地球原始大氣的二氧化碳大部分被固化到了岩石中主要是自然的化學作用還是生物作用的結果？

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問題就出在和金星的對比上。這大概是地球和金星表面狀況差異如此懸殊的根本原因。
生物在其中起的作用大嗎？

原始大氣中氧氣的產生毫無疑問是由於生物的光合作用，但是二氧化碳含量的降低則是光合作用和物理化學作用的共同結果。其中物理化學作用的地位還應該更重要。如果原始大氣中二氧化碳的比例和金星或火星相近，也就是說九成以上，那麼不難想像如果完全是光合作用，我們的大氣中的氧含量會高得多，畢竟光合作用反應的二氧化碳和生成的氧氣比例是一比一。而現實是氧氣只佔16%左右，那麼可以推測並不是全部的二氧化碳都參與光合反應了，或者說，大部分都沒有。
事實上，大部分二氧化碳是被海洋吸收，最後沉降進入地層。即使在今天，海洋依然是大氣中二氧化碳最大的匯。

自然化學作用使大氣中的CO2以無機碳的形式保存在地層中，比如地球歷史初期廣泛沉積的碳酸鹽岩（石灰岩）等；
生物作用（地球早期主要是微藻等微生物作用）的光合作用使大氣中的CO2以有機碳的形式保存在沉積物中，比如石油、煤炭、微生物灰岩等；
根據沉積物的規模可以判斷應該是化學沉積作用佔主導因素。
題主的問題是與金星表面情況的對比，我認為，最值得探討的因素應該是是水的作用吧？
所以這個問題不甚嚴謹。