《EVA》里碇源渡的補完計划具體是怎樣的？

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老實說我還是沒搞懂和 Seele 的計劃區別在哪兒。

Seele的目的是洗脫人類盜取智慧之果的原罪，讓人類自己引發三沖，毀滅人類的肉體讓精神取得統一。而Seele在這個計劃中扮演的角色就是摩西、耶穌一般的先知、引領者，或許他們知道這個身份會讓他們與被引導的「羔羊」有所不同所以才這麼熱衷。
司令的計劃是讓麗觸碰初號機來完成三沖。這樣一來「先知」（或者說三沖的製造者）就變成了他而不是seele。司令想以此讓自己成神去見到唯。這也是為什麼司令對麗看起來有某種特殊的感情——說白了他只是把麗當作一盒能讓他見到唯的工具，而不是一些觀眾以為的看到了妻子的影子。這也是司令最值得黑的地方之一。

如何解讀《EVA》？ - 徐來清的回答

這本書說，人類重新回到伊甸園的方法是像耶穌一樣接受審判，即在生命之樹上被朗基努斯之槍刺中，當血流到大地上的時候一切罪責都會被原諒，人類就會回歸伊甸園。而這樣的代價就是，所有的人都要死。（即引發第三次衝擊，洗滌人的罪責，人們不再有心之壁，因此就失去形體，成為一個完整的神一樣的存在…… 第一次衝擊就是諾亞方舟那次的洪水，洗掉了所有不遵守上帝的道德規則的「壞人」；第二次是在南極的操作失誤導致）
以上是末後組織 seele 的人類補完劇本，是以「認罪」的態度請求神的原諒，從而回到神的領域；而在碇司令領導下的屬於 seele 的執行組織的 NERV，一邊假意按照 seele 的劇本行事，一邊暗中執行自己的補完計劃。
NERV 的劇本是：人類充分發揮科技的能力（也就是智慧果實帶來的力量），強行搶奪生命果實，同時擁有智慧果實和生命果實，從而成為神一樣的存在。NERV 的態度，是「逆神」。

——EVA吧基礎問答Ver2.0

這是08、09年左右EVA吧解惑眾們達成的共識，我就不另外寫了。具體的官方解釋應該在
《Evangelion Chronicle》里可以找到。

另外我個人覺得是沒必要扯上太多宗教的東西來理解啦。