米開朗基羅為什麼沒有聽從教皇的命令選用聖經新約內容為西斯廷禮拜堂的天頂畫內容，而選擇了舊約的內容？
問題太複雜了，能寫個論文，我只能勉強說一點。
這是一個典型的 anachronisme 問題，最初本來是個歷史概念，即研究者與研究對象之間存在的時間距離對研究的影響，後來被引用到其他學科中。阿拉斯在《繪畫史事》中就談到了這一點，一般翻譯為錯時性 / 時代錯誤 / 不合時宜。具體到西斯廷教堂畫包含了兩種意義上的 anachronisme 。
一是禮拜堂本身的時間機制。教堂內作品的創作順並不是聖經時間，是非線性的，而《最後的審判》重構了天頂畫和 15 世紀的濕壁畫中所表現的基督教歷史的時間，同時這種重構對於觀眾的經驗來說也是一種理論模式。
二是基督的祖先圈的意義和先知在場的意義。他們被米開朗基羅選中 ，慵懶麻木的出現在弦窗個拱肩上，但他們位於救贖的歷史的邊界，又以某種方式觀看著當下。
米開朗基羅創作天頂畫之前的西斯廷禮拜堂內景，其天頂是由 Pier Matteo d"Amelia 在 15 世紀 80 年代設計的。
這個問題會涉及到很多方面：比如基督教神學、釋經學 ( 不同教派 / 時代對經文的理解 ) 、16 世紀宗教改革的影響——包括當時的人文主義、佛羅倫薩地區流行的新柏拉圖主義對米開朗基羅的影響，這一點同達芬奇不同，達芬奇是個自然為尊的藝術家，雖然有宗教題材但沒有信仰傾向、米開朗基羅本人的心理分析——有學者認為他患有阿斯伯格綜合征，其家族成員也有類似現象，還有結合考古進行的藝術史圖像學分析——在 1985 年大修之前，很多細節都看不到，之後才有服裝和符號方面的考證——等方面。總之，它不是隨便引兩段文獻就能說清楚的。
以上領域本人都不擅長，所以回答可能偏頗之處。
天頂畫中有七位聖經記載的先知 [Prophets] 和五個非猶太女先知 [sibyls] ，除了舊約內容，還有一些次經的內容。
比較官方的解釋是文藝復興時代的人將人類的歷史分成三個時期：
1、摩西律法之前的世界——從神創造萬物到摩西頒布法律
2、摩西律法之下的世界——從摩西頒布法律到神差派耶穌來人間
3、恩典時代——耶穌降生之後
(2) 和 (3) 在禮拜堂建好時，教宗 Sixtus Ⅳ 就已經請畫家畫好了，到了教宗 JuliusⅡ時，獨缺第一個時期，雖然開始教宗的意思是請米開朗基羅畫新約中的十二使徒，但他還是選擇了第一個時期。創世紀是人的墮落，摩西的耶穌的生平則說明了從舊約到新約的救恩歷史，神如何救贖人類，而先知和祖先們都指向耶穌的到來和教會的成立。
但這裡問題也有很多，為什麼耶穌的祖先圈那麼頹廢，聖經中那麼多先知為什麼單選這幾位，為什麼選約拿、撒迦利亞？文藝復興時期佛畫家選擇繪畫的主題受贊助人影響，但首要目的肯定不是為了視覺效果，而是為了將聖經的內容通過圖像傳達給群眾，影響觀念。不然為什麼沒畫創世紀里的該隱殺亞伯、巴別塔？也沒畫火燒索多瑪？
這裡先補充一些西斯廷教堂的歷史。
早期的天主教指羅馬天主教，以下指的並非現在改教後的基督教，所以都用天主教。八世紀成立「教皇國」 [Civitas Ecclesiae] ，羅馬是教皇國的首都，後來因為法國勢力的介入，從 1309 年到 1377 年首都被遷到法國南部亞威農 [Avignon] ，這對教廷而言是巨大的恥辱。在教會歷史上常以舊約中，以色列人不聽神的話而被懲罰，讓他們被巴比倫帝國俘虜來比喻這段時期，因此這段時期常被稱為「巴比倫被擄期」 [Babylonian captivity] 之後的教宗為了表示他們的正統性，會強調他是在羅馬被選出來的教宗，而不是在亞威農。
