分公司所謂的股東與總公司的關係？

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總公司與自然人甲共同簽署合作協議，約定共同出資設立分公司，分公司財產獨立，採取國際通用的股份制公司的模式管理，後發生糾紛，甲與總公司、分公司究竟是什麼法律關係。

謝邀。
該約定與現行法律及部門規章不符。所謂財產獨立、股份制管理，均系子公司（獨立法人）的概念，分公司的財產屬於總公司，無法獨立。
法律上的關係如下：
如果實際登記的是子公司，則子公司獨立承擔責任，不因當事人之間協議中誤寫為「分公司」而改變。
如果實際登記的是分公司，則總公司對外仍然要承擔民事責任，當事人之間的約定不能對抗外部的善意第三人，但總公司在承擔責任後，可以依協議向甲追償。

1.前面也有知友已經指出了，題主提到的」分公司「根據」財產獨立「」股份制模式「等描述似乎是」子公司「。分公司是母公司的分支機構，不具有獨立法人資格，打個比方吧，母公司擬作人的話，分公司就是這個人的一條胳膊啊一條腿啊神馬的；而子公司是具有獨立法人資格的，還是那個比方，母公司擬作人的話，子公司就是他的孩子也就是一個獨立的個體。母公司作為股東，其對子公司的控制程度基本取決於持股比例，而持股比例常常影響到委任董事比例的權利（這個具體在子公司的公司章程里會有具體條款，比如說可能存在持股百分之70的股東有權委任董事會3分之2成員達拉達拉等等規定）。
2. 甲和母公司都是對子公司進行投資了的」股東「，在這個層面上地位是平等的，通俗地講，一個孩他爸一個孩他媽共同生了」子公司「這個孩紙。對於如何經營這個孩子誰做主兒，要看投票（董事會投票、股東會投票）。持股多的是大股東，持股少的是小股東，顯然大股東掌控著主動權。如果母公司（而不是甲）是大股東，那麼這個子公司就是母公司的」控股子公司「。
3.題目里的」所謂的股東「這」所謂「倆字很曖昧，也許另有深意？比如甲其實是掛名股東之類的？那可就又存在掛名股東和實際股東間的代理關係咯，在此就不表了。

不要看「分公司」的名稱，而要看該企業組織形態的實質，其具有獨立的財產，則對外獨立承擔責任，同時採取股份制管理，則出資方承擔有限責任，獨立財產與有限責任是法人格獨立的基本要件，所以即使名稱上是「分公司」但其實質仍然是公司形態，同時又由所謂的總公司出資，所以在法律性質上來講應該是「子公司」。如此看來，三者的關係是：甲、總公司均是「分公司」的出資方，是出資人與公司的關係。

你這樣的情況，成立的應該是子公司，而非分公司。子公司有獨立法人地位。

即便名義上成立了所謂的分公司，但這種形式的出資是不受法律保護的。如果該」分公司」經過了另行工商登記，那事實上是新的公司（子公司）;如果沒有，那題主事實上是對母公司進行了出資或者借款，具體如何以目前題主提供的信息尚無法判斷。