HIV 在潛伏期內究竟在做什麼呢？

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Stages of HIV Infection, US Department of Health Human Services

上圖的三階段是排除治療的可能，HIV感染的自然發展史。（當然也有別的叫法，比如第一階段可以叫Primary HIV Infection，第二階段也可以叫Early HIV Infection等等等等）

權當題主問的是這個Clinical latency好了！

這個和一般談論的潛伏期還是非常不一樣的。
HSV，VZV，EBV等其他病毒在latency中只表達很少一部分維持latency和隨時準備reactivation的基因，並且病毒本身不會進行複製。
HIV的Clinical latency中，病毒在大量複製，只不過人體免疫機制暫時還能控制住病情（後面會提到），所以臨床上病有沒有太多癥狀。

回到正題，病毒在做什麼呢。

在Primary/Acute Infection之後，病人體內的病毒量會回落到一個水平（Set Point）並維持數年，甚至數十年（Set point高低，時間長度，病情發展由很多因素決定，如具體毒株，患者本身等等）。在這個階段里，病人體內每天約會生成大約一千萬個新的病毒。這些病毒會感染CD4淋巴細胞，刺激患者的免疫系統攻擊被感染的CD4細胞。並且病毒在細胞內複製後，會裂解被感染的CD4細胞釋放新病毒。綜上，每天病人體內會損失十億個CD4細胞，雖然大部分會被替代（HIV患者為什麼每天這麼累.. 就是因為他們的免疫系統一直在超負荷工作），但是總的來說CD4量每年還是會有所降低。

不進行治療，HIV患者每年會約損失80 CD4細胞/mm3。

當CD4降到一定值，身體不再能應對各類感染時，AIDS就出現了。

綜上，題主所提到的應該是，在初期感染之後，在AIDS之前，HIV不斷破壞免疫系統，免疫系統不斷恢復，但總體呈下降趨勢的一個階段。HIV在做什麼和其他階段比其實並沒有區別，只是身體的應對機制不同了（或者或能力逐漸下降了）。

人體剛剛感染HIV的時候由於免疫系統對HIV還沒有建立起防禦，表現為HIV成指數增長，T細胞急劇減少。幾個星期後人的免疫系統反應過來，細胞免疫開始建立，大量的被感染的T細胞被清除，T細胞的損失得以被遏止，病毒的濃度迅速降低，並穩定在一個稱為「set point」的點的附近，這時候進入慢性期。慢性期免疫系統和病毒處於動態平衡，T細胞在緩慢的減少，病毒濃度在set point附近波動。set point的大小決定了病情進展的快慢。病毒濃度越高，T細胞損失速率越快，慢性期越短。病毒濃度越低，T細胞損失速率越慢，慢性期越長。當T細胞濃度降低到一定程度，人的免疫系統徹底崩潰，無力控制病毒的複製，病毒載量迅速增長，這時候稱為發病期。

有的人的免疫系統很強，可以把病毒壓制在很低的水平，這些人表現為set point特別低，慢性期T細胞數量保持穩定，不會進入發病期，被稱為「精英控制者」。而有的人的免疫系統特別弱雞，還沒來得及控制病毒的複製就先崩潰了。這些人表現為急性期後直接進入發病期，沒有明顯的慢性期。這些人可以看成是set point特別高的情況。

謝邀。好久沒有閱讀相關文獻，知識體系可能已經跟不上時代。以下內容僅供參考吧。
從整體上看，HIV感染可以分為三個典型的階段，如下圖所示：

題主問的「潛伏期」，也就是圖示的Asymptomatic phase（無癥狀期）。這一階段一般在HIV感染後的3-4個月，病毒血症水平明顯下降後出現。這一時期內，病毒顆粒的數量大致平穩，但是偶爾會出現小幅度的上揚。有一個眾所周知的事實是：HIV感染者的潛伏期長短各有不同。而這一現象背後的規律是：無癥狀期的病毒血症水平，與病程長短有直接的關係。這一時期的病毒量越高，病程越快；反之，病程就越慢。

