如何編寫一本用起來順手的古文字字典？

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現在的古文字字書如《古文四聲韻》、《六書通》、《金文編》甚至《說文解字》等檢索麻煩，相關字詞之間也沒有索引關係，用起來很不方便，用什麼辦法編製字典可以提高這些方面的效率？

古文字的檢索是個問題。字書的檢索麻煩可能是只是對說文體例或者部首、筆劃檢字法不熟悉之故，熟練之後自然解決。
至於題主所言「相關字詞之間沒有索引關係」，這確實是個問題。個人覺得在於兩點：

一、古今字形差別很大。

漢字的字形、漢字與漢字之間的關係是隨時間變化的。比如在小篆里「春」和「艸」有關，但是在楷書里這種關係失去了，反而和「奉」、「秦」等有關，但在小篆里卻毫無關係。

文字學中有「歷時」和「共時」的概念。可將漢字作為字元空間的「點」，漢字之間的關係看作點與點之間的「關聯」。漢字隨時間演化的的「流線」存在「粘連」或「分叉」（非理想流體！），而漢字之間的「關聯」則存在「斷裂」或「重連」。這種變異給分析字形造成很大麻煩。

（PS：說到這裡，我怎麼想到了微分幾何里的纖維叢呢？）

二、到目前為止，字書在漢字檢索上的思路是「文件夾」而不是「標籤」。

竊以為這是更關鍵的原因。

對電腦很熟悉都知道「文件夾」和「標籤」是兩種不同的思路。一個對象只能存在於一個文件夾中，文件夾之間是非此即彼；而一個對象卻可以對應多個標籤。
一個對象有多個屬性。文件夾可以根據單一屬性提供一種分類，但是標籤才更能體現對象之間的屬性關聯。

基於偏旁部首的漢字分類始於《說文解字》，並一直沿用至今。部首是典型的「文件夾」分類思路。但是在這個思路下，漢字與漢字之間的完整關聯卻沒掩蓋了。
比如「春」在《說文》里被歸在「艸」部，這樣在《說文》的「索引」框架下，「春」與「日」、「屯」的關係就丟失了。當然，從具體的解說中會知道：「從艸從日……屯聲」，但是這種關聯在「檢索」時是看不到的。
但如果換個思路，將「春」這個字帖上三個標籤：艸、屯、日，從「艸」、「屯」、「日」三個標籤都能檢索到「春」——以及所有具有同樣標籤的字，這樣漢字之間的關係就清楚多了。當然，這是在小篆的「共時」層面，如果在繁體楷書的層面，則似乎應該將「春」、「奉」、「泰」等帖上同樣的標籤。
基於標籤的思路，則不僅從「單個」標籤進行檢索——即帶有同樣標籤漢字的「聚合」，還可以進行「多個」標籤檢索——即同時帶有多個標籤的漢字。

但是想做到這一點，尚需時日。目前有一些初步的嘗試，比如台灣的這個缺字查詢
缺字系統
就提供了根據「字根」的檢索。很有趣。比如可以試試點擊這個（同時含有「艸」和「日」的字）：
http://char.ndap.org.tw/Search/?SearchValue=%E8%89%B8%E6%97%A5
「字根」同出異名者頗多，所謂字素、形位、基礎部件。個人覺得是個可行的方案。

至於題主關注的字典都是根據楷書而不是甲金篆等進行查詢，則是個技術問題。用楷書部首去查古文字肯定是不合適的，最理想的應該建立古文字（共時層面）自己的部首，或者更一般的——部件。
《古文字詁林》里把「古隸定」也納入檢索是一種嘗試（但用的仍然是說文部首）。現在也有一些古文字書試圖建立諸如甲骨文部首，比如《殷墟花園庄東地甲骨字形表》、季旭昇的《甲骨文字根研究》，等等。更一般的部件則各家也有研究，比如鄭振峰的《甲骨文字構形系統研究中》就有一個甲骨文部件表。但是尚無公認者，畢竟甲骨文釋讀不過三分之一。實際上即便楷書部件表都各家不一。

當然，這裡說的是字形的標籤，同樣也應該有音韻的標籤。或許以後可以希望進行如下檢索：含「大」且「-ian」韻的字？然後檢索出「天」、「尖」等。

但可以理解，基於這種「標籤」思路的索引，一方面依賴於文字學理論的發展，一方面更適合於互動式的平台比如網站，而不是靜態的詞典。

檢索古文字一直是件麻煩的事，現在還沒有有效的以古文字檢索古文字的方法。不過我在一篇寫給容庚的書信中看到，有人（好像是殷康還是誰，記不清）提出王雲五（四角檢字法的發明者）曾經創造出一個類似於四角號碼檢字法的古文字檢字法，但這個方法並未付諸實踐。這篇信件沒有公開，估計外界也對這不知道吧。

帛-武大帛研究中心
先秦書法-書法空間――永不落幕的書法博物館
教育部異體字字典
小學堂
甲骨文字典 | 中華博物
漢字拆分查詢（IDS）
這個是比較成型的在線字典：象形字典，字形演變，造字解說，在線說文解字，白話說文解字，甲骨文，金文，篆文，漢字簡化方案

甲、金、古文、小篆與隸變後的變形相差太遠，無法用現在的字形來檢索；古今音也差很遠，同樣無法通過音來檢索。所以，目前市面上把以上文字楷化後再檢索是適合廣大讀者使用的。

至於專業人士，他們了解以上文字的部首和古音，所以說文部首、韻部檢字是更貼切的檢字法。

如果想編寫一本絕對順手的古文字典：
1，確定受眾需求
2, 確定可操作性
3, 制定編製方法
4, 編製

這裡面的受眾需求是一個很主觀的東西，比如有人可能認為《說文》很順手。所以目前的計算機網路的出現大大方便了不同人的查閱檢索。現在，可以匯總不同人的需求，確定不同的查詢方法，在互聯網上加以實現。