為什麼漢末董太后、董重都死了，劉協卻沒被何進幹掉？

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在我寫的《何進篇》中曾簡單地分析過此事，在這裡可以歸納一下。

靈帝在世時，何皇后派人毒殺王美人（劉協生母），險些讓何氏家族覆滅。所以，靈帝在位時，何氏不敢造次（上一次已經是死裡逃生）。再者，劉協後來交由董太后撫養，何氏就算有心也沒有機會。——我更傾向於理解為何進在為提升家族而布局，不會做出任何讓家族陷入危機的行為。
董太后之死是因為與何皇后爭權，並以董重為威脅資本，加上這兩位的婆媳關係本身就不好（董太后曾向靈帝提出立劉協為太子），何進何苗兄弟還是走了個流程，聯合三公搞了個「藩後歸國」的奏章。
按照記載，奏章上了，董太后也沒離開洛陽（劉辯不喜歡祖母，也不至於非要強行趕走吧）。何進還有辦法，就是把董重幹掉。董重進入軍事高層時間太短，完全不是何進、何苗的對手，人脈上完全處於劣勢。於是，董重立馬就被弄死了（史書上連罪名都沒有記載！），隨後董太后也掛了。
失去了蹇碩、董太后保護的劉協，在洛陽皇宮之中孤身一人。無父（劉宏）無母（王榮），無親（董太后）無故（蹇碩），加上劉協尚不滿十歲，這樣的人就像小白兔一般人畜無害啊！

何進也完全沒有殺劉協的動機。

董太后之死，雖然官方解釋是暴病而亡，但是民間已經傳說是何氏下的手。何進的名聲已經受損，他沒有必要在讓自己陷入不利的輿論之中。
何進除掉董氏之後，擺在自己面前的最重要的事是：聯合袁氏，除掉宦官。
何進不可能料到自己會死，何氏家族也終於覆滅，他掌權的時候肯定是往好了想：只要我在朝廷掌控，劉協的舅舅（王斌）等親屬是絕對不可能入朝為官的。——外戚獨此一家。

何進掌控下的朝廷，封劉協先為渤海王，後為陳留王，均不讓他就國，而是留在洛陽宮中，與劉辯為伴。原因大概有兩點。

劉協年幼，放在宮中便於掌控。
劉協與劉辯的關係不錯。

大概能歸納的觀點就這些吧。歡迎探討。

附議一下 @臭鹹魚的答案。

在鹹魚大大的答案的評論區有這麼一條：

不一定哦，《霍光傳》這種「廢帝教科書」是權臣們耳熟能詳的，董卓都要自比霍光，給劉辯羅列個幾千條罪名，然後找個其他劉氏子孫繼位照樣能操縱東漢帝國。靈帝本來也是竇武從外面迎來做皇帝。

其中加粗的部分，從這個角度上發散開來，其實也能說明劉協為何沒被殺。

做事情，講究一個「名正言順」，這點是不分古今中外高低貴賤的。

而在這個前提下，我們先看看劉協的地位：
靈帝次子、劉辯異母兄弟，比劉辯小四歲，按長幼排序的話是漢室皇統的第二順位繼承人。

何進要在朝堂爭權、何太后要跟著爭奪後宮權力，沒問題，很常見，而且殺王美人時何家已經被靈帝收拾過一次。
而董太后死時，官方說法是暴病身亡，但民間輿論已經紛紛懷疑是何家動手了。
如果真是何家動手，光是董太后倒也罷了，反正她都已經是失勢之人。
但劉協就不一樣了，當時劉辯雖已和唐姬產下一個兒子劉民（正史無記載），但是劉民還沒脫離早夭危險期（討論這些問題時一定要考慮到當時年代的醫學水平和嬰幼兒成活率），法統上劉協依然是很重要的第二順位繼承人，屬於不出事估計沒人想的起來，一旦出事就是絕佳的政治材料的那一類。
所以在這個情況下，劉協要是有個三長兩短，估計何家的反對勢力會抓住這個機會傾盡全力把他們打得無法翻身，這些反對勢力。包括而不僅限於袁家、內廷宦官、其他世家等，何家經過王美人事件後，做事情怎麼也要掂量一下了。在找不到足夠的理由「名正言順」殺劉協的情況下，何家不僅不能動他，可能還得保護他不出事。

所以最後借用一下最近很流行的一句話來總結一下，就是：
「這就是中國延續千百年以來的醜惡男權社會的產物。」（手動憤懣

說點我的理解，輕噴

何進死得太快，他的權力沒有大到殺皇子的地步，一般要麼是搏命，要麼是自信可以控制局勢才行，何進兩樣都不佔。

我感覺何進其實是東漢所有大將軍裡面最弱勢的，本身家世低微，沒有士大夫支持，然後皇帝好像也不看好他。說亂天下的一定是何進不是沒有原因。

從事後諸葛亮的角度看：劉協應該還是很多人支持的，後來當了皇帝。

唯物史觀來看：劉協後來大概和周天子還有日本天皇類似，保留他的好處比殺他好處大。這是劉協一直沒有被殺的原因。

宮斗劇里也是互相剷除黨羽哪有直接殺皇子的都是權力穩固之後有了自己的親生的繼承人才秋後算賬殺弟弟