如何看待 Illumina 推出 NovaSeq 系列測序儀？
百元基因組學時代到來！Illumina推出全新測序儀
測序成本有望從1000美元將至100美元，類似於集成電路 在生物行業的摩爾定律。
相比於Illumina其他測序系統，NovaSeq測序成本更低。NovaSeq系統比HisSeq X便宜20%，通量將是其3倍。NovaSeq 6000預計將於2017年3月進入市場，NovaSeq 5000的銷售時間定在2017年中旬。
從半個外行（不是高通量）的角度隨便說說：
最多只是一個大一些的量變罷了，量變可以引發質變，但NovaSeq的面世只能是量變中的一小步，遠不是那種推出即引發大變革的東西。
從另一個角度理解，NGS（下一代測序，其實更好的名字是第二代測序）發展最快的那幾年，通量翻倍時間在12個月不到，最瘋狂的那幾年六個月翻番（對比計算機摩爾定律18個月），成本下降10倍大概和以前三年的變化差不多，從外行（不做高通量測序的生物研究人員）的角度看，三年以來測序給整個生物學界帶來的變化很大么？還不如一個CRISPR吧。。。
很多需要通量，需要深度的研究要不早就被NGS的爆髮式發展滿足了，要不也不會因為這10倍而有本質的變化，正好需要這十倍的研究領域並不多。就好像自從國際象棋被計算機攻破了這麼多年，無論計算機即使翻了十倍又十倍，圍棋被突破最終主要功勞還要靠新演算法。計算力該不夠還是不夠，夠用的早就夠用了。
我覺著測序領域真正需要解決的其實是兩個問題，這兩個問題的解決可能直接帶來質變。一是讀長，二是單詞測序成本（包括金錢成本和時間成本）。
第一個問題更靠近科研，如果一個read直接就是一條或者半條染色體的長度，那麼很多bioinformatics（生物信息學）的問題就直接消失了，單細胞測序的問題也解決了一大半，每個基因組要求的的深度估計要下降一個數量級。很多mapping的問題，重複序列的問題就都解決了，這是質變。
第二個問題更靠近應用。對於病人來說做個基因組測序可以統一做一起做，那麼時間的管理和成本的平攤都好說。但是用於醫療的表達組，表觀組，必須在時間上有著突破，就是說不僅要便宜，還要快速化小型化，不能說「啊我們醫院可以做，但是就為你一個人做一小部分表達組測序實在是太貴，要攢一千個病人一起做」。這就杯具了。
從這個角度說，這也為什麼NovaSeq再厲害也只是二代測序。
馬克
先心疼x ten的買主五秒鐘，尤其是專門買來喂不飽講故事沖估值的
PS，建議該標註『利益相關』的用戶標一下……看有些三零用戶首答這個長篇大論總覺得怪怪的這機器看上去像個洗衣機……
不是很理解illumina的思維。好像illumina覺得自己在二代測序領域獨孤求敗，於是自己出了個新產品乾死了自己的HiSeq X。（你們這群弱渣，連我一個HiSeq X都打不過，來來來我教你，應該這樣才能打敗它。）
懷疑內部有兩個團隊在競爭，illumina要變天了……
illumina想用這台洗衣機挽回股票頹勢？
以上都是不負責任的瞎想。讀長沒有變長不開心
用NextSeq的表示比較關心bias。。。
現在很懷疑這NovaSeq是大號NextSeq，雙通道，只有6個Q score的坑爹貨。
當然，測個基因組還是OK的。發現這個話題討論得不夠熱烈啊，對於這種劃時代的產品問世，還是有一些信息可以挖掘的嘛。
剛剛2017，Illumina就放了一個大招：
Illumina新推出的NovaSeq儀器，有望將人類基因組測序從1000美元降至100美元，於是乎，生物界測序界投資界媒體上都是Illumina和NovaSeq的頭條，紛紛訴說著人類百美元基因組時代已經到來。
那麼，真的到了百美元時代了嗎？
