像《EVA》和《攻殼機動隊》劇場版一樣晦澀卻能引發人無限思考的動漫作品，有哪些推薦？
首先，定然是推薦押井守的幾步作品：
機動警察劇場版之一二三
（押井守說他拍玩了機動警察之後拍攻殼機動隊覺得太順利了覺得不爽）
（你可以看到很多在攻殼機動隊中用過的手法在這裡面實驗）
（其實我覺得機動警察系列比攻殼機動隊一晦澀）
御先祖大人萬萬歲
（我沒有看過）
人狼劇場版和漫畫版 （我已經忘了劇場版講什麼了）
立食師列傳（勉強能算動漫吧，並且新房的風格與該片頗像）
真 女立食師列傳（我沒有看過）
阿瓦隆
（好吧，這個不是動漫）
（加魯姆戰記什麼時候出呀，咆哮中）
紅眼鏡 (推薦這麼先鋒的東西應該沒有問題吧)
地獄番犬 (沒有看過)
其實押井守還有很多作品，但是有些沒看過有些沒聽說過....
順便推薦這個： TEP 夜話小記 #7 Oshii
諾蘭的盜夢據說是從今敏的作品抄的所指的那個今敏
（雖然諾蘭表示沒有聽說過今敏）
紅辣椒
妄想代理人
東京教父(這個我沒有看過)
感謝評論補充的今敏作品：
千年女優
Perfect Blue（未麻的部屋）
押井守推崇的塔克夫斯基的作品：
雕刻時光 （這不是動漫）
香港街景其實可以追溯到這部作品：
銀翼殺手（依然不是動漫）
以及個人認為晦澀但是很好的動漫作品：
V for Vendetta 漫畫版
(我似乎推薦了很多次了)
(以及電影版是渣..)
Watchmen
(恩，依然是Alan Moore)
蝙蝠俠之無人之地
以及不是動漫作品：
異域鎮魂曲（Planescape: Torment)
&
與題無關的推薦這個東西：
理解漫畫 (豆瓣)
&
PS1: 好吧，其實在鏡頭和畫面上，EVA還是不錯的。我之所以這麼說是因為押井守似乎這麼說過，但是押井守為什麼這麼認為我不知道
PS2：感謝提醒，想起來那個?????是什麼了，是這貨： 【規則轉載】隱蝕期（Eclipse Phase） 我記錯了，似乎不是泛統規則。並且記錯的另外一點是超人類主題，神學幾乎在裡面沒有成分
PS3: 其實我覺得異教概念比基督教神學概念好玩的多......就是沒人直接玩
PSP: 下面兩個評論應該值得一看，因為從PS1即可看出，我對EVA的偏見很大：
評論A：強在鏡頭，電影化的表現手法上，在當時堪稱革命性。
評論B：EVA除了玩弄猶太教之外，我認為更多的它涉及的是對當時日本社會中普遍的青少年心理問題的一個闡述。比如說對父親，母親。我認為這方面的討論，以當年EVA研究站最為客觀和詳實。雖然站長確實性格有問題
能引發人無限思考的動漫作品很多：
比如手塚治虫的《火鳥》、《佛陀》；
浦澤直樹的《20世紀少年》、《PLUTO》；
岩明均的《寄生獸》等等。
不過既然題主強調要晦澀的話，範圍就會減少很多
《魔法少女小圓》甚至《沙耶之歌》個人認為都不算晦澀，對本人來說那種不是一兩句能說清卻反而沒多少句對白，或者對白初看莫名其妙的作品不少都能稱得上晦澀。
押井守的作品當然算是晦澀，比較小眾的比如《天使之卵》、比較新的《空中殺手》都相當值得一看；
天使之卵
空中殺手
士郎正宗與Production I.G合作的《神靈狩》，除了主題以外，其中涉及的心理學專業知識令本人看得相當費勁，不過相當符合題主晦澀的要求。
神靈狩
上遠野浩平的《Boogiepop》，裡面有比TM的月世界更早出現的兩大抑制力概念，而其在2000年上映的TV動畫，由於其散亂的故事情節和整體昏暗的氛圍也讓人感到相當晦澀。
Boogiepop
BONES的《亡念的扎姆德》，是首部在PS3上獨佔發布的網路動畫。也是由於劇情相對來說比較慢熱，主題太過深刻不容易理解而導致在國內知名度不高，可惜了如此高的製作質量啊…
亡念的扎姆德
最後個人強推的一部漫畫作品：貳瓶勉的《BLAME!》
首先貳瓶勉作為建築學出身的漫畫家，其漫畫裡面的建築背景當然是相當專業：
