崑曲為什麼會用普通話進行念白和演唱？不應該是吳語嗎？

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首先說明一點就是崑曲並不是地方戲，而是全國性的劇種，只是晚清以來亂彈的興起導致崑曲衰落了，因此不可能完全用吳方言演唱，也正是因為擺脫了純正吳方言的演唱，崑曲才得以走向了全國。
崑曲唱念為中州韻，但是發源於吳語區的蘇州，會不可避免地帶上姑蘇音，尤其是在演唱南曲時，口音會顯得更重一些。具體來說就是蘇州人用官話讀書的聲音，比如，讀「飛」作「fi」、讀「滿」作「mo-an」等。生旦凈末四個行當的角色的唱念大多都是遵循此規則。
比較特殊的是醜行的丑、付兩個家門以及凈行的邋遢白面這個家門，會用吳方言插科打諢，丑如《十五貫》的婁阿鼠、付如《水滸記》的張文遠、邋遢白面如《綉襦記》的揚州阿二。但是並非所有的醜行角色都會用吳方言，比如丑家門《長生殿》的高力士，用的則是京白。

崑曲一向是用官話演唱，也就是所謂的韻白（不是現代的普通話，北京話在崑曲裡面屬於方言白），完美意義上的崑曲字音應該不受方音影響，但是由於拍曲人士方言底子的關係，往往不能完全做到，所以略帶蘇腔是普遍的現象。
要說吳語也不是完全不能用，崑曲丑角念白是可以用方言的，其中就包括蘇白還有京白。
另外崑曲曲目分為南北曲，字音略有不同，主要是入聲字處理上。但要注意，南北曲是和演唱地域無關，蘇州人唱北曲也應用北曲音，北京人唱南曲也應用南曲音，所謂南昆北昆某種程度上是偽概念。

你的普通話一點都不普通…

知道為什麼崑曲逼格高嗎，就是因為啊，它叫歸叫崑山腔，演起來卻沒有半句崑山話！

明朝的官話是《洪武正韻》，這是一種結合了中州音（雅音）和吳地方言的一種發音，即便遷都北京之後，基本還是沿用的這種話。
明朝時候，運河畔、長江邊的人是南來北往，操各種口音的。
魏良輔就是在太倉的碼頭上遇到張野塘的，張野塘是河北人，精通北曲。後來張野塘成了他的女婿，他們一起改良了崑山腔，理所當然地會採納當時的官話和北曲的一些特徵。
幾個崑山人加上一個河北來的北曲專家，這一改革的結果就是梁辰漁的新劇《浣紗記》，這標誌著一個嶄新的劇種——崑曲的開端，自此之後，日新月異，盛極一時。
崑曲迅速成為一個全國性的劇種，自誕生起至今，一定會有一些各地方的方言揉進去...比如北昆的念白就是用普通話，而蘇崑用吳語。

崑曲的腔調為中州音，中州音不等於現在流行的普通話。蘇州白是崑曲中的一個支流，適用於插科打諢的、背包的書童等角色。類似蘇白用途的還有揚州白、南京白、常熟白等等。

有一個可愛的紀錄片叫「崑曲六百年」搜狐視頻里有。在第2集講崑曲的歷史中有說到：
崑山腔一開始是吳語，但吳語畢竟不是所有人都會的，後來「曲聖」魏良輔選擇了用中州韻來唱，中州韻是當時的官話，流傳廣。

由於無人作答，請教了南大文院的許莉莉老師，算是自問自答吧。整理如下：
崑曲自誕生之時使用的便是官話。至於今日我們所聽到的崑曲念白唱段中個別字出現的吳語音，如《牡丹亭.遊園》中著名唱段《皂羅袍》一句「朝飛暮卷」就把Mu念作Mo（吳語），是因為當時人們在官話中依然帶有方言口音，有點類似於今日有些人讀不準普通話，在使用普通話時部分字詞仍發自己方言的音，同樣的道理。這種念白和演唱的語言就延續至今。
而崑曲中的丑角使用的是吳語或其他方言，稱為「方言白」。

雖說是全國性的，但我還是比較喜歡吳語版，因為吳語比較好聽~~

分南曲和北曲。南曲用《洪武正韻》，又稱「正音」或者「讀書音」，起初是取河南開封附近的語言，後來就不流通普羅大衆。有八種音調。北曲少了兩個入聲。

所有主流的地方戲只有丑角是說方言的，其餘角色說的都是洛陽雅音（和洛陽方言有區別）

早在明代魏良輔改良崑山腔的時候便把無語改成了中州韻，目的就是為了讓崑曲有更多的受眾。

確切的說不是吳語吧，參照韻學麗珠更為準確點兒。

請參看紀錄片崑曲六百年，有提到中州古調等概念能夠解釋您的問題