當前全基因組測序的價格是九千元至3萬元（千美元級別）不等，如果自己會進行數據分析，一萬元以內測個序即可，自己不會分析的話就需要後續的數據儲存與分析消費，無論如何，百美元時代還沒有到來，現在仍是千美元基因組時代。
Illumina推出的Novaseq可以將全基因組測序的價格從從一千美元降到百美元級別？
根據Illumina官方給出的數據：
對於HiSeq 2500的客戶，NovaSeq每Gb成本下降了50%，而S2流動槽的產量增加了一倍。對於HiSeq 4000的客戶，NovaSeq的成本下降了45%，而S3流動槽的產量達到2.5倍。對於X的客戶，NovaSeq能節省20%，但產量達到3倍。
這裡，我們重點比較HiSeq X，因為只有HiSeqX可以實現人類千美元也就是九千測序全基因組。節省20%，產量達到三倍，九千乘以80%再除以三，2400元，屬於百美元級別。
是的，Illumina推出的Novaseq可以將全基因組測序的價格降到百美元級別。
不過以上結論的前提是：對於HiSeq X的客戶，NovaSeq能節省20%，但產量達到3倍。
那NovaSeq產量是否能達到3倍是個大問題。
從以上圖表中看，只有NovaSeq 6000系統的S4流動槽可以達到HiSeqX的3倍的數據量（第一行紫色柱子是第四行藍色柱子的3倍）。而S4流動槽只有NovaSeq6000系統上才能使用（見下表）。
NovaSeq 5000系統（S1，S2流動槽，可升級為6000系統從而安裝S3、S4流動槽）
NovaSeq 6000系統（S3，S4流動槽）
流動槽類型
S1
S2
S3
S4
通過質控的Reads
S1：高達1.6B
S2：2.8-3.3B
S3：高達6.6B
S4：高達10B
產量
雙端50bp
S1：高達167Gb
S2：280-333Gb
雙端100bp
S1：高達333Gb
S2：560-667Gb
雙端150bp
S1：高達500Gb
S2：850-1000Gb
S3：高達2000Gb
S4：高達3000Gb
Illumina暫時只出售S2流動槽， NovaSeq 5000系統，NovaSeq 5000系統Upgrade以及包含 S1，S3或S4流動槽的NovaSeq Reagent Kits會在2017年提供（未指明時間）。
所以現有的NovaSeq系統也不能使百美元全基因組時代實現。
但現在不能，不代表將來不能，將來是何時，Illumina說了算。
至此，你已經明白，Illumina巧妙地利用百美元基因組時代為自己做了個完美的推廣，而選擇在JP摩根醫療大會上宣布，這個時機也非常合適。
佩服，實在佩服Illumina的市場策略與推廣能力。
話又說回來，敢喊出百美元基因組時代的Illumina公司，一定也是有兩把刷子的。兩把刷子是什麼嘞？
第一把刷子：NovaSeq測序儀的靈活性。
不再是只能一下子買5台或者10台，取而代之的是買一台，滿足全基因組、全轉錄組、超深度外顯子組、靶向測序等所有測序需求；
不再是像HiSeq X一樣專門為人類測序，取而代之的是，實現全物種的和諧共測序；
不再只是雙端150bp的讀長，而是雙端50bp、雙端100bp、雙端150bp任你挑選；
不再陷操作人員於「不要渦旋、確保混勻、不能產生氣泡……」等注意事項的糾結中，而是將文庫直接交給NovaSeq進行自動化邊合成邊測序與自動化簇生成；
第二把刷子：核心專利技術
其中BeadArray晶元技術與邊合成邊測序（SBS）技術在筆者來看，是最牛的兩項技術。
