漆黑的魅影劇情到底是什麼。？

12-23

前面大概明白，第一周目是主角昏迷之後的夢境。但是醒來之後就理不清了……有些看不明白了，感覺劇情有些亂看不懂QAQ

先回復一樓：那個山男其實是個bug畢竟我打了六隻90＋的精靈。。
二周目：有四方勢力為自己理想的世界起了衝突【等離子團（將其它平行世界與夢世界重疊從而統治所有世界）銀河團（一個純粹理性的新（數碼？？）世界）冥王龍（記不清了。。。和銀河團差不多好像）以及維護和平的主角等人】

銀河團老大利用達克萊依羽毛的力量造出了神器黑色鎖鏈（噩夢）利用心靈的弱點控制了空間之神與時間之神，利用3D龍z的能力創建出一個新世界，並獲得了知道他註定失敗而看熱鬧的冥王龍的支持，達克萊依不甘心被利用使大吾、冠軍（忘了名字。。）進入夢世界阻止空間之神和時間之神。赤日單挑主角失敗仍然進入了新世界，主角追入意外不死（官方解釋為被雪拉比保護）赤日失敗後認為主角才是更完美的，用盡羽毛的力量送主角離開自己則被困在新世界中。
（銀河團end）

等離子團老大在夢世界阿克羅馬的幫助下通過美夢神之羽控制黑白酋雷姆，為了減少阻力令酋雷姆凍結了夢世界冠軍們的靈魂，同時影響了平行世界的共魂者（即一周目初始劇情）主世界主角等人在第二次美夢神羽發動前蘇醒前往夢世界，卻在擊敗黑白酋雷姆，消耗其大量力量後再次被凍結，主角陷入虛幻美夢，被虛幻小遙欺騙，真實小遙趕來並承認對主角的感覺，在美夢神的幫助下蘇醒，並再次挑戰boss（很強啊。。）boss戰敗後酋雷姆被美夢神釋放，於是歷代遊戲主角蘇醒（看到這段好開心23333）於是去挑戰聯盟
（等離子團end）

冠軍冥王之使庫魯瑪在被主角擊敗後，被主角放棄冠軍職位的行為打動，改變了他的想法，主角目睹這一切後把冥王龍抓了起來
（冥王龍end）

主角由於其特殊的透明靈魂被認為是完美，突破生理極限捕獲創世神阿爾修斯

可是我沒有看到主角和小遙在一起表示難過。。
另外主角還有不懂的話建議按順序把寶石（或葉綠和火紅）心金或魂銀（擴大神奇寶貝世界觀）黑白1和黑白2都通一遍
而且該遊戲還穿插很多神奇寶貝特別篇（一個黑白漫畫，把歷代遊戲按漫畫來講，很好看）的內容，像本作中後來蘇醒的托拉茨，布萊克就是黑白2和1男主角在特別篇中的名字
第一次打這麼長。。

（多圖預警~）

謝 @燭光靈邀請，我來勉強回答一下這個問題（我自己也不能保證100%看懂，僅僅是個人觀點）：

此處，回答以《漆黑的魅影 5.0》主線劇情為準，一二三周目處於三個世界之中，在遊戲之初選擇的界面就是勾連三個世界的核心：

世界縫隙是整個遊戲的核心之一，三個周目就是在這裡聯繫在一起。劇情也是圍繞這裡展開：

一周目==========

一周目劇情相對而言簡單一些，但是也是後面劇情的伏筆和鋪墊之一：

一周目實際一直在主角的意識和回憶之中，主角其實一直都在床上，而一直進行的都是對於主角心靈和靈魂的喚醒工作。通過裝置和程序對於沉睡的訓練師的記憶進行逐步引導，而玩家操作的主角正是在自己的回憶之中，這是倒敘。

但是這種逐步引導回憶使主角蘇醒也不是一帆風順的，遇到的最大麻煩就是火箭隊。注意這裡的火箭隊，並不是真實存在在回憶中的，即主角昏迷前現實中並沒有出現在真實的世界中。這是一段擾亂主角蘇醒的代碼。（後面二周目會涉及）