Sixtus Ⅳ 是巴比倫被擄期之後的教宗，為了證明他的正統性，計劃在羅馬建西斯廷教堂，足以媲美所羅門的聖殿。雖然耶路撒冷的聖殿被毀了——因為不聽神的話，但他卻是神另立的一個正統。
當時佛羅倫薩不屬於教廷，不受教宗的管轄，思想自由，經濟發達，文藝復興的中心，來給西斯廷裝飾壁畫的都是來自佛羅倫薩的畫家。因為當地由美第奇家族控制，教宗自然不滿，經過多年的明爭暗鬥，洛倫佐仍然是佛羅倫薩的統治者，教宗終於願意與洛倫佐和好，當時西斯廷剛完工，洛倫佐主動派了思維佛羅倫薩有名的畫家去為教宗話壁畫。他們分別是：佩魯吉諾 [Pietro Peregino] 、羅塞利 [Casimo Rosselli] 、吉蘭達約 [Domenico Ghirlandaio] 、西紐雷利 [Luca Signorelli] ，還有一些學生，他們於 1481-1482 年畫好了摩西一生和耶穌一生。也有人認為在壁畫中可以看出對教宗 Sixtus Ⅳ的諷刺，但教宗沒看出來。這一點有爭議，此處按下不表。
米開朗基羅之前 Pier Matteo d"Amelia 的漫天星斗畫的是舊約·創世紀 28:10-17 的內容：雅各離開家鄉，夜裡夢見一個梯子，有神的使者上去下來，神向他顯現，保證神會看顧他，直到神的應許實現。滿天星就是雅各夢見的天空，表示神對雅各的選擇，同時也象徵了屋頂下的教宗。《最後的審判》之前的祭壇畫是瑪利亞升天圖， Sixtus Ⅳ 跪在瑪利亞面前，表示他的權利是上天賦予的。
之後有又有三任教宗，沒有添加。JuliusⅡdella Rover [尤利烏斯二世] 是 Sixtus Ⅳ 的侄兒，找米開朗基羅畫天頂畫，但整個過程讓米開朗基羅飽受委屈，感覺很窩囊，很痛苦，可以說是他一生中最灰暗的時期。
合同上寫的是：「我，米開朗基羅，雕塑家，由於將要進行西斯廷教堂頂部的繪畫，收到了神聖的教皇尤利烏斯二世 500 枚達克特金幣。」
米開朗基羅特意聲明自己是雕刻家，但卻要為教堂頂部畫他完全不擅長的壁畫。
以上來自楊德友的譯本。
以上來自楊德友的譯本。
這是原手稿。
在這裡，我還得補一些米開朗基羅當時的情況。
1505 年，米開朗基羅被教宗召去羅馬為他設計他的墓，但當時的聖彼得教堂急需修復，建築師同時也是教宗身邊的紅人布拉曼特 [Branmante] 調動所有的經費投資建彼得教堂。而之前米開朗基羅為了訂購和選購大批石材可謂已經身心疲憊，結果教宗沒錢付，米開朗基羅被追債，氣憤的逃回了佛羅倫薩。
「當教皇轉變了念頭，而運貨船仍從卡拉雷地方把石塊運到時，我不得不自己來付錢。同時我從佛羅倫薩雇來的斫石匠們也到了羅馬；正當我在教皇支配給我的屋子中安排他們的住處和用具時，我的錢花完了，我處於極大的窘境中。……」
逃出佛羅倫薩時給教宗的信：
「聖父，今天早上我由聖下的旨意被逐出宮。我通知你自今日始，如果你有何役使，你可以叫人到羅馬以外的任何地方找我。」
教宗給米開朗基羅的信：
「接到此令，立刻迴轉羅馬，否則將有嚴厲處分。」
教宗去信給佛羅倫薩的諸侯 ( 那時洛倫佐已去世 ) ，諸侯嚇的不輕又給米開朗基羅寫信：
「你和教皇搗蛋，即是法蘭西王也不敢那麼做。我們不願為了你和他輕啟爭端：因此你當回到羅馬去。」
這一段是米開朗基羅抗拒教宗最激烈的時候，後來迫於教宗的淫威，米開朗基羅還是回去了，並下跪求情。
米開朗基羅不讓教宗看畫，教宗說什麼時候能看？他總是回答說：「當我能夠的時候。」結果有一天暴怒的教皇忍無可忍，揮起手杖一邊打他，一邊反覆說：「當我能夠的時候！當我能夠的時候……」
