如何快速研究透一篇 Paper 並提出有價值的問題？

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本問題已收錄進圓桌：動態 - 將科學研究進行到底
更多討論歡迎關註：）

答案很簡單，包括兩點。第一，比較閱讀同領域10篇以上文章。第二，畫思維導圖。

先說第一點，原因有二。

1. 巧婦難為無米之炊
現在學術界的細分已經達到了一個很高的程度，科研上的全才越來越少，絕大多數是在某個領域深度挖掘的大拿。即使是諾獎得主，拿到不熟悉領域的單一某篇文章，要看出個門道來也不是一件容易的事情。任何一篇學術論文都是建立在大量相關研究的基礎上，沒有對相關背景知識的積累，指望自己靈光一閃是不大現實的。證據就是投稿大多數雜誌時，編輯都會找相關領域的專家來審稿。因為，很多東西只有內行才看得出來。

2. 是騾子是馬，牽出來遛遛
同一個科學問題，可能不同實驗室的研究者用不同的方法得到相似或者相反的結論。通過全面比較不同研究者的文章，更容易得出一些有價值的想法。舉個簡單的笠子吧。

年初小保方晴子發表了一篇Nature文章（Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into pluripotency : Nature : Nature Publishing Group），如你所知，她用簡單的改變培養基pH的方法製造出了induced pluripotent stem cells (iPSCs)。別說作為一個門外漢，當時我身邊的不少PhD看了文章都在嘖嘖稱奇，討論如果早點發表，諾貝爾獎說不定就要易主了。

其實只要比較閱讀小保方晴子的文章和諾獎得主山中伸彌06的文章（Induction of Pluripotent Stem Cells from Mouse Embryonic and Adult Fibroblast Cultures by Defined Factors: Cell）就不難發現，山中伸彌費了九牛二虎之力，用4個轉錄因子通過病毒載體才以極低的效率產生了ips。隨後幾年，各大實驗室也都苦心孤詣提高ips誘導效率。比較兩篇文章也能發現，山中伸彌的文章證據充分，各項數據，證據鏈齊全，實在是很紮實的一篇文章（Cell的一貫風格）。反觀小保方晴子，她談笑間檣櫓灰飛滅，直接放點醋就行了，聽上去就像水變汽油的神話。果不其然，數月後，泡沫就被戳破了。所以，比較閱讀實在是一把利器。

第二點就是提綱挈領，畫思維導圖。
第一步，先看文章abstract，對文章的主題有個大概印象。

第二步，直接去看Results部分的小標題。這是文章的脈絡，把這些標題串起來就組成了文章的故事主體。分析其邏輯結構，看能不能自圓其說，以及證據鏈完整與否。可以使用GRE argument寫作中的思辨方法。（適用於有小標題的文章）

第三步，深入Results的各個部分，簡單來說，就是看提供的數據能不能支持每個部分的總結句子（往往在段落末尾）。

第四步，研究Discussion部分，這是文章的精華所在。最近看到的一篇discussion寫得很好的文章，大家可以借鑒一下（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17015822）。文章有點老，大家別介意~

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總結下，要讀透文章並提出有價值的問題，讀一篇文章肯定是不夠的。那麼問題來了，如何找到相關文章呢？最簡單的方法是看文章的References，把其引用的相關文獻看一看。最後還有個高階版方法。

當搜索一篇文章後，在箭頭所示位置會顯示被引用次數，點進去，就可以看見引用過這篇文章的相關文章了。而且這些文章比該文章的References新。在科學界，時效性是很重要的。所以看越新的文章一般也會越好。

