如何快速掌握TCGA資料庫？

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如何快速掌握TCGA資料庫？生物信息入門，怎樣能自學R，掌握TCGA資料庫？

題主說想要快速，我就不說讓你看英文文獻、官網教程之類的方法了。說兩個快速易上手的：

參加培訓班——最快速的方法。有些生物信息公司會針對高校教師和醫師開生信培訓班，我導師帶著我上過幾次，有TCGA、Oncomine和R的。缺點是價格貴，一次一天兩三千，優點是上手快，而且會有後續服務，比如課上完後你在qq群里提問，一般公司技術人員都會給你解決。我放幾張上完培訓班後發的資料，是課上PPT轉的PDF。

2、另外再推薦一本中文教材，可以做補充用。優點是淺顯易懂，缺點是不夠深入且作者態度傲嬌，但書還可以，《R語言與Bioconductor-生物信息學應用》，天津出版。

覺得有幫助求點贊~不要光收藏不點贊啊喂你們這些壞人！

1. Ctrl-W
2. Ctrl-T
3. 地址欄輸入：http://tcga-data.nci.nih.gov/tcga/
4. 滑鼠移動至黑色導航條上第四項：About the Data 左鍵單擊
5. 滑鼠移動至第六項：User Guides and Help 左鍵單擊
6. Be patient....

一般性的要求，用UCSC的Cancer Browser就好了。TCGA上的數據，自己處理起來還是比較麻煩的。

------------2016.12.23
看到題主提到了自學R，那不得不祭出R語言神書！
現在已經出到第二版了呢！（請忽略圖上的水印，用這個圖不算侵權吧...）

------------2015.7.24
提到的cell文章是這篇
Multiplatform analysis of 12 cancer types reveals molecular classification within and across tissues of origin.

Hoadley KA, et al. Cell. 2014.

TCGA pan cancer 研究的nature文章見Nature TCGA | TCGA Pan-Cancer Analysis
初次接觸可以先看一下這一篇介紹性文章The Cancer Genome Atlas Pan-Cancer analysis project.
Cancer Genome Atlas Research Network, Nat Genet. 2013.

------------long long ago

讀tcga工作組發的文章，直接讀發在cell上的一篇泛癌症的文章，正文?附件，能復現文章中的結果，就行了。

tcga和dbgap類似，genotype的東西你基本拿不到，其他的官網介紹的很詳細，還配有文獻，自己鑽研吧，生信入門看這上面文獻Oxford Journals

給你一個中文的東西，你可以參考一下。http://210.46.85.180:8080/training/files/2013training-06-1.pdf

推薦一個公眾號，可以看下：數據挖掘專題 | TCGA數據挖掘如何入門？

推薦一個新版TCGA的下載工具，http://www.shengxin.ren/article/27
TCGA改版之後數據下載很不方便，這個非常適合入門級的人使用

看你需要做什麼樣子的分析了，一些簡單直觀的分析，主要包括點突變(mutation)，擴增(amplificaiton)和缺失(deletion)，都可以在http://www.cbioportal.org/ 上面完成的。