米開朗基羅脾氣一下子上來了，收拾行裝，要離開羅馬。教宗只好派一個人去追他，致送五百金幣，並向他道歉。
接下來再說天頂畫中的猶太情結。還有比較主流的意見是認為米開朗基羅受新柏拉圖主義影響。
在米開朗基羅還是學徒還在美第奇庭苑時，也就是 1490 至 1492 年間，在佛羅倫薩的「柏拉圖學園」那裡學習宗教知識，包括猶太法律和經典，受 新柏拉圖主義 的代表人物菲奇諾影響，對米開朗基羅手新柏拉圖主義影響的文章可參考：
潘諾夫斯基的《圖像學研究》
〈Ⅴ．佛羅倫薩與義大利北部的新柏拉圖主義運動 〉
〈 Ⅵ．新柏拉圖主義運動與米開朗琪羅 〉
在畫《最後的審判》期間還被懷疑與教內改革派的「靈覺會」 [Spirituali] 有接觸，在羅馬期間去過猶太區。
因為這些涉及到宗教學內容，已經遠遠超過我的能力，所以不多闡釋，有興趣的可以自己找文章看。
有位猶太醫生認為上帝的形象就是大腦剖面圖，猶太經典中認為人的受精並不始於女性的生殖器，而是男性的大腦，而米開朗基羅畫的就是神在大腦中造人。這個觀點來自 Dr. Frank Mershberger 。
參考：http://www.wellcorps.com/files/TheCreation.pdf
An Interpretation Of Michelangelo』s Creation Of Adam Based On
Neuroanatomy
圖片：The Brain on the sistine Chapel Ceiling
上帝「腦中」的女子跟偷吃禁果時的夏娃很像，不過上面醫生的說法——跟很多其他說法一樣——也是有爭議的。
米開朗基羅畫的禁果是無花果，這也是猶太教中的推測[之一]。
無花果樹葉。
根據聖經·創世紀 3:14 中記載，蛇在引誘夏娃吃了禁果後，被神詛咒從此要用肚子行走，終身吃土。問題是，蛇在受詛咒之前是如何行走的？米開朗基羅畫種的蛇有手臂也由腿，在猶太經典 Midrash 中描述的蛇也是有臂有腿的。
另外在這個左右對稱的構圖中，蛇和天使的姿勢和臉很像。吃禁果被驅逐是人的選擇，雖然這一行為被認為是人的墮落，這其中潛在的意義是：人是有自由意志的。可以選擇順服神，也可以選擇不順服，而不聽神的話下場總是慘烈的。
天頂畫上七位先知分別是：以賽亞、但以理、撒迦利亞、以西結、耶利米、約珥、約拿。
舊約五卷大先知書分別由四大先知——以賽亞、耶利米、以西結、但以理所寫，他們所傳達的信息很多所以比較重要，選擇其他三位的理由是什麼呢？
米開朗基羅把撒迦利亞被畫成了教宗的樣子。
參考：Renaissance
JuliusⅡ- Raphael - National Gallery, London
「小天使的手勢在中世紀相當於今天的豎中指」http://en.wikipedia.org/wiki/Fig_sign
同樣的猜測在非猶太女先知庫米 [The Cumean Sibyl] 的畫像中也出現了。庫米早年受阿波羅愛慕，被阿波羅告白，她向阿波羅要求長壽，阿波羅賜她長壽後她卻拒絕了阿波羅的告白。阿波羅非常生氣，於是說她只要求長壽，沒有要求年輕，之後她越來越老，頭越來越小，最後小到可以裝進一個瓶子里。這個說話不算話的人物有可能是在影射教宗。
先知耶利米的模特就是畫家本人，耶利米在聖經中命運很悲慘，畫家以此自比也說的過去。舊約·出埃及記 3:5 中摩西見神時，要求摩西把鞋脫下來，免得玷污聖地，所以其他先知都沒有穿鞋，但耶利米卻穿著鞋，這也是一個隱喻，說明羅馬已經被教宗玷污了。耶利米身穿這象徵羅馬市的紅色和金色，他背後的年輕人腳踩著書卷，上面寫著 ALEF-? ，ALEF 在希伯來語中就是 ? ，在希伯來文這兩個字母是不發音的。在猶太經典「塔木德」中，若大祭司無法分辨 ? 和 ? ，就不配當大祭司，在這裡這卷書被踩在腳下，意在諷刺教宗無法分辨二者，不配做教宗。