BeadArray晶元技術是一種基於硅珠的高密度晶元技術，它基於3微米大的硅珠，它們在光纖束或平面矽片的微孔中自我組裝。組裝前每種基質表面都蝕刻均一凹槽，凹槽深度約為3微米，剛好是微珠的大小。微珠可在上述微孔內進行隨機組裝並固定。每個微珠上都覆蓋了特定寡核苷酸的幾十萬條拷貝，在Illumina的指定檢測中，這些拷貝將作為捕獲序列。
邊合成邊測序（SBS）技術，是世界上最成功且最廣泛採用的新一代測序（NGS）技術。Illumina的測序儀器和試劑支持大規模平行測序，它利用一種專利的方法，在單個鹼基摻入不斷增長的DNA鏈時檢測它們。當每個dNTP摻入時，對熒游標記的可逆終止子進行成像，隨後切割以利於下一個鹼基的摻入。在每個測序循環中，所有四種可逆終止子結合的dNTP都存在，這種天然競爭最大限度減少了摻入偏向。這種方法幾乎避免了與成串重複核苷酸（均聚物）相關的錯誤和遺漏。
這兩把刷子讓Illumina穩穩地站在新一代測序技術的前沿，屹立多年，巍然不倒。
那我們從Illumina新年的在大動作中學到了什麼呢？
從產品優化上來看，Illumina把研發的重點放在降低使用成本、更大通量、更自動化、速度更快上；從市場策略上，Illumina對於那些在過去兩個季度購買了HiSeq或HiSeq X的客戶，表示可更換儀器，以部分價值來抵扣購買NovaSeq。對於那些訂購了HiSeq X儀器但還沒有收到貨的客戶，他們可將訂單改成NovaSeq，並保留他們的全部投資。
我不得不說，Illumina是一家有技術又聰明得有些狡猾的公司。
NovaSeq已來襲，HiSeq X的時代要過去了？拭目以待吧。
附：
一、NovaSeq 6000系統雙重S2流動槽質量分值與運行時間：
讀長 雙端50bp 雙端100bp 雙端150bp
數據質量（Q30） &>85% &>80% &>75%
運行時間 19小時 29小時 40小時
二、對關鍵應用估計的樣品通量
NovaSeq 5000與6000系統
NovaSeq 6000系統
流動槽類型
S1*
S2
S3*
S4*
每次運行的人類基因組數n
S1：多達8個
S2：多達16個
S3：多達32個
S4：多達48個
每次運行的外顯子數
S3：多達66個
S4：多達132個
每次運行的轉錄組數
S3：多達66個
S4：多達132個
三、儀器配置
計算機和觸摸屏顯示器
安裝設置及配件
數據採集和分析軟體
儀器控制計算機
主機: Portwell WADE-8022 with Intel i7 4700EQ CPU
內存: 2 × 8 GB DDR3L SODIMM
硬碟: 無
固態硬碟: 256 GB mSATA
操作系統： Windows
操作環境： 19°C to 25°C (22°C ±3°C),每小時溫度變化小於2°C
濕度: 非冷凝 20%-80%相對濕度
海拔: 小於2000 米(6500英尺)
通風：
最大 8530 BTU/h，HiSeq為4000 BTU/h
激光器:532 nm, 660 nm, 780 nm, 790 nm
大小:寬 × 深 × 高: 80.0 cm
(31.5 in) × 86.4 cm (34 in) × 134.6 cm (53 in)
重量: 450 kg (1000 lb)
包裝重量: 638 kg (1408 lb)
電源要求:208–240 VAC 50/60Hz, 16A, 單相, 2400 W
Illumina 為所有 NovaSeq 儀器提供區域特定的不間斷電源。
四、定價：
NovaSeq 5000和6000系統的售價分別為85.0萬和98.5萬美元（僅適用於美國）。
參考文獻：
一、Illumina官網
二、生物通報道：NovaSeq測序儀上市，Illumina測序史上最重要的里程碑 -Illumina|NovaSeq|測序-生物通
業內人員。
