有人玩過Foldit嗎？感覺怎麼樣？

12-26

我玩過。本科做實驗無聊時候在實驗室玩的。

簡單來說就是一堆蛋白的空間結構，不斷以各種方式摺疊，按照蛋白的摺疊完善度給分。一開始像過關一樣，給幾個比較簡單的蛋白，達到分數之後進入下一個。我玩了大概十幾關就玩不下去了，一堆alpha helix和beta sheet弄來弄去我覺得蠻無聊的。。。。。

不過這個東西還是很有用：

Foldit嘗試利用人腦天生的三維pattern matching能力。目前該程式出的謎題都是基於已被人們清楚了解的蛋白質；透過分析人類在解這些謎題時的直覺思考途徑，研究者希望能改進現有蛋白質摺疊軟體所用的演算法。

Foldit是結合眾包與分散式計算所得的成果。

科學家們一直研究愛滋病的其中一項蛋白質」Retroviral Protease」有十五年之久，這種蛋白質酶是愛滋病毒在活體細胞中複製和繁殖自己的重要關鍵，但就在上個禮拜，Retroviral Protease 的結構完全被玩家們破解─而且只花了十天的時間。

Nature的文章在這裡：http://www.nature.com/nature/journal/v466/n7307/full/nature09304.html

我剛剛還在玩，一不小心就搜索進來了
實話說玩起來很容易產生挫敗感，用滑鼠拖出來的永遠跟想像的不一樣。由於是得分過關的，往往我輕輕那麼一拉就直接扣到零分，實在太令人崩潰了。
作為一個遊戲基本的反饋還是有的，蛋白質蠕動（wiggle）的時候放一段BGM啦，成功的時候蛋白質旋轉外加給你放個小煙花啦。擺放有什麼問題也有簡潔明了的提示，兩個東西之間太近了就是紅色刺球，太遠了就是大紅球，要折到裡面的會帶一個黃色小球，以及加分的藍白條氫鍵等等。
遊戲畫面很好搜我就不貼圖了。
另外我似乎還在教學關卡里，guide經常跳來跳去的有點煩。工具很多，除了上面說到的wiggle還有好幾個，導致操作變得很複雜，雖然說是剛剛玩了，但是我已經記不清到底要怎麼freeze一條鏈了，shift點住還是右鍵還是什麼……
總的來說感覺玩起來並不爽，科學性大於遊戲性的樣子吧。
而且打開之後首先會用很長時間檢查更新和更新，我上次更新到最後面直接死機了。

三個原則
①. Pack the protein讓蛋白質儘可能組在一起，空隙越少越好，因為這樣能量最低最穩定；
②. Hide the hydrophobics把憎水基團盡量塞到蛋白質裡邊，這樣蛋白質才有好的水溶性；
③. Clear the clashes蛋白質的支鏈不能靠得太近從而減少其相互作用是蛋白質更穩定；