條件反射和腦部的什麼部分有直接的關係？

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大腦和腦幹是兩個器官，不是包含關係。
條件反射涉及腦部多個區域的複雜反射，用到哪些部位，就與哪個區域有聯繫。正常來說條件反射是由多個非條件反射經過正強化和負強化形成的，沒法界定他與哪部分有聯繫。
如果想了解腦部神經的一些作用，建議看一下《神經科學：探索腦》有中文影印版。
PS：腦幹主要負責維持個體生命，包括心跳、呼吸、消化、體溫、睡眠等重要生理功能。經由脊髓傳至腦的神經衝動，呈交叉方式進入：來自脊髓右邊的衝動，先傳至腦幹的左邊，然後再送入大腦；來自脊髓左邊者，先送入腦幹的右邊，再傳到大腦。

條件反射是後天獲得的經學習才會的反射,是後天學習、積累「經驗」的反射活動。形成條件反射的基本條件是非條件刺激與無關刺激在時間上的結合，這個過程稱為強化。任何無關刺激與非條件刺激多次結合後，當無關刺激轉化為條件刺激時，條件反射也就形成。
非條件反射是指人生來就有的先天性反射。是一種比較低級的神經活動，由大腦皮層以下的神經中樞（如腦幹、脊髓）參與即可完成