同意前面人說的洗牌的觀點。
NovaSeq出來了，會把測序這個行業推向兩個極端方向：
工廠流水生產 vs 高度特化的測序生產。
一直在猶豫著，又要通量利潤，又要逼格特色的測序商，會被生生撕裂。
基本的模式就是數個大佬級別的測序商在2017年內傾銷式的砸錢清洗市場，
從而構建國內測序市場的壟斷模式，然後再加價透明化市場
（年輕手緊的學者今年測序，倍兒便宜）。
此海已死，一片寂靜。
其他的公司唯一的出路就是轉型，
要麼打磨自己手裡的技術利器，要麼潛心思考創新性應用，要麼賣了或者掛了。
對吃瓜群眾來說，這些公司沉下心了創新比忽悠著圈錢要好得多，搞新東西才能普惠眾生嘛。
機會： 有明顯的幾個縫隙：
1. 測序儀便宜了，試劑老貴了，有便宜的嗎？有便宜好用的嗎？這個裡面的道道你懂得。
2. 數據多了，公開的數據更海量了，您要是數學好，來來來，畫幾條回歸線唄，保不齊誰看懂了就給您錢了呢（知乎大神多）。
3. 數據多了，差數據也多了，記不記得以前有個網站專門評測黑別人的手機，然後自己發了（知乎閑人也多）
4. 說個正經的，現在測序數據，都到不了數據挖掘這一步，因為元數據（metaData）太少了，哪怕是差的數據，每一套背後的相關信息都少的可怕，這裡需要大量的工作，而且是人力工作。
又一次行業洗牌的開始。
對於下游企業來說，X-Ten時代是比較誰腿粗的話，現在就是比誰活好了。
已經買了X-Ten的土豪們，手上有項目的自然不慌，那些買了X-Ten就是為了在二級市場炒概念的公司，裸泳的時候來了。
Novaseq 的大通量主要是通過增加Flowcell 面積和Well 密度達到的，使用的是和nextseq相同的雙色熒光，測序原理沒有革新。
雙色熒光有一個問題就是G不發光，這就有可能導致G的誤讀，illumina 推薦標籤不以G 開始，並且不含連續G 。
同時鹼基質量值只有4個，而XTen 有12個。
行業相關，所在公司做高通量測序的。
我的視角可能和別的人不太一樣。
測序便宜了，自然是好事。有回答擔心測序質量，我認為這點不必擔心。真要說測序質量，illumina的質量還是可以的，Q20Q30什麼的，只要別低得太難看，就足夠使用。而且做測序的都知道，想做一些比較準確的分析，需要有足夠的測序深度。比如現在人基因組重測序推薦的深度是30X。你測得再不準，30X也夠你做矯正了。Pacbio還聲稱測序深度達到30X之後，鹼基質量能達到Q50呢。
我個人更擔心的是illumina如何實現成本的降低。如果真的能實現100美元測一個人重，那才是革命性的。目前針對普通消費者的人基因組測序服務價格仍然很高，大多數人還是負擔不起的。SNP質譜做的天賦檢測什麼的還得好幾百上千呢。一旦人重價格降下來，市場就會打開，也就會刺激更多的人投入更多的資源在這個產業里，這才是有得玩的東西。
至於科研口，已經沒啥可玩的了。現在就有公司直接向客戶賣70/G的測序，頂多降到7塊錢，其實幅度不大了。轉錄組普遍測5G，還能降多少？而且科研人員手裡積累了大量的數據不知道怎麼處理，還是先消化這些吧。
醫學健康方面，目前大眾的接受度不太高，這有待加強科普。然而價格仍然是個很大的門檻。
所以呢，novaseq是很好的，任何一個東西便宜了自然受眾就多。
抱歉回答晚了。
答主在幾個月前是在推特上圍觀了從NovaSeq的發布，到大家瘋狂點贊追捧，再到illumina技術部門和一些研究者出面澄清宣傳標語的歧義，最後大家依舊回去看PacBio高質量assembly的起伏過程。
總的來說，就是illumina的宣傳部門標題黨的勝利囧rz。成功坑了一回自家的售後技術支持們。
他家缺陷就是序列太短，通量雖大，但各自實驗室各拼各的，弄得assembly質量參差不齊。
