為什麼晴雯會在金陵十二釵又副冊中排在第一位呢？

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因為曹雪芹喜歡晴雯。
他把一個身上充滿他所喜愛特質的丫鬟放到第一十分合情合理。

又副冊上只明確記載了兩個人。一晴雯，二襲人。問題等同於：為什麼晴雯排在襲人前面？答案就顯而易見了吧。
1. 襲人德行有虧，與寶玉有肉體關係。雖說禮不下庶人，但襲人畢竟還沒過過明路。你看司棋，這是真犯了「淫「的下人；你看看金釧，一句話說不好，就攆出去；你說他們都不是伺候主子所以不行？那你再在看晴雯四兒，這是僅僅莫須有就遭殃的。一個綉春囊就讓整個大觀園犯了個底朝天：封建大家，價值觀不會變，即使你是下人，也要受約束。另外雖然具體經過不詳，但她最終嫁了蔣玉涵，按封建道德來講，這叫改嫁失節。紅樓夢在現代總是被說成「反抗封建倫理道德」的典範，實際正好錯了。作者曾在掰謊記一段借賈母之口批判過西廂牡丹之類的故事，作者評價尤氏姐妹也說過一個女人，在那種環境，憑他有萬般好處，犯一個淫字，也都不算好處了。可以說作者的價值觀恰恰是封建世家大族傳統的價值觀。因此對德行有虧的襲人，自然不肯排在第一位。
2. 這種排序是在打襲人的臉。襲人認為晴雯「再好也越不過我的次序去」。在又副冊中，晴雯恰好就給排在她前面。如果說1中所答是襲人外在的行為表現有虧，這裡體現的則是襲人的思想也有問題。她早在吐血的時候就有「爭強好勝之心」，一直把自己當做准屋裡人，想早日上位做姨奶奶。早在寶玉去自己家的時候，她就用實際行動向家人表明，或者說炫耀，自己和寶玉的關係；聽到寶玉贊穿紅衣服的自己的姐妹，馬上擺出負面評論，估計是心生警惕。和晴雯拌嘴，口中透出「我們」，此無心之語，不能不說其實晴雯並沒有過分解讀：襲人早就把自己看做和寶玉是一體的了，至少比其他丫鬟要高一層。證據就是晴雯死後作者補出襲人因為王夫人看重自己，越發自己尊重起來，不肯與寶玉同寢，殊不知身不同寢，心卻在不由自主攀高。最後，晴雯死，芳官四兒走，雖沒有確切證據證明就是襲人告的秘，但她自己心虛則是明確描寫出來了，證明就算她沒真正去告密，也早心存和其他丫頭競爭姨奶奶地位之念。另外襲人對寶玉的「情」的反應，實在有雙重標準之嫌。寶玉對黛玉表白，被她聽到，她「滴下淚來」，覺得會出醜事，又去王夫人處請求寶玉搬出園中。可寶玉這輩子唯一在書中寫明的「醜事「就發生在她自己身上，若寶玉身敗名裂，她襲人才是第一個罪魁禍首，卻去王夫人那裡暗示主子小姐德行有虧。反觀晴雯，她雖然上下不討好，總是愛諷刺別的丫頭和寶玉的關係，但這是因為她瞧不上這些舉動而不是因為她嫉妒：她自己真的是從內心到行為都是清清白白一個人，被王夫人逐出，實在是冤枉到極點。所以作者才會在她死之前安排和寶玉換衣、指甲的情節，接她臨死之語表明她之前一直品行無虧，雖然生得好，雖然是老太太給寶玉的未來屋裡人，雖然因此被冤枉誹謗。
3. 其他原因，包括：晴為黛副襲為釵副而寶玉顯然更喜歡黛玉，容貌上晴雯勝出，賈府最高統治者老太太更喜歡晴雯等等，這些都不是根本原因。
襲人，用八個字概括，溫柔和順，似桂如蘭，且放在又副冊中，作者也並沒有明確刻意貶低她。倘若不是德行有虧，估計也不會被晴雯「越過次序」去，因為畢竟她寶玉房中是大丫頭之首，行事性格又和寶釵、王夫人相似。但在與晴雯的較量中，作者還是把她放在了後面，這本身就說明了作者的態度。
我的回答可能會遭到一些襲人粉的攻擊。在此表明：個人觀點，不喜，正常討論可以，千萬別噴。

我覺得晴雯勝在心比天高，她沒把自己當奴才，這樣的自我意識覺醒，比那些大觀園的小姐覺悟都高，何況襲人呢？

她的笑，其實就是曹公的笑

我不覺得晴雯是林黛玉的低配，晴雯比林黛玉有腦子，比林黛玉有骨氣，晴雯是個丫鬟卻活出了自我

大概是晴雯的命運更慘一點吧
還有就是晴為黛影，曹大大更欣賞黛玉晴雯這號人物

因為晴雯身上有林黛玉的影子。一個低配版林黛玉。

曹公喜歡她唄