要研究日本歷史，如何獲得或者購得歷史典籍？

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比如說《加澤記》、《黑田家譜》、《難波戰記》等等。這些史傳或者軍記物從哪裡可以找到

現在入手相關史料或者書籍資料，無非就是兩大渠道，前面的大大們已經提到了是海淘和網路。在X寶上找一家自己經濟力能夠接受的店鋪，單行本書籍還好說，但如果題主只關注史料的話，古本屋網站（https://www.kosho.or.jp/）最是著名，價格姑且不論，基本能找到90%所需的資料。但史料這種成本太高，而且沒有樣頁的話非常容易吃虧。前面的@渡邊基樹~老師和鄙人都吃過大虧。但如果一旦入手的話，覺得很有充實感。例如《萩藩閥閱錄》、《上杉家御年譜》便是網上沒有資源的史料代表，只得通過代購這種方式入手。至於網路史料，雞豎老師說的很詳細了，乃是民間史料收藏第一人，我也是當年被他帶入坑的。題主所說的《加澤記》則能夠在國立國會圖書館找到電子版，《黑田家譜》黒田家譜?黒田続家譜（竹田文庫）這裡有，但不知題主是否能夠閱讀。至於《難波戰記》難波戦記大全這裡有，不過速度捉急。如果還有其他想看的，在日文雅虎上勤於搜索一下，或許會有意想不到的收穫。

雖然不是搞歷史的，被牙醫虐待完趁著麻藥來胡說兩句。

實體書購買的話，現在海淘轉運什麼的這麼方便。利用好日本亞馬遜，book off一般出版50年以內的書不會很難買。論文集研究報告一類的話一般日本學會也都可以在自己的網站購買或者下載。不過日本的科研書籍價格比較坑爹，能買二手的就買二手吧，他們用書比較寶貴，販賣狀態「可「以上都相當乾淨。如果再舊一點的資料的話，可以拜託東京京都一帶的代購去古書店轉轉，不過一般沒有亞馬遜便宜就是了（古書撿漏的好地方哈哈）。古書出名的神寶町有個綜合書店資料庫http://jimbou.info/book_search/index.jsp 類似的網站還有好幾個，自己谷歌一下就好。
網路資料方面， @渡邊基樹把幾個大的資料庫都說了，唯一需要注意的是版權問題。例如早大的古典籍綜合資料庫用在發表物的時候一定要提前和他們取得聯繫，不然真到應景那天得不償失（http://www.wul.waseda.ac.jp/kotenseki/about.html#riyou）
另外，谷歌搜索「古典籍　データベース」，類似的各大學或研究所或個人的古籍資料庫還有挺多。

p.s. 本來只是想在 @渡邊基樹答案下寫點評論提醒下注意license的，沒想到知乎還有非關注用戶不同評論這麼操蛋的功能= =。因為我覺得研究資料收集這種屬於指導老師和學校圖書館應該講好的東西，來知乎上聽到的答案未必能幫到你...

個人認為在國內做日本史，尤其是日本古代、中世史，史料不是問題，因為像前面幾位答主說的，大部分的史料，日本一些機構的網站上都有影印版。
問題在於日本方面的專著與期刊，國內能獲得的資源相當有限。目前國內對日本古代史、中世史、近世史的研究，主要集中在律令國家和江戶儒學，在這些領域我們能看到一些譯著，但也不多。期刊則更慘，不分研究領域，國內幾乎看不到有什麼機構專門訂閱了日本歷史方面的期刊，就我了解，應該也就北外日研中心、社科院世界史所、國家圖書館有一定的訂閱量，前兩個機構不是想看就讓你看，國圖好一點，但是從11年開始外文館整體裝修，日文期刊只有最新一年的可以開架閱覽（這是15年上半年的情況，不知道現在如何了）。另外，國圖新開放的外文館裡的開架日文專著也不多，大多數日本書籍都得預約才能借到，總之比較麻煩。
在這樣的情況下，從日本的網站上購買相關書籍就成了操作性比較強的辦法了，當然前提是有錢。之前購買日文書籍主要通過萌購，最近發現日亞也可以直發中國了（日亞自營的沒問題，中古書不清楚）。

網上能下的已經有人說了、不能下的可以cinii 查各大圖書館所藏、然後親自去複印或拍照。
日本在讀日本史修士一枚、因為學的二戰史很多資料網上不公開、只能用這種方式、很原始很兇殘但很有效。開銷挺大的。