在這一時期，病毒做的最重要的事情，就是對CD4+ T細胞的數量和功能進行破壞。從數量上看，每毫升體液中，CD4+ T細胞以每年減少大約60000個的速率穩步下降。導致這一現象的原因，其一是病毒的直接誘導。病毒製造的某些蛋白質參與了消滅CD4+ T細胞的行動。其二，病毒可以感染巨噬細胞，並擾亂它們的細胞因子生產線，從而誘導CD4+ T細胞的程序化死亡。除了數量的減少之外，該類細胞分泌白介素-2和干擾素-γ的能力也受到抑制。現在認為，被感染的細胞釋放出的不具感染力的病毒顆粒，以及某些病毒蛋白，參與了抑制未感染細胞功能的過程，但具體機制不明。

體內其它的一些細胞群，比如CTL細胞、B細胞、樹突狀細胞、巨噬細胞、單核細胞、NK細胞等等，都是HIV的破壞對象。但這些，正真發揮效力還是要在CD4+ T細胞這一群體被謀害之後。另外，HIV會導致超敏反應，這也是感染後期的事情。

伴隨著這一漫長的時段，HIV經過不斷的複製，基因組多樣性提高，產生了足夠多的突變體。這為繞過免疫系統的防禦，奠定了「良好」的基礎。

最終，HIV在CD4+ T細胞被消滅得差不多之後，開始進攻後者和CTL細胞共同的「母親」——CD4/CD8「雙陽性」T細胞。「雙陽性」T細胞大量死亡，CD8+ T細胞數量自然大幅減少。細胞免疫體系被摧毀，AIDS的晚期癥狀也就開始出現了。

潛伏期不是真的在「潛伏」，而是無癥狀期，在這個期間hiv病毒是在持續複製破壞免疫系統。一般分為急性感染期潛伏期艾滋病期三個階段，hiv只會攻擊cd4這一種細胞，cd4簡單來說主要作用是標記被感染細胞和腫瘤細胞等，由cd8來攻擊被感染細胞。hiv進入人體後48小時內會進入淋巴系統，感染cd4細胞，開始大量複製，2周內引發免疫反應，進入急性感染期，出現急性感染期癥狀，然後進入潛伏期，由於cd4細胞一直被感染，cd8就會一直消滅cd4，免疫系統一直在生產cd4，cd8又一直在消滅它，免疫系統一直在超負荷工作，這就是潛伏期的情況，免疫系統會逐漸崩潰……如果沒接受抗病毒治療，cd4就會持續降低，在低於200以下就很容易出現各種其他感染和癌症，這就是艾滋病期

高票答案已經說的比較清楚。不過指出一點，括弧內應該是（HIV攜帶者為什麼每天這麼累.. 就是因為他們的免疫系統一直在超負荷工作）
世界上有那麼一批攜帶特殊基因的人，在感染HIV的情況下仍然能將CD4細胞維持在一個很高的水平，從而避免進入第三階段。

一個長難句概括吧。
HIV進入人體後隨即開始複製和插入人體基因，在潛伏期抗體也會隨之升高，HIV病毒和抗體互相爭奪，所以HIV並沒有真正的潛伏。

窗口期
窗口期是指HIV抗體檢測不到的時間，一般為4周，先進的核酸檢測技術可以把這個時間縮短到7天。
窗口期的出現是試劑的檢測限和靈敏度決定的，隨著檢測試劑的發展，窗口期的時間也在不斷減少。

潛伏期應該是海龜對於單詞「 incubation」不恰當的翻譯，孵卵與孵化是單詞的本意。海龜孵出的卵或者海龜卵的孵化包含有一個意思，就是不一定會出產「王八蛋」。因為一窩蛋蛋很有可能被狗狗吃了，被海鷗叼走了，最大的可能是蒼蠅叮了有縫的蛋蛋，引發一窩蛋蛋們傳染病大爆發……。可潛伏期指的是「王八蛋」潛伏著時時刻刻準備搞破壞，已經與單詞本意有了明顯的差別了。病毒的核酸相當於是海龜卵，至於是不是能夠出產「王八蛋」是個未知數，可是經海龜不恰當的翻譯，病毒核酸幼稚卵等同於是那個時時刻刻準備著對人體搞破壞的成年「王八蛋」。這就是潛伏期對於病毒的意義，也是疾病會有潛伏期的正確答案。

