為什麼日本以菊花紋作為國徽？
請勿回答是他們的皇家logo，這個已經Google過了。
原排名第一的答案十分詳盡，可惜被刪了，誰有留存請私信俺。
感謝諸位答者。其實我並不想問「法定」的國徽，只要在人們心中認定就可以了，比如菊紋被印在護照上，我覺得這就算一種認定。而且我更想知道這種認定的文化來源是什麼。皇家logo什麼，我自己也google過了，不足以解釋，菊紋的文化起源要更早。
可以回答的問題，查了些資料，淺談一下吧。
出自日文wiki菊花紋章
『鎌倉時代には、後鳥羽上皇がことのほか菊を好み、自らの印として愛用した。その後、後深草天皇?亀山天皇?後宇多天皇が自らの印として継承し、慣例のうちに菊花紋、ことに十六八重表菊が皇室の紋として定著した（「十六弁菊は南朝の紋で、三十二弁菊（十六弁八重菊）は北朝（および現皇室）の紋である」との説明も見かけるが根拠不明である』
大意就是說：鎌倉時代的後鳥羽上皇特別喜歡菊花，於是把菊花作為自己的印記標誌。後來的幾個天皇沿襲了這一傳統，把菊花作為自己的紋章；南朝皇室是16瓣菊花紋，北朝皇室是32瓣菊花紋，現今是北朝皇室。這種說法的出處不詳。
其實早在後鳥羽天皇之前，日本人已經受唐文化影響，喜愛菊花的意向。嵯峨天皇（786年9月7日－842年7月15日）在位期間大力推行唐化政策，便將重陽節定位宮中的年中行事（《凌雲集》中收錄有嵯峨天皇所作漢詩，題為「九月九日於神泉苑宴群臣各賦一物得秋菊」，其中有「旻商季序重陽節。菊為開花宴千官」之句。）；鎌倉初期的『北野天神緣起繪卷』中，醍醐天皇賜給被貶的菅原道真的箱子外側，就是菊花的圖案。
而後鳥羽上皇對菊花的喜愛到了極致，江戶時期的《古事類苑》、《古今博文業談》是這樣記載的：
後鳥羽院、剣ヲ好ミテ自鍛冶ヲ為シ給フニモ、菊花ヲ刻ミ給ヘリ、其後終ニ混ジテ、御在位ノトキモ、猶菊ヲ標トシタマフト見エタリ
——出自《古事類苑 姓名部七 家紋 菊桐御章篇》
後鳥羽院自カラ刀剣ヲ鍛冶シ玉フニ菊ノ花ヲ刻ミ給ヘリト承ハル是等ノ事ヨリ後世ニ至テ御在位ノ折ニモ用井ラレ遂ニ連綿今日ニ傳ハリ皇室ノ御紋章トナリシ者ナリトカ暫ク記シテ世ノ博識ニ質ス
——出自《古今博文業談》
這兩段話的意思都是說，後鳥羽天皇親自鑄刀並在刀上刻上菊花，他用菊紋來代表自己在位，據記載刀上的菊花紋即為十六瓣菊紋，被稱為「菊作」（菊御作）。
由此開始，菊花正式作為日本皇室的紋章使用，直到今日。
額外的，後鳥羽天皇對菊的喜愛，很大程度上，也是中國的影響。其生卒年是1180年8月6日--1239年3月28日，對應中國的宋朝。宋朝時，重陽節和賞菊是有一定影響力的，宋人吳自牧的《夢梁錄》是這樣記錄的：
" 日月梭飛，轉盼重九...向東籬賞菊，正是故事。今世人以菊花、茱萸，浮於酒飲之，蓋茱萸名「辟邪翁」，菊花為「延壽客」，故假此兩物服之，以消陽九之厄。年例，禁中與貴家皆此日賞菊，士庶之家，亦市一二株玩賞。其菊有七八十種，且香而耐久，擇其尤者言之，白黃色蕊若蓮房者，名曰「萬齡菊」；粉紅色者名曰「桃花菊」；白而檀心者名曰「木香菊」；純白且大者名曰「喜容菊」；黃色而圓名曰「金鈴菊」；白而大心黃者名曰「金盞銀台菊」：數本最為可愛。兼之此日都人店肆，以糖面蒸糕，上以豬羊肉鴨子為絲簇，插小彩旗，名曰「重陽糕」。禁中分及貴家相為饋送。蜜煎局以五色米粉成獅蠻，以小彩旗簇之，下以熟栗子肉杵為細末，入麝香、糖、蜜和之，捏為餅糕小段，或如五色彈兒，皆入韻果糖霜，名之「獅蠻栗糕」，供襯進酒，以應節序。其日諸寺院設供眾僧。頃東都有開寶、仁王寺院設獅子會，諸佛菩薩皆馭獅子，則諸僧亦皆坐獅子上作佛事，杭都卻無此會也。"