另外一位約拿與米開朗基羅的經歷也頗為相似：
不願意為神傳訊息 / 不願意為教宗畫壁畫
被神喚到一個罪惡的城市傳信息 / 被教宗召到一個罪惡的城市畫壁畫
企圖逃避神的呼召被強迫召回 / 企圖逃避教宗的呼召但被強迫召回
Benjamin Blech 對此有一個牽強的解釋或許可以直接回答這個問題：約拿姿勢很不自然，手似乎在比一個 ? ，還用身體比了個 ? ，後面的天使用手比了個「五」。而在希伯來文中有一種數字表示法，用子音去表示數值，? 剛好就是「五」。 ? 是舊約·創世紀 1 章 1 節的開頭字母，一切的線索都指向了「摩西五經」。當時的天主教為了強調他們是唯一的救贖，所以強調新約，米開朗基羅則強調「五經」才是信仰的基礎。這個猜想很有意思。
參見：Rabbi Benjamin Blech Roy Doliner, &<Sistine Secrets: Michelangelo』 s Forbidden Messages in the Heart of the Vatican&>, Harper Collins Publishers, New York, 2008, p.183-186
The Sistine Secrets: Michelangelo"s Forbidden Messages in the Heart of the Vatican: Benjamin Blech, Roy Doliner: 9780061469053: Amazon.com: Books
下面出處同上 p.168-178
通過五位非猶太人的女先知指出宗教對猶太人的壓迫。
在天花上畫得最大的是先知們，米開朗基羅選擇了五位非猶太人的女先知：
女先知德爾菲 [The Delphic Sibyl] ：希臘女先知。
女先知厄利特里亞 [The Eritrean Sibyl] 米開朗基羅寫成 Erythraea ：巴比倫女先知
女先知波斯 [The Persian Sibyl)] ：波斯女先知
女先知利比亞 [The Libyan Sibyl] ：埃及女先知
女先知庫米 [The Cumean Sibyl] ：羅馬女先知
西南角畫的是哈曼被掛在木架上，展現的是以色列人被波斯帝國統治時期發生的事，和他最接近的是波斯女先知。
西北角畫的是摩西舉銅蛇，展現的是以色列剛離開埃及的逼迫在沙漠中發生的事，旁邊畫的的是埃及女先知。
東北角畫的是猶滴殺何樂弗尼的事件——在猶滴傳中雖然寫明是巴比倫王尼布甲尼撒時期，但在巴比倫的年表中，並沒有記錄這次的戰爭，然而猶太人的傳統都將這個事件放在希臘統治的時期，而這幅畫的旁邊畫的是希臘女先知。
東南角畫的是大衛和哥利亞，這是畫舊約聖經撒母耳記上 17 章大衛和歌利亞的事件，大衛以一顆石頭戰勝非利士巨人歌利亞，當時巴比倫是中東的強國，非利士人受巴比倫統治，在這幅畫的旁邊畫的是是巴比倫女先知。
中央部份畫的是羅馬的女先知庫米，卻沒有任何一個拯救與她對應，表示猶太人現在是受羅馬教廷的統治，但卻沒有得到拯救。
參見：米開朗基羅在西斯汀教堂 [Sistine Chapel] 的信息 黃業強
黃業強的文章彙集了很多信息，對《最後的審判》研究類的文章可參考：
歷史的時間與歷史之外的時間：作為理論對象的西斯廷禮拜堂
詳細圖像信息可參考：
sistin-frame
