3d max如何做化學分子模型?
網上的資源視頻這方面相關幾乎沒有。。
覺得奇怪,為啥要用3DS MAX畫分子呢。。。除非學的不是化學,是化學教育學,要做應用課件?或者學的是設計?
實際上用chemDraw+PyMol能夠處理非常多的分子結構圖像了,而且還更加的正式,無論是小分子還是複雜的結構,甚至生物大分子。
如果實際上除開Pymol和chemdraw,在GNU上還有一堆開源免費的畫分子結構的軟體,用起來也各有各的特色。3dsmax不知道,用blender畫過, 3ds max 和blender之間直接用obj文件轉化過去就可以了,效果如圖。
在設置選項里的extension里點開pdb支持後,blender直接就能讀取pdb格式的分子,包括鍵和原子都能直接繪圖出來。
讀取之後需要一個名字叫atomic blender panel的插件來修改原子大小:
Extensions:2.6/Py/Scripts/Import-Export/Atomic Blender Panel
另外,github上面還有一個python的分子模型blender導入程序,比直接讀取還要方便。
patrickfuller/blender-chemicals · GitHub
反對 @姓施的瓦辛格的回答,做模型是為了讓不理解的人理解的,不是用來誤人子弟的。他的模型中有若干問題,我和另一個人在評論區多次指出答主的問題,但並沒有得到採納。這裡指出該答案中ABCABC模型的錯誤。
原圖
解釋
我們知道,所謂ABCABC就是立方最密堆積。在這種堆積方式中密堆積層的層間是3層一個循環,循環中的3層互不重合。維基百科上的立方最密堆積和六方最密堆積的圖:
從圖中可以看出,六方最密堆積(ABAB)中第一層和第三層是重合的,在第一層有原子的位置,投影到第二層上是一個三角形的空隙,這個第一層的原子和第二層上三角形的三個原子形成一個正四面體空隙。由於第三層和第一層重合,第三層上對應位置也有一個原子,且和第二層上三個原子也形成正四面體空隙。這兩個正四面體共用底面(第二層的三個原子)。
然而立方最密堆積則不同,在第一層上有原子的位置,第二層上是一個三角形空隙,第三層和前兩層都不重合,所以這個位置上也是一個三角形空隙,且三角形的方向與第二層上的三角形是不同的。這樣第一二層形成正四面體的位置上,二三層並不能形成正四面體,而是形成正八面體。
立方最密堆積的空隙如下圖所示,BC層間由B層作底面形成正四面體的位置,AB層間是正八面體,二者共用底面(B層的三個原子)。
我們來看原答案中的立方最密堆積模型:
從左側的豎線可以看出一三層是重合的,二四層也是重合的(六方最密堆積的一個特徵)。右側畫出的四面體空隙示意圖中也可以看出同一位置上是兩個底面重合的四面體(六方最密堆積的一個特徵)而不是四面體對八面體。下面的四面體有點變形,但這是因為模型中本該緊貼的球沒有緊貼造成的(右側紅線)。
綜上,原答案中的所謂ABCABC模型實際為ABAB模型。
就是原子數量沒有把握好,導致個別人的理解有困難。
請問原答主,是誰理解有困難?
----------這個答案對題主和其他想了解這個問題的人沒有幫助,但是我還要寫這個答案,是希望大家能理解,我們應該懷著一個嚴謹的心態來對待科學問題,而不是「模型只要好看,差不多就行了」。我承認,原答主用3ds Max軟體做出的模型非常酷炫,也很生動,但是最基本的一個要求,正確性沒有達到,因此不能說是好的模型。
對於不嚴謹示意圖,可以使用基本幾何體。此類最多應用為納米粒子,或藥物示例。
對於嚴謹的示意圖(如涉及嚴格晶體型態的、嚴格的分子結構的,嚴格的蛋白質結構的),請一定使用相應的化學信息學軟體生成模型後,導出成為通用格式(obj)以後,以3d軟體組織並渲染。
對於更複雜的示意圖,請去找專業科技插圖的製作人員製作。
利益相關,經常畫插圖(從晶體到納米粒子到藥物和蛋白質都畫過一大輪了)的化學博士生。如何用試管煮餃子?