重九，在中國是盛會，大家要喝菊花泡的酒，要賞菊。而且賞菊是很有套路和玩法的。同時期的日本，是受到中國文化影響很大的，中國對於菊花的喜好很有可能對日本的貴族和上層造成了影響。而事實上後鳥羽上皇出生的平安末期，菊花，也確實是常入貴族間詩文的意向。菊花是一種優雅和風尚。
正如如『小倉百人一首』里凡河內躬恆（三十六歌仙之一）的那首：心あてに折らばや折らむ初霜のおきまどはせる白菊の花/凡河內躬
大意：今天下霜了，出門採菊，卻分不出哪裡是菊花，哪裡是白霜
再比如清少納言的《枕草子》：
「九月九日從破曉稍為下點雨，菊花上的露水也很濕的，蓋著的
絲綿也都濕透了，染著菊花的香氣特別的令人愛賞。」（周作人譯版）
之後，天皇也會把不同花紋的菊紋賞賜給有功的臣子，後醍醐天皇曾賞賜給楠木正成「菊水紋」，以獎勵他對建武新政所做出的功績；而足利尊氏和猴子都受到過菊紋的賞賜。猴子頒布過限制民間使用菊紋的法令，不過隨著社會動蕩，難以確保其效力。
直到1868 明治元年 ( 慶應 4 年 )3 月 28 日 的195 號法令——「會符傍示杭等ニ禁裏御料禁裏御用ノ文字ヲ書シ及ヒ提燈器物等ニ菊章ヲ絵クヲ禁ス」，禁止了在燈籠、陶器等物品上使用菊紋；而1926年（大正 15 年）政府頒布了皇室令第 7 號皇室儀制令，對菊紋的使用進行了系統的規範和整理。後隨著日本二戰戰敗，天皇發表「人間宣言」，上述法令廢除。
如今對於菊紋的使用，只有一條要求，你不能把菊紋作為註冊商標，也就是商標法第四條第一項第一號中提到 ：
國旗、菊花紋章、勲章、褒章又は外國の國旗と同一又は類似の商標、商標登録を受けることができない
以上
多謝觀看
reference：
[1]王曼琳. 菊紋與日本皇室[J]. 青年文學家,2013,30:130-131.[2]張榮東. 論日本菊文化[J]. 閱江學刊,2014,04:138-142
[3]https://ja.wikipedia.org/wiki/%E8%8F%8A%E8%8A%B1%E7%B4%8B%E7%AB%A0
[4]習谷 日本皇室的菊花章[J] 現代日本經濟 1989年02期
[5]古事類苑 姓名部 家紋[M] 神官司廳藏版 吉川弘文館刊行 1914
[6]河野圭司編 古今博聞叢談[M] 文林堂 1892
[7]《法令全書》 內閣官報居編 原書房復刻版刊1976
題主的疑惑無非是為什麼菊花紋這個logo會在日本被印得到處都是吧？
首先，這東西在當年不叫LOGO，叫家紋，是冷兵器時代的日本武士和貴族用來裝逼格的東西，但凡是個村長以上的幹部都得給自己設計個，不然就顯得out了，然後代代相傳。當然除了裝逼格它也有實際用途，就是約架時在敵我雙方小弟上印上各自村長的LOGO，不對，是家紋，這樣可以區分敵我避免誤傷，因為當時經常一個村有好幾個村長，小弟們今天跟這個村長蹭飯，明天又換那一個蹭飯，繞來繞去怕弄混了。
