鷺巢詩郎的配樂為什麼都以形如A-16，B-4這樣的編號命名？
前幾年的動畫BGM作品還是正常的用人物或副標題命名（比如：
彼氏彼女の事情 網易雲音樂 EVA 網易雲音樂），貌似千禧年之後就都變成了編號（比如：彼氏彼女の事情4.0 網易雲音樂 EVA重製版 網易雲音樂）
有趣的問題。
題主舉的這個《彼氏彼女的事情》其實很不能代表鷺巢詩郎的編曲習慣。
與其說編號的標題是以千禧年為界，應該說鷺巢詩郎的習慣是，先編出許多曲子，並為其編號，然後選入原聲帶再起名字。而在《福音戰士新劇場版》里正好反過來。
這個從《彼氏彼女的事情Act2.0》就能看出端倪了。
我們再看看《新世紀福音戰士》 TV版的原聲帶《NEON GENESIS EVANGELION II》
他們都有共同的特點：除了歌曲，所有無人聲配樂都用到了編號命名方式。
而題主所提到的《Act4.0》為什麼只有編號呢，因為這張碟不是單獨出售的，而是作為CD-BOX的特典盤收錄的，裡面包含了未使用曲。自然而然也就沒有標題了。
說到這裡又不得不提到鷺巢詩郎之前的做過的《新世紀福音戰士》和《藍寶石之謎》的配樂了。
提到這兩作是因為他們都發行了配樂所對應的作品集。
網易雲音樂
但是注意[ ]里寫的並不是原盤上面所帶有的標題。
另外如果細心的話就會發現WORKS的有一部分曲子雖然出現在TV版中但是沒有收錄到原聲帶中所以也就沒有標題了。大概是導演的臨時起意的決定吧。
呃，藍寶石這個網易上沒有
ふしぎの海のナディア コンプリート?サウンド?コレクション
比起WORKS，藍寶石的排序顯得有點混亂，可以直接從ディスク：5開始看。
以上兩者就是將鷺巢詩郎在為動畫配樂時大部分的原始作品展示了出來，你可以看到都是以編號命名的。（為什麼是大部分呢，因為EVA拿著小部分沒展示的又攢了新碟網易雲音樂）
至於《福音戰士新劇場版》情況就完全反過來了。
除了答主提到的隨藍光光碟附贈的原聲帶，同樣出了作品集
網易雲音樂
它是有！標！題！的！
序和破也是如此的。
好了，我覺得說到這裡就可以把題主的問題解釋明白了吧？
最近在整理鷺巢詩郎的作品，所以順便來回答一下這個問題。
首先是《彼氏彼女の事情》。
《彼氏彼女の事情》最初發行了三張原聲集。後來在05年發行了一套CD-BOX，收錄了之前的三張原聲集和新的第四張原聲集。
這套CD-BOX的Booklet揭示了每首音樂標題中編號的含義。
舉個例子，原聲集1中的第4軌名為 宮沢雪野 I (Concerto) &
其中A-2的含義就是，宮沢雪野的主題B，內容是「華麗的協奏曲，自我陶醉」。
這套編號系統應該是在音樂及動畫的製作中使用的，更有利與Staff間的交流。而音軌標題的文字部分應該是後來在發行CD時才創作的。
個人認為，這個應該不是個例，業界其他動畫作品的音樂製作中應該存在相似的命名方法。
第4張原聲集中一部分音軌只有編號而沒有文字標題，這些音樂都是未使用曲，而且還是動畫結束多年後才發行的，所以應該是懶得創作標題了吧。
再來說EVA。
EVA TV版原聲集的音軌標題的命名方式同理，而新劇場版原聲集的情況不太一樣。
新劇場版原聲集的音軌標題勉強可以看出一些系統編號的痕迹，不過已經十分接近澤野弘之的風格了。
順帶再說一下梶浦由記的《空之境界》。
《空之境界》原聲集的音軌命名大致採用「MXX」這種格式。
這個並非是前文提到的那種系統的命名方式，而只是將音軌按照動畫的時間順序重新排列而得到的。
影視作品曲目編號，例子：
曲目名：NERV
編號：（A-3）
曲目名：DECISIVE BATTLE
編號：（E-1）
編號：(M-10 Director"s Edit Version)
一般動畫遊戲作曲都是根據某種場景、某個角色為基礎製作的。曲子在出OST之前都沒有名字是很正常的事情。以前有些遊戲出OST出得很全，升級的音效之類近似SE的內容也會收入進去，全部取名是件麻煩事。
動畫的話，空之境界7部全部都是用M+數字的形式。可能作曲人一般都是這麼標記的吧。配樂作品在規範的情況下都是編號先行。美國很早就有非常統一的編號規範，日本的話就差一些。
通常情況下M都是指Music。
鷺巢詩郎的作品中編號最容易識別的就是EVA三部劇場版。第一部是EM**，第二部是2EM**，第三部3EM**。這裡面E肯定是代指EVA，M很大可能是Music的意思。也有一種可能是連起來代指EVA Movie。你一應該看看澤野弘之的命名免疫一下 ^_^!~~
歐洲嚴肅音樂（歌劇除外）起初便是無標題音樂，而作曲家大抵高產似母豬，為了便於編撰整理，作曲者本人或後人會對其作品按一定規律如成譜時間或組曲目錄進行編號排序。
並不是只有他一個人這麼做
可能是為了方便歸類吧，作曲家有時候也會同時作很多曲子的，而且引用起來會更方便？
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