總感覺自己不能很明確的體會和理解甲方或者上司的修改意見，如何提高自己的理解能力，和溝通效率?

我覺得你應該把精力放在以下兩個方面：
1.堅持鍛煉身體：以適應永無休止的加班改稿。
2.學習控制情緒：避免自己一時衝動對甲方或上司造成傷害，鑄成大錯。

-------------好吧，為避免被摺疊，下面是經過思考後的回答-------------

1.發現真實需求：想辦法了解甲方和上司的情況，學會換位思考，這樣你才能有較大的概率（大約提升五個巴仙）摸清楚他們的真實需求；

2.確認需求：把他們提出的修改意見用自己的理解複述一遍，跟他們確認。如果已經抱有必死的決心，那麼可以形成文字跟他們確認；

3.快速迭代，逐步細化：不要一次就把事情（用你以為的方式）全搞定。先給初稿，確認，再細化，再確認，循環往複。總之，就是做一步，看看情況和反饋，再接著弄，不然太浪費精力了，但記得要先跟他們溝通好這種工作方式。

4.共情：用力拍他們的馬屁，與他們同喜同悲，假設一個外敵，把他們變成戰友，並祈禱他們忘記項目的事情。

------------好吧，上面的仍然很假，下面才是real world-------------

其實大多數甲方和上司壓根就沒想好他們到底想要什麼，他們不停的提出修改意見只是因為你是廉價勞動力，如果你是每小時收費十萬刀的大師，你覺得他們會不事先反覆論證好自己的需求么？

所以。。。

就這樣吧。。。

是設計行當嗎？

我覺得你應該首先整理自己對自己工作的系統性思考，形成將甲方、上司意見轉化為自己思維框架的能力，然後再和對方溝通確認，即可。

比如：
甲方：bla bla bla
你：趙總，您的意思是不是在……的基礎上，強化……，然後適度的加入……（這都是你的思考框架的構成部分）？
甲方：呃，基本上是，我的想法是要……，同時還要……。
你：啊，我明白了，你是希望通過……抓住……這部分人群。
甲方：嗯嗯嗯嗯呢 ，星星眼 (*^__^*) 嘻嘻……