口腔醫學生怎麼申請去日本讀PHD？

謝邀。
學口腔的出國比較少，多數人沒什麼經驗，在這就簡單介紹一下吧。
首先醫學專業來日本留學有國費和私費兩條途徑。

國費即日本文部省獎學金，包括學費減免，每月生活費的補助和首次來日以及最後回國的機票錢。
國費的申請在國內和日本都可以進行。國內與日本高校有聯繫的醫學院校大多附有國費申請項目。如果能從國內申請到國費來日那是相當便利了。因為在日本申請非常困難，要有教授推薦，即使如此我所在的學校每年也只有一個國費的名額。但是，國費生申請的研究室（專業方向）貌似是不能自己決定的。
私費是大多數留學日本的學生選擇的途徑。申請來日你可以選擇中介，或者自己辦理。
建議有一定的日語學習經歷，最好能達到日語能力測試2級以上。有些同學說教授什麼的應該會說英語吧，是的教授會說，但是日常生活和學校生活還是會日語比較方便。畢竟英語不是日本的官方語言。
有了日語學習經歷，來日時是就讀語言學校還是直接申請學校就可以自己衡量了。

下面介紹重頭戲，如何申請學校。

日本有齒科的大學很多，分為國立和私立。國立十所，私立無數。
國立大學每年的學費六十萬日元左右，私立百萬以上。
根據學費可以看出來，便宜的學校申請的人多，私立相對容易。

當你選好自己想去的大學院（研究生院），確定研究室和教授，就可以準備跟教授聯繫了。
各學校網站上都有募集要項（相當於招生簡章），可以確定本年度什麼時候開始報名，哪些教授要退休了，那些教授繼續招收學生。確認你選擇的研究室還招人，可能的話看看往屆招了多少人，有沒有外國人。募集要項上也會有教授的電子郵箱。都確定好之後你就可以給教授發第一封郵件了。
第一封郵件通常是自我介紹，你從哪來，為什麼來，為什麼選了這個教授的專業，附簡歷。此處值得注意的是，有些同學本著廣撒網的心理同時給很多教授發了郵件，覺得肯定會有一個中吧，最好不要這樣做。有些學校是會開教授會的，大家會交流最近有哪些人想來我們研究室了。如果到時候發現你每個地方都想去就糟糕了。所以最好不要給方向非常接近的研究室同時發郵件。比如該學校有兩個口外，那你發了1口外就不要發2口外。
發完第一封郵件之後，等回信，這個過程可長可短。如果教授對你感興趣，會回復你，並要求進一步的資料。如果他快要退休或者因為其他原因不招收學生了也會通知你，如果三周以上沒有回信，你可以客氣一點再發一遍，如果仍然沒有回信，那可以考慮其他地方了。
跟教授郵件聯絡之後基本可以獲得允許，這時候就可以報名了。在日本叫做出願。這個募集要項里也會寫，需要哪些材料，手續，費用等等，一一準備好，不要錯過出願的時間。
出願之後會通知考試時間，如果你是從國內直接申請的，這個時候校方也會聯繫你簽證的相關事宜。
考試合格之後就可以入學了。

國內醫學生來日本讀PhD有一個學力的問題。日本齒學部大學院要求入學前有18年受教育經歷。國內普遍是17年（截止本科畢業）。所以如果是本科畢業想來讀博的同學就少上了一年學。為了解決這個日本有一個叫研究生的階段解決這個問題，也在你的研究室，一年，沒有學位，但可以補足受教育經歷。一年之後轉為正式的大學院生，然後4年博士，畢業。如果是碩士畢業出國的同學就沒有學力的問題了。
以上。
如果有什麼具體想問的可以補充。