部分同意 @歐陽笠的觀點，簡單談點自己的看法。做生物科研狗做了也將近十年了，從非常基礎的點起步，細分的話，目前也算涉足了4~6個當前大紅大紫的科研領域。在平常的所謂academic life中，最不爽的莫過於身邊一群歐美同學本著英文母語或者近母語的優勢（我的英語很差，尤其和他們比的時候），總是能夠在極其短的時間讀完一篇paper，然後在lab meeting的時候侃侃而談。剛剛開始的時候，我總是以一種艷羨的心情來膜拜這些「大神」，然後以實驗太過繁重為借口來避免跟他們在seminar中討論任何文章。但是，有段時間比較閑，在等一批數據從collaborator那裡返回來，就選擇性的讀了當時幾期seminar的paper，然後在聽這些「大神」們討論的時候的心情就變成了：WTF，are u seriously talking about this paper? 然後就意識到，其實自己完全沒必要完全站在聆聽者的角度，真的讀了就真的可以參與到他們的討論中去，一方面可以學習到更多的東西，另一方面在很多點上可以實施參考的碾壓不好意思，原諒我一說中文分分鐘變話嘮。here is my point:
首先，大的前提是，我們都有一些所在學科的理論背景，至少接受過正統的本科教育，然後接觸到了一個有背景知識的研究領域中。如果你不具備這個點的話，我建議按照 @歐陽笠所說乖乖地去讀這個領域裡面比較經典的一些研究論文，這個時候不一定要考慮去吃透每一篇論文的研究思路，只要大致了解這個領域是做什麼的，大家已經做了什麼，在哪方面取得了比較好的結果，哪個方面還有待進一步發掘，這個領域的大牛，小牛和牛犢兒都是誰，這些人目前正在做什麼，並進一步揣測這些人將要接著做些什麼。當然，鑒於可能你剛剛接觸這個領域，不一定能馬上領悟這麼多，但是不要著急，踏踏實實的讀一點東西，一步步積累才能在日後真的做到你題目中說到的「快速研究透」。總得來講，就是先積累一點點所讀領域的common sense.
然後，我來講講假設你已經有一些這樣的背景了，怎樣針對一片paper快速吃透：
第一步，這篇paper的出發點是什麼？一篇paper的abstract開頭2-5句和introduction部分（除去最後一段）必然在講這個問題。那麼讀了abstract中這個最多5句話，快速瀏覽一下introduction（除去最後一點），你就可以知道作者總結了一下他做的東西從哪兒發展來的，別人都做了什麼，他覺得別人什麼地方做的不夠，所以他就接著做了，並發了這篇文章。
第二步，這篇paper中用了什麼樣新的技術手段？abstract銜接背景之後的最多2句話，也有可能和做出來了什麼東西合在一起說，以及introduction的最後一段。通常來講，如果作者用了什麼新的技術手段，尤其是令作者本人覺得牛逼哄哄的技術，他一定會不厭其煩的說上這麼幾句，所以如果你想找到一篇文章技術的閃光點，通常來講，先關注一下這兩個部分，然後再去後文找細節。
第三步，發現了什麼？abstract最後2句，作者必然會交代「哥做出來了這個么東東」這個問題。那麼，你只要頭腦里記著他做出來了什麼，後面讀文章主體部分的時候，你就可以隨時按照邏輯線進行推理，就可以最終構建出整篇文章的邏輯線路，然後就能知道文章中哪一個小段落的結論是整篇文章的關鍵，哪個小結論是輔助作用，哪個小結論是沒什麼大用，但是做都做了就拿上來添一添篇幅（這個真的有）。
第三步，庖丁解牛。按照上面說的技術脈絡+邏輯線路走下來，通常來講你會發現一篇好的文章真的是讀起來酣暢至極。你在想著這個文章還少點什麼的時候，剛好發現下一節就將要講什麼，那個feel真是倍兒爽。當然，你也會偶然的發現文章的哪個地方可能是有人在趕工，哪個地方邏輯出現斷層之類的。當然，還會有個別時候，你會發現自己的邏輯思路被大神碾成了渣。但是，這樣的時候畢竟還是少的，因為做science畢竟是要講邏輯的嘛；）
第四步，這一步通常來講是讀一篇paper的關鍵，就是在知識緯度上拓展。前面已經基本了解了paper所涉及領域的研究點，技術水平等。這一步是來了解未來可能的研究點。一般出現在discussion中。當然，有些作者想到哪兒寫到哪兒，也偶爾會把部分內容放在個別的小結論段落中的末尾部分。尤其是有些話嘮型作者會在某個他沒有拿到太理想的結果但又忙於趕工不得不就那麼些的部分啰嗦那麼幾句要是這個實驗再怎麼怎麼改進一下會更漂亮。當然，這種類型多是那種技術上的前瞻。而理論部分的研究前瞻點基本都會老老實實的出現在discussion裡面。一些大牛會寫的很樸素，把這個領域還要怎麼做下去寫得掏心掏肺。但是也會有一些人寫著部分就是臨時性的腦洞大開，更有甚者滿嘴跑火車。通常，在一個高質量的seminar中，大家會針對這個部分有個激情的討論點。但是不是所有的人都重視這個點，我就聽某個國內正大紅大紫的大牛鄙視過所有paper的discussion部分。
第五步，技術性細節。通常一篇文章完成上面四個部分對我而言就算讀完了。我保持這種心態和習慣很久。直到遇到了一個師兄。此兄對於所讀文章的技術細節都非常在行。而且他總是強調他讀文章就是為了摳技術的細節。所以，如果你想了解技術的細節，不要放過material method部分，甚至遇到那種一下亮瞎眼的method，還要去查一查該技術的專門的文章，這樣才能把別人的技術用到你的實驗中來。而不是像原來的我，理論上積累了一堆，說到要怎麼實現我的設想，就要傻哈哈地跑出找那位師兄討論。然後經過我一番大費唇舌的blablabla，他突然來一句：oh, you want to do this. en huh, i can help you to design the experiments.

