如何從《［新篇］ 叛逆的物語》中看出第二季的大致走向？

第二季是否還能保持第一季的水準，按照劇場版新篇的情況來看，劇情可能會進入兩個陣營魔法少女（圓神魔焰）的對抗，是否會陷入俗套？

ps：據說老虛不會參與第二季了？

我先理解下題主的意思，題主提的問題的角度應該是劇情層面的，也就是在虛淵玄手中。作畫、音樂和聲優上應該不用擔心，一直都是高品質，即使《魔法少女小圓》沒有虛淵玄，也是水準之上的作品。
作者既然問劇情，我就答劇情。

首先呢，何為俗套？其實世間故事千千萬，真要總結起來，五十個字也足以概括了。兩大陣營，多少故事是兩大陣營啊！
一個由獸人、牛頭人、巨魔、亡靈組成的陣營對陣一個由人類、矮人、侏儒、暗夜精靈組成的陣營，展開了驚心動魄、扣人心弦的故事。
一個在太空抵制地球經濟制裁的獨裁紅色公國對陣地球的聯邦軍，開啟了一個日本SF動畫35年的傳奇。
刺客聯盟對上聖殿騎士，現在馬上在法國大革命上演了。
神作EVA，真要總結起來也是「神」與「人」的對決。

二戰要真用幾個字概括也不過「軸心國對上同盟國」。

正義與邪惡——無數個故事都能用這五個字一齊概括。
況且，魔法少女小圓TV版，真要用幾個字概括，也不過「馬猴燒酒對馬酒」。

重點還是看「肉」。
題主放心，以虛淵玄的功力，即使真的是兩大陣營的對立，虛淵玄也會提供一個意想不到的、充斥著神展開的「兩大陣營的對立」。

這其實是另一個問題下寫的答案，由於也寫到 S02 ，所以我也貼過來。
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主題是「愛」，而且就是曉美焰口中的「愛」。
焰對小圓的「愛」，讓她無數次的穿越時間。為的就是拯救小圓。
但在最後一次（TV），小圓犧牲了自己，改變了所有魔法少女的歸宿。此時，焰即使不甘心（因為還是沒有拯救小圓），但是由於這個結局對大多數魔法少女來說還是好的，也就接受了魔獸的世界。
但是神小圓的力量是在魔法少女變成魔女之前，由神小圓吸收掉所有的詛咒，由神小圓背負一切的一切。所以對於焰來說，這並不是最期望的結果。
而現在，丘比製造了結界，試圖驗證、干涉、控制神小圓的存在，以獲取更大的能量。那麼？誰是最大的能量體？驗證的神小圓的存在，自然就能驗證魔女的存在。到那時，誰是最強大的魔女？自然是魔女化的小圓！
不甘心！
怎麼辦？
沙耶香說：「你奪走了圓環之力的一部分，把魔法少女希望的救贖的力量……」
焰說，「我所拿走的不過是一個片段罷了，在小圓變成（神）小圓之前的，她作為人類的記憶而已」
「看來似乎也影響到了你們，只是沒辦法回到原來的地方而已（魔女的世界）」
這裡就已經很明了，焰改變了宇宙，奪走了小圓的記憶，不讓小圓成為神。因為她能遇見到神小圓悲慘的結局。但是，這和時間倒退不同，這完全是另一個時間線（魔獸的世界）（借用一下《命運石之門》）。所以焰自己也說 「只是沒辦法回到原來的地方而已」。
當沙耶香問：「你打算破壞這個宇宙么？」
焰答：「在把所有的魔獸消滅之後，這也不錯呢。」
這說明焰還是把魔法少女的職責當作自己的職責的，同時也避免小圓再次成為魔法少女。顯然，還是為了小圓，而不是為了破壞什麼。
自己再次背負起世界的詛咒，再次努力嘗試讓小圓不變成魔法少女。這一切都是因為愛！即使與世界為敵，也要拯救你！

如果要有S02，大致的框架也很明顯了。在劇場版最後。
焰：「那麼總有一天，你也許會成為我的敵人，但是沒關係，即便如此，我還是希望你生活在幸福的世界裡 」
說到這裡，都已經要眼淚鼻涕一大把了！
世界與我為敵，沒有關係，我是為了你！
你與我為敵，也沒有關係，我只要為了你！

在經過了S01、劇場版，主角都是焰之後。S02 小圓該成主角了，該小圓來拯救焰了。