碇真治最後為什麼放棄了「人類補完計劃」？

首先不知道題主是從哪裡得出了「碇真嗣最後放棄了人類補完計劃」。

如果是說新劇場版的話，因為還沒有完結，我們也不知道「碇真嗣最後是不是放棄了人類補完計劃」，不過至少到現在的Q結束為止，真嗣受到碇元渡和熏的影響（主要還是熏，不過背後是老爸），一心想要執行人類補完計劃，以獲得「重新開始」的機會來換取心靈上的救贖。而明日香律子等人則是在極力阻止NERV進行人類補完計劃。

如果題主說的是舊TV版的話，不知道題主有沒有看EOE，也稱舊劇場版，也稱《真心為你》（實際是《air》和《真心為你》兩部），也稱第26集。（……）如果沒看EOE而只看了TV版的結局的話，確實有可能得出「真嗣最後放棄了人類補完計劃」的結論。可惜的是TV版的25集結局只是由於當時製作組預算不足做出來的敷衍之物（痞子庵野的傑作），並不是原定的真.結局，這從第24集結尾令人振奮的描線型下集預告鏡頭（就是明日香大戰量產機）根本沒出現在25集里就可以看出（而這些鏡頭實際出現在了EOE里）。

那麼TV的25集到底是什麼玩意兒呢？ 比較合理的看法是這些都是EOE中的真嗣融化於全人類化作的LCL海洋時所產生的幻想，是一種比較樂觀的生活的可能性，即如果真嗣敞開心胸面對他人所可能帶來的生活。 而如果跳齣劇情來看的話，也可以看作是庵野秀明對觀眾的一種「挑釁」，提出了EVA這部動畫的另一種可能性，即「你們看，這動畫本來也能變成一部校園戀愛喜劇，就是因為你們這些宅才成了現在的樣子！」（關於當時庵野與宅們的掐架可以自己去查下，也挺有意思的，而且這些線下的互動確實影響到了EVA的劇情進展，畢竟痞子不是白叫的。）

回頭來看EOE里的真結局，在這部劇場版里，顯然，「人類補完計劃」進行了，並且正是依照真嗣本人的意願進行的；而seele和元渡都失敗了，計劃沒能依照他們的想法執行。（這裡又牽涉到一個「人類補完計划到底是什麼」的問題，又可以討論很多，這裡簡單來說的話就是seele是按照死海文書執行計劃，要人類滅亡來完成贖罪以開始新的文明；而碇元渡的是要創造人類新的神，個人目的是為了再見到自家融化在初號機里的老婆，所以要讓初號機成為神；而真嗣則是不想再被別人傷害了，選擇了讓所有人融化成LCL融合在一起，沒有了心之壁就不會再互相傷害。這些計劃的共同點是，不管按哪家的劇本，全人類都得領便當。但實際上最後提到還有一個YUI—也就是真嗣媽媽版本的「人類補完計劃」，希望即使地球月亮太陽都滅亡的時候人類仍能存在於世上，這個計劃其實也成功了，YUI的意識代表人類的意識借初號機開始了無盡的宇宙漫遊。）

回到劇情。當碇元渡把凌波2號帶到最終教條區，把靈魂還給lilith之後，收到凌波意識的影響，lilith立馬就把他給拋棄了而選擇了他兒子—正被關在成了半神的初號機里的碇真嗣，讓他來選擇「人類補完計劃」的執行方式，而真嗣這時腦子裡想起的都是沒法和別人交流之類的消極事件，包括許多獵奇的兒童畫、小時候的孤獨、與明日香的不和等，最後負面情緒爆發，說了「大家都去死吧！」（原句不記得，一時找不到片源，不過就是這意思），於是「人類補完計劃」開始，《Komm,süsserTod》（來吧，甜美的死亡）響起，全人類滅忘，所有人融合為橙汁海洋。

然而在融入LCL之海後，真嗣通過與lilith也是凌波的意識交流後，發現了即使保持心之壁、即使可能互相傷害也能樂觀積極的生活的可能性（就是TV25的內容了。），於是恢復了肉體，而同樣的恢復了肉體的還有在與量產機戰鬥中感受到母親意識而認識到「心之壁障不是障礙而對自身的保護」的明日香。也就是說真嗣的「人類補完計劃」提供了一種可逆的可能性，能克服自己的心之壁障礙的人就能回到現實世界。（這也正是庵野向NEET人群傳遞的信息。）

綜上所述，碇真嗣並沒有放棄「人類補完計劃」，並且依自己想法借lilith之手執行了而導致了人類的全滅，但之後後悔了，自身回歸了肉體，然而全滅人類的事實已經不可挽回了，因此之後掐明日香脖子的行為也可以看作一種惱羞成怒的表現，所以才會被明日香說「受不了」。