真實意義上的「潛伏期」是不存在的。早期醫生看病，病人都是有不舒服的疾病癥狀的，舒服的很的人是不會跑醫院去看什麼病的。艾滋病就是這樣，先有有癥狀的病人，再找病因，從病人體內發現艾滋病毒顆粒。通常來說經過此途徑且有明顯嚴重癥狀而被診斷成艾滋病的病人，一般活不過兩年。也只有這樣，才會吸引醫生的眼球，研究出來治療方案才會SCI發表大論文。

目前艾滋病SCI大論文認為是傳染病，是外源艾滋病毒進入某人體內，導致此人被傳染上艾滋病。伴隨著健康檢查大流行，發現了大量艾滋相關化驗陽性卻沒有癥狀的健康人，如此途徑發現的人通常十年以後才會出現艾滋病的嚴重癥狀，有些人可以終身陽性卻就是不會發病，還有些人竟然自愈轉陰了。面對如此客觀事實，SCI大論文集里又出了不少相關的長篇大論。就是缺少對艾滋病醫學發現途徑進行深刻的反思的。

論文在SCI期刊雜誌的發表是經過人為陽性選擇的，旦凡調調認為艾滋病是傳染病的大論文則是陽性可發表的，反之為陰性是不可發表的。如同艾滋病的發現是經過人為陽性選擇的一樣。期刊雜誌相當於是宣傳廣告，陽性選擇嚴重癥狀無葯可醫的獲得性免疫缺陷綜合症的病人，該免疫系統崩潰的病人一般活不過兩年，骨瘦如柴的經典期刊雜誌照片，吸引眼球呀，再定義成傳染病，引發讀者的恐懼心理，再加上些涉黃、涉毒、涉同性戀的新聞花邊消息，期刊雜誌的生意那自然就不必說了。在此大環境下，沒有人去分析「潛伏期」的定義是否有問題。在各種利益鏈互相糾纏而編織出來的艾滋病毒感染「潛伏期」成了主流語，誰想反主流就群起陰性選擇而「默殺」之。

由於人不可能把血管三百六十五天，天天連在化驗機器上實現連續監測。因此某次化驗所得出來的結果相當於是對著動態過程拍攝了一張靜態的照片。陽性狀態持續的時間越長，化驗時陽性檢出的可能性就越大，反之陽性檢出率就越小。舉例如下，假如某人艾滋陽性狀態持續的時間為一年，那麼在這一年365天當中的任何一天去化驗，肯定全都表現為陽性結果。假如此人的陽性狀態只持續一天，那麼陽性檢出率就變成了三百六十五分之一了，這麼小的陽性檢出率，相當於364天化驗結果是陰性的，只有1天化驗的結果是陽性的。健康體檢當中遇到的陽性的化驗結果其實有兩種狀態，一種是陽性狀態持續的時間比較長，另一種是陽性狀態持續的時間比較短。至於陽性狀態持續時間短的人，是因為參與健康體檢的人數多，恰巧遇到某人在那一天是陽性狀態且又抽血化驗了。如何鑒別這兩種陽性狀態呢？唯有短期進行複查，如果複查結果還是陽性，則是持續時間長的那種陽性，如果複查結果是陰性，則是持續時間比較短的那種陽性。要特別注意，沒有疾病癥狀的化驗陽性是不能用於診斷某種疾病的。只能用於判斷一下陽性狀態持續的長短。

人體有強大的自我修復功能，它可是時時刻刻對人體的動態過程做出了不為人的意識所反映的「默默」監測調控貢獻的。人體動態過程當中的異常之所以可以在不舒服癥狀出現之前完全修復與之有著密切的聯繫。健康體檢裡面被化驗發現的陽性者之所以沒有病態癥狀，完全表明了修復功能是強大的，異常的陽性狀態是短暫的，是會很快被修復的，所以他們不能被稱之為病人而仍然還是健康人。至於出現了嚴重癥狀的病人，則體現出修復功能已經嚴重受損，都出現生命危機的惡劣癥狀了還沒有完成修復，疾病發展到這種呈度往往也是無葯可醫的，所以才會活不過兩年。

為發起總攻做最後的努力

通俗點，反轉錄，複製增殖，攻擊宿主免疫細胞，拚命的存活吧

謝邀，不很懂，潛伏期在跟宿主抗爭勝利後，整合到記憶細胞的基因組上，然後隨著細胞增殖而增殖。