如果清朝末年（大致在太平天國運動這一時期）有像朱元璋、李自成一樣的起義軍頭目，清朝可能被推翻嗎？

有，實際上清庭已經要被自己壓垮了。

不組建新軍：無法完全碾壓農民軍，被列強殘食，王朝覆滅。

組建新軍：不改革政體，有知識有力量的新式軍隊得不到該有的地位，自然不會聽從異族皇帝，王冠落地。

沒有蜥蜴人帶來的現代化關稅體系和先進火器，就算清王朝挺過了太平天國和同治回亂，那麼鎮壓他們的漢族軍閥勢力會無限制的膨脹下去，一樣要被推翻。

我以為歷史是偶然與必然的疊加，歷史沒有發生的時候，我們可以對它進行諸多的假設，但是下一秒結束後，所有人的行為構成了必然的歷史。在問題中，提問者潛在的想法竊以為是覺得清廷退位走得過分體面了，甚至末代皇帝都得以善終，對革命來說算是不徹底的。但是歷史如此，我們不是構成過去歷史的人物，而過去的人物之所以沒有湧現出朱元璋，李自成，我覺得是提問者太過於狹隘了，那些朱元璋，李自成不就在張之洞、李鴻章、曾國藩、左宗棠之中嗎？

為什麼清廷能發布退位詔書後苟活紫禁城中？而元明末期就是朝廷傾覆？個人愚見，還是這兩個朝代末期有活路的太少，苟延殘喘而不得的太多了。有個故事說你能控制兩個人，你就能控制十個人。政治、民生、求生存，竊以為同理。農民起義能成功的根本原因就是農民要求生存，不是一兩個，是成千上萬，是這個國家的農民都難以為繼，不成功便成仁才能順應天命繼承大統，然而在清末我們能看得到的純正的農民起義有幾場呢？清廷覆滅，並非亡於農民軍，而是內外交困下的改革失敗引發的上層革命，和動輒崇禎掛樹的農民戰爭相比烈度低得多，我個人覺得可以類比的例子就好比大憲章簽署失敗，英國貴族要干國王，但不是要乾死國王一般。至於為什麼不要乾死國王，還是看看袁世凱之流怎麼發家的吧，或者說，這次清廷退位的直接促成者們，有幾個泥腿子？他們都是得利於朝廷的要員，不是體制外求生不得欲死不能的農民，清廷控制了十個人中的兩個人，那就可以驅使這兩個人去剿逆，去改革，甚至於當這兩人於清廷撕破臉的時候，鑒於自己發家的經歷，他們倆也不會與清廷搞得太難看，畢竟他們也是既得利益群體。

個人一點愚見，全是信口胡鄒，歡迎批評指正，謝謝