願有所助益。

題目問了兩個問題，一個是如何快速研究透一篇文章，一個是提有價值的問題。這個問題很容易讓人誤以為一定要研究透了文章，才能提出有價值的問題。

其實不然。問問題和研究透文章應該是兩個糾纏在一起的，不可分的。

我覺得這個問題的關鍵詞在「有價值」

什麼叫「有價值」？對誰有價值？

問問題時，不要太畏手畏腳的。你不懂的事，問出來，對你自己就是有價值的，不管在外人看來有多愚蠢。

舉個不是讀文章的例子，就是在聽學術報告的時候。我一開始參加學術會議，很不敢問問題，總是在那裡煞費苦心的想一個覺得特別有深度有意義的問題，生怕作報告人的撇嘴，總希望能聽到對方客氣的說個「great question」這樣的。

現在想來，其實沒必要。問問題是開始一個對話，有時就像「吃了么」這樣無聊，本身就是理解的一部分。

問題的價值，是相對的，隨著你對文章的理解不斷變化的。如果你對這篇文章沒有問題可問了，或者你的問題已經無法找到現成的答案了，你就讀透了。

我個人的感覺是要靠積累，所謂功夫在詩外。
科技論文自身有比較清晰的邏輯結構。
摘要會概述論文的內容和最重要的結果。
介紹部分會闡述論文相關領域的研究脈絡和本課題的目的，意義。
方法部分會介紹本論文的實施方法，技術，計算公式等等。
結果部分會有一兩副圖展示最重要的結果，還會有若干支撐圖表，說明結果的可靠性。
最後結論部分會按項列舉本文做過的事情，得出的結果。

所以如果閱讀無礙，科技論文很容易理解。
但是，很多問題並不能靠論文自身解釋，例如：
論文的價值究竟如何，這不光要看介紹部分作者自己的綜述，因為作者往往傾向於誇大自己研究的意義，因此還需要你對相關領域研究情況有一定的把握。
再比如，論文的結果是否合理，可信。這就需要你對該論文使用的方法，理論的框架有比較深刻的理解。
解決這些問題，除了多讀，多學習，沒有太多別的方法。

這道題的標準答案貌似是「多看paper」，實際上我覺得這是個陷阱。

因為，很多很多很多的人，在看paper之前，並沒有這個領域所需的基本知識。在缺乏基礎知識的前提下，多讀paper顯得並沒有那麼有用。

我接觸過不少博士生，meeting的時候講起某篇paper，都是出自××頂級雜誌/會議，但輪到自己寫作，idea的核心往往是簡單的小trick。總之，沒理論基礎，談論如何理解paper為時尚早。

所以，在看paper之前，先讀課本。

在擁有了這個領域的基本知識結構後，才是看paper的時候。

最近又寫了幾篇文章，與之前經歷不同，現在換來的只是無奈和心寒。

在美國的時候，我的導師是個放眼全世界，都在學術圈響噹噹的人，這樣的人幫我們改文章也就是把自己的名字加到最後，現在回國發展，寫了幾篇文章之後才發現國內導師搶第一作者竟然是他媽這麼普遍的事情！