如何用石頭做飛機?
如何用紙筆寫程序?
如何用茅台開汽車?
如何用葉脈做燈絲?
如何用鋁箔紙印本書?
如何用水果電池玩手機?
如何用寬膠帶綁一艘帆船?
如何用卡車接著讓飛機降落?
能做嗎?能
有趣嗎?有
有意義嗎?學PyMol去吧
這麼多答案居然都是勸題主用各種專業分子可視化軟體,不可否認這麼作最簡單,一般發paper也夠了。但是要作出真正大牛雜誌封面級的高大上圖片來,現成軟體很多時候是不夠的。這種情況下要麼用povray之類的自己寫代碼,很多組都有很多祖傳的代碼作這個。要麼就是用3dmax,maya之類的專業3d軟體。推薦樓主用maya加上這個工具mMaya,Molecular Movies
可以把pdb之類的分子結構導入maya。這玩意兒曾經是俺密不傳人的獨門絕技,讀博期間靠此手藝拉來合作無數,現在已經畢業改行就在此披露一下。
我記得 3ds max 好像有直接導入 sdf 和 pdb 的插件吧……
沒有就對了,有數十種能直接通過分子結構畫3D模型的軟體,所以沒人用3D max.
我裝過的至少有這些
Chem 3D
PyMOL
Maestro
Mercury
Avogadro
Chimera
Diamond
為啥非要用3D Max做
這活明顯應該找ChemBioOffice啊
我就做過啊,把原子的坐標定出來就行了啊,不就是圓柱跟球嘛
六方密堆積ABABAB
立方密堆積結構ABCABCABC
以上兩圖有一點不足,就是原子數量沒有把握好,導致個別人的理解有困難
水分子共價鍵【準確的說共價鍵不是這樣,這原子電子比例都是失衡的】
原來比較喜歡這種陶瓷反射的材質,現在都用不反光的了
2015年2月15日更新
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題主問C60怎麼畫,這是我以前畫足球的方式,C60跟足球是差不多的,就那個意思
畫無機的沒問題,有機的還是算了,那麼長
【聚合物沒問題,那種結構複雜的不行】
畫這些分子,總歸是想在文章中給人展現,這就要求自己對自己的模型十分了解,你自己都不知道這個結構怎麼排布你要怎麼做出來
畫出一個結構,得知道他的相對位置吧;一個晶胞,你得知道abc吧,不然怎麼畫
簡單的畫一下,計算起來也不麻煩,畢竟都是些小分子
要知道正確的位置,建議先用MS優化一下
畫完之後,添個材質再一渲染,沒問題啊
2015年2月20日更新
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有同志提到了電子云,我也是醉了
一個問題本來很簡單的,非得複雜化為什麼?
為什麼牛頓的定理大家都知道是不全面的,是不精確的,只有在低速才近似符合,為什麼從小就開始講牛頓定律?
還不是為了簡化計算!
這都沒想清楚你還做個蛋科研
電子云的也不是沒做過
但這只是He的,你要來個H2O,我都不知道電子云怎麼排布的,你知道?
那可不是1+1=2的問題啊大哥
以上圖片版權歸 @姓施的瓦辛格所有
我在Maya2014上裝了最新版的mMaya,然後怎麼打開pdb文件,是Chem3D軟體生成的,有人會嗎?
這是我最近CC封面文章,花了2000rmb。
找公司用maya畫的.
因為3DMax正版比chembio office便宜么,你選擇前者而放棄後者。。。。。
我還真就做過..
說起來也就是拖一個攝像機,畫幾個球作原子,幾根圓柱作鍵的事情。
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