Frescoes in the Sistine Chapel
Ascano Condivi 與米開朗基羅是同時代人，也是其傳記作者。瓦薩喬的傳記也同樣很有價值，另有研究米開朗基羅的專家 William E. Wallace 、James Romaine 、John W. Dixon 的文章可參考。西斯廷禮拜堂由米開朗琪羅創作的包括穹頂畫《創世紀》和進門處的整塊牆壁上的壁畫《最後的審判》。這兩幅繪畫分別取材自《舊約·創世紀》和《新約·啟示錄》。
考慮到米開朗琪羅對於藝術的追求和穹頂畫的應該有的視覺震撼，選擇《舊約》故事進行創作的可行性更大，因為《舊約》的題材相比《新約》更加恢弘，舊約中有包括上帝創世，出埃及記，摩西十誡等恢弘壯麗的故事，用於穹頂畫更能通過藝術表達出神之偉大。而且，西斯廷禮拜堂里也並非沒有其他《新約》的故事，如果去過的話會發現，穹頂之下的牆壁上有不少《新約》的故事場景。當然，米開朗琪羅的壁畫《最後的審判》雖取材於《新約》，但來源於最後一章描寫末世審判的啟示錄，所以更對得起那一整塊牆壁。一個是創世，一個是末世，意在表現上帝的偉大。
所以，簡而言之，穹頂畫和整塊壁畫對於畫作視覺震撼力的要求，讓米開朗琪羅必須選擇具有恢弘場面的聖經章節進行創作。人需要仰視的是上帝，而上帝之偉大來源於創世和與人立約，這在舊約中體現的更多。而《新約》中除了四福音書在講述耶穌基督的故事之外，其他的都是使徒撰寫的書信等內容，重在突出耶穌基督作為神子的合法性和對人類罪惡的救贖，說教成分更多，故事性略差。因此，選擇場面更為恢弘，敘事更加宏大的《舊約》就不難理解了。
我對宗教很尊重，但我是從來都不憚於以最大的惡意來揣測那些寄生在宗教上的碩鼠們。宗教機構神職人員和宗教義理是兩碼事。
教會要你畫新約，這是有私心的。大師不答應，這就是文藝復興偉大的地方。
私心在哪裡呢？舊約是告訴你奶粉有營養，新約是告訴你三鹿奶粉最正宗。舊約更著重義理，新約更著重教化。而新約部分也是版本間自相矛盾最多的，時間離我們更近了，分歧反而多了，奇怪吧？
我在維基百科的聖經辭條下曾看到這樣一段話：關於舊約正典，東正教承認50卷書；天主教承認46卷書；新教承認39卷書。新教的39卷書實際上等同於猶太教的聖經《塔納赫》的24卷書，二者均採用馬所拉文本，只是在書卷排列和拆分上不太相同。
新教承認的39卷，實際上就是猶太教經典，等於是前傳，在這些故事裡基督教還沒有成型呢。而天主教和東正教多出來的那些是什麼呢？是私貨，是自立門戶一統江湖的野心。而新教是不要這些的，顯得沒有那麼需要壓制猶太教。
再看新約，講的是耶穌和基督徒的事迹，新約部分就是完完全全的自立門戶的表現。越強調新約的正確性，越營造出一種基督教比猶太教更正統的感覺。所以教會要米開朗基羅畫新約。
東正教的舊約50卷，天主教的舊約46卷，新教的舊約39卷（最接近猶太教聖經）。
東正教主要分布在東歐西亞，天主教主要分布在西歐南歐拉丁美洲，新教則分布在英美和北歐。
看出規律了嗎？這三個區域分布，是不是一個比一個經濟發達？市場的力量越大，教會的權力越小。而新教也確實少了一些繁文縟節，教會對教眾的控制和索取也越來越少。人類找到了更多的共同利益更豐富的合作方式，就不那麼需要教會這個大家長出面維持秩序了。（說到這裡就知道為什麼中國曆來沒有很權威的宗教組織了吧，說同一種語言已經賦予了很強的向心力，就沒那麼需要用信仰來粘合了。而宗教權力擴張往往都是因為有新民族的融入，需要用這個來統戰來和親）
