美國軍方和白宮是否在對待南海問題的態度上出現了嚴重的分歧？接下來會怎麼發展？

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美軍近期突兀的行動，是美國國家運作的正常結果，還是不太正常的表現出奧巴馬對軍方失去了控制？

謝邀。沒有什麼嚴重分歧。
回頭檢視「亞太再平衡」政策，一開始的核心就是應對中國威脅，主要行動都是軍事性的。比如說，調整、擴大在關島的駐軍，強化區域同盟，新增在澳大利亞的駐軍等等。F-22的海外部署，也是集中在日本和韓國。只是當時中國反應十分強烈，再加歐洲對於美國人「拋棄」他們不滿，才有了不少政治性的內容和經濟性的內容。TPP背後的經濟動因很強，但是「不讓中國寫規則」也好，國防部長關於TPP的講話也好，都反映了更強的安全動機。
所以雙方之間的分歧，不是政策方向的分析（因為都是對抗中國的政策），而是優先順序、程度和手段的差別。軍方習慣秀肌肉，而且更強調美軍的行動自由（freedom of action），所以喜歡派航母、搞「航行自由」挑戰，目的在於確保威懾潛在對手，在可能的戰爭中擊敗對手。軍方也沒有和中國聯手的必要。這幾年受到財政限制，軍費投入增長比較慢。而且，更重要的事，因為人事費用增加，和外部正規軍隊的軍事威脅減少，新武器研發的投入受到很大影響。那麼，樹立一個敵人也有利於保障軍費。白宮的優先順序，是維護區域結構，有可能的話將中國置於到這個體系之下；而且，白宮在一系列對外問題上，需要中國配合，所以優先手段還是側重於政治和外交性方面，重點在於管控分歧，按美國利益塑造中國方向。所以兩者在手段上體現出很大的不同，但是不是方向的分歧，而是手段、程度和優先順序的不同。

確實有明顯的分歧，不過奧巴馬恐怕也力不從心。先看張照片

第一，奧巴馬在中東北非的地區動蕩中未能表現出滿足軍方和國內部分利益集團的強硬需求。雖然軍方也明白那是個要命的地方進去不一定能出得來，但是幾年地區動蕩的狀態尤其是阿薩德政權的屹立極大的損害了美國的戰略威信，讓人實在的感覺到美國的衰落。作為軍方高層，卻是絕對不能示弱的，在其他地方施展不開的肌肉，總得讓人看得到，既能適當表達存在，又不挑動過於敏感的神經。以朝鮮為理由派兵之後對剛剛進行完中美外長會話的中國展示威懾是個很好的選擇。
第二，奧巴馬的對外政策以全球收縮為主，地區出擊為輔。從阿富汗和伊拉克的戰爭泥潭抽身，將主要軍力抽調回亞太進行再平衡，主要目標從反恐轉向遏制中國的崛起。但這項政策的實施並不徹底，一個是新的全球熱點不斷爆發，東歐、中東等地區的局勢並沒有像美國想像的那麼穩定，俄羅斯的異常強硬使得美國不斷得承擔救火隊長的責任，安撫盟友的不安全感。在短期內使得本來作為現實對手的中國和潛在對手的俄國出現了戲劇性的角色互換。但在軍隊眼裡，中國的威脅是實實在在的，一年數十艘驅護艦艇的下水速度和不斷更新的艦隊實力是不可能不讓美國軍界大佬擔憂的。在這個時候，軍事需求和白宮的政治需求就出現了偏差。
第三，是美國國內政治的形勢。奧巴馬在共和黨成為眾議院多數黨後成為瘸腳總統，奧巴馬致力推行的全民醫保等多項政策難產，兩黨在國內政治鬥爭激烈難以達成一致。不排除共和黨通過對軍方行動的支持向奧巴馬施加壓力的可能。
總結一下，奧巴馬對於軍隊控制力的減弱有多方面因素造成，且對於明年就將卸任的總統來說，還會更加弱勢，不可避免。但是不必過度擔憂，美國軍隊從整體來說必須服從美國的整體利益，不可能像日本一樣出現獨走。美國在南海海域出現在對華遏制方面是負分，反而會刺激中國更強烈的擴軍需求，主要目的還是安撫盟友宣示存在，並且服務於美國國內政治需求。