寫文章時誰也不在，發文章之前很多人就跟蒼蠅一樣，趕都趕不走。

這樣的學術氛圍，真的好嘛？想鑽研學術的人，還能在國內發展嘛？

一個國家和民族，如果自欺欺人是家常便飯，那麼是不是就可以期待殺人放火被合法化的一天了？

以下正文：

在學術這條路上，每個人都會經歷三個必經階段。

第一個階段，就是論文完全看不懂。專業名詞、概念不懂，演算法公式研究不明白，可以說完全一頭霧水。

第二個階段，就是論文可以看懂了，但是其中的演算法無法去實現、還原。

這個時候，在經過了一定量的積累後，對於專業內的知識有了一定認知，所以文章的脈絡、邏輯可以吸收。

但是由於專業技術還不到位，所以，即使看懂了文章，也無法去復原實驗，論文的結論是真是假，不能判斷。

第三個階段，論文可以看懂了，演算法可以實現了。

專業技術成熟後，專業領域內的論文都可以去實驗，對於論文中提出的觀點和看法有了更客觀可靠地認識。

這個時候，也是自己學術道路開始的時候，任何的創新都是在前人的道路上繼續挖掘。

前人觀點中的不足，可以看到，自己的想法可以融入，能否收穫突破全看自己之後的努力。

所以，正面回答一下問題，想要做到快速提取一篇文章的價值，需要在大量積累的前提下，先由量變引發自己的質變，之後，才有可能。

首先你要判斷一下這篇文章是在水還是真的是篇好文章
現在好多頂級期刊，包括JACS和Angew，都水的厲害。
如果是水文，基本沒有讀的必要
不是水文，再根據你需要啥來讀。
你如果對領域還不懂，那趕緊找幾篇review讀讀，順便把寫review的作者的文都找來翻翻
如果你是在找某個你自己數據的解釋，那麼一般看看圖就知道有沒有需要的內容了。如果有，再仔細看看
總之跟你的目的有關

快速的前提是很懂這個方面才行。

如果是新方向，建議從該方向的博士論文開始看，可以很快的了解一些基本知識。
然後從期刊論文開始看。

當文章看到一定程度後，快速研究透一篇文章才現實。

五步走, 一個自編的完整的可迭代的學術研究模型
why-what-how-what-why...
Why the author want to do research on this are, and
what topics or improvements he or she mentioned in the paper, and
how he approach this problem?
what results it made?
最後問一個why he or she use apply such method to do so, why not the other similar ways.

跟著自己的思路走。看看作者有沒有回答好四個問題:

第一，科學問題是什麼？

第二，用什麼方法解決的？

第三，為什麼用這個方法？

第四，得到了怎麼樣的結果？

作者回答的不好的地方也許就是你可以挖掘的地方。

讀paper的別人已經說了很多，我只補充一點，語言能力也是很重要的，而如果語言不夠好，在了解領域的初期容易只是翻譯的思維，可以試試對著一個文章一邊看一邊把重點句子用簡單的漢語打出來。

我主要說說如何提問題的心得。

設想如果是自己在做這個問題，把自己放在那個情境下，自己會怎麼想、怎麼做。然後比較一下人家的做法和自己有什麼異同，然後就能發現其優點和缺點。

帶著做工作的視角去看paper，去想這個人為何呈現這幾個圖，為何要說這麼一些話，還有沒有可以改進之處。比如這個工作的前提假設是否有可商榷之處，其過程所做的近似和限制條件是否有普適性，如果改一下是否會對結果有較大影響。有時發現一些好工作就是針對一些人們很常用的很基本的假設進行了深層的研究和批判做出來的。

在別人做presentation時提出有價值的問題的時候，我發現多數其實我所提出的與作者不同的觀點基本是大方向上早在之前就有過相關思考，只不過是碰上了這個時機被調出來了，聯繫到了一起。所以要提出好問題，和要快速研究透一篇paper，歸根到底還是要進行一點點的積累吧。

對於我來說，最好的方法就是明天見老闆

這個其實需要訓練，最好有好的老師的指點。說穿了就是審稿的訓練。先說個題外話，一名著名科學家一年要審多少稿。我讀博士的導師說他一年CNS的稿子要看一百二十篇左右，pnas級別的大概八十到一百篇。不算其他的雜誌已經兩百多了，所以他看稿從來是先看摘要再看圖，如果這兩樣
看下來無法打動他，那就結束了。
所以問如何快速看完提問。我的步驟是先看摘要看文章有什麼賣點，到底有什麼新東西新結論，新東西新結論對自己的課題有什麼提示。如果是認識的人，再聊幾句八卦。
再掃一下結果小標題，看它的數據是不是足以支持它的結論，如果不足，少了什麼。或者這些結論是不是能得出文章提到以外的結論。
最後看圖，數據質量如何，為什麼人家的漂亮我做出來的丑，或者反過來。對照都做全了么。圖片是不是造假（看出過好幾篇了）

討論我通常不看的，因為都是廢話。要看只看兩種，結果自相矛盾的特別複雜的，看人家如何打包。名家出品的，學習大師的筆法。

首先，選擇一篇高質量的文章是最重要的。

挖掘機哪家最強？先把期刊或者會議的檔次搞清楚，例如我之前是通信方面的，OL，Communications等期刊的文章質量就是最高的，SCI的影響引子都是比較不錯的。而一些國內的水期刊或者會議，大致看看就可以了。文章本身的質量決定了你積累的方向。

