同源性分析用氨基酸序列還是核苷酸序列？

12-06

同源性分析用氨基酸序列還是核苷酸序列；同時，進化樹是用
氨基酸序列還是核苷酸序列來構建；同源性和進化樹用的序列要一樣嗎？

都有啊。你想做蛋白質氨基酸序列的同源分析當然就用氨基酸序列了，做某段非蛋白編碼序列的分析那肯定是用核苷酸序列啊。進化樹我沒正式地做過，這裡就不多說了，我以前玩票的時候用的是AA序列。我呆的組做同源性分析（印象里都是針對編碼蛋白質的基因）有時是cDNA序列，有時是AA序列，貌似用AA序列為多。做RNAi時測序的克隆比對時一般就直接用測序的核苷酸序列（我們RNAi的克隆一般是針對外顯子設計的片段，sourcebioscience的線蟲genomic library）。先拋磚，等做這方面的專業人士吧。·

用核酸還是氨基酸。這個要看你的目的了。一般來說，比較同源蛋白，用cDNA和蛋白序列都可以。只不過蛋白更能看出保守區域，核酸的話，可能突變比較多沒有，而且只有四種，沒有二十種的氨基酸靠譜。如果，做小的基因組的比較，比如病毒序列，一般用全基因組，即核酸進行進化分析。其實最重要的是你的物種直接的親緣關係遠近及對模型的了解，選擇合適的方法。具體看楊子恆和其他大牛的書。樹好畫，理論解釋比較難。

一般來說，距離較遠的序列比較用氨基酸序列更合適，進化距離很近的序列之間比較用核酸更合適。
親緣關係較近的序列比較，如果用aa序列，很多同義突變的信息都會漏掉；而親緣較遠的序列之間做align，重要的是功能保守的domain要對齊，這個時候用aa序列就比dna序列方便一點。

我個人來說，如果可以用dna align好就盡量用dna，這個時候要再translate到aa也方便。有的序列可能用dna 不好align我才會用aa序列align。有了alignment再做樹就簡單了。就我個人經驗，相同的序列DNA樹要可靠一點，因為aa樹受自然選擇影響更大（也可能是和我研究的序列相似性較高有關）。

最近看的一篇文章里說編碼的用氨基酸序列特別是分化比較早的物種就算兩條核苷酸也都分別翻譯成六種讀碼框來進行對比

用16SrRNA，carl woose 幾十年前就做過了

這個沒有統一答案的，跟你對比的目標物種和具體分子都有關係。

大部分時候核酸就好了，但是也要兩個試試看看結果的，差別大的時候只能看哪個更符合常識或者其他證據了。或者也可以設計幾個大概已知物種的同源分子做control

其實這個樹還是挺主觀的，不同演算法，參數，甚至同樣演算法添加或者減去無關的若干同源序列對結果都有影響的。看個大規律就好，粗糙結果不需要精確解釋。

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18696029
http://www.iosrphr.org/papers/v3i6/part.1/H0361051060.pdf

應該用核苷酸序列分析。最好應該是DNA序列分析，眾所周知DNA是半保留複製的，較之於RNA的轉錄錯配率也要低一些，而蛋白質即使一級結構完全一樣，其mRNA模板也可能不同（某些氨基酸密碼子不止一個），體現在基因上也就是基因序列不同。因此還是核苷酸序列分析比較好，以上僅是個人拙見，讓各位大牛見笑了。