其科幻設定也毫不馬虎：重離子放射線槍、終端炸彈、塗布防電裝置、腦髓鏈接等等，不過眾多設定在原作里並沒有太多說明，這也是BLAME其中一個晦澀的原因。
繪畫風格
坐在建築物斷裂的根部，底下是縱深無邊的黑暗，如同地獄，抬頭依然是黑暗，沒有天堂的方向嗎？
靜止、蒼白、模糊、閃楨。每一幅畫面都象畢加索式印象派畫風般的抽象、獨立。在看似凌亂中，獨到的設計概念於本體之下的內在悄然浮起。作品中大
量運用到了一些電影蒙太奇以及攝影上的光源、角度等分鏡手法，大量濃烈的黑白調造就出一種十分凝重的氣氛，畫面中的多處橋段、機位、構圖變換充滿著壓抑感
官的刺激，這讓人聯想到著名的黑白片電影大師希區·柯克懸疑係列作品中的那部經典之作《精神病患者》。於絕望中渴望發出嘶啞地呼喊，這是閱讀
《Blame》中反覆如夢魘一般繚繞在心頭的情緒。
引用自：2002年6月《動漫時代》雜誌總第40期
而其核心思想大致著重於探討世界為什麼而被創作出來，人類的變異究竟是本身蛻變還是外在因素的操縱，人類究竟何去何從，都是普遍發人深省的主題了吧。
而個人覺得BLAME之所以晦澀的最主要原因就是：對白真的太少了！全部作品大部分時間就是主角一人在走啊走，看到敵人一槍幹掉，繼續走啊走…連續幾十頁沒有一句對白是家常便飯…
發燒在家答個題
列出的作品滿足以下兩個條件：
1、引人無限思考的。
2、附帶一個條件，作品統統都某種程度的「改變世界」或某種角度「展現世界」，多少都帶有現實世界的映射。
我會在後面附上原因，這裡列出來的所有作品我都看過，一多半作品 3 遍以上，一小部分 5 遍以上。
- 《日常》原因：用不日常的方式描述日常。
- 浜崎博嗣的命運石之門系列 《命運石之門》、《命運石之門劇場版：負荷領域的既視感》原因：用愛和時間機器改變世界線。
- 二村秀樹的《LIMIT CYCLE》原因：用看不懂的語言描述世界。
- 東之伊甸系列 《東之伊甸》、《東之伊甸劇場版1：伊甸之王》、《東之伊甸劇場版2：失樂園》原因：少年終將為王 PS：這系列是神山健治最好的系列，超越他對攻殼的改編，做出自己風格的作品。
- 《涼宮春日的消失》系列 原因：（命運石之門+妄想代理人）*愛情。
- 《反叛的魯路修》系列 原因：一人翻盤全世界系列。
- 《死亡筆記》系列 原因：你站在基拉還是 L 那邊決定了這個世界會變成什麼樣。
- 《天元突破紅蓮螺岩》系列 原因：革命之後英雄無用。
- 《戰國鬼才傳》原因：美の野望，強烈到不真實的物慾和殘酷紛爭中的戰國。
- 《皇家國教騎士團OVA》 原因：宗教狂熱和戰爭背後的故事。
- 《黑礁》系列 原因：廝殺之上，戰爭之下。
- 《鋼之鍊金術師》系列 原因：殘酷的現實就隱藏在背後。
- 《軍火女王》系列 原因：娃娃兵和撲克臉的碰撞。
- 《化物語》物語系列 原因：每集都需要暫停很多次搞明白髮生了什麼。
- 《特別的她FLCL》原因：荷爾蒙少年的成長故事。
- 《來自新世界》原因：新世界就一定好嗎？
- 《暴力監獄》系列 原因：作為美國動畫膚淺到這個份兒上的不多見，在怪誕的世界裡充滿了日常的慾望。
- 《青之六號》原因：雙物種親子版海底兩萬里。
動畫人系列（只列三個最符合兩個條件的作品，其他的請自己找。）
- 押井守 代表作：攻殼機動隊2：無罪 原因：攻殼最強劇場版（暫時）、人狼 原因：最後大灰狼吃掉了小紅帽、空中殺手 原因：童話世界裡的殘酷現實。
- 大友克洋 代表作：蒸汽男孩 原因：工業時代背景下的巔峰之作、阿基拉 原因：宗教、科技和神性、自由 原因：當一切發生在外太空。
- 湯淺政明 代表作：貓湯 原因：荒誕不經的貓科動物歷險記、四疊半神話大系 原因：沒有人生可以重來的世界、獸爪 原因：邪典式的愛情劇
- 今敏 代表作：未麻的部屋 原因：精神分裂病人的世界 、紅辣椒 原因：精神世界的腦內狂想、妄想代理人 原因：病態映射下的墨菲定律 （今敏）