到了今天，也就天皇家和一些大財閥、大政客家族以及寺廟神社、暴力團（也就是黑社會）還在使用這種類古老的LOGO了，好吧，果然還是叫LOGO比較順口。
友情提示：在日本大街上碰上印有這種LOGO的人最好躲遠點。
其次，菊花紋並不是天皇家自己設計的LOGO，也不是被因為被天皇家選中當自己家的LOGO才紅的，而是原本就紅了，然後某天被天皇家盯上就獨佔了，其心態大致如下圖：
那麼菊花紋到底是怎麼紅起來的呢？待續
菊花紋章（「十六八重表菊」）是日本皇室的徽章，並不是法律意義上的日本國徽。這點上面的各位知友說的都已經很清楚了，這裡就不再贅述了。
題主說「菊紋被印在護照上」，這是對的，但此菊紋非彼菊紋：皇室徽章是十六八重表菊，而日本國護照上的紋章是十六一重表菊。仔細觀察下面兩種紋章，看出區別了嗎？
日本皇室徽章——十六八重表菊
日本國護照上的圖案——十六一重表菊，花瓣比皇室家徽少一層
過去，日本的貴族、大名都有自己的家紋，如今只有天皇還在使用此類紋章。菊花紋章被廣泛應用於各種與天皇、皇室有關的場合。
天皇旗
日本的自由民主黨的黨徽也是一朵菊花：
自民黨黨徽——陰十四菊然而自民黨最常使用的標誌還是下面這個（大霧）：
自民黨的通用標誌——陽光下的兩個孩子
以下來自維基…
鐮倉時代，後鳥羽天皇把宋代中國織物上的菊紋鍛刻在刀上並定為皇室紋章。
希望對題主有幫助
維基百科
在日本，由於法律並沒有確立正式的國徽，因此習慣上，日本皇室（天皇家）的家徽「十六瓣八重表菊紋」，即菊花紋章被廣為作為日本代表性的國家徽章而使用
鎌倉時代，後鳥羽天皇把宋代中國織物上的菊紋鍛刻在刀上並定為皇室紋章。另外，日本內閣所使用的代表徽章「五七梧桐花紋」，也常在國際場合及政府文件作為國家的徽章而使用，例如日本入境許可貼紙的底紋
日本護照的封面上使用的是「十六瓣一重表菊紋」，與菊花紋章相似，菊花的花瓣數雖一樣，然而花的層數卻少了一層，跟皇室的菊花紋章並不完全相同
日本的法律並沒有規定日本國徽是菊紋。那個十六瓣菊花圖案是是日本皇室的家徽。
有關菊紋 排名第一的回答已經很詳細全面了，補充一點別的。
事實上，之前日本法律甚至也沒有規定國歌就是《君之代》，沒有規定國旗就是那個太陽旗。只是大部分群眾默認了這樣的事實。
記得之前有一所日本小學讓全校學生唱國歌《君之代》，學校里部分老師拚命反對，認為《君之代》並不是法律意義上的國歌，有位老師甚至堅持反對到了為此事自殺的地步。
1999年8月9日，日本參議院表決通過《國旗及國歌之有關法律》（國旗及び國歌に関する法律，簡稱《國旗國歌法》），把《君之代》定為日本國歌。1999年8月13日，《國旗及國歌之有關法律》公布施行，《君之代》重新正式成為日本官方國歌。並將「日之丸」定為日本國國旗。
感謝@David Wu 同學的指正，回答已修改。
日本的法律上是沒有規定「國徽」的，現在許多場合多用皇室的「菊花紋章」，所以給人一種「菊花紋章」，特別是「十六八重表菊」紋，就是日本國徽的錯覺。事實上，日本在不同場合使用不同的紋章，來做不同的事情，主要有菊紋、日月紋、桐紋三種。
紋如其人
學習了
日本國徽即其皇室家紋，文化來源是源於日本的家紋文化與鞏權需要。下面梳理一下源流。（序號代表時間順序）