TV版中三人組在漆黑的魅影中粉墨登場。

實際上是植入的代碼。

這段說明就是鋪墊這些火箭隊其實並非存在在主角的記憶中，而是植入的代碼，用於遲滯主角的記憶恢復。（這其實是反派的陰謀）

當在天柱上面擊敗了火箭隊首領坂木之後，坂木說明了真相，之後記憶引導工作也走上正軌。

回憶到在冠軍位置上面接受挑戰時候基本結束，這已經是在二周目的前期了，自此之後才是主角意識恢復主動活動的時期。

二周目=======

二周目是比較亂也是比較難以理解，我不敢說全都看明白了，就說一說自己的理解好了：

二周目的劇情完全發生在夢世界，核心裝備是三日月之羽和月食之羽。主線核心是：兩個反派團體的陰謀，主角和訓練師希望阻止他們控制酋雷姆，而反派團體則利用幹部和黑科技處處遲滯主角們的行動，包括之前植入昏迷主角記憶的人格程序代碼也是這些反派們的計劃之一。

而二周目前期一直是挑戰小遙（獲得三日月之羽），然後解救被控制的小光（獲得月食之羽）然後進入夢世界。

但是，在二周目進入夢世界之後就被搶走了，之後偶爾遭遇反派對戰，但是主線依舊是道館戰。

之後，進入漫長的會館戰鬥階段，但是時而穿插反派的戰鬥和一些隱含的線索，實際上主線最終是落腳在酋雷姆劇情上面。

這一段關鍵的劇情，我也有些糊塗，前後有點亂：

一路和訓練師「過關斬將」之後，BOSS控制了酋雷姆，從劇情上看，主角們儘管打贏了對戰不過還是遲了一步，反派應該是最終完成了他們的目的，主角們算是失敗了。

然後，就切入到了另一個場景，一個「小遙」告訴你這是一個幻覺。

然後，另一個「小遙」跑出來，告訴主角那一切其實都是真實發生的。

而劇情本身應該是「真實發生」的，因為下一個場景則是遇到了美夢神。

之後，美夢神出現貌似成為整個事件的轉機。似乎是美夢神利用在這個世界中的力量挽救了一行人。

一行人得以堅持下去，再一次面對反派。

之後再次挑戰，這個時候則是酋雷姆「力量回復的間隙」，而這時候反派的力量大大削弱了。

於是BOSS之後變成了一個登山男子，實力超弱，輕鬆秒殺。（可能是由於失去了酋雷姆的力量）

二周目的結局貌似就是「險勝」了反派，然而本身劇情應該是進入夢世界之後一直與反派幹部纏鬥，最終遲了一步，最終在美夢神的幫助下，利用酋雷姆力量恢復、反派力量薄弱的有利時機擊敗了反派。（當然，這是我的個人理解）

三周目=============

三周目就沒有任何所謂的「主線」劇情了。主要是挑戰第一世代到第五時代各種道館館主和冠軍，聯盟挑戰冠軍，對戰地區已經收服剩餘沒有集齊的精靈。

三周目的劇情，相對而言就要單調很多，主要就是挑戰各種人物以及收集此前未能集齊的各路神獸：

（比如基拉祈）

劇情上面我也有些茫然，不是很確定，歡迎大神一起討論、指正~

最後，向沒有玩過這款改版遊戲的同學們安利一下這個遊戲，版本很多，最新應該是5.0版本，不僅僅有原創主線，也有各種神獸劇情。關於這個遊戲可以參看我的這個回答：
口袋妖怪改版《漆黑的魅影》為什麼能成功？ - 瘋癲的A兵者的回答

如有不妥之處，求輕噴，歡迎愛好者們一起討論~

雖然漆黑的魅影玩了很久，但劇情我還真沒認真看過，主要時間都花在孵蛋路上了。。。劇情例行拯救世界，不過一周目的夢境挺有趣，還加上了男女主角的告白劇情，5.0比起以前版本相比，可玩性多了很多，相對應的難度也提升了不少。如果能像4.5版本加強一些PM就好了，5.0環境下有些PM確實難用（大兇殘通人格代碼的當我沒說，謝謝）至於上面說的那個山男，這確實是個BUG，最新版已被修復了，不過已然成梗。
最後，羞恥的例行吼一聲「魅影終將消散，但信念與愛永不熄滅。」