被引用次數也能標明這篇文章的質量。可以參考。

有些文章是概述總結型的，適合當你對領域不是很熟悉的時候讀，有些是專攻一個很小的點的，適合對領域有一定了解了之後再讀。

Abstract，非常重要！！！要花很多的精力讀懂，至少作者的邏輯是怎樣、前因後果、重要結論要弄清楚。

再根據摘要來看作者的文章是怎麼支撐他的觀點的，這就對應了每一章的論述。

你可以試著把作者的觀點和論據列在一張紙上，看看他的思維邏輯是怎樣的。一般來說，一篇高質量的論文，邏輯都非常之清晰！

另外，引用文獻也很重要，作者的觀點一定是基於別人的研究基礎之上的，拿別人的觀點是什麼，作者根據它做了什麼重要說明和調整驗證？這些在細讀的時候要搞清楚。

最後，想通過1-2篇深度分析就把一個小領域弄清楚，基本不可能。多讀，發現對你有用的，深讀。

生物男說幾句生物領域的經驗。別的行業不敢說。
第一，了解某一細分領域的歷史很重要。課本上講的雙螺旋的發現啊，蛋白質晶體結構的解析啊，都是生物學領域最重要的事情，知道了對具體的科研沒什麼幫助。反而是某一個領域內，都是一群科學家的共同體（也可以說是小圈子）。比如細胞凋亡的歷史啊，某個蛋白的研究歷史啊，形成了什麼理論上的共識。他們目前解決了什麼問題，下一步最主要的問題是什麼。
第二，文章的水平是參差不齊的。學術文章分三類，最好的是開路的，其次是種樹的，再後來就是灌水的，灌水的還分用大桶澆的還是用水瓢澆的。越是牛逼的文章，思路邏輯是最清晰的，和該領域的基本理論最相關，最好讀。那種讓你繞來繞在細節里搞不明白的文章，往往就是灌水的。所以讀文章的時候要自信點。

我覺得這決定於題主提問題的目標是什麼。如果是journal club練提問題的話，那怎麼提都行。但是如果是為了自己領域的話就另外說了。

對於Journal club那種：如果對於某一領域是新手的話，你提出來的多半有人做過了。可以搜相關的key word接下來去看看。或者，問題提得很好，但是比較泛比較從概念性出發，那可能沒人做過。反正這個只是練習，慢慢練就好了。

如果對於某一領域是老手的話，或者熟悉的交叉領域的話，腦子裡大概已經有誰誰誰做過啥之類做底，於是分析起來就方便了。在這樣的情況下，大概看圖會比較看，figure連著figure legend看。通常用起來的技術就那麼幾個，看圖直接了當能知道文章是怎麼做而且結果是什麼（有的時候有的結果不會放在fig只寫在result的話這樣看會跳過一些有用的信息……）。我覺得在這種很熟悉的情況下，就算不看discussion也應該很清楚這個結果到底有怎麼一個意義跟能提出基於各種層面的問題：技術啊，方法細節啊，control有沒有不太對啊，有沒有漏了什麼啊等等。這些問題對於接下來你自己的實驗是有意義的。

對於中間熟悉的領域的話就怎麼舒服怎麼看唄～覺得速度也是決定於你了不了解各種背景知識跟技術

總的來說，我覺得這個可能需要點時間練。不知道題主實驗室或者系有沒有journal club，有的話那個是個人認為很好的練怎麼看paper怎麼提問題的手段之一 ww。

個人理解，懇請指正。

對比著其他同類paper看……找出它的特點所在

積累。如果誰能像整天刷知乎一樣把每個journal的最新publication 都讀一遍，根本不愁做research

我的經驗是翻譯出來

對一篇論文的審視中，文章的局限性是比較具有可攻性的點，一個好的問題通常會涉及到論文的邏輯鏈以及局限性，局限性既文章中的觀點在多大範圍內被證明（一些文章通常會避重就輕，對論據的局限性輕描淡寫或隻字不提）。局限性下面就是邏輯鏈，即證明此論點的邏輯鏈是否完整，實驗數據是否可以環環相扣的為論點提供支持。如果一篇文章的這兩點被挖出問題，那麼你的問題是相當具有含金量的，當然如果你出文章的試驗數據完全得出了作者相反的結論或者得出了和作者不同的結論並得到證實你是對的，那麼你的問題就相當犀利了（後果很可能是作者的文章被撤回，此案例在小輩在讀期間經歷過，教授討論過某發表在nature的涉及到瘧原蟲var單等位基因表達的文章，蛋白質凝膠電泳的數據得出了和文章截然相反的結論）。當然能做到對文章進行審視的水平的功底都是很深的，想達到這種水平還是慢慢積累吧。