總的來說（至少從推特上各位大牛的看法來說），二代信PacBio，新一代信Nanopore。
上個月已經有人在自家實驗室里用nanopore搞定了超長序列的測定，於是最近nanopore要開會啦～
（只是一個默默觀察推特的學生，與上述所有企業木有關係）
行業相關。先簡單寫下，後面有時間了再補充詳細。
Novaseq毫無疑問是非常重要的一款產品發布。Illumina股價在2016年下跌了30%，而1月份發布Novaseq後，遠超預期的市場回應快速的把股價拉了回來。外媒預測將從中國崛起中收益的三家公司其中就包括illumina，另外兩家是Under Armour和百勝餐飲。已經訂購了Novaseq的Regeneron、Baylor和國內的諾禾等也都對機器的表現讚不絕口，並給出了很高期望。
其實Novaseq的發布引起了很多爭議。CEO的原話大概是講，Novaseq會加速我們在未來實現百元基因組--這個「未來」被很多媒體刪掉了；Novaseq的S4將會1個run在48小時內完成48例全基因組測序--被很多媒體寫成了將實現1小時測完1個基因組。非常的有趣。
其實也可以看出Illumina的產品的整體結構發生了變化，不再激進的追求佔領大型測序中心或桌面化測序儀的市場，而是齊頭並進，一年大一年小（今年我們也會看到更多有關螢火蟲計劃的消息了）。
Novaseq的主要4個技術特點包括：1更大的flowcell、2更密集的納米孔、3雙通道技術、4更快的光路及成像系統。新flowcell個頭比iPhone7還大，基本上是整合了Nextseq和Hiseq4000的技術核心。
但也帶來了很多的憂慮和質疑。大概可以總結以下5點：1 Q值的overestimation、2 無法解釋的非optical duplication、3 ExAmp帶來的負面影響、4 Superpool帶來的湊run難題、5 如何消化掉如此多的測序產能。
總體上來講，Novaseq會進一步改變測序行業的整體格局。這也表現出了illumina的恐怖的技術儲備及市場影響力。顯然illumina用實力在證明自己是這行業的操控者，而不只是一個普通的玩家。
Illumina是最聰明的公司了，試劑賣的很貴，工程師也很直接的說「我們賣給你們試劑，就像賣水一樣」。。。
看了illumina新機器的發布，開始好奇為什麼不按套路來個命名Hiseq5000, 6000，看到具體參數後發現，新機器升級幅度非常大，可以來個新的前綴Nova吧，還能體現出巨大的技術進步，甚至是又一個跳躍性的成果。
不過，是否達到illumina的100美元預期，還需要一段時間才能看到。就從我們配套試劑盒來說，我們面臨著降成本的壓力。我們預計未來一兩年里普通文庫試劑成本會在40元左右。
我希望基因測序可能和一代測序一樣普及，成本能夠降到老百姓和政府可以接受的水平，這樣會更加快精準醫療的進步。
原先有一大批用戶，想購買通量在HiSeq 3000/4000級別的機器，但因為3000/4000運營成本比X10高不少，他們卻又一次掏不出一套X10的錢而買不了。現在好了，這些用戶終於可以釋放出他們的購買力了，買NovaSeq了。
聽說X10可以以舊換新，不過折舊比較多，還是心疼。
Illumina是基因測序領域的領先企業，其基因晶元提供了靈活多樣的內容，以及可擴展的多重分析，可實現各種DNA、RNA和表觀遺傳應用。Illumina提供高通量測序工具，適用於複雜疾病的大規模、整體遺傳分析。高通量測序研究的重點是對與疾病風險相關的標記進行多因素的遺傳發現。
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