將此PDF添加為文獻的附件。注意：將PDF添加為某reference的附件時，會自動將此PDF複製進此library的文件夾內，也就是說原來的那個PDF移動或被刪除不會影響endnote里的使用。所以建議以後打開PDF或者在全文裡面做標記，都從endnote裡面打開，這樣你再也不用管這個PDF在哪裡了。同時要注意，endnote文件夾裡面的library文件夾千萬不要刪除，最好不要改動。

6、現在手上有一大堆PDF全文，不想再一個個導入文獻信息怎麼辦？
可以用PDF導入功能！！這也是我最喜歡的功能了o(∩_∩)o
在工具欄點這個導入按鈕

會出現導入窗口，選擇想導入的pdf文件，如下圖

然後點「Import」，然後如下圖，可以看到imported references旁邊顯示是1，導入成功，而且從文獻列表裡也可以看到導入的文獻基本信息都有，就是如此方便快捷~~

注意：之所以可以導入成功是因為endnote自動識別了PDF裡面的DOI號（類似於文獻的身份證號，都是唯一的），然後根據DOI在網上檢索到了其基本信息。所以如果PDF裡面沒有些DOI號，或者中文文獻，這裡雖然也能導入，但是就沒有這些基本信息了。此時我們可以選擇（1）手動填入DOI號或者文章題目，然後在文獻列表中選中此文獻，右鍵菜單--find reference updates.....這樣endnote又會根據現有的信息去網上找到匹配這些信息的文獻了。（2）如果還是無法找到匹配文獻，用第4條里的傳統方法導入。

下面還有更方便的方法——批量導入PDF!
如果手中有上百篇PDF一篇一篇導入實在麻煩，可以試試菜單欄 file--import--folder...
就是這樣，所有PDF都進入資料庫了~~

當然還是會有上面提到的問題，對於找不到DOI號的文獻是沒有文獻基本信息的，根據個人經驗這種情況佔總導入PDF的10%左右（中文文獻不在討論範圍）。也就是說大概有10%的文獻需要用上文提到的 reference update或者傳統導入方法，其實已經非常省力了~~！
這裡導入成果的文獻都會將導入的PDF作為附件，也遵循第5條提到的原理，導入的PDF都會被複制到library下的文件夾里，所以強烈建議，喜歡在PDF裡面做筆記的童鞋，最好每次都在endnote裡面打開PDF，因為作為文獻附件的PDF已經跟你所導入的那個PDF不是一個文件了！

以上是用endnote管理文獻的基本方法，當然endnote製作參考文獻的功能也是不錯的，這個可以另外寫一篇了。還有很多細節的操作沒有說，比如文獻導入好了怎麼放到group里？如果真有需要的話多點點右鍵菜單什麼的總能發現的。

最後，更多操作請看中國科技大學羅昭鋒老師的《文獻管理與信息分析》系列視頻講座！
文獻管理與信息分析（中科大2013秋網路班）

我的辦法就是menderly找論文，然後pdf文檔都裝在iPad里看，注釋什麼都在平板里進行，挺方便得；如果寫論文要引用的話就用Google scholar

實際上我是比較懶的，所以懶人有懶方法。

國內上不了Dropbox，所以為了防止在國內無法學習，每次組裡其他人上傳文獻到Dropbox之後，我都同步到國內某網盤。
除此之外，Mac的ibooks是整理文獻的利器，蘋果雲服務贊一個。
我的領域（理論物理）有專門的人不定期更新文獻nLab，String Theory Wiki，String Reviews，number theory and physics archive

英文文獻閱讀時，如何做筆記？這是如何在二次提取信息時我用的方法。

其實我對讀過的文獻的內容是可以做到照片式記憶的。也就是說，能夠大概做到知道某個概念來自於哪些文章，哪個網站誰做的，大概全世界都有誰做過這些問題。雖然不能完全回憶出來細節，但算東西的時候基本上能立刻找到需要的文獻。
培養這個能力其實很簡單，就是多讀文獻。基本上我認識的周圍朋友做我們這個行當的都有這個Recall的能力。要真是沒有的話，每天那麼多更新早就把我們累死了。

因為日常都在Linux下工作，所以一直在用mendeley。
1.免費的雲存儲空間可以不藉助其他軟體就能方便地在不同機器間同步，而且跨平台。
2.可以直接導入PDF，生成相應記錄。
3.可以watch某個folder，只要有新文件加入，自動識別導入。
3.可以設置整理文件名，自動重命名新加入文件到統一的「作者-年-標題」等格式。
4.所有文件扔到一個目錄下便好，在軟體里可以創建不同的目錄層次，這樣每個記錄可以放到多個類別下。
5.當然還有搜索功能，可以方便地搜索各PDF文檔的內容。
6.個人對於其自帶的社交網路的功能用的比較少。
因為只用過這個，所以或許這些功能其他軟體也有？

推薦Mac用戶用Papers 3, 集搜索、下載、閱讀、標註和整理於一身，十分好用。

我用endnote 分組整理，寫論文的時候直接用它插入文獻引用，調格式也很方便。。
可惜寶寶看文獻的效率好低…

國內土博
EndNote+三個文件夾，一個放同屬一個研究方向的文獻，一個放與自己研究工作直接相關的文獻，按照研究者約定的分類法命名子目錄、孫子目錄等，最後一個放待讀未分類文獻。
EndNote主要用來處理文獻引用，平時論文都在文件夾里找，分類合理的話最多三四級目錄就能基本涵蓋所有文獻，查找的效率很高，不要執著於某些軟體，很多時候簡單就是最好的。
反正這樣我用著很舒服撐到畢業無壓力，兩篇國際SCI會議若干。
不適用高大上的國外Phd，恩。

我用acagrid，資料管理界面設計很人性，一看就會用，很容易上手，還可以輕鬆分享給別人，也能隨時下載，可以選擇資料類型，排序，直接生成列印稿，有時候在外出差，經常需要填一些常用的表格，上傳資料，發資料，都可以通過手機APP的掃描上傳、遠程管理、分享、下載，前期會稍微麻煩點，傳資料，整理資料很痛苦，不過後期真的挺方便。
這是他們的網址http://www.acagrid.com/

如果查看中文的文獻多，個人感覺中國知網的那個elearning就很好用了，文獻保存很有條理，還可以記筆記，標註，把保存文件夾放到金山快盤中去，還可以多電腦同步。