從米開朗琪羅這個歷史細節也可以看到社會已經具備了改革宗教的力量，去削弱教會的權力，或者說人類已經有新的組織模式，教會的歷史作用已經完成的差不多了。米開朗基羅生活的年代，正好到了那個改革的點。米開朗基羅1475年3月6日－1564年2月18日，宗教改革是十六十七世紀。
聖經的內容我很喜歡，但是你知道，人總是喜歡用不厚道的手段推廣自己所謂的正義。更不要談為了供奉去推廣自己都沒有理解的教義。有人問聖經真的假的，你想想就知道，殺人放火都能幹，書裡面塞點私貨，有鼻子有眼地編一點小故事，算什麼呢？林彪和和朱德搶扁擔呢。所以，越反映教會利益的部分，內容越不單純，當然分歧矛盾就多了。大師當然不想畫不單純的部分，而傾向於選擇意境高遠的舊約。
答主讀書少，實在編不下去了。沒錯，我就是來黑教會的，你們看著有意思就給點個贊吧，有紕漏的地方還請指正。
哦。等一下，我想起在上海聽一個神父說過一句話挺有道理的：因為神而統一，因為人而分裂。如果你是米開朗琪羅，你的老闆叫你給他的小禮拜堂的天花板畫一幅畫。雖然你是雕塑家，你很不情願，但是沒辦法，誰叫你的老闆是連美第奇家族都不敢得罪的教皇大人呢。於是你硬著頭皮上了。你走進這座叫西斯廷的小禮拜堂，這座日後不僅因為它用於選舉教皇更因為你的作品而聲名遠播的建築，你第一眼看到的肯定不是你還沒動手畫的天頂畫，也肯定不是二十幾年後你才畫的祭壇畫。你首先看到的是左右兩側已經畫好的十二幅壁畫，那些都是早於你的大師們的作品，有波提切利（他的《春》和《維納斯的誕生》你覺得畫得挺好看），有拉斐爾的老師佩魯吉諾，還有你自己的老師基爾蘭達，還有其他一些人的作品，總而言之都是那個時代有頭有臉的大畫家。那麼他們畫得都是些什麼題材呢？簡而言之，左側那六幅都是關於摩西的，右側那六幅都是關於耶穌的。那麼現在擺在你面前的最首要的問題不是如何才能爬到那麼高的天花板去作畫，而是應該畫什麼樣的畫才能超過那已有的十二幅畫。什麼？你的老闆建議你畫十二使徒？那讓他老人家來畫好了。作為整個義大利脾氣最大的藝術家怎麼能容忍這種安排！要畫就要畫更牛逼的題材。什麼題材更牛逼呢？用腳趾頭想都知道，除了創世紀和末日審判，沒有其他更大氣的選擇了。當然後者得排除在外，不是因為二十幾年後你要把它用於祭壇畫，而是末日審判畫在頭頂上實在不合適。於是你明智地選擇了前者。於是就有了《劃分光陰》《創造日月》《劃分水陸》《創造亞當》《創造夏娃》《逐出伊甸園》，正好對應著禮拜堂左右六個窗戶。可是無奈的是禮拜堂天花板不是平的，因為每個窗戶那都有一個拱券，而且天花板四個角都有帆拱。怎麼辦？天才如你怎麼會被難倒呢。你大膽地將天花板作了劃分，首先將拱的部分全部標示出來，這樣畫了十二個三角形。畫完三角形之後你一看。壞了，原來設想的六個主題不夠了，得加。加什麼呢？得嘞，就畫關於諾亞的故事吧。於是你又補了三個諾亞的故事。
不知題主有沒看過傅雷先生寫的《世界美術名作二十講》，剛好我看到米氏專篇就引用下原文解釋。傅雷先生是這樣說的：「天頂畫的題目，最初是十二使徒；但是以這樣一個大師，其不能愜意於這類薄弱狹小的題材，自是意料中事。天頂畫的體積是那般廣大，他的智慧與慾望尤其使他夢曉巨大無邊的工作；而且教皇也贊同他的意見。因之十二使徒的計劃不久即被放棄，而代之以創世紀、預言家、女先知者等廣博的題材。」大概意思就是1米氏是一個有雄心壯志的人，2教堂面積實在是太他媽大了，沒辦法。
我不是專門研究美術的，也不太知道背後是否還有更深層的原因。如果有了解的答主請也告訴我。但我覺得，米開朗琪羅在畫壁畫的過程其實也是他苦悶內心的反映，也許選擇創世紀是與自己內心心境有關？
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