其中一部分作品我寫過文章了，分別發在了專欄里，感興趣可以看看，之後還會繼續抽時間寫寫別的作品。
- 《攻殼機動隊2：無罪》：押井守和川井憲次的「Ghost In The Shell」
《戰國鬼才傳》：手塚治虫文化獎頒給了這部鮮為人知的神作
《戰國鬼才傳》：手塚治虫文化獎頒給了這部鮮為人知的神作
死亡代理人 Ergo Proxy
空之境界
猛獸俠
《Psycho-pass 心理測量者》1,2,劇場版
《來自新世界》
《地球防衛少年》
雖然稱不上晦澀，但一樣可以發人深省
《攻殼機動隊》一部就夠了，可以看很多很多遍啊，看到後來也不需要深思，只覺得看的時候反而輕鬆，現實世界倒是想不明白了。
少女革命（幾原邦彥），你絕對會滿意的
同時代的，經得起考驗的，當然是玲音 Serial Experiments: Lain(豆瓣)，你們當然沒聽過，lain粉一向好低調。好吧，其實是太晦澀難懂，宣傳沒那麼好，所以沒什麼人看。
劍風傳奇
沒有人提《翼神傳說》么？
說一部
《蟲師》
又想起來一個
《我的青春戀愛物語果然有問題》
沒有人提人狼嗎？
機動警察劇場版第一部和第二部
單純就是出來秀一下下限和夾雜私貨.......
看了下題主的問題，既然是「晦澀卻能引發人無限思考的動漫作品」，那首先就強烈推薦押井守的作品。特別是各種OVA和劇場版還有那幾部真人電影（他的作品比較「文藝」，看下去不僅僅需要耐性）。絕大多數作品都是主題表達的很羞澀，但是非常值得深入討論和探究。
題外話，「無罪」他夾雜的私貨太多了......已經變成了「押井守的攻殼機動隊」，而不是「攻殼機動隊」了。當然還是很好看的。
推薦一個相對來說沒那麼有名氣的監督：村瀬修功。（村瀬修功 - Wikipedia）
魔女獵人羅賓（Witch Hunter ROBIN）的監督。
他擔當監督的作品，很多時候給人的第一印象是：畫風不穩定，沒錢，打鬥PPT。但是他在人物刻畫，引出主題，對主題的探討很有一套。以及，他對音樂的切入和切出把控的非常到位，給觀眾的臨場感非常強（他大多數作品都是寫實系的）。
當然，我在這裡推薦的是在2006年，他監督的作品：死亡代理人（Ergo Proxy - Wikipedia）。非常多的心理學和哲學描寫。這是一部sf，反烏托邦的作品。整部作品的氣氛非常黑暗和壓抑。而且對於「我思故我存在」這個說法做出了很多的談論和思辨。。強烈推薦喜歡哲學的觀眾去看看，說不定還能找到其他很多普通觀眾都發現不了的點。
順帶一提，今年準備上映的虐殺器官（虐殺器官 - Wikipedia）是他做腳本和監督。已經在存錢準備買藍光了。
最後是一點私貨......
冰果（〈古典部〉シリーズ - Wikipedia）
跟上面兩位比，這部就顯得很普通了。但是我推薦的主要原因是：共鳴感很強。
因為，我高中的時候沒有天上掉下來的美女願意做我的後宮，沒有超能力去拯救世界，沒有組團去隔壁「鳳仙」打架鬥毆，沒有機會打進全國大賽。就是一個想普普通通，簡簡單單過日子的小市民。不去惹是生非，事情來儘快盡自己的能力去解決。不需要多麼好的人緣，有一兩個能談談心的朋友就足以。朋友需要幫助，就伸出援手。同學需要人幫手，就看看自己能做什麼。班級參加活動時缺兵少將，就看看自己能不能做一份貢獻。不需要考什麼名牌大學，自己儘力就好。就是這麼簡單的高中生活。
沒錯，我對摺木奉太郎有很強的共鳴感，甚至是嚮往：簡簡單單就好，不要太麻煩。
（像折木這種不想去拯救世界，不去開後宮，不搞三角戀，沒有很多女孩子倒貼的日本高中生簡直是現在這個時代的「非主流」啊！！！）
黑之契約者第一部。
《甲賀忍法帖》
人生第一次看片通天亮。。。
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