既然精子庫的信息是保密的，如何避免此類孩子以後近親結婚？

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不蟹妖。

國內嚴格管理的精子庫，除了要求信息保密，還會要求捐精者一生只能向一個精子庫供精。
同時精子庫管理中，一名供精者的精子最多供給5名婦女受孕，一旦滿5名，這份精子就將被銷毀。
通過控制捐精者後代的總數上限來無限降低近親結婚的幾率。

至於一名捐精者隱瞞實情多次捐獻的難度：
捐精首先要進行4次精液質量篩查。每次篩查需間隔3－7天，查完整個過程就需1個月以上。
只有2次以上質量合格者才能進行體檢檢查，檢查重要遺傳病是否合格，才能捐精（本身也大大降低了近親結婚增發遺傳病的幾率）。
捐精者要在半年內去精子庫10~15次才算完成取精過程。
6個月後還要抽血再進行HIV的複查。走完整個過程才算捐精一次。
這期間還有能力多家供精的志願者，我覺得去日本演藝圈發展一下比較好。

Tulane University freshmen discover they are SISTERS, have same sperm donor father
兩同學長相相似實為同父異母父親系捐精者(圖)
若上述新聞屬實，題主所述風險及其規避方案的確值得考慮。

婚前檢查

一是概率太小了，百萬分之一的可能性。
二是近親結婚的有害這結論僅在有遺傳疾病的情況下成立。
目前還沒有健康家族近親結婚有害的直接證據。
補充：類似的文章網上蠻多的。
美一項最新研究結果驚人：近親結婚似乎危害不大