1、公元400年左右（或800年左右）：菊花傳入日本，並非其本土植物。菊，因其高貴長壽的內蘊屬性，受日本貴族喜愛。
2、平安時代初期（約公元900年左右）：醍醐天皇賞賜菅原道真的御衣，裝御衣的盒子上印刻著十六瓣菊紋。菊紋首次與日本皇室產生直接聯繫。
3、平安時代中後期（約公元1100—1200年）：家紋在日本產生。家紋作為宗族的徽章，一般被大貴族家族使用，作為其宗族文化的一種象徵。一般以含義吉祥的植物作為家紋，如葵、牡丹，還有以自然事物（日月風火）、器物（船車刀劍）為家紋的。例舉一個，大家熟知的，宇智波家族的家紋：火團扇紋。
4、平安時代末期（約1200年左右）：後鳥羽院天皇在自己所鑄的刀上刻十六瓣菊紋，這種到被稱為「菊御作」。自其之後，菊紋漸漸作為皇室的御紋使用，大臣或武將被賞賜菊紋被視為一種榮耀。
5、鎌倉時代（公元1185年——1333年）：十六瓣菊紋成為代表皇室的家紋。
6、公元1591年：豐臣秀吉頒布「菊桐禁止令」，禁止得到特許之外的人使用菊紋，菊紋漸漸開始被用作為權力的象徵。另外，沒錯，豐臣秀吉，就是那個入侵朝鮮，然後被我們明朝名將李如松打出翔的那個豐臣秀吉。
7、1868年（明治元年）：太政官布告第195號法令，規定燈籠、陶器上禁止使用菊紋。其後政府頒布了諸多關於菊紋的禁令。皇室在有意加強菊紋作為皇室權力的象徵。
8、1926年：政府頒布皇室令，規定平民禁用菊紋，皇室成員不能隨意使用菊紋。菊紋作為皇室權力的象徵，其地位被推到了極高點。
通過考察源流，可知菊花由於其尊貴典雅、長壽的內蘊，從而被日本古代皇室選為家紋。在歷史發展中，皇室為了鞏固其地位，菊花紋作為權力的象徵，地位被愈抬愈高，致其有了今天的地位。所以日本國徽是菊紋、護照上是菊花紋，也沒什麼可奇怪的了。
希望對大家有幫助。
菊花一直是日本的皇室之花
以前的圖流下來的。。
先說個人結論: 1.作為一個島嶼國家，缺乏大型動物導致紋章的演化與歐洲不同。 2.看天皇當時心情，心情不好也有可能選成狗尾巴草。
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翻看日本紋章學的歷史，感覺就跟逛花園一樣。大部分為植物花卉，也有少於如老鼠，兔子，烏龜之類的小動物。植物種類甚多，包括櫻花，牡丹，鳶尾，丁香，槲寄生，石竹，龍膽等，甚至連蔥姜蒜大麻水稻橘子也有。
相對於歐洲較多的獅子，鷹，熊，馬，豹，野豬在日本的紋章圖案中十分少見。具體原因可能是日本人當時對大型動物還不是很熟悉。作為一個島嶼國家，日本紋章中動物比較多的是兔子，老鼠，龜，然後是魚蝦蟹貝。
所以在日本貴族的紋章中，花草植物所採用的比較多。 至於為什麼天皇選擇菊花作為徽標，我真的不知道，估計是他個人喜好。比如織田信長的紋章圖案是五瓣櫻花，德大寺左的紋章圖案是個什麼花我也看不懂，鎌倉源氏征夷大將軍的圖案是龍膽花等等…… 再者，不知是不是我查到的資料有誤，日本天皇的徽標的確是16瓣菊花，但是天皇家族的徽標應該是桐樹花。天皇可以讓大名使用桐樹花的徽標，貌似不能賞賜菊花的徽標吧（未知……求告知）。比如武將足利尊氏在1333年歸順醍醐天皇后便得到了桐樹花紋章的賞賜。
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